• 한국지능시스템학회:학술대회논문집
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• 한국퍼지및지능시스템학회 2004년도 춘계학술대회 학술발표 논문집 제14권 제1호
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• pp.273-276
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• 2004

Genome-scale expression data provides us with valuable insights about organisms, but the biological validation of in-silico analysis is difficult and often controversial. Here we present a new approach for integrating previously established knowledge with computational analysis. Based on the known biological evidences, IGAM (Integrated Gene Association Matrix) automatically estimates the relatedness between a pair of genes. We combined this association knowledge to the regulatory network modeling and fuzzy clustering in yeast 5. Cerevisiae. The result was found to be more effective for extracting biological meanings from in-silico inferences for gene expression data.

• The Plant Pathology Journal
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• 제19권5호
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• pp.221-226
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• 2003

Twenty universal rice primers (URPs) were used to detect PCR polymorphisms in 25 isolates of six different Alternaria species producing host specific toxins (HST). Eight URPs could be used to reveal PCR polymorphisms of Alternaria isolates at the intra- and inter-species levels. Specific URP-PCR polymorphic bands that are different from those of the other Alternaria spp. were observed on A. gaisen and A. longipes isolates. Unweighted pair-group method with arithmetic mean (UPGMA) cluster analysis using 94 URP polymorphic bands revealed three clustered groups (A. gaisen group, A. mati complex group, and A. logipes group).

• 대한수의학회지
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• 제45권2호
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• pp.199-205
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• 2005

DNA fingerprint patterns of 8 Brucella reference strains and 15 B. abortus field isolates were characterized by repetitive element sequence-based PCR (rep-PCR) using BOX- and ERIC-primers in this study. AMOS PCR differentiated all Brucella field isolates from B. abortus RB51, a vaccine strain by producing a B. abortus-specific 498 bp band. Rep-PCR using BOX-primer produced 13 to 18 bands with sizes of between 230 and 3,300 bp, and discriminated Brucella strains to the species level except B. canis and B. suis. PCR products amplified with ERIC primers were, however, not appropriate for differentiating the Brucella isolates. DNA fingerprint patterns for all B. abortus field isolates were identical among them and were put on one cluster with B. abortus biovar 1 reference strain in the dendrogram, indicating they were highly clonal. These results suggested that rep-PCR using BOX primer might to be a useful tool for calculating genetic relatedness among the Brucella species and for the study of brucellosis epidemiology.

• 원예과학기술지
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• 제33권5호
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• pp.737-750
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• 2015

국내에서 시판되고 있는 수박 102 품종에 대한 DNA 프로 파일 데이터베이스를 구축하기 위하여 genomic microsatellite(gMS)와 expressed sequence tag(EST) microsatellite(eMS) 마커의 다형성 정도의 비교와 유전적 연관성 분석을 통한 품종식별력 검정 등에 대한 일련의 연구를 수행하였다. 수박 gMS 마커를 이용하여 국내에서 시판되고 있는 수박 102 품종을 검정하였을 때 마커당 3.63개의 평균 대립유전자가 검출되었으며, 평균 PIC 값은 0.479로 나타났다. 이에 반해 eMS 마커는 평균 대립유전자의 수가 2.50개, PIC 값이 0.425로 나타나 gMS 마커보다 다형성 정도가 낮게 나타났다. gMS와 eMS 및 이들 두 종류의 마커를 병합하여 작성된 계통도는 microsatellite 마커의 다형성에 따라 수박 102개 품종을 6-8개의 그룹으로 구분하였고 대부분의 품종의 식별이 가능하였다. 3가지 마커 유형에 따라 작성된 계통도를 Mantel test에 의해 상관 정도를 분석하였을 때 높은 상관($r{\geq}0.80$)을 나타내었다. 따라서 본 연구에 활용된 microsatellite 마커는 수박 유전자원의 특성평가, 순도검정 및 품종의 지문화 작업의 수단으로 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

• 한국버섯학회지
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• 제8권1호
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• pp.27-32
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• 2010

