This study presents a linkage disequilibrium (LD) analysis and effective population size ($N_e$) for the entire Hanwoo Korean cattle genome, which is the first LD map and effective population size estimate ever calculated for this breed. A panel of 4,525 markers was used in the final LD analysis. The pairwise $r^2$ statistic of SNPs up to 50 Mb apart across the genome was estimated. A mean value of $r^2$ = 0.23 was observed in pairwise distances of <25 kb and dropped to 0.1 at 40 to 60 kb, which is similar to the average intermarker distance used in this study. The proportion of SNPs in useful LD ($r^2{\geq}0.25$) was 20% for the distance of 10 and 20 kb between SNPs. Analyses of past effective population size estimates based on direct estimates of recombination rates from SNP data demonstrated that a decline in effective population size to $N_e$ = 98.1 occurred up to three generations ago.
Seul, Lee;Youl Chang, Baek;Mingyung, Lee;Seoyoung, Jeon;Han Tae, Bang;Seongwon, Seo
Animal Bioscience
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제36권2호
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pp.238-247
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2023
Objective: Recently, indigenous Korean grass Sasa quelpaertensis Nakai (SQ) has garnered much interest as a roughage source for livestock to mitigate its adverse effects on habitat diversity. Thus, the objective of the present study was to evaluate the ruminal fermentation, palatability, and nutrient digestibility of SQ for Korean native beef cattle (Hanwoo) using in vitro rumen fermentation, in situ rumen degradability, and in vivo feeding trials. Methods: Using in vitro tests with rumen fluid as the inoculum for 48 h, ruminal fermentation of SQ was evaluated and compared with that of other roughage sources commonly used in Korea (i.e., rice straw, Timothy hay, and Italian ryegrass [IRG]). Additionally, an in situ trial 96 h was performed using three cannulated Hanwoo steers. Further, an in vivo trial was performed using eight Hanwoo steers to compare the palatability of SQ with rice straw in total mixed ration (TMR) and forage-concentrate separate feeding conditions. Finally, an in vivo digestibility trial of SQ fed as TMR of two particle sizes was performed with four Hanwoo steers. Results: In vitro and in situ trials revealed that SQ was comparable or superior to rice straw in terms of the ruminal fermentation characteristics of pH, gas production, total volatile fatty acid content, and effective ruminal dry matter digestibility (DMD), although its fermentability was lower than that of Timothy hay and IRG. In the palatability test, steers showed a greater preference for SQ when given as TMR. The total tract DMD of SQ fed as TMR was 75.9%±1.37%, and it did not differ by particle size. Conclusion: The feed value of SQ as a roughage source for Hanwoo steers is comparable or superior to that of rice straw, particularly when provided as TMR.
Cocklebur poisoning in livestock can cause sudden death, with clinical signs include depression, inappetite, blindness, reluctance to move, hypersensitivity, ataxia and coma. The cause of cocklebur poisoning is ingestion of cocklebur sprout or seed, which contains carboxyatractyloside. In December 2020, a 47 month-old Hanwoo suddenly developed ataxia, and died after several hours. Hay mixed cocklebur seeds was fed to Hanwoo for 4 days before the symptoms. At autopsy, petechia and ecchymosis were seen on serous membrane of rumen and intestines. Peritoneal cavities contained a yellowish fluid and, hypoglycemia (Glu <20 mg/dL) was measured in blood test result. Microscopic lesions were karyolysis of centriloular hepatocyte and hemorrhage. Based on autopsy, blood and histopathological test, we diagnosed this case as cocklebur poisoning in Hanwoo.
