• 제목/요약/키워드: H5N1

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생명정보학 기반 H5N1에 특이적인 진단키트 개발을 위한 epitope 선별 (Selection of epitope for development of H5N1 specific diagnostic kit based on bioinformatics)

  • 이인성;김학용
    • 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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    • 한국콘텐츠학회 2014년도 추계 종합학술대회 논문집
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    • pp.57-58
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    • 2014
  • 인플루엔자 A 바이러스의 아형인 H5N1은 고병원성으로 조류 독감을 일으킨다. H5N1 바이러스는 원래 조류끼리만 감염되는 독감이고, 사람에게는 전염되지 않는다고 알려져 있었으나, 2003년에 베트남과 중국을 시작으로 현재까지 168명의 사망자가 기록되고 있다. 그러나 현재 시판되고 있는 진단키트(Rapid diagnostic kits)들은 H5N1 에 특이적인 것이 아니라 influenza A virus 모두를 진단한다. 따라서 influenza 감염여부는 확인 할 수 있지만, 이것이 H5N1 인지는 확인 할 수가 없다. H5N1은 전염성이 강하기 때문에 빠르게 진단하여 감염조류를 살 처분 하여야 더 많은 경제적 손실을 줄일 수 있다. 따라서 H5N1 에만 특이적인 epitope를 네트워크 기반으로 예측하여 진단제에 응용할 수 있도록 하고자 한다. 각 서열 정보는 Openflu (http://openflu. vital-it.ch/browse.php)에서 얻었다. H5N1은 H1N1에서 유래되었기 때문에 두 subtype의 차이점을 알아보고자 TCOFFEE에서 multiple sequence alignment를 수행한 결과 N-terminal 부분이 상이하였다. 상이한 H5N1의 N-terminal 부분이 H5N1 virus에 감염된 모든 host에서 존재하는지 알아보기 위해 host가 사람인 경우와 조류인 경우를 TCOFFEE에서 alignment 하였다. 그 결과 H5N1의 N-terminal 부분은 사람과 조류에서 보존적이었다. 따라서 H5N1의 N-terminal이 다른 subtype과 유사하지 않고 H5에만 특이적이기 때문에 진단키트 제작을 위한 epitope로 사용할 수 있을 것으로 기대된다.

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Comparative Study of the Nucleotide Bias Between the Novel H1N1 and H5N1 Subtypes of Influenza A Viruses Using Bioinformatics Techniques

  • Ahn, In-Sung;Son, Hyeon-Seok
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제20권1호
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    • pp.63-70
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    • 2010
  • Novel influenza A (H1N1) is a newly emerged flu virus that was first detected in April 2009. Unlike the avian influenza (H5N1), this virus has been known to be able to spread from human to human directly. Although it is uncertain how severe this novel H1N1 virus will be in terms of human illness, the illness may be more widespread because most people will not have immunity to it. In this study, we compared the codon usage bias between the novel H1N1 influenza A viruses and other viruses such as H1N1 and H5N1 subtypes to investigate the genomic patterns of novel influenza A (H1N1). Totally, 1,675 nucleotide sequences of the hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes of influenza A virus, including H1N1 and H5N1 subtypes occurring from 2004 to 2009, were used. As a result, we found that the novel H1N1 influenza A viruses showed the most close correlations with the swine-origin H1N1 subtypes than other H1N1 viruses, in the result from not only the analysis of nucleotide compositions, but also the phylogenetic analysis. Although the genetic sequences of novel H1N1 subtypes were not exactly the same as the other H1N1 subtypes, the HA and NA genes of novel H1N1s showed very similar codon usage patterns with other H1N1 subtypes, especially with the swine-origin H1N1 influenza A viruses. Our findings strongly suggested that those novel H1N1 viruses seemed to be originated from the swine-host H1N1 viruses in terms of the codon usage patterns.

