• 한국식품과학회지
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• 제35권3호
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• pp.470-474
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• 2003

식중독은 세균에 의한 발병이 대부분이다. 따라서 식품에서 식중독 원인균을 신속하게 탐색하게 식중독으로부터의 되면 피해를 줄일 수 있을 것이다. 고전적인 식중독 원인균 탐색은 증균, 선택적 배지를 이용한 isolation, 생화학적 특징을 활용하는 분석이 있으나 많은 시간이 소요되는 단점을 갖고 있었다. 본 연구는 16S rRNA gene(16S rDNA)로부터 얻은 DNA 염기 서열을 이용 식중독 원인균의 특이적 oligonucleotide probe을 제작 reverse dot blot hybridization과 PCR 방법을 이용하여 고전적인 방법보다 빠른 시간 내에 식품에서 원인균을 탐색 할 수 있었다. 우유를 인공적으로 본 연구에서 사용한 균주로 오염시킨 후 DNA를 추출하여 PCR 증폭산물과 oligonucleotide probe를 hybridization 시킨 결과 oligonucleotide probe를 hybridization 시킨 결과 oligonucleotide probe가 위치한 곳에서 발색 반응이 나타났다. 본 연구에서 본 연구를 통해 DNA microchip으로 활용 짧은 시간 내에 많은 종류의 식중독 원인균을 탐색 할 수 있는 가능성을 확인하였다.

• 대한의생명과학회지
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• 제2권2호
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• pp.249-255
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• 1996

토끼 출혈증 바이러스에 감염된 조직을 10% 포르말린 고정, 파라핀 블록으로 보관했던 것으로 표본을 만들고 biotin 표지된 올리고뉴클레오티드 probe를 사용하는 in situ hybridization 기법으로 viral RNA를 조사하였다. in situ hybridization 기법은 핵산을 규명하는 다른 방법들에 비하여 신속하고 특이성인 높은 기법으로 모든 과정이 MicroProbe$^{TM}$ capillary action system에서 1-2시간 이내에 완료된다. Viral RNA는 간세포의 세포질과 신장의 피질에서 주로 관찰되었으나, 폐조직과 신장의 수질에서는 부분적으로 적색신호가 보였다. 비록 기술적인 한계를 가지고 있지만 다른 핵산 진단방법 보다 많은 장점을 가지고 있어 조직 병리학적으로 바이러스 진단하는데 하나의 독특한 기법으로 채용되리라 기대된다.

• 대한의생명과학회지
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• 제2권2호
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• pp.257-265
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• 1996

토끼 바이러스성 출혈증의 원인체를 실험 토끼에 접종하여 증식을 유도하고 간장에서 hematoxylin & eosin 염 색 에서 조직학적 진단과 세포내 viral RNA의 소재를 결정하기 위해 post-unicryl 포매한 block의 절편을 사용하여 단 염색과 전자현미경적 in situ hybridization을 시도하였다. 토끼 출혈증 viral RNA의 보합 결합에 이용하는 probe는 4717에서 4800(84bases)까지 oligonucleotide를 5'말단에 biotin-CE phosphoramidite로 표지하여 사용하였다. 보합결합물의 증명은 신호 표지로서 antibiotin antibody-l0nm gold를 사용하였으며, hybridization이나 증명은 기존 protocol에서 약간의 변법을 사용하였다. 0.02% glutaraldehyde에서 고정하고 unicryl resin 포매한 표본, biotinylated oligonucleotide probe, antibiotin antibody-l0nm gold로 실험한 결과 증강된 신호를 얻을 수 있었다. 특히 전처리를 생략하므로써 실험 과정을 간단하게 하여 신속한 결과를 얻을 수가 있었다. 전자현미경 in situ hybridization을 통하여 토끼 출혈증 바이러스의 주요 표적은 간세포로 감염 세포의 세포질 내 미토콘드리아와 핵 사이에서 immune gold입자가 뚜렷하게 표지 됨으로서 viral RNA를 증명할 수 있었다.

