Recently, the gene expression data, product of high-throughput technology, appeared in earnest and the studies related with it (so-called bioinformatics) occupied an important position in the field of biological and medical research. The microarray is a revolutionary technology which enables us to monitor several thousands of genes simultaneously and thus to gain an insight into the phenomena in the human body (e.g. the mechanism of cancer progression) at the molecular level. To obtain useful information from such gene expression measurements, it is essential to analyze the data with appropriate techniques. However the high-dimensionality of the data can bring about some problems such as curse of dimensionality and singularity problem of matrix computation, and hence makes it difficult to apply conventional data analysis methods. Therefore, the development of method which can effectively treat the data becomes a challenging issue in the field of computational biology. This research focuses on the gene selection and classification for cancer subtype discrimination based on gene expression (microarray) data.
Communications for Statistical Applications and Methods
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제14권3호
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pp.687-698
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2007
A normal mixture model with which dependence between classes is incorporated is proposed in order to detect differentially expressed genes. Gene clustering approaches suffer from the high dimensional column of microarray expression data matrix which leads to the over-fit problem. Various methods are proposed to solve the problem. In this paper, use of simple averaging data within each class is proposed to overcome the various problems due to high dimensionality when the normal mixture model is fitted. Some experiments through simulated data set and real data set show its availability in actuality.
Kakavand, Mohsen;Mustapha, Norwati;Mustapha, Aida;Abdullah, Mohd Taufik
KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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제10권8호
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pp.3884-3910
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2016
Intrusion Detection System (IDS) in general considers a big amount of data that are highly redundant and irrelevant. This trait causes slow instruction, assessment procedures, high resource consumption and poor detection rate. Due to their expensive computational requirements during both training and detection, IDSs are mostly ineffective for real-time anomaly detection. This paper proposes a dimensionality reduction technique that is able to enhance the performance of IDSs up to constant time O(1) based on the Principle Component Analysis (PCA). Furthermore, the present study offers a feature selection approach for identifying major components in real time. The PCA algorithm transforms high-dimensional feature vectors into a low-dimensional feature space, which is used to determine the optimum volume of factors. The proposed approach was assessed using HTTP packet payload of ISCX 2012 IDS and DARPA 1999 dataset. The experimental outcome demonstrated that our proposed anomaly detection achieved promising results with 97% detection rate with 1.2% false positive rate for ISCX 2012 dataset and 100% detection rate with 0.06% false positive rate for DARPA 1999 dataset. Our proposed anomaly detection also achieved comparable performance in terms of computational complexity when compared to three state-of-the-art anomaly detection systems.
While healthcare data sets include extensive information about patients, many researchers have limitations in analyzing them due to their intrinsic characteristics such as heterogeneity, longitudinal irregularity, and noise. In particular, since the majority of medical history information is recorded in text codes, the use of such information has been limited due to the high dimensionality of explanatory variables. To address this problem, recent studies applied word embedding techniques, originally developed for natural language processing, and derived positive results in terms of dimensional reduction and accuracy of the prediction model. This paper reviews the deep learning-based natural language processing techniques (word embedding) and summarizes research cases that have used those techniques in the health care field. Then we finally propose a research framework for applying deep learning-based natural language process in the analysis of domestic health insurance data.
대표적인 딥러닝(deep learning) 기법 중 하나인 Convolutional Neural Network(CNN)은 고수준의 공간-분광 특징을 추출할 수 있어 초분광 영상 분류(Hyperspectral Image Classification)에 적용하는 연구가 활발히 진행되고 있다. 그러나 초분광 영상은 높은 분광 차원이 학습 과정의 시간과 복잡도를 증가시킨다는 문제가 있어 이를 해결하기 위해 기존 딥러닝 기반 초분광 영상 분류 연구들에서는 차원축소의 목적으로 Principal Component Analysis (PCA)를 적용한 바 있다. PCA는 데이터를 독립적인 주성분의 축으로 변환시킬 수 있어 분광 차원을 효율적으로 압축할 수 있으나, 분광 정보의 손실을 초래할 수 있다. PCA의 사용 유무가 CNN 학습의 정확도와 시간에 영향을 미치는 것은 분명하지만 이를 분석한 연구가 부족하다. 본 연구의 목적은 PCA를 통한 분광 차원축소가 CNN에 미치는 영향을 정량적으로 분석하여 효율적인 초분광 영상 분류를 위한 적절한 PCA의 적용 방법을 제안하는 데에 있다. 이를 위해 PCA를 적용하여 초분광 영상을 축소시켰으며, 축소된 차원의 크기를 바꿔가며 CNN 모델에 적용하였다. 또한, 모델 내의 컨볼루션(convolution) 연산 방식에 따른 PCA의 민감도를 분석하기 위해 2D-CNN과 3D-CNN을 적용하여 비교 분석하였다. 실험결과는 분류정확도, 학습시간, 분산 비율, 학습 과정을 통해 분석되었다. 축소된 차원의 크기가 분산 비율이 99.7~8%인 주성분 개수일 때 가장 효율적이었으며, 3차원 커널 경우 2D-CNN과는 다르게 원 영상의 분류정확도가 PCA-CNN보다 더 높았으며, 이를 통해 PCA의 차원축소 효과가 3차원 커널에서 상대적으로 적은 것을 알 수 있었다.
