• The Plant Pathology Journal
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• 제18권5호
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• pp.259-265
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• 2002

Apple mosaic virus (ApMV), a member of the genus Ilarvirus, was detected and isolated from diseased 'Fuji' apple (Malus domestica) in Korea. The coat protein (CP) genes of two ApMV strains, denoted as ApMV-Kl and ApMV-K2, were amplified by using the reverse transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR) and were analyzed thereafter. The objectives were to define the molecular variability of genomic information of ApMV found in Korea and to develop virus-derived resistant gene source for making virus-resistant trans-genic apple. RT-PCR amplicons for the APMVS were cloned and their nucleotide sequences were determined. The CPs of ApMV-Kl and ApMV-K2 consisted of 222 and 232 amino acid residues, respectively. The identities of the CPs of the two Korean APMVS were 93.1% and 85.6% at the nucleotide and amino acid sequences, respectively. The CP of ApMV-Kl showed 46.1-100% and 43.2-100% identities to eight different ApMV strains at the nucleotide and amino acid levels, respectively. When ApMV-PV32 strain was not included in the analysis, ApMV strains shared over 83.0% and 78.6% homologies at the nucleotide and amino acid levels, respectively. ApMV strains showed heterogeneity in CP size and sequence variability. Most of the amino acid residue differences were located at the N-termini of the strains of ApMV, whereas, the middle regions and C-termini were remarkably conserved. The APMVS were 17.(1-54.5% identical with three other species of the genus Ilarviyus. ApMV strains can be classified into three subgroups (subgroups I, II, and III) based on the phylogenetic analysis of CP gene in both nucleotide and amino acid levels. Interestingly, all the strains of subgroup I were isolated from apple plants, while the strains of subgroups II and III were originated from peach, hop, or pear, The results suggest that ApMV strains co-evolved with their host plants, which may have resulted in the CP heterogeneity.

• 대한유전성대사질환학회지
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• 제6권1호
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• pp.15-23
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• 2006

Purpose: Glycogen storage disease type III (GSD-III), is a rare autosomal recessive disorder of glycogen metabolism. The affected enzyme is amylo-1,6-glucosidase, 4-alpha-glucanotransferase (AGL, glycogen debranching enzyme), which is responsible for the debranching of the glycogen molecule during catabolism. The disease has been demonstrated to show clinical and biochemical heterogeneity, reflecting the genotype-phenotype heterogeneity among different patients. In this study, we analyzed mutations of the AGL gene in three unrelated Korean GSD-III patients and discussed their clinical and laboratory implications. Methods: We studied three GSD-III patients and the clinical features were characterized. Sequence analysis of 35exons and part exon-intron boundaries of the AGLgene in patients were carried out by direct DNA sequencing method using genomic DNA isolated from patients' peripheral leukocytes. Results: The clinical features included hepatomegaly (in all patients), seizures (in patient 2), growth failure (in patients 1), hyperlipidemia (in patients 1 and 3), raised transaminases and creatinine kinase concentrations (in all patients) and mild EKG abnormalities (in patients 2). Liver transplantation was performed in patient 2due to progressive hepatic fibrosis. Administration of raw-corn-starch could maintain normoglycemia and improve the condition. DNA sequence analysis revealed mutations in 5 out of 6 alleles. Patient 1 was a compound heterozygote of c.1282 G>A (p.R428K) and c.1306delA (p.S603PfsX6), patient 2 with c.1510_1511insT (p.Y504LfsX10), and patient 3 with c.3416 T>C (p.L1139P) and c.l735+1 G>T (Y538_R578delfsX4) mutations. Except R428K mutation, 4 other mutations identified in3 patients were novel. Conclusion: GSD-III patients have variable phenotypic characteristics resembling GSD-Ia. The molecular defects in the AGL gene of Korean GSD-III patients were genetically heterogeneous.