본 연구는 인공수정 기법을 이용한 칡소의 증식효율을 검토하고자 칡소 종모우의 정액을 채취하여 종모우별 정액성상, 동결융해 후 정액의 특성, 수태율 평가를 위한 체외수정 및 인공수정 후 수태율과 송아지의 모색 분포 등에 대하여 검토하였다. 정액은 호반모를 가진 수컷 6두에서 채취하였으며, 동결 융해 후 체외수정을 실시하였다. 총 18두의 칡소 및 일반 한우 암컷에 인공수정 후 수태율을 확인하였고, 생산된 40두의 송아지를 대상으로 모색을 분석하였다. 칡소 정액의 동결 전 일반 성상은 개체 간에 차이가 없었으며, 동결 후의 생존율과 활력에서도 개체별 차이가 없었다. 체외수정에 의한 수정 능 분석 결과, 수정율에는 차이가 없었으나 배반포 발육율이 일반 한우에 비하여 칡소 정액 체외수정 시 25.9%로 유의하게 높았다(p<0.05). 인공수정 후 임신율에는 일반 한우와 칡소 간에 차이가 없었다. 칡소 정액의 인공수정 후 태어난 송아지의 모색 표현형은 40두의 송아지 중 호반모(Tiger)가 17두(42.5%)로, 황흑모, 흑황모, 흑모 및 황모에 비하여 높았으나 전체적으로 낮은 발현율을 나타내었다. 또한 호반모 암컷에 인공수정한 경우에도 55%의 송아지만 호반모로 발현되었다. 이상의 결과는 인공수정에 의한 칡소의 증식이 가능하나 호반모 칡소의 발현 빈도를 높이기 위한 연구가 필요할 것으로 사료된다.
Sterol regulatory element binding factor 1 (SREBF1) and fatty acid synthase (FASN) genes play an important role in the biosynthesis of fatty acids and cholesterol, and in lipid metabolism. This study used polymorphisms in the intron 5 of bovine SREBF1 and in the thioesterase (TE) domain of FASN genes to evaluate their associations with beef fatty acid composition. A previously identified 84-bp indel (L: insertion/long type and S: deletion/short type) of the SREBF1 gene in Korean cattle had significant associations with the concentration of stearic (C18:0), linoleic (C18:2) and polyunsaturated fatty acids (PUFA). The stearic acid concentration was 6.30% lower in the SS than the LL genotype (p<0.05), but the linoleic and PUFA contents were 11.06% and 12.20% higher in SS compared to LL (p<0.05). Based on the sequence analysis, five single nucleotide polymorphisms (SNPs) g.17924G>A, g.18043C>T, g.18440G>A, g.18529G>A and g.18663C>T in the TE domain of the FASN gene were identified among the different cattle breeds studied. Among these, only g.17924 G>A and g.18663C>T SNPs were segregating in the Hanwoo population. The g.17924G>A SNP is a non-synonymous mutation (thr2264ala) and was significantly associated with the contents of palmitic (C16:0) and oleic acid (C18:1). The oleic acid concentration was 3.18% and 2.79% higher in Hanwoo with the GG genotype than the AA and AG genotypes, respectively (p<0.05), whereas the GG genotype had 3.8% and 4.01% lower palmitic acid than in those cattle with genotype AA and AG, respectively (p<0.05). Tissue expression data showed that SREBFI and FASN genes were expressed in a variety of tissues though they were expressed preferentially in different muscle tissues. In conclusion, the 84-bp indel of SREBF1 and g.17924G>A SNP of the FASN gene can be used as DNA markers to select Hanwoo breeding stock for fatty acid composition.
