• 식물분류학회지
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• 제35권1호
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• pp.7-23
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• 2005

한국산 제비꽃속 35분류군과 일본산 4집단, 군외군 1분류군 등 총 40집단에 대한 계통 유연관계를 알아보기 위하여 핵 rDNA의 internal transcribed spacer(ITS)지역에 대한 염기서열을 분석하였다. 정렬된 염기서열들은 bootstrap을 포함한 parsimony 방법과 neighbor-joining 방법을 통하여 계통수를 평가하였다. 그 결과 진정제비꽃절의 낚시제비꽃아절은 군내군의 가장 기부에 분계조를 형성하였으며, 장백제비꽃절은 노랑제비꽃절과 자매군을 형성하면서 진정제비꽃절의 낚시제비꽃아절과 콩제비꽃아절, 고깔제비꽃아절, 제비꽃아절 사이에서 단계통군을 형성하였다. 진정제비꽃절은 병계원적인 분계조를 형성하였고 4개 아절은 독립적인 분계조를 형성하였지만 계열 수준에서는 구별이 불가능하였다. 세포학적 연구에 기초한 제비꽃속의 분화에서 기본염색체 수 x=10을 갖는 낚시제비꽃아절은 x=6인 군외군에서 독립적으로 분화한 것으로 나타났으며 나머지 분류군들은 x=6인 노랑제비꽃과 장백제비꽃아절로부터 x=10 또는 12인 콩제비꽃과 고깔제비꽃아절을 거쳐 x=12인 제비꽃아절로 분화한 특징을 보였다. 형태적인 변이가 매우 심한 분류군으로 알려진 태백제비꽃(V. albida complex)은 Patellares아절 내에서 하나의 군으로 유집되어 Pinnatae계열로 처리하는 것이 타당할 것으로 생각되며, 뫼제비꽃과 남산제비꽃의 잡종인 우산제비꽃은 형태적 특징에 의한 분류와는 일치하지 않는 것으로 나타났다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제57권1호
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• pp.9-15
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• 2019

Melting temperature shift ($T_m-shift$) is a new detection method that analyze the melting curve on real-time PCR thermocycler using SYBR Green I fluorescent dye. To establish a $T_m-shift$ method for the detection of Ancylostoma ceylanicum and A. tubaeforme in cats, specific primers, with GC tail of unequal length attached to their 5' end, were designed based on 2 SNP loci (ITS101 and ITS296) of the internal transcribed spacer 1 (ITS1) sequences. The standard curve of $T_m-shift$ was established using the standard plasmids of A. ceylanicum (AceP) and A. tubaeforme (AtuP). The $T_m-shift$ method stability, sensitivity, and accuracy were tested with reference to the standard curve, and clinical fecal samples were also examined. The results demonstrated that the 2 sets of primers based on the 2 SNPs could accurately distinguish between A. ceylanicum and A. tubaeforme. The coefficient of variation (CV) of $T_m$- values of AceP and AtuP was 0.07% and 0.06% in ITS101 and was 0.06% and 0.08% in ITS296, respectively. The minimum detectable DNA concentration was $5.22{\times}10^{-6}$ and $5.28{\times}10^{-6}ng/{\mu}l$ samples of AceP and AtuP, respectively. The accuracy of $T_m-shift$ method reached 100% based on examination of 10 hookworm DNA samples with known species. In the clinical detection of hookworm in 69 stray cat fecal sample, the $T_m-shift$ detection results were consistent with the microscopic examination and successfully differentiated between the 2-hookworm species. In conclusion, the developed method is a rapid, sensitive and accurate technique and can provide a promising tool for clinical detection and epidemiological investigation of cat-derived hookworms.