• 식물조직배양학회지
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• 제25권5호
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• pp.341-346
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• 1998

색소유전자의 전이를 통하여 새로운 색소발현체계를 가진 품종을 육종하기 위한 기초연구로 stock (Matthiola incana R. Br.)의 꽃봉오리로부터 cDNA-library를 합성하였고 screening을 통하여 anthocyanin 합성경로의 중요효소의 하나인 DFR (dihydroflavonol 4-reductase) 유전자를 분리하였다. 염기서열분석을 수행하여 분리유전자의 크기가 1450bp 이며 이중 coding region은 1029 bp 임을 확인하였다. 이미 밝혀진 다른 식물체의 DFR 유전자와 서로 염기서열의 일치성을 비교해 본 결과 외자엽식물인 옥수수와 보리와는 각각 61%를 보였으며, 쌍자엽식물인 페튜니아, 금어초, 거베라, 과꽃 그리고 카네이션 등 과는 66%-67%의 일치성을 나타내었다. 아울러 염기서열의 G/C 함량분석을 통하여 쌍자엽식물의 G/C 함량은 외자엽식물의 그것에 비해 매우 낮은 수치를 나타내었다. 분리유전자의 발현을 확인하기 위하여 인위적으로 기내에서의 전사와 해석을 수행한 결과 42-44 kd 크기의 단백질을 확인하였다. Southern blot 분석의 결과 DFR 유전자는 stock의 genome에 다른 대부분의 식물체와 유사하게 한 개가 존재하며 야생종과 돌연변이종의 stock을 분리 DFR 유전자를 probe 로 Northern blot 분석을 수행하여 돌연변이종인 lineK17b가 DFR 돌연변이임을 확인하였다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제38권2호
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• pp.105-116
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• 2011

Transgenic zoysiagrass (Zoysia japonica Steud.) expressing the bar gene inserted in the plant genome has been generated previously through Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation. The GM zoysiagrass (event: JG21) permits efficient management of weed control of widely cultivated zoysiagrass fields, reducing the frequency and cost of using various herbicides for weed control. Now we have carried out the environmental risk assessment of JG21 prior to applying to the governmental regulatory agency for the commercial release of the GM turf grass outside of test plots. The morphological phenotypes, molecular analysis, weediness and gene flow from each test plot of JG21 and wild-type zoysiagrasses have been evaluated by selectively analyzing environmental effects. There were no marked differences in morphological phenotypes between JG21 and wild-type grasses. The JG21 retained its stable integration in the host plant in T1 generation, exhibiting a 3:1 segregation ratio according to the Mendelian genetics. We confirmed the copy number (1) of JG21 by using Southern blot analysis, as the transgenic plants were tolerant to ammonium glufosinate throughout the culture period. From cross-fertilization and gene flow studies, we found a 9% cross-pollination rate at the center of JG21 field and 0% at distances over 3 m from the field. The JG21 and wild-type zoysiagrass plants are not considered "weed" because zoysiagrasses generally are not dominant and do not spread into weedy areas easily. We assessed the horizontal gene transfer (HGT) of the transgene DNA to soil microorganisms from JG21 and wild-type plants. The bar gene was not detected from the total genomic DNA extracted from each rhizosphere soil of GM and non-GM Zoysia grass fields. Through the monitoring of JG21 transgene's unintentional release into the environment, we found no evidence for either pollen mediated gene flow of zoysiagrass or seed dispersal from the test field within a 3 km radius of the natural habitat.

• 미생물학회지
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• 제35권1호
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• pp.7-12
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• 1999

Pseudomons sp. PY002의 exotoxin A 의 발현 양상을 관찰하기 위하여 P.aeruginosa PAO1의 anti-exotoxin A와 immunoblot hybridization을 실시한 결과 배지내에 유용 가능한 철이 고갈됨에 따라 exotoxin A의 발현양은 점차적으로 증가하는 양상을 보였으며, CAS 배지에 점적한 배양 상층액에서 siderophore의 발현양도 증가함을 보였다. P.sp.PY002 의 genomix library를 제조하여, exotoxin A를 분비하는 2개의 클론을 선별하려 pETA23과 pETA42 로 명명한 후, 반응성이 강한 Peta42를 선발하였다. pETA 42는 약 1.7kb 크기의 insert를 가지며, 양쪽 말단에 cloning site 인 pstI site 가 존재하며 2개의 NcoI, 1개의 PvuII, 1개의 SstI , 3개의 SmaI, 1개의 KpnI, 3개의 HaeII, 1개의 EcoRI site가 존재하였다.

