• Title, Summary, Keyword: H5N1

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Selection of epitope for development of H5N1 specific diagnostic kit based on bioinformatics (생명정보학 기반 H5N1에 특이적인 진단키트 개발을 위한 epitope 선별)

  • Lee, In Seoung;Kim, Hak Yong
    • Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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    • pp.57-58
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    • 2014
  • 인플루엔자 A 바이러스의 아형인 H5N1은 고병원성으로 조류 독감을 일으킨다. H5N1 바이러스는 원래 조류끼리만 감염되는 독감이고, 사람에게는 전염되지 않는다고 알려져 있었으나, 2003년에 베트남과 중국을 시작으로 현재까지 168명의 사망자가 기록되고 있다. 그러나 현재 시판되고 있는 진단키트(Rapid diagnostic kits)들은 H5N1 에 특이적인 것이 아니라 influenza A virus 모두를 진단한다. 따라서 influenza 감염여부는 확인 할 수 있지만, 이것이 H5N1 인지는 확인 할 수가 없다. H5N1은 전염성이 강하기 때문에 빠르게 진단하여 감염조류를 살 처분 하여야 더 많은 경제적 손실을 줄일 수 있다. 따라서 H5N1 에만 특이적인 epitope를 네트워크 기반으로 예측하여 진단제에 응용할 수 있도록 하고자 한다. 각 서열 정보는 Openflu (http://openflu. vital-it.ch/browse.php)에서 얻었다. H5N1은 H1N1에서 유래되었기 때문에 두 subtype의 차이점을 알아보고자 TCOFFEE에서 multiple sequence alignment를 수행한 결과 N-terminal 부분이 상이하였다. 상이한 H5N1의 N-terminal 부분이 H5N1 virus에 감염된 모든 host에서 존재하는지 알아보기 위해 host가 사람인 경우와 조류인 경우를 TCOFFEE에서 alignment 하였다. 그 결과 H5N1의 N-terminal 부분은 사람과 조류에서 보존적이었다. 따라서 H5N1의 N-terminal이 다른 subtype과 유사하지 않고 H5에만 특이적이기 때문에 진단키트 제작을 위한 epitope로 사용할 수 있을 것으로 기대된다.

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Comparative Study of the Nucleotide Bias Between the Novel H1N1 and H5N1 Subtypes of Influenza A Viruses Using Bioinformatics Techniques

  • Ahn, In-Sung;Son, Hyeon-Seok
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • v.20 no.1
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    • pp.63-70
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    • 2010
  • Novel influenza A (H1N1) is a newly emerged flu virus that was first detected in April 2009. Unlike the avian influenza (H5N1), this virus has been known to be able to spread from human to human directly. Although it is uncertain how severe this novel H1N1 virus will be in terms of human illness, the illness may be more widespread because most people will not have immunity to it. In this study, we compared the codon usage bias between the novel H1N1 influenza A viruses and other viruses such as H1N1 and H5N1 subtypes to investigate the genomic patterns of novel influenza A (H1N1). Totally, 1,675 nucleotide sequences of the hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes of influenza A virus, including H1N1 and H5N1 subtypes occurring from 2004 to 2009, were used. As a result, we found that the novel H1N1 influenza A viruses showed the most close correlations with the swine-origin H1N1 subtypes than other H1N1 viruses, in the result from not only the analysis of nucleotide compositions, but also the phylogenetic analysis. Although the genetic sequences of novel H1N1 subtypes were not exactly the same as the other H1N1 subtypes, the HA and NA genes of novel H1N1s showed very similar codon usage patterns with other H1N1 subtypes, especially with the swine-origin H1N1 influenza A viruses. Our findings strongly suggested that those novel H1N1 viruses seemed to be originated from the swine-host H1N1 viruses in terms of the codon usage patterns.