• 식물병연구
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• 제18권4호
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• pp.331-337
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• 2012

감귤 검은점무늬병은 감귤 재배에 있어서 매우 중요한 병으로 감귤의 상품 가치를 떨어뜨리고 경제적 손실을 유발한다. 다른 감귤병과 마찬가지로 감귤 검은점무늬병 방제에는 주로 화학 농약이 사용된다. 최근 농약의 부작용 때문에 농약을 대체할 수 있는 방제 수단이 절실히 요구되고 있다. 본 연구에서는 감귤 검은점무늬병균 Diaporthe citri에 항균효과가 있는 식물근권세균 TRH423-3, MRL408-3, THJ609-3, TRH415-2을 선발하였다. 이들 세균의 감귤 검은점무늬병에 방제 효과가 있는지 알아보기 위해 감귤 잎에 전 접종한 후 감귤 검은점무늬병균을 접종하였다. 선발된 모든 식물근권세균이 감귤 검은점무늬병에 대해 방제 효과를 나타내었고 방제 정도는 식물근권세균의 균주에 따라 차이가 있었다. 감귤 검은점무늬병균을 접종한 후 추가로 식물근권세균을 접종하였더니 모든 처리구에서 방제 효과가 증진되었다. 한편, 식물근권세균 rDNA의 internal transcript spaces 염기서열을 분석한 결과 MRL408-3와 TRH423-3은 Burkholderia gladioli로, TRH415-2은 Pseudomons fluorescens로 그리고 THJ609-3은 Pseudomonas pudia로 동정되었다. 이들 선발된 식물근권세균은 화학적 방제 수단의 적용이 제한된 친환경 감귤 재배지에서 가치 있게 사용될 수 있을 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제22권7호
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• pp.970-980
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• 2012

90종의 내생진균(endophytic fungi)은 염습지에 자생하고 있는 염생식물(halophyte)의 뿌리에서 분리하였다. 자생식물 샘플은 해홍나물, 갯질경, 칠면초, 갯잔디, 갈대가 염습지로부터 분리하였다. 그리고 분리된 내생진균들은 ITS1, 5.8S와 ITS2를 포함하는 ITS-rDNA 영역에 의해 분석하였다. 다양한 내생진균은 Capnodiales (4.44%), Cystofilobasidiales (1.11%), Dothideales (3.33%), Eurotiales (53.33%), Glomerellales (3.33%), Hypocreales (8.89%), Mucorales (1.11%), Pleosporales (15.56%), Sordariales (1.11%), Trichosphaeriales (1.11%), unidentified (6.67%) 등 10종류 목에 속하는 것이 확인되었다. 90종의 내생진균은 속(genus)단계에서 Acremonium 속, Alternaria 속, Aspergillus 속, Aureobasidium 속, Cephalosporium 속, Chaetomium 속, Cladosporium 속, Colletotrichum 속, Cryptococcus 속, Didymella 속, Dothideomycete 속, Emericellopsis 속, Epicoccum 속, Eupenicillium 속, Fusarium 속, Gibberella 속, Gongronella 속, Macrophoma 속, Microsphaeropsis 속, Nigrospora 속, Paecilomyce 속, Paraconiothyrium 속, Penicillium 속, Phaeomyces 속, Phoma 속, Pleosporales 속, Purpureocillium 속, 그리고 Talaromyces 속으로 모두 28속이 확인되었다. 그리고 동정된 모든 내생진균은 Eurotiales목의 Aspergillus속과 Penicillium속이 가장 많이 분포하고 있는 것이 확인되었다.

• Weed & Turfgrass Science
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• 제4권1호
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• pp.26-34
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• 2015

최근에 전 세계적으로 동물, 식물뿐만 아니라 균류, 해조류 등에서 활발하게 이용하는 DNA 바코드는 게놈 DNA의 단편을 이용해 종들 간의 DNA 변이를 발견하여 형태적 지식 없이 정확하게 종을 동정하고 분류하는 방법이다. 고등식물에서는 단일마커로 바코드 조건을 충족할 수 없어 엽록체 DNA의 rbcL과 matK 유전자를 표준마커로 이용하고 있다. 본 연구는 식물 표준 바코드마커와 핵 DNA의 ITS 부위를 이용하여 국내 벼과 식물 252 분류군 중 주로 농경지에서 발생하는 잡초 총 84분류군 403생태형을 바코드하여 데이터베이스를 구축하기 위하여 수행하였다. 바코드 결과 PCR 증폭과 염기서열 분석 성공률은 rbcL에서 가장 높았으며 matK에서 가장 낮았다. 그러나 바코드 갭과 종식별 해상력은 matK에서 가장 높았다. 80.9%의 염기서열 분석 성공률을 보인 ITS는 matK와의 조합에서 92.9% 까지 종 식별 해상력을 높일 수 있어 벼과 바코드에 매우 유용한 조합이었다. 벼과의 바코드데이터는 미국의 국립생물공학정보센터에 기탁하여 genbank 번호를 부여받아 공개하였다. 그러므로 형태적으로 동정이 어려운 벼과 잡초를 matK와 ITS 부위의 염기서열을 분석하여 미국의 국립생물공학정보센터에 기탁한 데이터와 비교함으로써 쉽고 간편하게 동정할 수 있게 되었다.