Synthesis and Structures of $(NH_4)_{10}[Ni(H_2O)_5]_4[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}nH_2O$ and $(NH_4)_{3.5}(C_3H_{12}N_2)_{3.5}[Ni(H_2O)_6]_{1.25}{[Ni(H_2O)_5]_2[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}nH_2O$

  • Yun, Ho-Seop;Do, Jung-Hwan
    • 한국결정학회지
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    • 제15권1호
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    • pp.35-39
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    • 2004
  • Two new nickel vanadium borophosphate cluster compounds, $(NH_4)_{10}[Ni(H_2O)_5]_4[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}nH_2O$ (1) and $(NH_4)_{3.5}(C_3H_{12}N_2)_{3.5}[Ni(H_2O)_6]_{1.25}{[Ni(H_2O)_5]_2[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}nH_2O$ (2) have been synthesized and structurally characterized. Inter-diffusion methods were employed to prepare the compounds. The cluster anion $[(NH_4)\;{\supset}\;V_2P_2BO_{12}]_6$ is used as a building unit in the synthesis of new compounds containing $Ni(H_2O){^{2+}_5}$ in the presence of pyrazine and 1,3-diaminopropane. Compounds contain isolated cluster anions with general composition ${[Ni(H_2O)_5]_n[(NH_4)\;{\supset}\;V_2P_2BO_{12}]_6}^{-(17-2n)}$ (n = 2, 4). Crystal data: $(NH_4)_{10}[Ni(H_2O)_5]_4[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}nH_2O$, monoclinic, space group C2/m (no. 12), a = 27.538(2) ${\AA}$, b = 20.366(2) ${\AA}$, c = 11.9614(9) ${\AA}$, ${\beta}$ = 112.131(1)$^{\circ}$, Z = 8; $(NH_4)_{3.5}(C_3H_{12}N_2)_b[Ni(H_2O)_6]_{3.5}{[Ni(H_2O)_5]_2[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}nH_2O$, triclinic, space group P-1 (no. 2), a = 17.7668(9) ${\AA}$, b = 17.881(1) ${\AA}$, c = 20.668(1) ${\AA}$, ${\alpha}$ = 86.729(1)$^{\circ}$, ${\beta}$ \ 65.77(1)$^{\circ}$, ${\gamma}$ = 80.388(1)$^{\circ}$, Z = 2.