• 한국균학회지
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• 제25권3호통권82호
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• pp.202-208
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• 1997

Fusarium을 간단한 방법으로 DNA를 추출한 후, 유전적 다형성을 검출하는 방법인 RAPD(Randomly Amplified Polymorphic DNA)를 이용하여 Fusarium균의 유전적 다형성과 계통분류학적 분석을 실시하였다. 20개의 분리균을 배양하여 얻어진 균사체로부터 genomic DNA를 추출하여 PCR을 실시 15개의 primer에서 $0.2{\sim}3\;Kb$ 크기의 band를 총 180개 얻었다. 180개의 band 중 다형화 현상을 보이는 band는 126개로 이를 이용하여 bionominal matrix code(0,1)을 작성한 후 UPGMA법을 이용하여 각 균주간의 관계를 분석하였다. Fusarium oxysporum 균주중 355번(F. oxysporum)과 358번(F. oxysporum)은 0.9603의 높은 상동성을 보인 반면, F. roseum (87번)과 F. oxyspoyum (358번), 69번 (F. o. f. sp. lycopersici)과 68번(F. o. f. sp. melongena)은 0.3809의 낮은 상동성을 보였다. 361번 (F. oxysporum)과 218번 (F. o. f. sp. ruphani)은 0.8730의 유사도를 354번(F. oxysporum), 228번(Fusarium sp.)은 0.7936의 유사도, 87번(F. roseum)과 57번(F. o. f. sp. raphani)은 0.5873 유사도를 가진다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제19권4호
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• pp.259-264
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• 2015

Genomic DNA samples isolated from geographical purplish Washington clam (Saxidomus purpuratus) were obtained from three different regions in the Korean Peninsula: Geoje (Geoje population; GJP), Gunsan (Gunsan population; GSP) and a site of North Korea (North Korea population; NKP). The seven primers generated the total 369 loci that can be scored from the GSP clam population. 356 fragments were generated from the NKP clam population. The complexity of the banding patterns varies dramatically between the primers and three localities. In this study, 319 loci were identified in the purplish Washington clam from Geoje and 369 in the clam population from Gunsan: 221 specific loci (69.3%) in the GJP clam population and 300 (81.3%) in the GSP population. These results demonstrate that the primer detected a large quantity of specific fragments, suggesting that the genetic variation in the GSP is higher than in the GJP population. In particular, the BION-28 primer gave DNA profiles with more fragments than the other six primers in the NKP population. The oligonucleotides primer BION-75 produced 21 unique loci to each population, which were ascertaining each population, approximately 250 bp, 300 bp and 400 bp, in the GJP population. Outstandingly, the primer BION-50 detected 21 shared loci by the three populations, major and/or minor fragments of sizes 150 bp, which were matching in all samples. With regard to average bandsharing value (BS) results, individuals from GJP population (0.743) displayed higher bandsharing values than did individuals from GSP population (0.606). In the present study, the dendrogram gained by the seven oligonucleotides primers indicates three genetic clusters: cluster 1 (GEOJE 01 ~ GEOJE 07), cluster 2 (GUNSAN 08 ~ GUNSAN 14), cluster 3 (N.KOREA 15 ~ N.KOREA 21). Among the twenty one clams, the shortest genetic distance that revealed significant molecular differences was between individuals 08 and 09 from the NKP population (genetic distance = 0.073), while the longest genetic distance among the twenty-one individuals that demonstrated significant molecular differences was between individuals GEOJE no. 03 and GUNSAN no. 09 (genetic distance = 0.669). Comparatively, individuals of GJP population were properly closely related to that of NKP population, as revealed in the hierarchical dendrogram of genetic distances. In due course, PCR analysis has revealed the significant genetic distance among three purplish Washington clam populations. PCR fragments discovered in this study could be valuable as a DNA marker of the three geographical clam populations to distinguish.