This study was performed to evaluate the effect of heat stress on the status of physiological responses, blood parameter, serum T3 and cortisol, and heat shock proteins (HSP 27, 70, and 90) of Hanwoo cattle. Six Hanwoo steers (242.8 ± 7.2 kg of BW) were housed in the climate-controlled respiration chambers. The experiment consisted of 7 days (control; 0 day) at thermoneutral (air temperature (Ta) of 15℃ and relative humidity (RH) of 60%; temperature-humidity index (THI) = 64), and by 3 and 6 days (treatment groups) at heat stress (Ta of 35℃ and RH of 60%; THI = 87). Body temperature of each parts (frank, rump, perineum and foot) and rectal temperature elevated in heat stress groups (3 days and 6 days) than the control group (0 day). Respiration rates increased in 3 days and 6 days (88.5 ± 0.96 bpm and 86.3 ± 0.63 bpm, respectively) from 0 days (39.5 ± 0.65 bpm). Feed intake significantly decreased in heat stress groups (3 days and 6 days, 3.7 ± 0.14 kg and 4.0 ± 0.15 kg, respectively) than the control group (0 day, 5.0 ± 0.00 kg). In addition, final BW significantly decreased in heat stress groups (3 days and 6 days, 211.8 ± 4.75 kg and 215.5 ± 3.50 kg, respectively) than the control group (0 day, 240.0 ± 25.00 kg). However, heat stress has no significant effect on blood parameter, serum T3 and cortisol. Nevertheless, heat stress increased HSPs mRNA expression in liver tissue, and serum concentration of HSPs. Despite Hanwoo cattle may have high adaptive ability to heat stress, our results suggested that heat stress directly effect on body temperature and respiration rate as well as serum and tissue HSPs. Therefore, we are recommended that HSPs could be the most appropriate indicators of Hanwoo cattle response to heat stress.
Spermatozoa sorted by flow cytometry have been successfully used to produce offspring in domestic animals and are commercially available for cattle. Also sheath fluid is the important environment for viability of sex-sorted sperm in flow cytometry. The aim of this study was to investigate whether or not HEPES (N-2-hydroxyethylpiperazine-N'-2-Ethanesulfonic acid) has any effect on the viability in sex-sorted Hanwoo (Korean native cattle) sperm. In this study, the semen was collected from Hanwoo of Hoengseong Livestock Cooperation by artificial vagina method then pooled and subjected to cryopreservation in straws. Sperm were cultured for 0, 30, 60 and 120 min with 0, 2.5, 5, 7.5 and 10 mM of HEPES added to the sheath fluid and incubated at 4, 20 and 38$^{\circ}C$, respectively. For the cytometric analysis the frozen-thawed semen was extended with 5 mM HEPES extender to final concentration ($2{\times}10^7$ spermatozoa) at 4, 20 and 37$^{\circ}C$. Sperm viability was assessed with SYBR-14 and propidium iodide (PI) staining. This study shows that the viability of sperm was decreased with prolongation of incubation time in all of test. But the viability of sperm which were treated with 38$^{\circ}C$ was gently decreased than that of treated with other temperature. The viability of the control was sharply decreased (p<0.05) than all of the HEPES treatment group at 60 to 120 min in 38$^{\circ}C$. X-sexed sperm was more sensitive than Y-sexed sperm to temperature during f10w cytometry (p<0.05). In conclusion, the results of this study suggest that the sheath fluid with 5 mM HEPES has effect on maintenance of viability after sperm sexing at 37$^{\circ}C$ in Hanwoo.
서로 다른 고도에서 사육하고 있는 2-3세령의 수컷, 건강한 비육 한우를 세 그룹(600 m, n=50; 200-400 m, n=58; 0 m n=49)으로 나누어 혈액 및 혈청검사 그리고 면역항체가 검사를 실시 하였다. 고도를 제외한 일반 사육 환경과 식이 및 축사의 형태는 매우 비슷한 조건이였으며 질병이 확인 된 개체는 통계에서 제외 하였다. 경정맥에서 채취한 혈액은 일반혈액검사 중 WBC, RBC, Hb, PCV 를, 혈청화학검사 중 AST, LDH, TBL를 집중적으로 비교 분석하였으며 또한 면역학적 검사를 실시하였다. 고도가 높은 그룹이 낮은 그룹에 비하여 CBC에서는 조금 높게 나타났으며, 혈청검사에서는 평지에서 사육된 한우가 조금 높게 나왔다. 그러나 모두가 정상범위를 벗어나거나 통계적으로 유의한 수준의 차이를 보이지 않았다. 이러한 결과는 지금까지 알려진 대부분의 연구결과와는 차이가 있는 것이다. 본 연구와 지금까지의 알려진 연구와의 이러한 차이는 과거의 연구들은 고도의 차이가 현저한 경우가 대부분이었으나 본 연구에서 조사한 지역은 서로 고도가 비슷한 점에서 생긴 결과라고 여겨지며, 특히 고도가 600m 이하인 지형에서는 서로 큰 영향을 받지 않는 것으로 생각된다. 따라서 한우의 경우 목장 시설의 건축시 지형에 따른 어려움과 주변에서 들여오는 조사료의 수송에 따른 경제적 불리, 축산폐수 처리는 물론 퇴비의 활용 등 전반적인 목장 관리 면에서 고도가 높은 산지 보다는 평지가 권장된다.
