The present study demonstrates a new approach that enables effective horse parentage testing using 22 ISAG microsatellite markers involving 6 heads of Thoroughbred horse(TB) and non-TB. In the comparison allele distribution between these horses, the alleles found in the TB were numerously detected in the non-TB. As results, we confirmed that these ISAG microsatellite markers might apply the pedigree registration of Korean native horse(Jeju horse).
Ji, Hye-jung;Kim, Eun-hee;Lee, Kyoung-kap;Kang, Tae-young;Lee, Joo-myoung;Shin, Hyoung-doo;Kim, Lyoung-hyo;Yun, Young-min
Korean Journal of Veterinary Research
/
v.47
no.4
/
pp.457-460
/
2007
The objective of the study was to establish routine parentage testing system in Beagle dogs using 22 ISAG (International Society for Animal Genetics) canine microsatellite markers (2005). Blood collections were obtained from a mother dog, 4 candidate father dogs and 3 offspring (n = 8). Genomic DNA samples were extracted from 8 Beagle dogs blood for PCR analysis. PCR products for the allele were analyzed by ABI 3130 DNA Sequencer and GeneScan (Ver 3.0) analysis and Genotyper (Ver. 2.1) software. The genetic relationship of mother and 3 offspring as well as one father dog among 4 candidate father dogs was confirmed by microsatellite allele analysis. The results of locus for amelogenin, which was designed for sexing, were matching with real gender among 8 Beagle dogs (female; 217/217 homozygosity, male; 179/217 heterozygosity). Twenty two ISAG microsatellite markers are useful the parentage test of Beagle dogs. In addition, amelogenin is an applicable marker to detecting real sex in dogs.
To find offspring of Jeju Black cattle (JBC) produced by embryo transfer (ET) and artificial insemination (AI), a molecular genetic study was carried out in candidate cattle populations collected from cattle farms in Jeju Island, Korea. The genetic marker set was composed of 11 ISAG microsatellite (MS) markers, 11 SAES MS markers selected by our preliminary analysis for population diversity of JBC and two major coat color related genes: MC1R and ASIP. The results showed a combined non-exclusion probability for first parent (NE-P1) that was higher than that recommended by ISAG (above 0.9995), and a combined non-exclusion probability for sib identity of $5.3{\times}10^{-10}$. Parentage analysis showed that the cases identified the candidate's father only (77.0%), mother only (54.0%), and both parents (40.5%) in the candidate offspring population. The ET and AI calves were identified as 14.7% in the in vitro fertilized eggs provided and 32.4% in total population, respectively. However, the result from ISAG marker analysis showed 3 identical allele-combinations in 7 calves, and that from ISAG/SAES MS marker combination also showed 1 identical allele-combination in 2 calves. Data from MS and coat-color gene analyses provided information for complete identification of all animals tested. Because the present JBC population was mostly bred using small nuclear founders through bioengineering techniques such as AI and ET, the genetic diversity levels obtained from MS analysis in the JBC population were relatively lower than those of other cattle populations, including Hanwoo. The results suggested that the more efficient marker combinations, including coat color related genotypes, should be studied and used for constructing a system for identification and molecular breeding of JBC as well.
The objective of this study was to determine genetic variation of five Korean native chicken lines using 30 microsatellite (MS) markers, which were previously recommended by ISAG (International Society for Animal Genetics). The initial study indicated that two microsatellite markers, MCW0284 and LEI0192, were not amplified in these lines and excluded for further analysis. Twenty eight microsatellite markers were investigated in 83 birds from five Korean native chicken lines. The identified mean number of alleles was 4.57. Also, the expected, observed heterozygosity (He, Ho) and polymorphism information content (PIC) values were estimated in these markers and they ranged from 0.31~0.868, 0.145~0.699, and 0.268~0.847, respectively. The results were used for the discrimination of five chicken lines using genetic distance values and also neighbor-joining phylogenetic tree was constructed. Based on the He and PIC values, eighteen markers are enough for the discrimination of these Korean native chicken lines for the expected probability of identity values among genotypes of random individuals (PI), random half sibs ($PI_{half-sibs}$) and random sibs ($PI_{sibs}$). Taken together, these results will help the decision of conservation strategies and establishment of traceability system in this native chicken breed. Also, the use of ISAG-recommended microsatellite markers may indicate that the global comparison with other chicken breeds is possible.