• 자연과학논문집
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• 제5권1호
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• pp.37-45
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• 1992

Neisseria lactamica 2118 의 $\beta$-galactosidase 유전자를 Southern Hybridization 과 colony hybridization을 통하여 Escherichia coli MC 1061에 클로닝 시켰다. $\beta$-Galactosidase 유전자를 함유하는 6.5 Kb EcoR I 단편과 7.2 Kb BamH I 단편들을 pMC 1871의 lac Z 유전자를 probe로 한 Southern hybridization으로 얻고 이들을 pBR 322에 삽입한후 Escherichia coli MC 1061에 형질전환 시키고 이들 형질전환체들을 동일 probe로 colony hybridization 시켜 최종적으로 3주의 $\beta$-galactosidase positive clone들을 얻었다. 이들의 재조합 plasmid에는 Neisseria lactomica 2118 염색체 DNA의 약 7.2Kb BamH I 단편이 삽입되어 있음을 확인 하였고 probe와 상동성이 가장 강한것으로 추정되는 pNL 24에 대한 제한효소지도를 작성 하였다.

• 대한전기학회:학술대회논문집
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• 대한전기학회 2003년도 추계학술대회 논문집 전기물성,응용부문
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• pp.89-91
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• 2003

The determination of DNA hybridization reaction can apply the molecular biology research, clinic diagnostics, bioengineering, environment monitoring, food science and other application area. So, the improvement of DNA detection system is very important for the determination of this hybridization reaction. In this study, we report the characterization of the probe and target oligonucleotide hybridization reaction using the evanescent field microscopy. First, we have fabricated DNA chip microarray. The particles which were immobilized oligonucleotides were arranged by the random fluidic self-assembly on the pattern chips, using hydrophobic interaction. Second, we have detected DNA hybridization reaction using evanescent field microscopy. The 5'-biotinylated probe oligonucleotides were immobilized on the surface of DNA chip microarray and the hybridization reaction with the Rhodamine conjugated target oligonucleotide was excited fluorescence generated on the evanescent field microscopy. In the foundation of this result, we could be employed as the basis of a probe olidonucleotide, capable of detecting the target oligonucleotide and monitoring it in a large analyte concentration range and various mismatching condition.

• KIEE International Transactions on Electrophysics and Applications
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• 제11C권3호
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• pp.85-90
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• 2001

The determination of DNA hybridization reaction can apply the molecular biology research, clinic diagnostics, bioengineering, environment monitoring, food science and other application area. So, the improvement of DNA detection system is very important for the determination of this hybridization reaction. In this study, we report the characterization of the probe and target oligonucleotide hybridization reaction using the evanescent field microscopy. First, we have fabricated DNA chip microarray. The particles which were immobilized oligonucleotides were arranged by the random fluidic self-assembly on the pattern chips, using hydrophobic interaction. Second, we have detected DNA hybridization reaction using evanescent field microscopy. The 5'-biotinylated probe oligonucleotides were immobilized on the surface of DNA chip microarray and the hybridization reaction with the Rhodamine conjugated target oligonucleotide was excited fluorescence generated on the evanescent field microscopy. In the foundation of this result, we could be employed as the basis of a probe olidonucleotide, capable of detecting the target oligonucleotide and monitoring it in a large analyte concentration range and various mismatching condition.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제15권2호
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• pp.116-121
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• 1987

Enterobacter agglomerans의 질소고정유전자에 대한 연구가 보고된 바가 없으므로 이 질소고정유전자의 특성을 연구할 목적으로 국내 논의 흙에서 분리한 질소고정활성을 갖는 E. agglomerans NFB-264의 질소고정유전자를 cloning 하였다. E. agglomerans NFB-264의 total DNA를 Hind III로 절단하여 부분적으로 pBR 322에 연결하여 Escherichia coli K060에 도입한 후 negative selection 및 colony hybridization 방법으로 형질전환미생물을 선별하였다. 형질전환미생물로부터 recombinant plasmid인 pNEL10과 pNES20을 얻었다. pNEL 10은 nif Q-X probe DNA와 hybridization 되는 12Mdal의 삽입외래 DNA를 함유하였으며, pNES20은 nif NE와 nif YK probe DNA와 hybridization 되는 5 Mdal의 외래 DNA가 삽입되어 있었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제20권4호
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• pp.483-490
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• 1992

