• BMB Reports
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• 제30권3호
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• pp.234-236
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• 1997

Chronic hepatitis C virus (HCV) infection is associated with the rapid development of cirrhosis and hepatocellular carcinoma. It has been reported that the amount of HCV RNA may be correlated with the progression of hepatitis and may be a prognostic marker for treatment of HCV patients. The direct detection of HCV RNA by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) is widely used to determine the presence of circulating virions. The most relevant limit of this approach is the lack of quantitative information about the viral titer. In the present study, we developed the method for HCV quantitation using competitive reverse transcription (CRT)-PCR using the deleted HCV standard. The serially diluted standard was added in titrated amounts to the target HCV RNA. The mixture was then reverse transcribed and amplified in the same reaction tube. The methods were evaluated using over 110 HCV-PCR positive samples in Koreans. About 59% of the samples were judged to contain $10^{5}-10^{6}$ copies of HCV RNA in 1 ml of serum.

• Design & Manufacturing
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• 제11권3호
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• pp.35-40
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• 2017

PCR(Polymerase chain reaction) is a technique to replicate and amplify a desired part of DNA. It is used in various aspects such as DNA fingerprint analysis and rare DNA amplification of an extinct animal. Especially in the medical diagnosis field, it provides various measurement methods at the molecular level such as genetic diagnosis, and is a basic tool for molecular diagnostics. The internal shape of the plastic vial tube for PCR analysis used in the DNA detection process, and the surface roughness and internal cleanliness can affect detection and discrimination results. The plastic vial tube demanded by the developer of the PCR analysis equipment should be changed to a structure that eliminates the residual washing solution in the washing process to ensure the internal cleanliness. Thus the internal structure and the internal surface design for improving the PCR amplification efficiency are key issues to develop the plastic vial tube for the DNA detection process.

• 농업생명과학연구
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• 제44권5호
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• pp.75-79
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• 2010

사과는 전 세계적으로 대표적 과수의 하나로서 우량 사과의 생산을 위하여 신속하고 경제적이며 정확한 사과바이러스 진단이 요구되고 있다. RT-PCR은 사과바이러스 진단을 위한 중요한 기술로서 우선 시료조직의 분쇄 및 균질화를 통한 양질의 RNA 추출이 필수적이다. 그러나 분쇄작업은 다량의 시료의 경우 많은 시간과 노동이 요구된다. 본 연구에서는 조직 분쇄과정이 없이 단순 가열에 의한 RNA 추출을 시도하였으며 줄기조직이 잎조직보다 약간 더 적합함을 보여주었다. 그러나 RT-PCR에 의한 사과바이러스 진단에서는 모두 동일한 결과를 나타냈다. 이로써 사과 조직에 대한 단순가열로써 매우 간편하게 양질의 RNA추출이 가능함을 제시하였다.

• ALGAE
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• 제34권1호
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• pp.57-70
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• 2019

DNA metabarcoding is currently used for large-scale taxonomic identification to understand the community composition in various marine ecosystems. However, before being widely used in this emerging field, this experimental and analytic approach still has several technical challenges to overcome, such as polymerase chain reaction (PCR) bias, and lack of well-established metabarcoding markers, a task which is difficult but not impossible to achieve. In this study, we present an adapted PCR-free small-organelles enriched metagenomics (SoEM) method for marine biodiversity assessment. To avoid PCR bias and random artefacts, we extracted target DNA sequences without PCR amplification from marine environmental samples enriched with small organelles including mitochondria and plastids because their genome sequences provide a valuable source of molecular markers for phylogenetic analysis. To experimentally enrich small organelles, we performed subcellular fractionation using modified differential centrifugation for marine environmental DNA samples. To validate our SoEM method, two marine environmental samples from the coastal waters were tested the taxonomic capturing capacity against that of traditional DNA metabarcoding method. Results showed that, regardless of taxonomic levels, at least 3-fold greater numbers of taxa were identified in our SoEM method, compared to those identified by the conventional multi-locus DNA metabarcoding method. The SoEM method is thus effective and accurate for identifying taxonomic diversity and presents a useful alternative approach for evaluating biodiversity in the marine environment.