• ALGAE
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• 제34권1호
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• pp.7-21
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• 2019

The genus Heterocapsa is one of the major dinoflagellate groups, with some of its species having worldwide distributions. However, prior to the present study, the phototrophic species Heterocapsa minima has been reported only from the northeast Atlantic Ocean. Recently, H. minima was found in the Korean waters, and a clonal culture was established. This culture was used to examine the morphology of the Korean strain H. minima HMMJ1604 through light and scanning electron microscopy, as well as for its genetic characterization. Furthermore, to determine the nationwide distribution of H. minima in Korea, its abundance was quantified in the waters of 28 stations in all four seasons in 2016-2018 using the quantitative real-time polymerase chain reaction method. The overall morphology of H. minima HMMJ1604 was very similar to that of the Irish strain H. minima JK2. However, the Korean strain had five pores around the pore plate, whereas the Irish strain had six pores. When properly aligned, the sequences of the large subunit and internal transcribed spacer regions of the ribosomal DNA of the Korean strain were identical to those of the Irish strain. This species was detected in the waters of 26 out of 28 stations, but its abundance was greater than $1.0cells\;mL^{-1}$ at 8 stations. The highest abundance of H. minima was $44.4cells\;mL^{-1}$. Although this species was found in all seasons, its abundance was greater than $1.0cells\;mL^{-1}$ when the water temperature and salinity were $10.9-25.0^{\circ}C$ and 17.5-34.1, respectively. To the best knowledge, the present study reported for the first time that H. minima lives in the Pacific Ocean and is widely distributed in the Korean waters.

• 한국버섯학회지
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• 제2권4호
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• pp.169-174
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• 2004

국내에서 재배되고 있는 약용버섯인 상황(P. baumii) 자실체의 열수 추출물로 부터 건강 기능성 식품 및 의약품개발의 기초자료를 제공하고자 항암실험 및 면역효과에 대한 실험을 수행하였다. 본 연구에서 사용한 PMO-P4의 경우 rDNA의 ITS부위의 염기서열 분석을 통한 계통분석결과 P. baumii로 판명 되었으며, PMO-P4 자실체로부터 열수 추출한 성분(HWE-P4)을 160mg/kg/day의 농도로 하여 Sarcoma-180 암세포를 유발한 마우스에 경구투여한 결과 A군의 경우, 종양억제효과는 35.3%로 대조군보다 유의성 있게 감소하였으며(p<0.05), 생명연장 효과는 156%증가한 것으로 나타났다. 시료의 경구투여 방법에 있어서도 시료를 먼저 2주간 투여한 후 암세포를 접종한 A군의 경우가 시료 투여와 암세포 접종을 동시에 실시한 B군의 경우 보다 종양억제효과 및 생명연장효과가 높았음을 알 수 있었다. A군의 경우 대조군에 비하여 CD4/CD8의 비율이 71.4%증가 하였으며, CD25(IL-2receptor chain)분자의 발현을 5배정도 증가시키는 것으로 관찰되었다. 이러한 결과로 보아 P. baumii로 밝혀진 PMO-P4 자실체로부터 열수 추출한 성분의 항암효과는 암세포를 직접 공격하여 항암효과를 나타내기 보다는 T cell등의 면역세포를 활성화시킴으로써 암세포를 억제 혹은 사멸시키는 것으로 생각된다.