매우 치사율이 높은 H5Nl 독감바이러스에 대한 킬러 T임파구 반응에 대한 연구

  • 서상희
    • 한국가금학회:학술대회논문집
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    • 한국가금학회 2002년도 가을 학술발표논문집
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    • pp.59-63
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    • 2002
  • 1997년 홍콩 가금시장에서의 H5N1 조류독감바이러스의 발병은 18명의 감염된 사람 중에서 6명의 사람의 생명을 앗아갔다. 이 사건은 조류독감바이러스가 매개체를 통하지 않고 닭에서 바로 사람에게 감염한 처음 있는 사건이다. 홍콩가금시장에서의 역학조사는 H5Nl과 H9N2 조류독감바이러스가 함께 공존한다는 것을 밝혔다. 가금에서는 H5N1과 H9N2 조류독감바이러스가 검출되었다. 우리는 H5N1 조류독감바이러스로부터 자을 방어하는데 H9N2 조류독감바이러스의 역할에 대해 연구했다. H5N1과 H9N2 바이러스의 혼합바이러스를 동시에 자에 접종하면 자은 생존하지 못했다. 그러나, H5N1 조류 독감바이러스감염 이전에 H9N2 조류독감바이러스를 감염한 닭들은 생존할 수 있었다 H9N2 조류 독감바이러스로 감염된 닭으로부터 얻어진 혈청은 H5N1 조류독감바이러스와 교차반응을 일으키지 않는다. H9N2 조류독감바이러스로 감염시킨 닭으로부터 얻어진 T임파구 또는 CD8 T임파구를 감염하지 않은 닭에 주입할 때 닭은 H5N1 조류독감바이러스로부터 생존할 수 있었다. 실험실외 킬러임파구실험은 H9N2 조류독감바이러스로 감염된 닭으로부터 얻어진 T임파구는 H5N1과 H9N2 조류독감바이러스로 감염된 목표세포를 동시에 감지했다. 게다가, 생체내 T임파구의 제거실험은 교차보호면역은 a/b TCR를 가진 CD8 T임파구가 중요한 역할을 하며, a/b TCR (Vbl)형의 T임파구가 목표세포를 감지한다는 것을 증명했다. H9N2 조류독감바이러스에 의한 방어면역은 시간이 지남에 따라 감소를 했고, 감염 100일까지 방어력을 나타냈다. 1997년 조류독감바이러스인 H5N1의 홍콩에서의 발병에 대한 풀리지 않은 것 중의 하나는 약 20%의 조류들이 매우 치사율이 높은 H5N1 독감바이러스를 가지고 있음에도 홍콩가금시장에서의 대부분의 닭들은 건강했다. 얻을 수 있는 정보에 따르면 대부분의 자들은 H5N1조류독감바이러스를 변으로 방출했고, 단지 두 곳의 가금시장에 있는 자들이 질병증상을 보였다. 홍콩가금시장에서 분리된 모든 H5N1 조류독감바이러스를 닭에 감염하면 100%의 치사율을 나타낸다. 바이러스 측면에서의 연구에 따르면, H9N2 조류독감바이러스는 홍콩가금시장에서 두 번째로 많이 분리되었다. H9N2 조류독감바이러스에 대한 연구에 따르면 세 가지 형이 홍콩가금시장에서 검출되었다. 1997년에 가장 많이 분리된 H9N2 조류독감바이러스는 PB1과 PB2가 A/Chicken/HongKong /156/97 (H5N1)과 유전적으로 유사한 A/HongKong/G9/97 (H9N2)형이다. A/Chicken/Hong Kong/156/97(H5N1)의 나머지 유전자는 A/Chicken/HongKong/739/94 (H9N2)와 A/chicken /Hong Kong/G23/97의 유전자와 비슷하다. 하나의 A/Quail/Hong Kong/G1/97은 Quail에서 분리되었고, 두 개의 A/Duck/Hong Kong/Y280/97 (H9N2)은 오리에서 분리되었다. A/Quail/Hong Kong/G1/97 (H9N2)의 6개의 내부유전자는 A/HongKon9/156/97 (H5N1)에 유사하나, A/Duck/ Hongkong/Y280/97 (H9N2)의 유전자는 A/HongKong/156/97 (H5N1)과 유사하지 않다. 킬러임파구는 바이러스로 감염된 목표세포를 MHC에 의존하여 파괴한다. 독감바이러스 특이 킬러임파구는 독감바이러스로 감염된 mice의 폐로부터 독감바이러스를 제거하는데 중요하다고 알려져 있다. 독감바이러스의 HA단백질은 특이 킬러임파구의 주요 목표항원 단백질이 아니다. 내부단백질인 nucleoprotein, polymerase (PB1 PB2, PA), Matrix protein, 그리고 비 구조단백질인 NS1에 대한 특이 킬러임파구의 반응이 사람과 mice에서 보고되었다. 독감바이러스에 대한 mice의 킬러임파구의 인식영역은 제한되어 있다고 알려져 있다. 많은 mice MHC 1은 독감바이러스 단백질의 킬러임파구의 epitope를 표현하지 못한다. 사람 기억킬러임파구는 다양한 종류의 독감바이러스의 단백질을 인식한다고 알려져 있다. 지금까지, 닭에서의 독감바이러스의 킬러임파구에 대한 연구는 되지 않았다.

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방향족아민과 요오드 또는 일염화요오드 사이의 錯物에 관한 연구 (The Complexes of Aromatic Amines with Iodine or Iodine Monochloride in Carbon Tetrachloride)

  • 최상업;이부영
    • 대한화학회지
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    • 제11권3호
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    • pp.100-104
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    • 1967
  • 사염화탄소 용액에 대하여 分光光度法으로 연구한 결과 아닐린, N,N-디메틸아닐린 및 N,N-디에틸아닐린과 요오드 또는 일염화요오드 사이에 1:1 錯物이 형성됨을 알았다. 이들 錯物형성에 대한 실온에서의 평형상수는 다음과 같다. $C_6H_5NH_2{\cdot}I_2\;2.05$, $C_6H_5N(CH_3)_2{\cdot}I_2\;15.2$, $C_6H_5N(C_2H_5)_2{\cdot}I_2\;35.5$, $C_6H_5NH_2{\cdot}ICl\;18.5$, $C_6H_5N(CH_3)_2{\cdot}ICl\;25.6$, 및 $C_6H_5N(C_2H_5)_2\;42.0$ l $mole^{-1}$.