수계 환경에서 일어나는 유전자의 전이행방을 이해하기 위하여, conjugation에 의하여 전이되는 kanamycin 내성 ($Km^r$) 유전자에 대하여 DNA probe를 이용하여 Southern hybridization 방법으로 추적하였다. 자연계로부터 분리한 $Km^r$ 세균과 $Km^r$ 유전자를 유전자 조작기법으로 변형시킨 GMM 균주들을 donor로 하여 conjugation을 했을 때, $Km^r$ 유전자는 자연계 분리 균주에서보다 수질환경에 관계없이 10~00배 잘 전이되었다. LB 배지에서 GMM 균주의 $Km^r$ 유전자가 전이된 conjugant에서는 새로 생성되는 plasmid가 많이 나타났고 AW와 FW에서는 conjugation 시간에 따라 plasmid의 재배열 현상이 다양하였다. LB에서 얻은 conjugant들의 plasmid에 대하여 $Km^r$ DNA probe로 Southern analysis를 한 결과, plasmid의 재배열이 다양함에도 불구하고 conjugant들의 $Km^r$ plasmid는 donor에서와 같은 위치에서 hybridization signal이 나타났다. 그러나 AW에서 50시간 conjugation시켰을 때 DKI의 pDK101과 DKC601의 pDT529, 그리고 AW에서 30시간 conjugation 시켰을 때 DKC600의 pDK101은 전혀 나타나지 않고, 소실되었다. 또 전이된 $Km^r$ plasmid의 크기는 AW와 FW의 수질에 따라 약간 변화되어 나타났다. 그러므로 DNA probe에 의한 Southern hybridization 방법은 수질환경에서 특정 유전자의 전이행방을 추적하는데 매우 유용하다고 판단된다.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제26권2호
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• pp.365-375
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• 1996

5 serotypes(a, b, c, d, e) of Actinobacillus actinomycetemcomitans showed distinct hybridization patterns(DNA fingerprinting patterns) when the bacterial DNA were hybridized with randomly cloned 4.7-Kb sized DNA probe. The sizes of hybridized bands in each serotypes were different among serotypes and represented unique patterns of hybridization with the probe used. The serotype a showed two bands of fingerprinting patterns: 23.1 kb and 2.5 kb respectively. Serotype b and c showed single band: 6.6 kb and 9.5 kb, respectively. Serotype d and e showed two bands of hybridization: 23.1 kb and 2.8 kb, and 23.7 kb and 2.1 kb, respectively. The results indicate that this standard fingerpriting patterns of DNA hybridization with 4.7 kb probe can be further used for genotyping clinical isolates of Actinobacillus 8ctinomycetemcomitansand its relevance with periodontal disease activity.

• 대한수의학회지
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• 제43권3호
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• pp.477-483
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• 2003

Molecular diagnostic techniques have been used to identify porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), a causative agent of acute enteritis in swine, but they were difficult to be petformed and time-consuming. To detect PEDV in a rapid and easy way, we developed biotinylated cDNA probe for N gene encoding the nucleoproteins of PEDV. Formalin-fixed and paraffin-embedded tissues from 24 naturally infected pigs were used for the experiment. The ISH produced a positive reaction in all cases. When intestinal tissues were hybridized with PEDV probe, strong signals were seen in the villus enterocytes of the jejunum and ileum. Hybridization signals were also found in the duodenum from one pig and in colon from dnother. In conclusion, ISH with a biotinylated cDNA probe was provided to be a useful diagnostic method for detecting PEDV effectively in routinely processed tissue sections.