Synthesis and Structures of $(NH_4)_{10}[Ni(H_2O)_5]_4[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}nH_2O$ and $(NH_4)_{3.5}(C_3H_{12}N_2)_{3.5}[Ni(H_2O)_6]_{1.25}{[Ni(H_2O)_5]_2[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}nH_2O$

  • Yun, Ho-Seop;Do, Jung-Hwan
    • Korean Journal of Crystallography
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    • v.15 no.1
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    • pp.35-39
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    • 2004
  • Two new nickel vanadium borophosphate cluster compounds, $(NH_4)_{10}[Ni(H_2O)_5]_4[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}nH_2O$ (1) and $(NH_4)_{3.5}(C_3H_{12}N_2)_{3.5}[Ni(H_2O)_6]_{1.25}{[Ni(H_2O)_5]_2[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}nH_2O$ (2) have been synthesized and structurally characterized. Inter-diffusion methods were employed to prepare the compounds. The cluster anion $[(NH_4)\;{\supset}\;V_2P_2BO_{12}]_6$ is used as a building unit in the synthesis of new compounds containing $Ni(H_2O){^{2+}_5}$ in the presence of pyrazine and 1,3-diaminopropane. Compounds contain isolated cluster anions with general composition ${[Ni(H_2O)_5]_n[(NH_4)\;{\supset}\;V_2P_2BO_{12}]_6}^{-(17-2n)}$ (n = 2, 4). Crystal data: $(NH_4)_{10}[Ni(H_2O)_5]_4[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}nH_2O$, monoclinic, space group C2/m (no. 12), a = 27.538(2) ${\AA}$, b = 20.366(2) ${\AA}$, c = 11.9614(9) ${\AA}$, ${\beta}$ = 112.131(1)$^{\circ}$, Z = 8; $(NH_4)_{3.5}(C_3H_{12}N_2)_b[Ni(H_2O)_6]_{3.5}{[Ni(H_2O)_5]_2[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}nH_2O$, triclinic, space group P-1 (no. 2), a = 17.7668(9) ${\AA}$, b = 17.881(1) ${\AA}$, c = 20.668(1) ${\AA}$, ${\alpha}$ = 86.729(1)$^{\circ}$, ${\beta}$ \ 65.77(1)$^{\circ}$, ${\gamma}$ = 80.388(1)$^{\circ}$, Z = 2.

