• Journal of Photoscience
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• 제9권2호
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• pp.102-105
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• 2002

Phoborhodopsin (pR or sensory rhodopsin II, sRII; the absorption maximum of ∼ 500 nm) is a retinoid protein and works as a photoreceptor of the negative phototaxis of Halobacterium salinarum. pharaonis phoborhodopsin (ppR or pharaonis sensory rhodopsin II, psRII) is a corresponding protein of Natronobacterium pharaonis. These sensory proteins form a complex with a cognate transducer protein in the membrane, and this complex transmits the light-signal to the cytoplasm to evoke avoidance reaction from blue-green light. Recently, the functional expression in Escherichia coli membrane of ppR was achieved, which can afford a large amount of the protein and enables mutant studies to clarify the role of various amino acid residues. A truncated transducer which can bind to ppR is also expressed in Escherichia. coli membrane. In this article, we will review properties of ppR mainly using observations of our laboratory; which contains photochemistry (photocycle), light-driven proton uptake, release and transport, F -helix titling during photocycle and association of the transducer.

• 미생물학회지
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• 제30권6호
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• pp.456-459
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• 1992

Halobacteria 의 gvpD. gvpE 유전자는 가스포 형성에 관여하는 유전자로, 이들은 그 transcripts 의 분석에 있어 특유의 연약성 때문에 많은 실험상의 문제를 야기시키고 있다. 본 실험은 연약한 mRNA 를 reverse transcriptase 를 사용, DNA 로 바꾸고 이를 다시 PCR(Polymerase Chain Reaction) 방법으로 증폭시킴으로써, 유전자의 연약한 mRNA 를 다시 상보적인 안정한 DNA 로 대치케 하여 RNA 상의 cloning, RNA sequencing 을 용이하게 하였다. 결과는 유전자 gvpD 에서 거의 전 ORF(Open Reading Frame) 의 범위에서 northern hybridization 에서 발견치 못한 transcipts 를 확인할 수 있었다.

• Journal of Photoscience
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• 제9권2호
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• pp.534-536
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• 2002

A halophilic archaeon, Halobacterium salinarum, exhibits phototactic behaviors, by which the organism is guided to red-orange light and evades shorter wavelengths of light. The phototaxis is mediated by two retinal proteins, sensory rhodopsin I and II (SRI and SRII), whose structures are analogous to the cognate protein bacteriorhodopsin, a light-driven proton pump. SRI mediates both attractant and repellent swimming behaviors to orange light and near- UV light, respectively. The two different signaling through the single photoreceptor have been ascribed to the presence of two active structures of SRI (S$\_$373/ and P$\_$520), which are produced upon orange light illumination of SRI and upon subsequent near-UV illumination of S$\_$373/, respectively. In the present study, we have measured the difference FTIR spectra of S$\_$373/ and P$\_$520/ states. In P$\_$520/, the isomeric structure of the chromophore is assignable to all-trans, and the Schiff base of the chromophore is protonated with concomitant deprotonation of Asp76, a combination which allows for the formation of a salt bridge between them. It was suggested that the way of interaction between the Schiff base and the counterion, which is different among SRI$\_$587/, S$\_$373/ and P$\_$520/ and which has been shown to drive the conformational changes in the cognate protein, bacteriorhodopsin, is the key to controlling conformational changes for the attractant and the repellent signaling by SRI.

• 한국식품영양과학회지
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• 제25권5호
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• pp.885-891
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• 1996

전통발효 식품인 멸치 젓갈은 영양적 특성과 우수한 기능성으로 인하여 한국적인 식단에서 매우 중요한 부분을 차지하고 있는 조미식품 중의 하나이다. 멸치젓갈은 원료와 제조 기법상에 있어서 위생학적인 안정성과 함께 개선해야 할 많은 문제점을 가지고 있다. 따라서 본 연구에서는 주로 멸치 젓갈의 숙성에 관여하는 미생물상과 미생물의 분리 방법 그리고 최종 제품의 품질향상을 위하여 추진해야 할 연구 방향 등에 대하여 고찰하였다. 멸치젓갈에 관여하는 미생물은 세균속에서는 Bacillus sp., Pseudomonas sp., Pediococus sp. 및 Micrococcus sp. 등의 균속이 우세하며, 그 외 Vibrio sp., Clostridium sp., Serratia sp., Achromobacter sp., Streptococcus sp., Brevibacterium sp., Halobacterrium sp., Flavobacterium sp., Corynebacterium sp., Acinetobacter sp., Sarcina sp.와 Staphylococcus sp. 등이, 효모균속에서는 Torulopsis sp. 및 Saccharomyces sp. 등이 분리되는 것으로 보고되었다. 젓갈 제조 공정의 과학화와 제품의 균일성을 위해서는 이러한 복합 미생물 중 우수균주를 유전자 조작으로 개량시켜 발효 및 숙성 기간의 단축과 동시에 최종제품의 품질을 향상시킨다. 그리고 품질표준화를 위해서는 유용미 생물을 탐색하여 다양한 제품 개발과 아울러 최종제품의 상품성을 유지 할 수 있는 위생학적인 관리로써 유통 안정성을 확보하여야 할 것이다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제24권5호
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• pp.597-604
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• 2014

