• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제13권6호
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• pp.1013-1017
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• 2003

A thermophilic nonspore-forming rod isolated from hay compost in Korea was subjected to a taxonomic study. The microorganism, designated as $SC-1^T$, was identified as a nitrate-reducing and nonmotile bacterium. Although the strain was negatively Gram-stained, a KOH test showed that the strain $SC-1^T$ belonged to a Gram-positive species. Growth was observed between 45 and $70^{\circ}C$. The optimal growth temperature and pH were $60^{\circ}C$ and pH 7.5, respectively. The G+C content of the genomic DNA was 65 mol% and the major quinone types were MK-6 and MK-7. A phylogenetic analysis based on 16S rDNA sequences revealed that the strain $SC-1^T$ was most closely related to Symbiobacterium thermophilum. However, the level of DNA-DNA relatedness between strain $SC-1^T$ and the type strain for Symbiobacterium thermophilum was approximately 30%. Accordingly, on the basis of the phenotypic traits and molecular systematic data, the strain $SC-1^T$ would appear to represent a new species within the genus Symbiobacterium. The type strain for the new species is named $SC-1^T$ ($=KCTC\;0307BP^T;\;DSM15906^T$).

• Applied Biological Chemistry
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• 제45권4호
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• pp.185-189
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• 2002

우리나라의 유전자변형농산물 의무 표시제가 시행됨에 따라 수입 유전자변형농산물 중 유전자변형 콩의 혼입유무를 판별할 수 있는 검정기술 개발이 요구되고 있다. 근사미(glyphosate)제초제에 저항성을 나타내는 토양미생물인 Agrobacterium CP4 유래의 5-enolpyruvyl shikimate-3-phosphate synthase(EPSPS) 유전자의 도입여부를 PCR로 진단할 수 있는 특이프라이머를 제작하여 제초제저항성 콩(Roundup Ready Soybean, RRS)을 검정할 수 있는 PCR조건을 확립하였으며 콩의 내재유전자인 lectin유전자와 RRS특이 프라이머를 이용하여 duplex PCR에 의한 제초제저항성 콩의 검정법을 확립하였다. 또한 수입 콩 및 콩나물에 대하여 근사미 제초제 처리로 저항성 개체를 판별하는 생물검정법도 확립하여 저항성 개체의 잎에서 분리한 genomic DNA에 대하여 EPSPS특이 프라이머를 이용하여 분석한 결과 RRS특이적인 PCR밴드를 확인하였다. 또한 수입 콩의 백립중과 종실의 제색을 고려할 때 단일품종이 아닌 여러 품종이 혼합되어 있음을 확인하였다.

• 한국수정란이식학회지
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• 제21권4호
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• pp.287-297
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• 2006

한우에서 도축 전 혈청 호르몬 및 혈액 성분의 농도 변화가 거세우와 비거세우에서 공통적으로 나타난 현상은 도축 2개월 전에서 수송 직전 사이에 cortisol과 creatinine이 증가하였고 calcium은 감소하였다. 수송 직전에 비해 수송 직후에는 IGF-1 농도가 감소하였으나 수송 직전에 비해 도축 시에는 IP농도가 감소했다. 혈청 호르몬 및 대사 물질들에서 도축 2개월 전, 수송 직전, 수송 직후 및 도축시 혈청들 간의 상관 관계는 도축 2개월 전 농도와 수송 직전 농도간에 정의 상관 관계를 보인 혈청은 거세우에서는 IGF-1, TP, albumin, creatinine, HDLC 및 globulin이며 비거세우에서는 creatinine과 globulin이었고, 도축 2개월 전 혈청과 도축시 혈청 간에 정의 상관관계를 보인 혈청 성분은 거세우에서는 IGF-1, BUN, IP 및 HDLC이었고, 비거세우에서는 creatinine이었다. 그리고 수송 직전 혈청과 도축시 혈청 간에 정의 상관 관계가 있는 혈청 성분은 거세우에서는 testosterone, IGF-1, creatinine, triglyceride, HDLC 및 globulin이었고, 비거세우에서는 TP, creatinine, HDLC 및 globulin으로 나타났다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제48권8호
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• pp.877-880
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• 2005