본 연구는 한우의 모색발현에 정확히 어떤 유전자가 어떤 유전기작에 의해 관여하고 있는가를 규명하고자 황갈색의 모색을 지닌 한우와 검정모색을 지닌 홀스타인과의 교배를 통해 만든 F2집단의 DNA를 이용하여, MC1R, ASIP 및 TYRP1 유전자형과 한우모색 발현양상을 연관분석 하였으며, 또 한우 집단내에서의 이들 유전자형 빈도를 조사하여 황갈색 한우모색 다양성과 후보유전자 변이의 연관성연구에 필요한 정보를 제공하고자 하였다. MC1R 유전자의 경우 황갈색을 지닌 3두의 유전자형은 모두 e/e 형으로 밝혀졌으며, 검정모색을 지니고 태어난 나머지 3두의 두 좌위에서의 유전자형은 ED/e임을 확인하였는데 황갈색과 검정모색의 비율이 1:1로 나온다는 것은 MC1R 단일유전자가 한우의 모색에 중요한 영향을 미치는 것으로 사료된다. MC1R 이외의 모색발현에 영향을 줄 수 있는 ASIP와 TYRP1 유전자들은 F2 집단에서 염기서열을 분석한 결과 이들 유전자들이 한우 황갈색모색에 주된 영향을 미치지 않는 것으로 나타났다. 하지만 TYRP1 유전자에서 발견된 329번 (Glu329Lys) 아미노산 변이는 TYRP1 단백질의 구조와 화학적 성질에 영향을 줄 수 있는 것으로 사료되어 한우집단에서 황갈색바탕의 모색변이에 영향을 줄 수 있는지에 대한 추가적인 연구가 이루어져야 할 것이다.
The difference in the breeding programs and population history may have diversely shaped the genomes of Korean native cattle breeds. In the absence of phenotypic data, comparisons of breeds that have been subjected to different selective pressures can aid to identify genomic regions and genes controlling qualitative and complex traits. In this study to decipher genetic variation and identify evidence of divergent selection, 3 Korean cattle breeds were genotyped using the recently developed high-density GeneSeek Genomic Profiler F250 (GGP-F250) array. The three Korean cattle breeds clustered according to their coat color phenotypes and breeding programs. The Heugu breed reliably showed smaller effective population size at all generations considered. Across the autosomal chromosomes, 113 and 83 annotated genes were identified from Hanwoo-Chikso and Hanwoo-Heugu comparisons, respectively of which 16 genes were shared between the two pairwise comparisons. The most important signals of selection were detected on bovine chromosomes 14 (24.39-25.13 Mb) and 18 (13.34-15.07 Mb), containing genes related to body size, and coat color (XKR4, LYN, PLAG1, SDR16C5, TMEM68, CDH15, MC1R, and GALNS). Some of the candidate genes are also associated with meat quality traits (ACSF3, EIF2B1, BANP, APCDD1, and GALM) and harbor quantitative trait locus (QTL) for beef production traits. Further functional analysis revealed that the candidate genes (DBI, ACSF3, HINT2, GBA2, AGPAT5, SCAP, ELP6, APOB, and RBL1) were involved in gene ontology (GO) terms relevant to meat quality including fatty acid oxidation, biosynthesis, and lipid storage. Candidate genes previously known to affect beef production and quality traits could be used in the beef cattle selection strategies.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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