• 생명과학회지
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• 제28권9호
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• pp.1062-1067
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• 2018

국제 무역 및 전세계 수산물 소비의 증가로 인해 다양한 수산물이 국내로 수입되어 유통되고 있다. 최근 수입 수산물의 종명 및 원산지 표시사항을 허위로 기재하는 경우가 급증하여 식품안전성에 심각한 문제가 야기되고 있다. 불법적으로 유통되는 수산물의 안전관리를 위해 DNA 기반 기술을 이용한 종 판별법 마련이 시급하다. 본 연구에서는 전세계적으로 중요한 대형선망어업 어종 중 하나인 전갱이속 어류의 종을 판별하기 위해 duplex-PCR을 사용한 검출 방법을 개발하였다. 국내에 유통되는 T. japonicus과 T. novaezelandiae의 시료를 확보하여 COI 영역의 염기서열 분석을 통하여 종간 특이성을 나타내는 단일염기다형성 유전자를 탐색하였으며, PCR 증폭 산물의 크기를 고려하여 2개의 종 특이적인 정방향 primer를 설계하였다. Duplex-PCR 분석 결과, T. japonicus (103 bp), T. novaezelandiae (214 bp)와 같은 단일 밴드를 전기영동상에서 확인 할 수 있었으며 상호간의 비 특이적 밴드는 형성되지 않았다. 또한 duplex-PCR 방법을 통한 T. japonicus과 T. novaezelandiae에서 최저 $0.01ng/{\mu}l$까지 검출됨을 확인 할 수 있었다. 따라서 본 연구에서 개발된 duplex-PCR 분석법을 이용한 전갱이속 어류의 종 판별법은 정확도와 민감도가 우수하여 수산물의 수출입 및 시중에 불법적으로 유통 가능성이 있는 제품을 신속하고 과학적으로 판별할 수 있어 수산물안전관리에 활용도가 매우 클 것으로 기대된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제61권1호
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• pp.54-59
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• 2006

연구 배경 : 결핵의 대부분을 차지하는 폐결핵 진단에 객담, 기관지 세척액, 흉수액을 이용한 TB-PCR 검사의 유용성에 대해서는 여러 연구가 있었으나 폐 이외의 결핵 진단을 위한 신선 생검 조직 검체에서의 TB-PCR법 연구는 아직 미흡하다. 이에 저자들은 자동분석법인 COBAS AMPLICOR MTB PCR assay (Roche Molecular System)를 이용하여 신선 생검 조직 검체로 TB-PCR법의 유용성을 알아보았다. 방법 및 대상 : 2004년 10월부터 2005년 12월까지 가톨릭대학교 대전성모병원 병리과와 진단검사의학과에 결핵의진 하에 조직검사와 신선조직을 이용한 항산균 도말검사, 배양검사, TB-PCR 검사가 공히 의뢰된 환자 42예를 대상으로 하였다. 결 과 : 신선 생검 조직 42예를 대상으로 실시한 결과, 임상소견에서 결핵으로 진단된 경우는 18예 이었으며, 그 중 림프절 12예와 폐 조직 2예, 충수 조직 1예, 총 16예(88.9%)에서 PCR 양성을 보였고, 민감도와 특이도, 양성예측도, 음성 예측도는 88.9%, 100%, 100%와 92.3%로 나타났다. 조직학적으로 육아종 소견과 건락성 괴사의 소견 보인 18예(100%)는 모두 결핵으로 진단되었고 그 중 16예(88.9%)에서 PCR 양성을 보였다. 결 론 : 신선 생검 조직 검체를 이용한 TB-PCR 자동분석기의 결과는 임상소견 및 현미경적 소견과 비교 분석 시 민감도와 특이도가 높은 유용한 검사라고 생각되었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제58권5호
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• pp.452-458
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• 2005