매우 치사율이 높은 H5Nl 독감바이러스에 대한 킬러 T임파구 반응에 대한 연구

  • 서상희
    • Proceedings of the Korea Society of Poultry Science Conference
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    • pp.59-63
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    • 2002
  • 1997년 홍콩 가금시장에서의 H5N1 조류독감바이러스의 발병은 18명의 감염된 사람 중에서 6명의 사람의 생명을 앗아갔다. 이 사건은 조류독감바이러스가 매개체를 통하지 않고 닭에서 바로 사람에게 감염한 처음 있는 사건이다. 홍콩가금시장에서의 역학조사는 H5Nl과 H9N2 조류독감바이러스가 함께 공존한다는 것을 밝혔다. 가금에서는 H5N1과 H9N2 조류독감바이러스가 검출되었다. 우리는 H5N1 조류독감바이러스로부터 자을 방어하는데 H9N2 조류독감바이러스의 역할에 대해 연구했다. H5N1과 H9N2 바이러스의 혼합바이러스를 동시에 자에 접종하면 자은 생존하지 못했다. 그러나, H5N1 조류 독감바이러스감염 이전에 H9N2 조류독감바이러스를 감염한 닭들은 생존할 수 있었다 H9N2 조류 독감바이러스로 감염된 닭으로부터 얻어진 혈청은 H5N1 조류독감바이러스와 교차반응을 일으키지 않는다. H9N2 조류독감바이러스로 감염시킨 닭으로부터 얻어진 T임파구 또는 CD8 T임파구를 감염하지 않은 닭에 주입할 때 닭은 H5N1 조류독감바이러스로부터 생존할 수 있었다. 실험실외 킬러임파구실험은 H9N2 조류독감바이러스로 감염된 닭으로부터 얻어진 T임파구는 H5N1과 H9N2 조류독감바이러스로 감염된 목표세포를 동시에 감지했다. 게다가, 생체내 T임파구의 제거실험은 교차보호면역은 a/b TCR를 가진 CD8 T임파구가 중요한 역할을 하며, a/b TCR (Vbl)형의 T임파구가 목표세포를 감지한다는 것을 증명했다. H9N2 조류독감바이러스에 의한 방어면역은 시간이 지남에 따라 감소를 했고, 감염 100일까지 방어력을 나타냈다. 1997년 조류독감바이러스인 H5N1의 홍콩에서의 발병에 대한 풀리지 않은 것 중의 하나는 약 20%의 조류들이 매우 치사율이 높은 H5N1 독감바이러스를 가지고 있음에도 홍콩가금시장에서의 대부분의 닭들은 건강했다. 얻을 수 있는 정보에 따르면 대부분의 자들은 H5N1조류독감바이러스를 변으로 방출했고, 단지 두 곳의 가금시장에 있는 자들이 질병증상을 보였다. 홍콩가금시장에서 분리된 모든 H5N1 조류독감바이러스를 닭에 감염하면 100%의 치사율을 나타낸다. 바이러스 측면에서의 연구에 따르면, H9N2 조류독감바이러스는 홍콩가금시장에서 두 번째로 많이 분리되었다. H9N2 조류독감바이러스에 대한 연구에 따르면 세 가지 형이 홍콩가금시장에서 검출되었다. 1997년에 가장 많이 분리된 H9N2 조류독감바이러스는 PB1과 PB2가 A/Chicken/HongKong /156/97 (H5N1)과 유전적으로 유사한 A/HongKong/G9/97 (H9N2)형이다. A/Chicken/Hong Kong/156/97(H5N1)의 나머지 유전자는 A/Chicken/HongKong/739/94 (H9N2)와 A/chicken /Hong Kong/G23/97의 유전자와 비슷하다. 하나의 A/Quail/Hong Kong/G1/97은 Quail에서 분리되었고, 두 개의 A/Duck/Hong Kong/Y280/97 (H9N2)은 오리에서 분리되었다. A/Quail/Hong Kong/G1/97 (H9N2)의 6개의 내부유전자는 A/HongKon9/156/97 (H5N1)에 유사하나, A/Duck/ Hongkong/Y280/97 (H9N2)의 유전자는 A/HongKong/156/97 (H5N1)과 유사하지 않다. 킬러임파구는 바이러스로 감염된 목표세포를 MHC에 의존하여 파괴한다. 독감바이러스 특이 킬러임파구는 독감바이러스로 감염된 mice의 폐로부터 독감바이러스를 제거하는데 중요하다고 알려져 있다. 독감바이러스의 HA단백질은 특이 킬러임파구의 주요 목표항원 단백질이 아니다. 내부단백질인 nucleoprotein, polymerase (PB1 PB2, PA), Matrix protein, 그리고 비 구조단백질인 NS1에 대한 특이 킬러임파구의 반응이 사람과 mice에서 보고되었다. 독감바이러스에 대한 mice의 킬러임파구의 인식영역은 제한되어 있다고 알려져 있다. 많은 mice MHC 1은 독감바이러스 단백질의 킬러임파구의 epitope를 표현하지 못한다. 사람 기억킬러임파구는 다양한 종류의 독감바이러스의 단백질을 인식한다고 알려져 있다. 지금까지, 닭에서의 독감바이러스의 킬러임파구에 대한 연구는 되지 않았다.

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The Complexes of Aromatic Amines with Iodine or Iodine Monochloride in Carbon Tetrachloride (방향족아민과 요오드 또는 일염화요오드 사이의 錯物에 관한 연구)

  • Choi, Sang-Up;Lee, Bu-Yong
    • Journal of the Korean Chemical Society
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    • v.11 no.3
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    • pp.100-104
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    • 1967
  • The systems of aromatic amines such as aniline, N,N-dimethylaniline and N,N-diethylaniline with iodine or iodine monochloride in carbon tetrachloride have been examined spectrophotometrically. The results indicate the formation of one to one molecular complexes. The equilibrium constants obtained at room temperature for formation of the complexes are as follows: $C_6H_5NH_2{\cdot}I_2\;2.05$, $C_6H_5N(CH_3)_2{\cdot}I_2\;15.2$, $C_6H_5N(C_2H_5)_2{\cdot}I_2\;35.5$, $C_6H_5NH_2{\cdot}ICl\;18.5$, $C_6H_5N(CH_3)_2{\cdot}ICl\;25.6$, and $C_6H_5N(C_2H_5)_2\;42.0$ l $mole^{-1}$.