• 한국환경농학회지
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• 제21권2호
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• pp.156-161
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• 2002

냉해나 한발등의 환경스트레스에 대해 저항성을 유발하는 유전자를 환경스트레스에 강한 잡초성벼로부터 선발하고 이들 유전자를 재배벼에 도입하여 도입유전자 산물의 과량 발현을 통해 냉해나 한발 등에 대한 저항성이 향상된 벼를 선발하고자 하였다. 잡초성벼인 Bhutan 14Ad로부터 냉해 및 한발 저항성 유전자로 알려진 superoxide dismutase (SOD) cDNA를 분리하고자 mRNA를 분리하고 이 분리된 mRNA를 이용해 reverse transcriptase PCR방법으로 SOD cDNA를 cloning 하였다. 그 결과 2종의 SOD cDNA가 cloning되어 SOD-A, SOD-B로 명명하였다. 이들 cDNA의 염기서열을 결정한 결과 이들은 아미노산 서열 상동성이 88.4%를 나타내었으며, SOD-A는 Oryza sativa 계열의 Cu/Zn SOD유전자인 GenBank accession No. L36320와 99.3% 동일하였으며, SOD-B는 accession No. D01000과 100% 동일하였다. 이들 SOD-A와 SOD-B cDNA를 재배벼인 낙동벼에 형질전환하여 형질전환체 벼를 선발하였으며, 이들 형질전환체 벼의 냉해저항성및 한발저항성 검정을 통해 저항성이 향상된 형질전환체 벼를 선발하고 있다.

• 생명과학회지
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• 제27권11호
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• pp.1290-1298
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• 2017

인체의 장내에 존재하는 장내 미생물은 서로 공생 또는 길항 관계를 유지하며 우리 몸의 면역 방어 기전에 중요한 요소로 작용한다. 본 연구는 항암제가 위암 환자의 장내 미생물 생태계에 미치는 영향을 조사 하였다. 항암치료를 받는 환자의 분변에서 genomic DNA를 추출하고, 16S rDNA 유전자에 대한 denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)를 수행하였다. 분석된 균주는 개체간의 차이가 있었으나, 대부분 사람의 장내에 살고 있는 normal flora로 동정되었다. 모든 분변에 존재하는 5 개 밴드의 서열 분석 결과에 의하면 Faecalibacterium prausnitzii, Morganella morganii 및 Uncultured bacterium sp.가 나타났고, 항암제 처리 후 Sphingomonas paucimobilis, Lactobacillus gasseri, Parabacteroides distasonis 및 Enterobacter sp.가 증가하였다. 이 연구에서 probiotic으로 알려진 Bifidobacterium과 Lactobacillus를 특이적 PCR primer를 이용하여 동정한 결과, 항암제 투여로 인해 Bifidobacterium과 Lactobacillus의 개체군이 현저하게 줄어들어 diarrhea와 같은 부작용의 원인을 예상하게 하며, 장내 생태계의 주요 박테리아 집단에도 중요한 영향을 미치는 것을 알 수 있었다. 이러한 결과는 항암제 투여와 같이 시간의 흐름에 따른 균총의 변화를 시각적으로 모니터링하기 위하여 PCR-DGGE 분석법이 유용하다는 것을 나타낸다.

• 한국산림과학회지
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• 제102권1호
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• pp.59-65
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• 2013

대추나무는 우리나라에서 중요한 과수이다. 이전의 대추나무의 분류는 형태적 특성에 근거하였다. 그러나 표현형적인 특성은 환경의 영향 받아 정확한 품종 식별에 문제가 있다. 반면에 DNA 표지자는 빠르고 정확하게 식물종을 식별할 수 있다. I-SSR은 DNA를 이용한 분자표지의 하나로 유전적 유연관계와 가까운 관계에 있는 품종들의 식별에 유용하다. 본 연구에서는 16개의 I-SSR primer를 이용하여 5종의 한국 대추나무 품종과 중국에서 도입된 1종의 대추나무 품종을 분석하였다. I-SSR 분석을 통하여 primer당 6.25개인 100개의 증폭산물을 얻었고, 그 중 45개의 증폭산물(45%)이 다형성을 나타냈다. Primer별로 증폭된 밴드의 수는 2개에서 13개였다. 다형성 유전자좌의 비율은 10%에서 100%였다. I-SSR 지문분석 결과 '보은대추'와 '대리대추'는 분자수준에서 품종 특이적인 식별 가능한 DNA 패턴들이 나타났다. 군집분석결과 유전적 유사도지수는 0.68~0.92로 나타났다. '보은대추'와 '대리대추'가 독립적인 그룹들로 유집되었으며, '월출대추', '금성대추', '무등대추' 그리고 '복조대추'가 한 그룹으로 합쳐졌다. 이상의 결과로, I-SSR 표지를 이용한 분석방법은 '복조대추'와 '보은대추' 품종의 식별에 활용될 수 있음이 확인되었다.