연구 배경 : 결핵의 유병률이 낮고 상대적으로 비결핵항산균증의 유병률이 높은 미국에서는 항산균 도말 양성 호흡기 검체에서 결핵의 진단 목적으로 결핵균 PCR 검사가 공인되었다. 최근 국내에서도 비결핵항산균증이 증가하고 있는 추세로 객담 도말 양성 환자에서 결핵균과 비결핵항산균의 신속 감별이 중요할 것으로 사료된다. 객담 항산균 도말 양성이지만 임상적으로 결핵균과 비결핵항산균과의 감별이 필요한 경우에 결핵균 PCR의 시행이 배양 결과 전 신속한 감별에 도움이 되는지 알아보고자 본 후향적 연구를 시행하였다. 방 법 : 항산균 도말 양성이지만 비결핵항산균과의 감별을 위해 결핵균 PCR 검사가 시행된 56명의 의무기록을 조사하여 결핵균 PCR 결과, 배양 결과 및 최종진단을 확인하여 결핵균 PCR의 유용성을 검증하였다. 결 과 : 총 56명의 환자에서 62회의 PCR이 시행되었다. 환자의 평균 나이는 58.7세(범위 22-83세)이었다. 최종진단은 결핵 23명(41.0%), 비결핵항산균 폐질환 9명(16.0%), 기타 폐질환 24명(42.8%)이었다. 배양 양성을 기준으로 PCR 검사의 결핵 진단의 민감도, 특이도, 양성예측도, 음성예측도는 각각 88.8%, 86.8%, 76.1%, 94.3%이었고, 최종 임상진단을 기준으로는 각각 91.3%, 100%, 100%, 94.3%이었다. 비결핵항산균이 배양된 15명(26.7%)은 모두 PCR 음성이었다. 결 론 : 결핵의 발병률이 중등도인 국내에서도 항산균 도말양성이지만 비결핵항상균과의 감별이 필요한 경우에 결핵균 PCR검사는 배양검사 전 신속한 감별에 유용하였다.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제9권1호
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• pp.85-94
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• 2002

목 적 : 호흡기 감염증으로 입원한 어린이에서 Mycoplasma pneumoniae(M. pneumoniae) 항체검사와 polymerase chain reaction(PCR)를 실시하여 항체 양성율과 항체 역가와 PCR과의 연관성 및 항체 검사와 PCR법으로 M. pneumoniae 감염으로 진단된 어린이의 흉부 x-선 소견의 특징을 밝히고자 하였다. 방 법 : 2000년 1월부터 2001년 12월까지 원광대학교병원 소아과에 호흡기 감염증으로 입원한 어린이 1979명을 대상으로 M. pneumoniae에 대한 항체검사를 시행하였고 항체가가 1 : 80 이상을 양성으로 하였으며, 이들 중 무작위로 추출된 131 명 환아의 객담에서 PCR을 이용한 검사를 시행하였다. 이들 검사결과 M. pneumoniae 감염으로 진단했던 예에서 흉부 x-선 소견의 양상을 분석하였다. 결 과 : 총 대상 환아중 항체가가 1 : 80 이상으로 양성을 보인 어린이는 499례(25%)이었다. PCR 검사를 시행한 131례 중 86례(66%)에서 음성이었으며 45례(34%)에서 양성이었다. PCR 음성인 86례 중 54례(63%)에서 항체검사 역시 음성이었으며 항체가 1 : 80 이상인 경우는 32례(37%)이었다. PCR 양성인 45례 중 36에서 항체 검사가 양성이었으며 9례는 음성이었다. Mycoplasma 감염으로 진단된 400례 전례에서 객담 그람염색과 일반 세균배양 검사에서 음성이었다. 항체검사 양성인 환아 가운데 흉부 x-선 검사에서 가장 흔한 소견은 간질성 폐침윤으로 266례(53%)이었고 22례(4%)에서 늑막 삼출소견을 보였으며, 129례(26%)에서는 정상 x-선 소견을 보였다. PCR 검사 양성인 45례 가운데 간질성 폐침윤은 32례(71%)이었고 x-선 소견에서 이상을 발견 할 수 없는 경우는 4례(8%)이었다. 결 론 : 호흡기 감염증을 보인 어린이에서 M. pneumoniae 감염에 의한 펴냄의 진단은 PCR 양성인 경우 항체검사 양성율이 높아서 M. pneumoniae에 대한 PCR이 진단에 유용하며, 항체에 양성이며 흉부 x-선 소견은 정상인 예가 적지 않아서 상기도 감염증의 어린이에서 M. pneumoniae 감염이 다소 흔할 것으로 추정된다.