Rahimi, G.;Nejati-Javaremi, A.;Saneei, D.;Olek, K.
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
/
v.19
no.4
/
pp.463-467
/
2006
Genetic profiles of Iranian Holstein young bulls at the national artificial insemination station were determined on the basis of individual genotypes at 13 ISAG's recommended microsatellites, the most useful markers of choice for parentage identification. In the present study a total of 119 individuals were genotyped at 13 microsatellite loci and for possible parent-offspring combinations. A high level of genetic variation was evident within the investigated individuals as assessed from various genetic diversity measures. The mean number of observed alleles per microsatellite marker was 9.15 and the number of effective alleles as usual was less than the observed values (4.03). The average observed and expected heterozygosity values were 0.612 and 0.898, respectively. The mean polymorphic information content (PIC) value (0.694) further reflected a high level of genetic variability. The average exclusion of probability (PE) of the 13 markers was 0.520, ranging from 0.389 to 0.788. The combined exclusion of probability was 0.999, when 13 microsatellite loci were used for analysis in the individual identification system. Inbreeding was calculated as the difference between observed and expected heterozygosity. Observed homozygosity was less than expected which reflects inbreeding of -3.7% indicating that there are genetic differences between bull-sires and bull-dams used to produce young bulls. The results obtained from this study demonstrate that the microsatellite DNA markers used in the present DNA typing are useful and sufficient for individual identification and parentage verification without accurate pedigree information.
Seo, Joo-Hee;Park, Kyung-Do;Lee, Hak-Kyo;Kong, Hong-Sik
Journal of Animal Science and Technology
/
v.58
no.11
/
pp.40.1-40.5
/
2016
Background: Currently about 26,000 horses are breeding in Korea and 57.2% (14,776 horses) of them are breeding in Jeju island. According to the statistics published in 2010, the horses breeding in Jeju island are subdivided into Jeju horse (6.1%), Thoroughbred (18.8%) and Halla horse (75.1%). Halla horses are defined as a crossbreed between Jeju and Thoroughbred horses and are used for horse racing, horse riding and horse meat production. However, little research has been conducted on Halla horses because of the perception of crossbreed and people's weighted interest toward Jeju horses. Method: Using 17 Microsatellite (MS) Markers recommended by International Society for Animal Genetics (ISAG), genomic DNAs were extracted from the hair roots of 3,880 Halla horses breeding in Korea and genetic diversity was identified by genotyping after PCR was performed. Results and conclusion: In average, 10.41 alleles (from 6 alleles in HTG7 to 17 alleles in ASB17) were identified after the analysis using 17 MS Markers. The mean value of $H_{obs}$ was 0.749 with a range from 0.612(HMS1) to 0. 857(ASB2). Also, it was found that $H_{\exp}$ and PIC values were lowest in HMS1 (0.607 and 0.548, respectively), and highest in LEX3(0.859 and 0.843, respectively), and the mean value of $H_{\exp}$ was 0.760 and that of PIC was 0.728. 17 MS markers used in this studies were considered as appropriate markers for the polymorphism analysis of Halla horses. The frequency for the appearance of identical individuals was $5.90{\times}10^{-20}$ when assumed as random mating population and when assumed as half-sib and full-sib population, frequencies were $4.08{\times}10^{-15}$ and $3.56{\times}10^{-8}$, respectively. Based on these results, the 17 MS markers can be used adequately for the Individual Identification and Parentage Verification of Halla horses. Remarkably, allele M and Q of ASB23 marker, G of HMS2 marker, H and L of HTG6 marker, L of HTG7 marker, E of LEX3 marker were the specific alleles unique to Halla horses.