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Chiral [Iminophosphoranyl]ferrocenes: Synthesis, Coordination Chemistry, and Catalytic Application

  • Co, Thanh Thien;Shim, Sang-Chul;Cho, Chan-Sik;Kim, Dong-Uk;Kim, Tae-Jeong
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제26권9호
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    • pp.1359-1365
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    • 2005
  • A series of new chiral [iminophosphoranyl]ferrocenes, {${\eta}^5-C_5H_4-(PPh_2=N-2,6-R_2-C_6H_3)$}Fe{${\eta}^5-C_5H_3-1-PPh^2-2-CH(Me)NMe_2$} (1: R = Me, $^iPr$), {${\eta}^5{-C_5H_4-(PPh_2=N-2,6-R_2}^1-C_6H_3)$}Fe{${\eta}^5-C_5H_3-1-(PPh_2=N-2,6-R_2-C_6H_3)-2-CH(Me)R_2$} (2: $R^1\;=\;Me,\;^iPr;\;R^2\;=\;NMe_2$, OMe), and $({\eta}^5-C_5H_5)Fe${${\eta}^5-C_5H_4-1-PR_2-2-CH(Me)N=PPh_3$} (3:R = Ph, $C_6H_{11}$) have been prepared from the reaction of [1,1'-diphenylphosphino-2-(N,N-dimethylamino) ethyl]ferrocene with arylazides (1 & 2) and the reaction of phosphine dichlorides ($R_3PCl_{2}$) with [1,1'-diphenylphosphino-2-aminoethyl]ferrocene (3), respectively. They form palladium complexes of the type $[Pd(C_3H_5)(L)]BF_4$ (4-6: L = 1-3), where the ligand (L) adopts an ${\eta}^2-N,N\;(2)\;or\;{\eta}^2$-P,N (3) as expected. In the case of 1, a potential terdentate, an ${\eta}^2$-P,N mode is realized with the exclusion of the –=NAr group from the coordination sphere. Complexes 4-6 were employed as catalysts for allylic alkylation of 1,3-diphenylallyl acetate leading to an almost stoichiometric product yield with modest enantiomeric excess (up to 74% ee). Rh(I)-complexes incorporating 1-3 were also prepared in situ for allylic alkylation of cinnamyl acetate as a probe for both regio- and enantioselectivities of the reaction. The reaction exhibited high regiocontrol in favor of a linear achiral isomer regardless of the ligand employed.

포스파젠 고분자를 이용한 Wittig반응에 관한 연구 (Studies on Polyphosphazenes-bound Wittig Reactions)

  • 권석기;전창림
    • 공업화학
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    • 제5권5호
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    • pp.843-850
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    • 1994
  • $[NP(OC_6H_5)_{1.7}(OC_6H_4P(Ph)_2$=$CHCH_2CH_2CH_3)_{0.3}]_n$과 같은 포스파젠 고분자에 부착된 Wittig 시약을 $[NP(OC_6H_5)_{1.7}(OC_6H_4Br)_{0.3}]_n$에 n-butyllithium, diphenylchlorophosphine, 그리고 n-butyl iodide 등으로 처리하여 만들었다. 고분자의 반응들은 [$NP(OC_6H_5)_5(OC_6H_4P(Ph)_2$)]와 같은 고리형 삼중체를 이용한 모델반응 조건들을 고려해 이루어졌다. 포스파젠 고분자에 부착된 Wittig 시약과 benzophenone을 반응시켜 원하는 알켄과 고분자에 부착된 phosphine oxide를 성공적으로 만들었다.

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알칼리성 소독액에 의한 조류인플루엔자바이러스 불활성화 (Inactivation of Avian Influenza Viruses by Alkaline Disinfectant Solution)

  • 조수경;김희만;이창준;이주섭;서상희
    • 생명과학회지
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    • 제17권3호통권83호
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    • pp.340-344
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    • 2007
  • 조류인플루엔자바이러스는 사람 및 동물에 상당한 위협을 가하고 있다. 이 연구는 알칼리성 소독용액이 H5N1, H3N2, H6N1, H9N2형 조류인플루엔자바이러스를 불활성화시킬 수 있는지를 조사했다. 알칼리성 소독용액을 생리식염수에 100배 희석한 경우 조류인플루엔자가 MDCK 세포에서 증식하는 것을 완전히 억압하였다. 형광항체법을 이용한 실험에서도 알칼리성소독액을 처리한 H9N2 조류인플루엔자바이러스는 MDCK세포에서 증식이 억제되었고, 알칼리성 소독액을 처리하지 않은 H9N2조류인플루엔자바이러스는 증식이 억제되지 않았다. 이 결과는 알칼리성 소독액은 고병원성 H5N1을 포함을 조류인플루엔자바이러스를 방역하는데 도움이 될 수 있음을 시사한다.