본 시험은 국내외에서 수집한 꽃송이버섯균 22균주에 대하여 분자생물학적 유연관계를 분석하고자 하였다. 수집균주의 ribosomal DNA의 ITS 영역에 대한 cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) 분석 결과, KACC50866은 다른 균주들과 20%이하의 유연관계를 나타내었으며 나머지 균주들은 90% 이상의 유연관계를 보이면서 4그룹으로 구분되었다. 따라서 이들의 세분화된 분자생물학적 구분을 위하여 rDNA ITS 영역의 염기서열분석을 하여 구분하여 본 결과 KACC50866 균주는 다른 꽃송이버섯균과 유연관계가 매우 낮은 것으로 나타났다. 그리고 나머지 21개 균주는 같은 그룹으로 구분되어 있어 같은 종으로 생각할 수 있으나, 이들을 좀더 세분하기 위해서는 미토콘드리아의 유전자 서열 분석 등이 병행되어야 할 것으로 판단된다.

• 대한수의학회지
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• 제38권1호
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• pp.53-63
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• 1998

Total of 1085 swine sera (1996-1997) from nation-wide were tested for the presence of antibodies to influenza A virus. Fifty nine percent of the tested sera showed seropositive by HI test. Positive sera consisted of 24--- of H3, 15--- of H1, and 20--- of the sample had both antibodies, respectively. Sera collected from various region represented 7~27--- seropositivity to H1N1, 15~25--- to H3N2, respectively. Swine influenza field isolate from nasal swab was characterized antigenically and genetically to elucidate its relatedness with other known strains of influenza A virus. The study was focused on the HA gene which is related to pathogenecity and antigenic variability of the influenza virus. By RT-PCR using influenza A/H1N1 specific primers, influenza virus H1N1 specific DNA fragment was amplified from A/Swine/Iowa/15/30(H1N1), US field isolate but not in H3N2 strain. PCR products were sequenced by dideoxy chain termination method to determine nucleotide homology with other strains of influenza A virus. The US field isolate and A/Swine/Indiana/1726/88 strain had 97--- of nucleotide homology and 98--- of amino acid homology. Based on the results obtained from this experiment, the field isolate was genetically related to A/Swine/Indiana/1726/88 and had higher homology with A/Swine/Indiana/1726/88 than with classical swine influenza virus, A/Swine/Iowa/15/30. The field isolate had no amino acid changes at the antigenic site compare to that of the A/Swine/Indiana/1726/88. The proteolytic enzyme cleavage site between HA1 and HA2 had no alteration and the amino acid arginine was intact. There is no evidence has been found that the field isolate has genetic shift or genetic drift which might altered antigenic determinant.

• 한국어병학회지
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• 제34권2호
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• pp.141-147
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• 2021

본 연구에서는 주요 새우 생산 국가에서 2017년 7월부터 2020년 11월 사이 생산되어 국내로 수입된 냉동 새우(29개 그룹)를 대상으로 흰반점바이러스(WSSV), covert mortality nodavirus (CMNV) 및 decapod iridescent virus 1 (DIV-1)의 검출여부를 조사하였다. 각 바이러스에 대한 nested PCR 결과, WSSV는 9개 그룹(9/29)에서 검출되었으며 CMNV와 DIV-1은 검출되지 않았다. Nested PCR에서 WSSV 양성으로 확인된 시료를 대상으로 WSSV genome variable loci로 알려진 VR 14/15 region에 대해 참조 서열들과 삽입/결손(insertion and deletion) 서열 비교 및 근연관계를 분석하였다. WSSV 양성 시료 중 1개 시료(20-CH-1 isolate, 2020년 10월 중국 생산)에서만 VR 14/15에 대한 PCR amplicon이 생성되었으며 염기서열 분석 결과, 20-CH-1 isolate는 2005년 인도에서 보고된 WSSV-IN-05-01과 99.84%의 상동성을 보였다. 이는 과거 알려진 바와 같이 새우의 교역을 통한 국가 간 WSSV가 확산되었음을 뒷받침해주는 결과이다.