$\small{D}$-Phenylglycine aminotransferase ($\small{D}$-PhgAT) from Pseudomonas stutzeri ST-201 is useful for enzymatic synthesis of enantiomerically pure $\small{D}$-phenylglycine. However, its low protein solubility prevents its application at high substrate concentration. With an aim to increase the protein solubility, the N-terminus of $\small{D}$-PhgAT was genetically fused with short peptides ($A_1$ ${\alpha}$-helix, $A_2$ ${\alpha}$-helix, and ALAL, which is a hybrid of $A_1$ and $A_2$) from a ferredoxin enzyme of a halophilic archaeon, Halobacterium salinarum. The fused enzymes $A_1$-$\small{D}$-PhgAT, $A_2$-$\small{D}$-PhgAT, and ALAL-$\small{D}$-PhgAT displayed a reduced pI and increased in solubility by 6.1-, 5.3-, and 8.1- fold in TEMP (pH 7.6) storage, respectively, and 5-, 4.5-, and 5.9-fold in CAPSO (pH 9.5) reaction buffers, respectively, compared with the wild-type enzyme (WT-$\small{D}$-PhgAT). In addition, all the fused $\small{D}$-PhgAT displayed higher enzymatic reaction rates than the WT-DPhgAT at all concentrations of L-glutamate monosodium salt used. The highest rate, $23.82{\pm}1.47$ mM/h, was that obtained from having ALAL-$\small{D}$-PhgAT reacted with 1,500 mM of the substrate. Moreover, the halophilic fusion significantly increased the tolerance of $\small{D}$-PhgAT in the presence of NaCl and KCl, being slightly in favor of KCl, where under the same condition at 3.5 M NaCl or KCl all halophilic-fused variants showed higher activity than WT-$\small{D}$-PhgAT.

• 한국식생활문화학회지
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• 제1권3호
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• pp.267-278
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• 1986

우리나라 수산발효기술의 역사적 발전배경과 현존하는 기술들을 조사하고 이제까지 연구된 결과로부터 전통수산발효기술의 과학적 해석을 시도하였다. 우리나라 수산발효기술은 크게 나누어 두가지로 구분되는 바 식염만을 사용하는 적염해법(적갈)과 식염으로 절인 생선에 삶은 곡물, 마늘, 고춧가루를 가하는 식해법으로 대별된다. 젓갈은 사용되는 원료의 종류에 따라 다양하여 총 46종이 현재 만들어지는 것으로 확인되었다. 우리나라 젓갈제조의 특징은 비교적 짧은 기간의 발효과정(2 - 3개월) 후 어체가 그대로 보존된 상태의 발효물을 조미하여 반찬으로 사용하고 일부는 장기간 저장(6개월 이상)하여 충분한 효소적 가수분해가 얼어난 것을 액즙으로 받아 김치의 재료로 쓰이는 젓국을 생산하는 것이다. 젓갈의 맛은 주로단백질의 분해산물에 의해 형성되며 이것은 Pediococcus, Bacillus, Halobacterium등의 내염성세균의 작용에 의한 것으로 판단된다. 발효과정이 오래 경과되어 최적맛에서 벗어날 때는 효모의 증식이 현저하게 나타남을 알 수 있다. 식해는 첨가된 곡물의 탄수화물을 이용한 유기산 발효로 pH가 급격히 저하됨으로서 저장성이 보존되는 특수한 수산발효방법이다. 산생성균과 단백질 분해균의 역할이 크게 나타냐며 비교적 짧은 기간(2주)내에 발효가 완성되며 더이상 저장하면 유기산의 지나친 생산으로 맛의 퇴화현상이 일어난다. 이들 수산발효기술은 우리나라 염장발효기술의 전체를 포용하는 것으로 젓갈은 장류발효와 식해는 김치발효와 맥을 같이하고 있는 것이다.