목 적 : 한국인 당원병 제 Ia형 환자에서 G6Pase 유전자 돌연변이를 찾아내고, 유전형과 임상양상과의 연관관계를 밝히는 것이다. 방 법 : 서울대학교병원 소아과에서 Ia형 당원병으로 진단 받은 환자 20명을 대상으로 G6Pase 유전자에 대하여 직접 염기서열 분석하였다. 유전형과 임상 양상의 상관성을 알아보기 위하여 진단시 연령, 저신장, 저혈당, 고콜레스테롤혈증, 고요산혈증, 고칼슘뇨증, 신석회화증, 간선종 발생을 조사하였다. 결 과 : 총 5종류의 돌연변이가 발견되었고, splice site 돌연변이인 727G>T가 40개의 대립 유전자 중 32개에서 발견되어 80%의 빈도를 보였다. 전체 20명 중에서 12명이 727G>T 동형접합자이고, 8명이 727G>T 복합 이형접합자이었다. 8명의 이형접합자에서 G122D 3명, P178A 1명, G222R 2명, 새로운 돌연변이인 S339R 2명 등 다른 돌연변이를 찾을 수 있었다. 727G>T 동형접합자와 복합 이형접합자 두 군 사이에 저신장, 저혈당, 고콜레스테롤혈증, 고요산혈증, 신석회화증, 간선종의 빈도는 차이를 보이지 않았다. 결 론 : 임상 양상, 생화학적 검사와 함께 유전자 돌연변이 분석을 이용하면 간생검을 통한 효소측정을 하지 않고 Ia형 당원병을 진단할 수 있으며, 727G>T 동형접합 돌연변이가 이형접합과 비교할 때 질병 양상에 큰 영향을 미치지 않는다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제35권1호
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• pp.1-10
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• 2007

한반도 중부지방인 충청남북도 7개 지역에서 재배되고 있는 벼 시료 21점을 채집하여 이들의 뿌리를 표면살균 한 후 내생균을 44주 분리하고 내생성 검정 시스템을 통해 정착력이 상대적으로 우수한 균주를 최종 16주 확보 하였다. 이들의 분리빈도는 뿌리 생체중 1g당 $10^{3-5}$ CFU로 나타났다. 흥미롭게도 이중 7주가 Eurkholderia 속 균으로 동정되어 기존의 다른 벼 내생세균 연구 결과와는 다른 특징을 보였다. 또한 GFP tagging 방법을 이용하여 분리균주 중 하나인 Enterobacter sp. KJ001 균주에 대해 뿌리조직 내 colonization 위치를 확인해본 결과 뿌리 조직 중 관다발 주변에 군락을 이루고 있음을 관찰하였다. Burkholderia 분리주들은 국내 재배 벼에서 높은 빈도로 분리되며 in vitro상에서 광범위한 진균성 식물병원균에 대해 우수한 길항력과 더불어 대부분 질소고정 관련 유전자인 nifH를 가지는 점으로 보아 질소고정에 의해 식물생육에 도움을 줄 수 있을 것으로 예측되며 실제로 오이 유묘의 생장을 30% 이상 촉진하는 효과를 보여 식물병 억제 및 감소와 더불어 작물의 생장 촉진 및 생산성 증대에 활용가치가 높은 내생균으로 사료된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권1호
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• pp.369-374
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• 2014

Background: Colorectal cancer (CRC) is the fourth most common cause of cancer death in the world. Genetic variants in 8q24.21 including rs10505477 and rs6983267 have been hypothesized to be involved in susceptibility to CRC. This study aims to investigate the possible association between these loci and their haplotypes with CRC risk in Iranian population. Materials and Methods: Subjects were recruited from two hospitals in Tehran. The rs10505477 and rs6983267 polymorphisms were genotyped by TaqMan real time PCR using subject genomic DNA, extracted either from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue of patients or from blood of the controls by standard methods. Results: A total of 715 subjects (380 CRC patients and 335 matched controls) were genotyped in this study. Allele and genotype analysis of the rs10505477 and rs6983267 polymorphisms by gender, age at diagnosis, tumor location, tumor grade, and tumor node metastasis (TNM) showed no significant association with CRC risk. There was a significant relationship between GG haplotype and susceptibility to age at diagnosis for both <60 and ${\geq}60$ (p=0.0005 and p=0.000004, respectively) and between GT and CRC in the age at diagnosis ${\geq}60$ (Table 3: p=0.031). The GG haplotype was less frequent in CRC patients with the age at diagnosis <60, but was more common in subjects with the age at diagnosis ${\geq}60$. Conclusions: Results of this study suggests that the rs6983267 and rs10505477 polymorphisms alone may not be relevant to CRC risk, but their GG haplotype plays a notable role in age at diagnosis of CRC in the Iranian population.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제26권4호
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• pp.763-774
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• 2016

Equine gastric ulcer syndrome is one of the most frequently reported diseases in thoroughbred racehorses. Although several risk factors for the development of gastric ulcers have been widely studied, investigation of microbiological factors has been limited. In this study, the presence of Helicobacter spp. and the gastric microbial communities of thoroughbred racehorses having mild to severe gastric ulcers were investigated. Although Helicobacter spp. were not detected using culture and PCR techniques from 52 gastric biopsies and 52 fecal samples, the genomic sequences of H. pylori and H. ganmani were detected using nextgeneration sequencing techniques from 2 out of 10 representative gastric samples. The gastric microbiota of horses was mainly composed of Firmicutes (50.0%), Proteobacteria (18.7%), Bacteroidetes (14.4%), and Actinobacteria (9.7%), but the proportion of each phylum varied among samples. There was no major difference in microbial composition among samples having mild to severe gastric ulcers. Using phylogenetic analysis, three distinct clusters were observed, and one cluster differed from the other two clusters in the frequency of feeding, amount of water consumption, and type of bedding. To the best of our knowledge, this is the first study to investigate the gastric microbiota of thoroughbred racehorses having gastric ulcer and to evaluate the microbial diversity in relation to the severity of gastric ulcer and management factors. This study is important for further exploration of the gastric microbiota in racehorses and is ultimately applicable to improving animal and human health.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제40권4호
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• pp.287-295
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• 2012