• 한국균학회지
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• 제37권1호
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• pp.19-27
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• 2009

25개의 큰느타리버섯 균주를 국내외의 다양한 지역에서 수집하여 본 실험에 사용하였다. PER-007과 PER-012균주는 다른 균주와 비교하여 볼 때 PDA 배지상에서 특징적인 균총 형태를 보였으나 대부분 균주간 유사한 균사생장률을 보였다. 자실체 유도 및 생육 실험에서 PER-007균주는 자실체가 형성 되지 않았고 PER-012균주의 발이가 되었으나 이후 성숙 자실체로 성장하지 않았으며 그 외의 공시한 균주의 자실체 대부분의 갓모양은 볼록반구형, 평판구형 등 다양하게 나타났다. URP primer의 PCR 반응 조건은 $48^{\circ}C$에서 $52^{\circ}C$의 annealing 온도에서 높은 다형성 밴드를 관찰할 수 있었으며 25개의 P. eringii strains의 다형성은 11개의 URP primer 중 URP1F, URP2R, URP2F, URP4R, URP6R, URP9F, URP17R primer에서 계통간 PCR 다형성 밴드를 형성하였다. URP-PCR다형성밴드를 기초로 하여 유전적 유연관계를 분석한 결과 P. eringii strain들은 $76%{\sim}100%$정도의 유전적 유사도를 가지는 3개의 주요 group으로 나눌 수 있었으며 PER-007과 PER-017균주는 outgroup으로 원연관계를 형성하였다.

• 생명과학회지
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• 제20권4호
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• pp.632-638
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• 2010

총 20개의 감 SSR primer set을 사용하여 완전단감(PCNA) 12품종, 불완전단감(PVNA) 13품종, 불완전 떫은감(PVA) 15품종, 완전 떫은감(PCA) 8품종 등, 총 48개 유전자원의 유전적 연관성을 분석하였다. 획득된 114개의 다형성 밴드를 이용하여 UPGMA 방식으로 유사도 및 집괴분석을 수행한 결과 48개 품종들은 크게 2개의 그룹(cluster)으로 나뉘어졌으며, 제 1 cluster는 다시 4개의 subcluster를 형성하였다. 이는 탈삽의 특성을 기준으로 분류한 품종군과 대체로 일치 함을 알 수 있고, 품종군간의 유연관계에 있어서는 완전단감군은 불완전 단감군과, 그리고 완전 떫은감은 불완전 떫은감군과 유연관계가 더욱 높은 것으로 관찰되었다. 평균 유사도의 값은 0.499였고 품종간 가장 높은 유사도 값(0.954)를 나타낸 것은 '청도반시'와 '함안반시'였고, 가장 낮은 유사도 값(0.192)를 나타낸 것은 '대마반'과 '애탕'이었다. 본 연구에 사용된 2SSR primer 들은 유럽 감품종으로부터 개발되어 보고되었지만, 일본 및 국내 품종의 연구에서도 효과적으로 사용될 수 있었고, 이들 마커들을 통해, 48개 품종 중 청도반시(Cheongdo-Bansi)와 경산반시(Gyeongsan-Bansi)를 제외한 모든 품종간 구별이 가능하였다. 이는 향후 신품종 개발시 품종보호를 위한 품종 특이적 마커로 효율적으로 사용될 수 있음을 보여준다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제42권4호
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• pp.401-408
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• 2015

멜론(Cucumis melo L.) 유전자원 83 품종에 대한 형질특성 및 유전적 다양성을 분석하였다. 형질은 유묘, 잎, 줄기, 화기, 과실, 종자에 대해 총 35개 세부특성을 조사하고, 다변량(MANOVA) 분석을 하였다. 주성분 분석(PCA, principal component analysis) 결과 과중, 과장, 과경, 자엽길이, 종자직경, 종자길이 등 8개의 주성분이 전체 변량의 76.3% 를 나타내었다. 평균연관법(Average linkage method)을 사용한 83개의 멜론의 군집분석(Cluster analysis) 결과 coefficient 0.7에서 5개의 cluster로 분류되었다. Cluster I은 과특성에 있어 가장 높은 측정치를, Cluster II는 당도, Cluster V는 과의 성숙기간이 긴 품종들로 주로 구성되었다. 유전자형 분석은 Cucurbit Genomics Initiative (ICuGI) database에 공시된 15개의 Expressed-sequence Tag-Simple Sequence Repeat (EST-SSR) 마커를 이용하였으며 비가중평균결합법(UPGMA)을 통해 품종간 유연관계를 분석하고 6개의 군으로 분류하였다. 형태적 군집분석 결과와 유전적 군집분석 결과의 상관관계를 조사한 결과 상관계수(r) 값이 -0.11으로 매우 낮게 나타났다.