• Journal of Cerebrovascular and Endovascular Neurosurgery
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• 제25권2호
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• pp.143-149
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• 2023

Objective: The purpose of this nationwide age- and sex- matched longitudinal study was to determine the pyogenic spondylitis (PS) increases the incidence of ischemic stroke (IS) in Korea. Methods: From the National Health Insurance Service (NHIS), we collected the patient data for the period from January 1, 2004 to December 31, 2015. PS was classified according to the International Classification of Disease codes M46.2-M46.8, M49.2, and M49.3. By using a 1:5 age- and sex- stratified matching, a total of 628 patients and 3140 control subjects were included in the study. The IS incidence rates in PS and control group was calculated by using the Kaplan-Meier method. The outcome of hazard ratio of IS was estimated by Cox proportional hazards regression analyses. This study did not exclude PS as a result of postoperative complications. Results: According to the study, 51 patients (8.12%) in the PS group and 201 patients (6.4%) in the control group experienced IS. The adjusted hazard ratio of IS in the PS group was 3.419 (95% CI: 2.473-4.729) after adjusting individual medical condition and demographics. Following the results of subgroup analysis, the risk ratio of IS was greater in most of the subgroup categories (male, female, age <65, age >65, non-diabetic, hypertensive, non-hypertensive, dyslipidemic and non-dyslipidemic subgroup). However, the risk of IS did not differ significantly in diabetic subgroup (95% CI: 0.953-4.360). Conclusions: The risk rate of IS increased in patient with pyogenic spondylitis.

• The Plant Pathology Journal
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• 제40권5호
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• pp.512-524
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• 2024

Transcription factors (TFs) regulate gene expression by binding to DNA. The NAC gene family in plants consists of crucial TFs that influence plant development and stress responses. The whole genome of Capsicum annuum shows over 100 NAC genes (CaNAC). Functional characteristics of the most CaNAC TFs are unknown. In this study, we identified CaNAC4, a novel NAC TF in C. annuum. CaNAC4 expression increased after inoculation with the pathogens, Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria race 3 and X. axonopodis pv. glycines 8ra, and following treatment with the plant hormones, salicylic acid and abscisic acid. We investigated the functional characteristics of the CaNAC4 gene and its roles in salt tolerance and anti-pathogen defense in transgenic Nicotiana benthamiana. For salt stress analysis, the leaf discs of wild-type and CaNAC4-transgenic N. benthamiana plants were exposed to different concentrations of sodium chloride. Chlorophyll loss was more severe in salt stress-treated wild-type plants than in CaNAC4-transgenic plants. To analyze the role of CaNAC4 in anti-pathogen defense, a spore suspension of Botrytis cinerea was used to infect the leaves. The disease caused by B. cinerea gradually increased in severity, and the symptoms were clearer in the CaNAC4-transgenic lines. We also investigated hypersensitive response (HR) in CaNAC4-transgenic plants. The results showed a stronger HR in wild-type plants after infiltration with the apoptosis regulator, BAX. In conclusion, our results suggest that CaNAC4 may enhance salt tolerance and act as a negative regulator of biotic stress in plants.

• Journal of Ginseng Research
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• 제48권5호
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• pp.511-519
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• 2024

Background: The cycle of seasonal dormancy of perennating buds is an essential adaptation of perennial plants to unfavorable winter conditions. Plant hormones are key regulators of this critical biological process, which is intricately connected with diverse internal and external factors. Recently, global warming has increased the frequency of aberrant temperature events that negatively affect the dormancy cycle of perennials. Although many studies have been conducted on the perennating organs of Panax ginseng, the molecular aspects of bud dormancy in this species remain largely unknown. Methods: In this study, the molecular physiological responses of three P. ginseng cultivars with different dormancy break phenotypes in the spring were dissected using comparative genome-wide RNA-seq and network analyses. These analyses identified a key role for abscisic acid (ABA) activity in the regulation of bud dormancy. Gene set enrichment analysis revealed that a transcriptional network comprising stress-related hormone responses made a major contribution to the maintenance of dormancy. Results: Increased expression levels of cold response and photosynthesis-related genes were associated with the transition from dormancy to active growth in perennating buds. Finally, the expression patterns of genes encoding ABA transporters, receptors (PYRs/PYLs), PROTEIN PHOSPHATASE 2Cs (PP2Cs), and DELLAs were highly correlated with different dormancy states in three P. ginseng cultivars. Conclusion: This study provides evidence that ABA and stress signaling outputs are intricately connected with a key signaling network to regulate bud dormancy under seasonal conditions in the perennial plant P. ginseng.