부안갯벌에서 채집된 염생식물 칠면초와 해홍나물의 뿌리로부터 84종의 내생진균을 분리 및 동정하였다. 염생식물 샘플은 칠면초와 해홍나물이 부안갯벌로부터 분리되었다. 모든 내생진균류들은 ITS1, 5.8s와 ITS2를 포함하는 ITS영역의 서열에 의해 분석되었다. 내생진균류들은 Pleosporales (45%), Eurotiales (27%), Incertae sedis (11%), Dothideales (6%), Capnodiales (5%), Hypocreales (5%), 및 Agaricales (1%)에 해당하는 것을 확인하였다. 내생진균류는 자낭균문과 담자균문의 Alternaria속, Ascomycota속, Aspergillus속, Aureobasidium속, Cladosporium속, Eupenicillium속, Fusarium속, Gibberella속, Hocrea속, Lewia속, Macrophoma속, Penicillium속, Peyronellaea속, Phoma속, Pleospora속, Pleosporales속, Pseudeurotium속, Schizophyllum속, 그리고 Talaromyces속이 포함되는 것을 확인하였다. 그리고 alternaria (21%)와 Penicillium (13%)이 우점종인 것을 확인하였다. 본 연구에서는 칠면초와 해홍나물로부터 내생진균을 분리한 결과 Pleosporales 목과 Eurotiales 목의 Alternaria (21%)와 Penicillium (13%)이 가장 많이 분포하는 것으로 나타났다.

• 농약과학회지
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• 제13권4호
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• pp.290-297
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• 2009

본 연구는 한국에서 발생하고 있는 설포닐우레아계 제초제 저항성 및 감수성 물달개비의 ALS 염기서열 분석에 의한 ALS 유전자의 특성과 제초제 저항성 메카니즘을 구명하기 위하여 실시하였다. 감수성 및 저항성 두 계통의 biotype에서 815개의 염기서열을 분석하였다. 분석된 염기서열에서 감수성 biotype으로부터 4개 clone, 저항성 계통으로부터 15개 clone, 총 19개의 clone들을 크게 4 group으로 분류할 수 있었다. 첫 번째 group은 저항성 및 감수성 biotype의 ALS 유전자 염기서열이 차이가 없었으며, 두 번째 그룹은 아미노산 197번째의 proline이 DNA의 점돌연변이(point mutation)에 의해 serine으로 변화된 부분이다. 세 번째 group은 6곳에서 점돌연변이에 의한 아미노산치환이 발생하였으며, 네 번째 group는 첫 번째 group과 세 번째 group 중간적 특성으로 3곳에서 염기서열 점돌연변이에 의해 아미노산 치환이 있었다. 따라서 하나의 물달개비 식물체에서 여러 가지 형태의 ALS 유전자가 존재할 수 있으며, 물달개비 저항성 biotype의 ALS 유전자는 Domain A 부분에 있는 아미노산 197번째 proline이 염기서열 변화에 의해 serine으로 돌연변이 되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제12권1호
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• pp.114-120
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• 2002

A 1,989-bp genomic region encoding nickel resistance genes was isolated from Legionella pneumophila, a pathogen for legionellosis. From a sequencing and computer analysis, the region was found to harbor two structural genes, a nreB-like protein gene (1,149 bp) and a nreA-like protein gene (270 bp), in a row. Both genes exhibited a significant degree of similarity to the corresponding genes from Synechocystis sp. PCC6803 ($54\%$ amino acid sequence identity) and Achromobacter xylosoxidans 31A ($76\%$). The gene was successfully expressed in E. coli MG1655 and conferred a nickel resistance of up to 5 mM in an LB medium and 3 mM in a TMS medium including gluconate as the sole carbon source. E. coli harboring the nickel resistance gene also exhibited a substantial resistance to cobalt, yet no resistance to cadmium or zinc. Since the extracellular concentration of nickel remained constant during the whole period of cultivation, it was confirmed that the nickel resistance was provided by an efflux system like the $Ni^2＋$permease (nrsD) of Synechocystis sp. strain PCC6803. Since polyphosphate (poly-P) is known as a global regulator for gene expression as well as a potential virulence factor in E. coli, the nickel resistance of a ppk mutant of E. coli MG 1655 harboring the nickel resistance gene from L. pneumophila was compared with that of its parental strain. The nickel resistance was significantly attenuated by ppk inactivation, which was more pronounced in an LB medium than in a TMS medium.