최근 데이타마이닝 응용분야에서는 고차원 대용량 데이타가 요구되고 있다. 그러나 기존의 대부분의 데이타마이닝을 위한 알고리즘들은 소위 차원의 저주(dimensionality curse)[1] 문제점과 이용 가 능한 메모리의 한계 때문에 고차원 대용량 데이타에는 비효율적이다. 따라서, 본 논문에서는 이러한 문제 점을 해결하기 위해서 셀-기반 클러스터링 방법을 제안한다. 제안하는 진-기반 클러스터링 방법은 고차원 대용량 데이타를 효율적으로 처리하기 위한 셀 구성 알고리즘과 필터링에 기반한 저장인덱스 구조를 제공 한다. 본 논문에서 제안한 셀-기반 클러스터링 방법을 (CLQUE 방법과 클러스터링 시간, 정확율, 검색시 간 관점에서 성능을 비교한다. 마지막으로, 실험결과 제안하는 셀-기반 클러스터링 방법이 CLIQUE 방법 에 비해 성능이 우수함을 보인다
점점 더 고도화되고 있는 랜섬웨어 공격을 기계학습 기반 모델로 탐지하기 위해서는, 분류 모델이 고차원의 특성을 가지는 학습데이터를 훈련해야 한다. 그리고 이 경우 '차원의 저주' 현상이 발생하기 쉽다. 따라서 차원의 저주 현상을 회피하면서 학습모델의 정확성을 높이고 실행 속도를 향상하기 위해 특성의 차원 축소가 반드시 선행되어야 한다. 본 논문에서는 특성의 차원이 극단적으로 다른 2종의 데이터세트를 대상으로 3종의 기계학습 모델과 2종의 특성 추출기법을 적용하여 랜섬웨어 분류를 수행하였다. 실험 결과, 이진 분류에서는 특성 차원 축소기법이 성능 향상에 큰 영향을 미치지 않았으며, 다중 분류에서도 데이터세트의 특성 차원이 작을 경우에는 동일하였다. 그러나 학습데이터가 고차원의 특성을 가지는 상황에서 다중 분류를 시도했을 경우 LDA(Linear Discriminant Analysis)가 우수한 성능을 나타냈다.
본 연구는 노이즈 필터링과 차원축소 등의 방법을 이용하여 텍스트 지표의 정상화에 대해 검토하고 실증 분석을 통해 동 지표의 활용가능성을 제고할 수 있는 후처리 과정을 탐색하고자 하였다. 실증분석에 대한 예측 목표 변수로 월별 선행지수 순환 변동치, BSI 전산업 매출실적, BSI 전산업 매출전망 그리고 분기별 실질 GDP SA전기비와 실질 GDP 원계열 전년동기비를 상정하고 계량경제학에서 널리 활용되는 Hodrick and Prescott 필터와 비모수 차원축소 방법론인 충분차원축소를 비정형 텍스트 데이터와 결합하여 분석하였다. 분석 결과 월별과 분기별 변수 모두에서 자료의 수가 많은 경우 텍스트 지표의 노이즈 필터링이 예측 정확도를 높이고, 차원 축소를 적용함에 따라 보다 높은 예측력을 확보할 수 있음을 확인하였다. 분석 결과가 시사하는 바는 텍스트 지표의 활용도 제고를 위해서는 노이즈 필터링과 차원 축소 등의 후처리 과정이 중요하며 이를 통해 경기 예측의 정도를 높일 수 있다는 것이다.
In this paper, we present a new algorithm for high dimensional data reduction based on wavelet decomposition and Genetic Algorithm (GA). Comparative results show the superiority of our algorithm for dimensionality reduction and accuracy improvement.
An identification and characterization of susceptibility genes for common complex multifactorial diseases is a challengeable task, in which the effect of single genetic variation will be likely dependent on other genetic variations(gene-gene interaction) and environmental factors (gene-environment interaction). To address is issue, the multifactor dimensionality reduction (MDR) has been proposed and implemented by Ritchie et al. (2001), Moore et al. (2002), Hahn et al.(2003) and Ritchie et al. (2003). With MDR, multilocus genotypes effectively reduce the dimension of genotype predictors from n to one, which improves the identification of polymorphism combinations associated with disease risk. However, MDR cannot handle missing observations appropriately, in which missing observation is treated as an additional genotype category. This approach may suffer from a sparseness problem since when high-order interactions are considered, an additional missing category would make the contingency table cells more sparse. We propose a new MDR approach with minimum loss of sample sizes by considering missing data over all possible multifactor classes. We evaluate the proposed MDR by using the prediction errors and cross validation consistency.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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