• Journal of Veterinary Science
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• 제25권5호
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• pp.59.1-59.10
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• 2024

Importance: Despite advancements in herd management, feeding, and pharmaceutical interventions, neonatal calf diarrhea (NCD) remains a major global health concern. Bacteria, viruses, and parasites are the major contributors to NCD. Although several pathogens have been identified in the Republic of Korea (ROK), the etiological agents of numerous NCD cases have not been identified. Objective: To identify, for the first time, the prevalence and impact of Boosepivirus (BooV) on calf diarrhea in the ROK. Methods: Here, the unknown cause of calf diarrhea was determined using metagenomics We then explored the prevalence of certain pathogens, including BooV, that cause NCD. Seventy diarrheal fecal samples from Hanwoo (Bos taurus coreanae) calves were analyzed using reverse transcriptase and quantitative real-time polymerase chain reaction for pathogen detection and BooV isolate sequencing. Results: The complete genome of BooV was detected from unknown causes of calf diarrhea. And also, BooV was the most frequently detected pathogen (35.7%) among 8 pathogens in 70 diarrheic feces from Hanwoo calves. Co-infection analyses indicated that most BooV-positive samples were solely infected with BooV, indicating its significance in NCD in the ROK. All isolates were classified as BooV B in phylogenetic analysis. Conclusions and Relevance: This is the first study to determine the prevalence and molecular characteristics of BooV in calf diarrhea in the ROK, highlighting the potential importance of BooV as a causative agent of calf diarrhea and highlighting the need for further research on its epidemiology and pathogenicity.

• Applied Biological Chemistry
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• 제38권1호
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• pp.55-62
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• 1995

한국 마늘 바이러스의 유전자 구조와 병 발생 메카니즘을 연구하기 위하여, 바이러스가 감염된 마늘잎으로부터 바이러스 입자를 분리하고 RNA를 추출하였다. 그 virus RNA를 이용하여 마늘 바이러스 cDNA 유전자 은행을 만들어 일부 clone의 염기 서열을 결정하였다. 여기에서 얻은 cDNA clones 중에서 poly(A) tail을 갖는 clone S81를 분리하고 873 bp의 전체 염기서열을 결정하였다. Clone S81의 염기서열을 다른 식물 바이러스와 비교한 결과 potexvirus의 껍질단백질 부분의 염기서열과 $30{\sim}40%$의 유사성을 보여주었다. Clone S81은 바이러스 RNA의 3' 말단 부위에 해당하고, 껍질단백질의 N-terminal 3개 아미노산이 빠진 open reading frame (ORF) 및 3'-noncoding region을 포함하고 있다. 3' 말단 부분에는 바이러스 복제과정에서 cis-acting element로 작용한다고 여겨지는 hexamer motif와 polyadenylation signal이 존재한다. 이 clone을 probe로 하여 Northern blot을 실시한 결과 genome의 크기는 7.5 knt라는 것을 알 수 있었고 clone S81은 potexvirus의 cDNA clone이라는 결론을 얻었다. 한국 마늘에서 이 바이러스의 분포 양상을 알아보기 위해 껍질단백질에 대한 항체를 만들었다. 먼저 발현벡터를 이용하여 대장균에서 대량으로 발현시키고 affinity chromatography로 껍질단백질을 정제하였다. 그 단백질을 토끼에 주사하여 껍질단백질에 대한 항체를 얻었다. 이 항체를 사용하여 다양한 지역에서 재배되는 마늘잎의 추출액에 대해 immunoblot을 실시하였다. 그 결과 분자량 29,000과 27,000 위치에서 signal을 보였다. 분자량 27,000 단백질이 29,000이 분해되어 생긴 산물인지 알아보기 위하여 그 추출액을 $37^{\circ}C$에서 시간을 달리하여 incubation한 후 immunoblotting하였다. 그 결과도 마찬가지로 같은 위치에서 signal을 보여줬다. 따라서 한국 마늘에는 재배되는 지역에 따라 다소 다르기는 하지만 대체로 두 종류의 potexvirus로 감염되어 있다고 추정된다.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제34권3호
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• pp.179-188
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• 2007