This study was carried out to examine a molecular marker system for parentage test in Jeju Black cattle (JBC). Based on the preliminarily studies, we finally selected for construction of a novel genetic marker system for molecular traceability, identity test, breed certification, and parentage test in JBC and its related industrial populations. The genetic marker system had eight MS markers, five indel markers, and two single nucleotide polymorphisms (SNPs; g.G299T and g.del310G) within MC1R gene which is critical to verify the breed specific genotypes for coat color of JBC differing from those of exotic black cattle breeds such as Holstein and Angus. The results showed lower level of a combined non-exclusion probability for second parent (NE-P2) of $4.1202{\times}10^{-4}$ than those previously recommended by International Society of Animal Genetics (ISAG) of $5.000{\times}10^{-4}$ for parentage, and a combined non-exclusion probability for sib identity (NE-SI) of $2.679{\times}10^{-5}$. Parentage analysis has been successfully identified the JBC offspring in the indigenous population and cattle farms used the certified AI semens for production using the JBC-derived offspring for commercial beef. This combined molecular marker system will be helpful to supply genetic information for parentage test and traceability and to develop the molecular breeding system for improvement of animal productivity in JBC population.
Kim, Sang-Wook;Jang, Hee-Kyung;Kim, Kwan-Suk;Kim, Jong-Joo;Jeon, Jin-Tae;Yoon, Du-Hak;Kang, Seong-Ho;Jung, Hyo-Il;Cheong, Il-Cheong
Journal of Animal Science and Technology
/
v.51
no.4
/
pp.273-282
/
2009
DNA marker information is used to identify or distinguish cattle breeds or individual animal. The purpose of this study was to apply Bovine Genotypes Kit Version 1.1/2.1 to bovine DNA samples (National Institute of Animal Science) taken from Australian / American beef (n=148), Holstein beef (n=170) and Hanwoo cattle (n=177) bred in Jeongeub, Jeonbuk, Korea, so that it could distinguish Hanwoo breed. The Bovine Genotype Kits consist of 16 ISAG MS markers, which were used to build a database of genotypes in each group. Genotyping results were analyzed using MS Tool kit and Phylip program to create phylogenetic tree. The GeneClass 2.0 was used to estimate breed identification. These analyses found that this kit had 100% capacity to distinguish Hanwoo beef, 95.3% capacity to differentiate Australian / American beef and 90% capacity to identify Korean Holstein steer beef. Hence, it is expected that 16 commercial microsatellite markers is useful to categorizegenetic characteristics of Hanwoo breed and also identify Hanwoo individuals and the origin of beef. In particular, it is expected that these markers will be advantageous in discriminating domestic Holstein beef from Australian / Americanbeef.
Seventeen porcine microsatellite (MS) markers recommended by the EID+DNA Tracing EU project, ISAG and Roslin institute were selected for the use in porcine individual and brand identification. The MSA, CERVUS, FSTAT, GENEPOP and API-CALC programs were applied for calculating heterozygosity indices. By considering the hetreozygosity value and PCR product size of each marker, we established a MS marker set composed of 13 MS markers (SW936, SW951, SW787, S00090, S0026, SW122, SW857, S0005, SW72, S0155, S0225, SW24 and SW632) and two sexing markers. The expected probability of identity among genotypes of random individuals (PI), probability of identity among genotypes from random half sibs ($PI_{half-sibs}$) and among genotypes of random individuals, probability of identity among genotypes from random sibs($PI_{sibs}$) were estimated as $2.47\times10^{-18}$, $6.39\times10^{-13}$ and $1.08\times10^{-8}$, respectively. The results indicate that the established marker set can provide a sufficient discriminating power in both individual and parentage identification for the commercial pigs produced in Korea.
The aim of this study was to construct a correct pedigree of miniature horses (MH). The sex of MH was detected by PCR amplification of the sex determining region of the Y chromosome gene (SRY) prior to parentage testing. Ten random MH samples for parentage testing were genotyped by using 16 micro satellite markers. Since the SRY band (430 bp) was detected in horses No.1, 2, 6, 7, 8, 9, 10, these are male. However, the DNA segment was not identified in horses No.3, 4, and 5, which therefore are female. After genotyping, parentage testing was performed according to Mendelian fashion and International Society for Animal Genetics (ISAG) guideline. Of the 10 MH, 3 were qualified by the compatibility of 16 markers according to Mendelian fashion in the present DNA typing for parentage verification. These results can provide basic information for developing parentage verification and an individual identification system in MH.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.