세리신잠(Nd-s. $Nd^H$의 발육 특성 (The Developmental Characterization of the Sericin jam(Bombyx mori), a Mutant in the Synthesis and Secretion of Fibroin)

  • 김수연;손해룡
    • 한국잠사곤충학회지
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    • 제45권1호
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    • pp.6-9
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    • 2003
  • 세리신잠의 성장발육과 실용형질 등 세리신잠의 특성을 알아보기 위하여 Nd-s잠과 N$d^{H}$잠을 대상으로 조사하여 얻은 실험결과는 다음과 같았다. 1. 최청기간은 Nd-s잠 10일 2시간, N$d^{H}$ 잠 10일 1시간, 백옥잠은 11일 1시간이었다. 실용부화율에 있어서 Nd-s잠과 Nd.$^{H}$ 잠은 83.9%와 83.3%였고, 백옥잠은 96%였다. 전령경과일수는 Nd-s잠 20일 1시간 N$d^{H}$잠 20일 5시간, 백옥잠 22일 12시간이었다. 2. 감잠비율은 Nd-s잠 12.0%, N$d^{H}$ 잠 18.7%, 백옥잠 5.3%이었으며, 화용비율은 Nd-s잠 83.0%, N$d^{H}$ 잠 76.3%, 백옥잠 92.3%였다. 3. 단견중은 Nd-s잠 1.39 g, N$d^{H}$ 잠 1.08g, 백옥잠 2.01 g, 전견중은 Nd-s 잠 13 cg, N$d^{H}$ 잠 3 cg, 백옥잠 48 cg이였으며, 견층비율은 Nd-s 잠 9.0%, N$d^{H}$ 잠 2.8%, 백옥잠 23.9%였다. 4. 고치의 크기는 Nd-s잠 장경 30.6mm, 단경 15.8mm, N$d^{H}$ 잠 장경 24.7mm, 단경 14.9mm, 백옥잠 장경 35.8mm, 단경 20.5mm이었다.5.8mm, 단경 20.5mm이었다.

Self-Assembly of Vanadium Borophosphate Cluster Anions: Synthesis and Structures of (NH4)(C2H10N2)5.5[Cu(C2H8N2)2]3[V2P2BO12]6·17H2O and (NH4)(C2H10N2)3.5[Cu(C2H8N2)2]5[V2P2BO12]6·18H2O

  • Jung, Kyung-Na;Cho, Yoon-Suk;Yun, Ho-Seop;Do, Jung-Hwan
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제26권8호
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    • pp.1185-1189
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    • 2005
  • Two new copper vanadium borophosphate compounds, $(NH_4)(C_2H_{10}N_2)_{5.5}[Cu(C_2H_8N_2)_2]_3[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}17H_2O,\;Cu-VBPO1\;and\;(NH_4)(C_2H_{10}N_2)_{3.5}[Cu(C_2H_8N_2)_2]_5[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}18H_2O$, Cu-VBPO2 have been hydrothermally synthesized and characterized by single crystal X-ray diffraction, thermogravimetric analysis, IR spectroscopy, and elemental analysis. The structure of Cu-VBPO1 contains a layer anion, {$[Cu(C_2H_8N_2)_2]_3[V_2P_2BO_{12}]_6$}$^{12-}$, whereas Cu-VBPO2 has an open framework anion, {$[Cu(C_2H_8N_2)_2]_5[V_2P_2BO_{12}]_6$}$^{8-}$. Crystal Data: $(NH_4)(C_2H_{10}N_2)_{5.5}[Cu(C_2H_8N_2)_2]_3[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}17H_2O$, monoclinic, space group I2/m (no. 12), $\alpha$ = 15.809(1) $\AA$, b = 31.107(2) $\AA$, c = 12.9343(8) $\AA$, $\beta$ = 104.325(1)$^{\circ}$, Z = 2; $(NH_4)(C_2H_{10}N_2)_{3.5}[Cu(C_2H_8N_2)_2]_5[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}18H_2O$, tetragonal, space group $P4_2$/mnm (no.136), $\alpha$ = 26.832(1) $\AA$, c = 18.021(1) $\AA$, Z = 4.