목 적: 본 연구에서는 삼핵산 반복서열 확장에 의해 발병하는 헌팅톤병, 척수소뇌성 운동실조증과 X-염색체 취약 증후군 등에 대한 착상전 유전진단을 시행하기 위한 전임상 검사에서 진단 방법을 최적화하는 과정을 통해 얻은 결과들에 대해 기술하고자 한다. 연구방법: 단일 림프구를 이용한 임상전 검사에서는 서로 다른 allele를 갖고 있는 환자의 단일 세포를 사용하였으며, 헌팅톤병과 척수소뇌성 운동실조증에서는 fluorescent semi-nested PCR 시행 후 fragment analysis를 수행하였다. X-염색체 취약 증후군의 경우 multiple displacement amplification (MDA) 방법을 이용한 whole genome amplification에서 얻어진 MDA 산물로 fluorescent PCR을 시도하였다. 결 과: 헌팅톤병의 경우 단일 림프구 시료 모두에서 CAG repeats 증폭에 성공하여 100.0%의 증폭성공률과 14.0% allele drop-out (ADO) rate를, 척수소뇌성 운동실조증의 경우 94.7%의 증폭성공률과 5.6%의 ADO rate을 나타내었다. X-염색체 취약 증후군의 경우 fluorescent semi-nested PCR 방법만으로는 단일 림프구 시료에서 CGG repeats이 증폭되지 않았지만, MDA 산물을 이용한 fluorescent PCR 결과 84.2%의 증폭성공률과 31.3%의 ADO rate을 얻을 수 있었다. 결 론: 본 연구를 통해 헌팅톤병과 척수소뇌성 운동실조증의 착상전 유전진단에는 fluorescent semi-nested PCR 방법의 적용이 가능함을 확인하였으며, X-염색체 취약 증후군의 경우에는 MDA를 이용한 fluorescent PCR 방법을 사용해야 함을 알 수 있었다. 유전자의 변이에 대한 분석이 쉽지 않은 단일 유전자 이상에 대한 착상전 유전진단의 경우 다양한 유전자 분석 방법을 이용한 단일 세포에서의 진단 방법의 최적화 연구가 필수적으로 선행되어야 할 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제15권2호
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• pp.261-266
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• 2005

생명체의 본질적 기능에 중요한 역할을 담당하는 유전자들을 밝히기 위해 미생물 유전체들 사이의 공통적 유전자를 밝히는 COG알고리듬을 이용하였다. 진핵생물 3종을 포함한 66종의 미생물에서 63개의 유전자가 보존적이었으며, 단백질 합성에 관여하는 유전자들이 총 52개로 생명현상에서의 단백질의 중요성을 알 수 있었다. 각 보존적 유전자들의 distance value를 이용하여 종간의 유전자 변이의 정도를 보면, ribosomal protein S12 (COG0048)와 ribosomal protein L14 (COG0093)의 보존성이 가장 높았다. 보존적 유전자들의 평균과 분산으로 유전체 분석을 수행한 결과, 고세균과 진정세균의 각 그룹 등 근연종들이 독자적 그룹을 형성하였다. 하지만 각 그룹내의 속 및 유전체의 수와 유전체 변이의 정도는 비례하지 않는 것을 알 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제38권2호
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• pp.86-95
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• 2002

최근 인간을 비롯한 다양한 생명체의 genome project연구결과 밝혀진 유전자들의 염기서열을 토대로, 생명체 구성성분의 실질적 인 역할을 하는 단배질의 기능을 밝히는 proteomics에 관한 연구의 필요성 이 대두되고 있다. 따라서, 이 연구는 post-genomics시대에 다양한 종류의 단백질 기능과 상호작용의 기초연구에 필수적 인 새로운 포유동물세포 유전자 발현벡터를 RNA 바이러스인 소설사성 바이러스(Bovine Viral Diarrhea Virus)의 infectious CDNA molecular clone을 이용하여 개발하였다. 먼저 BVDV의 infectious CDNA molecular clone (pNADLclns-)을 이용하여 puromycin 항생제에 저항성을 나타내는 puromycin acetyltransferase (pac) 유전자를 삽입하여 recombinant full-length infectious CDNA clone을 합성하였다. 합성된 recombinant CDNA clone을 주형으로 T7 RNA polymerase를 사용하여 in vitro transcribed full-length viral RNA를 합성하였다. 합성된 viral RNA의 자가복제 여부는 MDBK세포에 transfection시킨 후, $^{32}P$ 로 metabolically label함으로써 확인하였다. 또한, transfection된 세포에서의 바이러스 단백질 발현여부는 바이러스에 특이적으로 반응하는 anti-NS3 단클론항체를 사용하여 분석하였다. 또한, infectious CDNA clone을 응용하여 새로운 포유동물세포유전자 발현벡터의 개발을 위해서, 먼저 바이러스의 구조단백질이 바이러스의 자가복제에 필수적인 지를 평가하였다. 실험결과, 각각의 구조단백질 유전자를 deletion한 recombinant cDNA clone으로부터 합성된 viral RMA의 자가복제여부는pac유전자의 발현여부로 recombinant cDNA clone으로부터 합성된 recombinant viral RMA를 MDBK 세포에 transfection시킨 후, puromycin으로 selection함으로써 할 수 있었다. Deletion실험결과, 각각의 구조단백질 capsid및 E0, El, E2는 바이러스의 자가복제에 영향을 기치지 않음을 알 수 있었다. 이와 더불어, 바이러스의 모든 구조단백질을 함께deletion하였을 경우에도 자가복제에는 영향을 기치지 않는 것을 합성된 viral replicon을 이용한 실험에서 알 수 있었다. 이렇게 합성된 BVDV의 replicon을 사용하여 포유동물의 발현벡터로써 사용할수 있는 지의 여부를 분석하기 위해서 pac유전자 이외에 luciferase유전자를 사용하여 MDBK및 HeLa, BHK세포에서의 단백질 발현정도를 시간 별로 분석한 결과, BVDV의 replicon을 다양한 종류의 유전자 발현벡터로사용할 수 있음을 알 수 있었다. 그러므로, RNA바이러스의 하나인 BVDV의 viral replicon을 이용하여 다양한 종류의 포유동물 세포에 유전자 발현벡터로써 사용할 수 있음으로 post-genomics시대에 다양한 종류의 단백질 기능연구에 맡은 도움이 되리라 기대한다.