• 대한의생명과학회지
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• 제20권3호
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• pp.139-146
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• 2014

Accurate and rapid diagnosis of dermatophytosis, a disease whose prevalence has been steadily increased, is important for successful treatment. Current laboratory methods for diagnosing dermatophytosis rely on KOH mount and fungal culture method. However, these methods have low sensitivity and are time-consuming (2~4 weeks to diagnosis). In our previous study, a rapid molecular diagnostic assay (PCR-reverse blot hybridization assay, REBA) was developed to identify the following 6 main species of dermatophytes: Trichophyton rubrum, T. mentagrophytes, T. tonsurans, Microsporum canis, M. gypseum, and Epidermophyton floccosum. However, the REBA required more evaluation to validate its use in clinical examinations. The aim of the present study was to evaluate and validate the ability of the PCR-REBA to successfully identify dermatophytes in clinical isolates from dermatophytosis patients. Both conventional identification methods and the PCR-REBA were used to assess the presence of species of dermatophytes in 148 clinical isolates. The results of the two approaches were compared, and discrepancies between the two approaches were resolved by fungal ITS1 sequence analysis. T. rubrum was the most prevalent dermatophyte identified by conventional identification methods (118/148, 79.7%) and the PCR-REBA (131/148, 88.4%). The overall rate of consistency between conventional identification methods and the PCR-REBA was 79.0% (117/148 samples). Fungal ITS1 sequence analysis showed that PCR-REBA results were correct for 93.5% (29/31) of the discrepant samples. The PCR-REBA is rapid, sensitive, and highly specific compared with conventional identification methods. Thus, the PCR-REBA is a potentially useful tool for identifying dermatophytes in clinical settings.

• 한국자원식물학회지
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• 제17권2호
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• pp.116-121
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• 2004

고려 인삼중 폐포와 4등급 이하를 유발시키는 90％이상이 적변삼이라고 불리는 인삼의 표피 색택이 붉은 삼이 그 원인이다. 이러한 적변삼은 미국삼보다는 고려 인삼에 서 다량 발견되는 바, 적변은 유전적 요인이 있다고 사료된다. 그러므로 이 연구의 목적은 RT-PCR을 이용하여 인삼적병에 내성을 가지는 유전자를 탐색하기 위하여 실시되었다. 고려인삼 3년근 1개체 중에서 적변이 발생된 부위와 건전 부위의 RNA를 추출하여 형성된 cDNA를 여러개의 random primer를 사용하여 PCR 증폭을 한 결과 정상 부위의 cDNA에서 발견되지 않는 band가 적변삼의 부위에서 발견되었다. 따라서 band가 형성된 부위의 유전자가 적변과 관련될 가능성이 있는 것으로 사료되고 이러한 유전자는 향후 염기서열을 분석하여 어떠한 유전자인지 판명을 하여야 하며 적변관련 유전자이면 선발마커로서 사용되고 또한 형질전환을 통한 적변내성 인삼계통을 육성할 수 있으며, 만약 적변과 관련이 없는 유전자로 판명된다면 더 많은 primer를 사용하여 적변관련 유전자를 탐색해야 할 것이다.