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Chiral [Iminophosphoranyl]ferrocenes: Synthesis, Coordination Chemistry, and Catalytic Application

  • Co, Thanh Thien;Shim, Sang-Chul;Cho, Chan-Sik;Kim, Dong-Uk;Kim, Tae-Jeong
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • v.26 no.9
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    • pp.1359-1365
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    • 2005
  • A series of new chiral [iminophosphoranyl]ferrocenes, {${\eta}^5-C_5H_4-(PPh_2=N-2,6-R_2-C_6H_3)$}Fe{${\eta}^5-C_5H_3-1-PPh^2-2-CH(Me)NMe_2$} (1: R = Me, $^iPr$), {${\eta}^5{-C_5H_4-(PPh_2=N-2,6-R_2}^1-C_6H_3)$}Fe{${\eta}^5-C_5H_3-1-(PPh_2=N-2,6-R_2-C_6H_3)-2-CH(Me)R_2$} (2: $R^1\;=\;Me,\;^iPr;\;R^2\;=\;NMe_2$, OMe), and $({\eta}^5-C_5H_5)Fe${${\eta}^5-C_5H_4-1-PR_2-2-CH(Me)N=PPh_3$} (3:R = Ph, $C_6H_{11}$) have been prepared from the reaction of [1,1'-diphenylphosphino-2-(N,N-dimethylamino) ethyl]ferrocene with arylazides (1 & 2) and the reaction of phosphine dichlorides ($R_3PCl_{2}$) with [1,1'-diphenylphosphino-2-aminoethyl]ferrocene (3), respectively. They form palladium complexes of the type $[Pd(C_3H_5)(L)]BF_4$ (4-6: L = 1-3), where the ligand (L) adopts an ${\eta}^2-N,N\;(2)\;or\;{\eta}^2$-P,N (3) as expected. In the case of 1, a potential terdentate, an ${\eta}^2$-P,N mode is realized with the exclusion of the –=NAr group from the coordination sphere. Complexes 4-6 were employed as catalysts for allylic alkylation of 1,3-diphenylallyl acetate leading to an almost stoichiometric product yield with modest enantiomeric excess (up to 74% ee). Rh(I)-complexes incorporating 1-3 were also prepared in situ for allylic alkylation of cinnamyl acetate as a probe for both regio- and enantioselectivities of the reaction. The reaction exhibited high regiocontrol in favor of a linear achiral isomer regardless of the ligand employed.

Studies on Polyphosphazenes-bound Wittig Reactions (포스파젠 고분자를 이용한 Wittig반응에 관한 연구)

  • Kwon, Suk-Ky;Jun, Chang-Lim
    • Applied Chemistry for Engineering
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    • v.5 no.5
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    • pp.843-850
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    • 1994
  • Polyphosphazene-bound Wittig reagents such as $[NP(OC_6H_5)_{1.7}(OC_6H_4P(Ph)_2$=$CHCH_2CH_2CH_3)_{0.3}]_n$ were synthesized by treating $[NP(OC_6H_5)_{1.7}(OC_6H_4Br)_{0.3}]_n$ with n-butyllithium, diphenylchlorophosphine, and n-butyl iodide. Polymeric reactions were carried out according to the reaction conditions with cyclic primers such as [$N_3P_3(OC_6H_5)_5(OC_6H_4P(Ph)_2$)]. The desired alkene and polymer-bound phosphine oxide were prepared successfully by the reaction of polyphosphazene-bound Wittig reagents with benzophenone.

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Inactivation of Avian Influenza Viruses by Alkaline Disinfectant Solution (알칼리성 소독액에 의한 조류인플루엔자바이러스 불활성화)

  • Jo, Su-Kyung;Kim, Heui-Man;Lee, Chang-Jun;Lee, Joo-Seob;Seo, Sang-Heui
    • Journal of Life Science
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    • v.17 no.3
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    • pp.340-344
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    • 2007
  • Avian influenza viruses cause a considerable threat to humans and animals. In this study, we investigated whether alkaline disinfectant solution can inactivate H5N1, H3N2, H6N1, and H9N2 subtypes of avian influenza virus. When H5N1, H3N2, H6N1, and H9N2 avian influenza viruses were treated with alkaline solution diluted with PBS (pH 7.2) prior to infection into MDCK cells, alkaline disinfectant solution (at dilutions up to $10^{-2}$) completely inactivated all avian influenza subtypes tested. To confirm the inactivation of avian influenza viruses by alkaline disinfectant solution, we used an immunofluorescence assay with influenza A anti-nucleoprotein antibody and FITC-labeled secondary antibody to stain MDCK cells infected with avian H9N2 influenza viruses. No staining was observed in MDCK rells infected with H9N2 viruses that were pre-treated with a $10^{-2}$ dilution of alkaline disinfectant solution, while strong staining was observed in MDCK cells infected with H9N2 viruses without pre-treatment. Our results indicate that alkaline solution could help to control avian influenza viruses including the highly pathogenic H5N1 subtype.