• 생명과학회지
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• 제24권6호
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• pp.618-625
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• 2014

쌀가루는 많은 식품 가공에 이용된다. 그러나 밀가루 반죽이 빵과 면을 포함한 많은 식품 가공 제품에 적합한 반면에, 쌀로 만든 반죽은 신장성과 탄력성이 부족하다. 고분자 글루테닌 서브유닛(HMW-GS)은 밀의 가공 적성을 결정하는데 중요한 역할을 한다. 본 연구에서, 우리는 아그로박테리움(Agrobacterium) 동시 형질전환법을 이용하여 한국 밀 품종인 '조경'으로부터 HMW-GS를 암호화하는 밀 Glu-1Dy10 유전자를 발현하는 marker-free 형질전환 벼 식물체를 개발하였다. 오직 Glu-1Dy10 유전자와 HPTII (hygromycin phosphotransferase II) 저항성 유전자만을 포함하는 분리된 DNA 조각들로 구성된 두 가지 발현 카셋트(cassettes)를 독립적으로 아그로박테리움(Agrobacterium) EHA105 에 도입하였다. Glu-1Dy10 또는 HPTII를 함유하는 EHA105 를 각각 3:1 비율로 벼 캘러스에 접종하였다. 290개의 하이그로마이신(hygromycin) 저항성 $T_0$ 식물체 중에서 우리는 벼 게놈에 Glu-1Dy10과 HPTII 유전자가 모두 삽입된 29개의 형질전환 라인을 획득하였다. 우리는 Glu-1Dy10 유전자가 벼 게놈 내로 도입된 것을 Southern blot 분석을 통해 다시 확인하였다. 형질전환 벼 종자에서 Glu-1Dy10의 전사(Transcripts)와 단백질을 semi-quantitative RT-PCR과 Western blot 분석을 통해서 확인하였다. 최종적으로, 오직 Glu-1Dy10 유전자를 갖는 marker-free 식물체를 $T_1$ 세대에서 성공적으로 선발할 수 있었다.

• 한국자원식물학회지
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• 제32권5호
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• pp.519-542
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• 2019

본 연구에서는 국내 콩 유전체의 변이밀집영역(dVB)에서 유래한 27개 InDel 마커를 신품종 20개에 적용하여 품종판별용 마커로서 범용성을 검증하고 신품종의 구별성과 국내 품종의 유전적 다양성을 확인하였다. 20개 신품종과 MyCrops에 포함된 기존 149개 품종과의 유사도는 평균 61.3%이고, 최저 25.9%에서 최대 96.3%의 유사도로 완전 일치(100%)되는 바코드는 없어 20개 신품종의 유전적 구별성을 모두 확인할 수 있었다. 유연관계를 분석한 결과에서는 신품종을 포함한 국내 169품종이 4개의 유전집단으로 구분되었으며 풋콩 및 단기성 콩의 80%가 I-2 소그룹, 나물콩의 65.9%가 II-2 소그룹에 주로 속한 반면, 장류 및 두부콩은 I-1 (44.4%), I-2 (26.4%), II-2 (23.6%) 소그룹에 고르게 분포하였다. 20개 신품종에 대한 계보도는 나물콩 주요 계보와 장류 및 두부콩으로 크게 두 그룹으로 나누어지며 유연관계분석을 뒷받침하였다. 품종판별을 위한 최소 마커를 선발하기 위해 PIC가 높은 공통마커와 품종별 특이마커를 선발하는 2단계 과정을 통해 품종에 따라 7~9개의 최소 마커로 신품종의 진위를 판별할 수 있었다. 이처럼 콩 변이밀집영역에서 유래된 27개 InDel 마커와 이를 이용한 신품종 바코드 정보의 지속적인 업데이트는 수입산에 대한 국산 품종의 보호와 육성가의 권리 증진에 기여하며, 더불어 육종과정 중 신규 유전변이를 도입하고 목표형질을 선발하는 등 육종 효율을 개선하는데도 도움이 될 것으로 기대한다.