• 식물병연구
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• 제23권4호
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• pp.322-333
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• 2017

2015년과 2017년 6-7월에 전라북도 전주와 임실에서 매실, 복숭아, 살구, 자두, 체리 등 핵과류에 잿빛무늬병이 2-5% 정도 발생하였다. 잿빛무늬병은 일부 꽃과 잎에서도 발생하였지만, 주로 과실에 발생하였다. 초기병징은 과실의 표면에 작은 원형의 갈색 반점이 생기고, 병이 진전됨에 따라서 점차 수침상으로 확대되었으며, 후기에는 갈변된 원형의 병반 위에 백색 내지 회백색의 포자 덩어리가 밀생하여 눈꽃처럼 피고, 과실 전체로 확대되었다. 핵과류에서 분리된 분생포자는 분지된 염주상으로 사슬모양(monilioid chains)을 나타냈으며, 단생, 투명하고, 난형-레몬형이었다. 분리된 균주들의 온도별 균사생장 적온은 $20-25^{\circ}C$이며, 균사생장에 적합한 배지는 OA와 PDA이었다. 핵과류 잿빛무늬병을 일으키는 병원균의 형태적 특징, 병원성 검정, ribosomal DNA (rDNA)의 ITS 영역의 염기서열 분석을 기초로 Monilinia fructicola로 동정하였다. 대표 균주에 대한 병원성은 인공접종으로 확인하였다. 본 연구는 한국의 핵과류에서 발생하는 M. fructicola에 의한 잿빛무늬병에 대한 최초 보완자료이다.

• Weed & Turfgrass Science
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• 제6권2호
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• pp.151-156
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• 2017

국내 Kentucky bluegrass로 조성된 골프장이나 잔디 재배지에서 여름철에 여름잎마름병 발생으로 인한 피해가 심각한 상황이다. 그럼에도 불구하고 여름잎마름병방제약제가 아직까지 등록되어있지 않아 병원균에 효과적인 약제를 선발하기 위하여 본 연구를 수행하였다. 전형적인 여름잎마름병 병징에서 병원균을 분리하였고 ITS1과 ITS4 염기서열 분석으로 Magnaporthiopsis poae로 동정되었다. 잔디용으로 사용되는 10개의 약제를 대상으로 병원균 반응을 조사한 결과, 약제의 농도가 높아질수록 병원균 생장을 억제하였고 시간이 경과할수록 병원균 억제효과가 떨어지는 것이 관찰되었다. triazole계 약제 4종(metconazole, myclobutanil, propiconazole과 tebuconazole)의 병원균 억제효과는 100%로 나타났다. 다음으로 thiophanate-methyl의 억제효과가 높았으며 strobilurin계의 약제인 azoxystrobin, pyraclostrobin과 trifloxystrobin 약제를 비교하였을 때는 pyraclostrobin 약제가 가장 높게 나타났으며 다음으로 azoxystrobin과 trifloxystrobin 순으로 나타났다. Fludioxonil과 fluxapyroxad의 병원균 억제효과는 trifloxystrobin과 유사하게 나타났다.

• 미생물학회지
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• 제52권1호
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• pp.32-39
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• 2016

독도에 자생하는 번행초의 뿌리로부터 순수 분리하여 형태적으로 상이한 17개의 내생균류를 선별하였다. 또한 분리된 균류들에 대하여 각각의 염농도와 pH 농도 구배에 따라 생장 시험을 확인하였다. 내생균류에 대해 각각 난장이벼의 유묘에 식물생장활성시험을 진행하였고, 그 결과 YH103 균주가 가장 높은 활성을 나타내었다. 계통분석은 Maximum likelihood 방법을 활용하여 결합된 ITS영역, beta-tubulin 및 calmodulin 유전자 염기서열을 분석하여 분리된 균주의 유연관계를 분석하였다. YH103 균주의 배양여과액을 HPLC와 GC/MS SIM을 이용하여 분석한 결과 식물호르몬인 지베렐린 $GA_4$, $GA_7$, $GA_8$ 및 $GA_{19}$가 확인되었다. 최종적으로 YH103 균주의 형태학적 관찰 및 결합된 유전자 염기서열의 분자적 분석을 통해 GA를 생산하는 새로운 Aspergillus tubingensis로 동정되었다.