The Developmental Characterization of the Sericin jam(Bombyx mori), a Mutant in the Synthesis and Secretion of Fibroin (세리신잠(Nd-s. $Nd^H$의 발육 특성)

  • 김수연;손해룡
    • Journal of Sericultural and Entomological Science
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    • v.45 no.1
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    • pp.6-9
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    • 2003
  • This experiment was done to know developmental characteristics of Sericin jam. Incubation periods were 10 day 2 hr, and 10 day 1 hr. 11 day 1 hr for Nd-s jam, N $d^{H}$ jam, and Baegok jam, respectively. Hatching rates were 83.9, 83.3 and 96.0% for Nd-s jam, N $d^{H}$ jam, and Baegok jam. Larval periods were, 20 days 1 hr for Nd-s jam, 20 days 5 hrs for N $d^{H}$ jam, and 22 days 12 hrs for Baegok jam. Death rate of larvae was highest in N $d^{H}$ iam, followed by Nd-s jam and Baegok jam. Pupation rate was highest in Baegok Jam followed by Nd-s jam and that of N $d^{H}$ jam was the lowest among the three. Cocoon weight was 1.39, 1.08, and 2.01 g for Nd-s jam, N $d^{H}$ jam, and Baegok jam, respectively. Shell weight were 13, 3, and 48 cg for Nd-s jam, N $d^{H}$ jam, and Baegok jam. Cocoon shell ratios were 9.0% for Nd-s jam, 2.8% for N $d^{H}$ jam and 23.9% for Baegok jam. Cocoon sizes were 30.6${\times}$15.8 mm for Nd-s jam, 24.7${\times}$14.9 mm for N $d^{H}$ jam and 35.8 ${\times}$ 20.5 mm(1${\times}$w) for Baegok jam.w) for Baegok jam.

Self-Assembly of Vanadium Borophosphate Cluster Anions: Synthesis and Structures of (NH4)(C2H10N2)5.5[Cu(C2H8N2)2]3[V2P2BO12]6·17H2O and (NH4)(C2H10N2)3.5[Cu(C2H8N2)2]5[V2P2BO12]6·18H2O

  • Jung, Kyung-Na;Cho, Yoon-Suk;Yun, Ho-Seop;Do, Jung-Hwan
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • v.26 no.8
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    • pp.1185-1189
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    • 2005
  • Two new copper vanadium borophosphate compounds, $(NH_4)(C_2H_{10}N_2)_{5.5}[Cu(C_2H_8N_2)_2]_3[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}17H_2O,\;Cu-VBPO1\;and\;(NH_4)(C_2H_{10}N_2)_{3.5}[Cu(C_2H_8N_2)_2]_5[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}18H_2O$, Cu-VBPO2 have been hydrothermally synthesized and characterized by single crystal X-ray diffraction, thermogravimetric analysis, IR spectroscopy, and elemental analysis. The structure of Cu-VBPO1 contains a layer anion, {$[Cu(C_2H_8N_2)_2]_3[V_2P_2BO_{12}]_6$}$^{12-}$, whereas Cu-VBPO2 has an open framework anion, {$[Cu(C_2H_8N_2)_2]_5[V_2P_2BO_{12}]_6$}$^{8-}$. Crystal Data: $(NH_4)(C_2H_{10}N_2)_{5.5}[Cu(C_2H_8N_2)_2]_3[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}17H_2O$, monoclinic, space group I2/m (no. 12), $\alpha$ = 15.809(1) $\AA$, b = 31.107(2) $\AA$, c = 12.9343(8) $\AA$, $\beta$ = 104.325(1)$^{\circ}$, Z = 2; $(NH_4)(C_2H_{10}N_2)_{3.5}[Cu(C_2H_8N_2)_2]_5[V_2P_2BO_{12}]_6{\cdot}18H_2O$, tetragonal, space group $P4_2$/mnm (no.136), $\alpha$ = 26.832(1) $\AA$, c = 18.021(1) $\AA$, Z = 4.