• 제목/요약/키워드: Genetic assessment

검색결과 420건 처리시간 0.03초

The interaction of Apolipoprotein A5 gene promoter region T-1131C polymorphism (rs12286037) and lifestyle modification on plasma triglyceride levels in Japanese

  • Yamasaki, Masayuki;Mutombo, Paulin Beya wa Bitadi;Iwamoto, Mamiko;Nogi, Akiko;Hashimoto, Michio;Nabika, Toru;Shiwaku, Kuninori
    • Nutrition Research and Practice
    • /
    • 제9권4호
    • /
    • pp.379-384
    • /
    • 2015
  • BACKGROUND/OBJECTIVE: Apolipoprotein A5 gene promoter region T-1131C polymorphism (APOA5 T-1131C) is known to be associated with elevated plasma TG levels, although little is known of the influence of the interaction between APOA5 T-1131C and lifestyle modification on TG levels. To investigate this matter, we studied APOA5 T-1131C and plasma TG levels of subjects participating in a three-month lifestyle modification program. SUBJECTS/METHODS: A three-month lifestyle modification program was conducted with 297 participants (Age: $57{\pm}8years$) in Izumo City, Japan, from 2001-2007. Changes in energy balance (the difference between energy intake and energy expenditure) and BMI were used to evaluate the participants' responses to the lifestyle modification. RESULTS: Even after adjusting for confounding factors, plasma TG levels were significantly different at baseline among three genotype subgroups: TT, $126{\pm}68mg/dl$; TC, $134{\pm}74mg/dl$; and CC, $172{\pm}101mg/dl$. Lifestyle modification resulted in significant reductions in plasma TG levels in the TT, TC, and CC genotype subgroups: $-21.9{\pm}61.0mg/dl$, $-20.9{\pm}51.0mg/dl$, and $-42.6{\pm}78.5mg/dl$, respectively, with no significant differences between them. In a stepwise regression analysis, age, APOA5 T-1131C, body mass index (BMI), homeostasis model assessment-insulin resistance (HOMA-IR), and the 18:1/18:0 ratio showed independent association with plasma TG levels at baseline. In a general linear model analysis, APOA5 T-1131C C-allele carriers showed significantly greater TG reduction with decreased energy balance than wild type carriers after adjustment for age, gender, and baseline plasma TG levels. CONCLUSIONS: The genetic effects of APOA5 T-1131C independently affected plasma TG levels. However, lifestyle modification was effective in significantly reducing plasma TG levels despite the APOA5 T-1131C genotype background.

Clinical Significance of the NQO1 C609T Polymorphism in Non Small Cell Lung Adenocarcinoma Patients

  • Masroor, Mirza;Jain, Amit;Javid, Jamsheed;Mir, Rashid;Prashant, Y;Imtiyaz, A;Mariyam, Z;Mohan, Anant;Ray, PC;Saxena, Alpana
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
    • /
    • 제16권17호
    • /
    • pp.7653-7658
    • /
    • 2015
  • Background: NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 (NQO1) is part of the antioxidant defence system involved in detoxification. This study aimed to analyze the influence of NQO1 (C609T) genetic polymorphism in non small cell lung cancer (NSCLC)as a putative risk factor. Materials and Methods: Present study included 100 cases of NSCLC (adenocarcinoma) patients and 100 age and sex matched healthy controls. NQO1 (C609T) genotyping was performed by allele specific PCR for assessment of putative associations with clinical outcome and genotypes of. The association of the polymorphism with the survival of NSCLC patients' was analyzed by Kaplan-Meier method. Results: In Indian NSCLC (adenocarcinoma) patients increased risk of developing NSCLC was found to be associated with NQO1 609TT genotype [OR 3.68(0.90-14.98), RR 2.04(0.78-5.31)] for CT [OR 2.91(1.58-5.34), RR 1.74(1.23-2.44) p=0.0005 for CT], for CT+TT [ OR 3.26(1.82-5.82), RR 1.87(1.34-2.61) p<0.0001 for CT+TT]. A significant difference (p=0.0009) was observed in genotype distribution among cases and healthy controls. Patients with CT+TT genotype exhibited a significant poor overall survival compared with patients displaying homozygous CC genotype (p=0.03) and when survival independently compared with CC, TT and CT genotype was also found to be significantly associated (p=0.02). Overall median survival times were CT 6.0 months, TT 8.2 months, and CT + TT (6.4 months)]. Conclusions: The present study revealed that NQO1 CT, TT and CT+TT genotypes may be associated with clinical outcome and risk of developing NSCLC in the Indian population.

인삼재배지의 영양환경이 인삼의 생육에 미치는 영향 (Effect of Nutritional Environment in Ginseng Field on the Plant Growth of Ginseng (Panax ginseng C. A. Meyer))

  • 진현오;김웅진;양덕춘
    • Journal of Ginseng Research
    • /
    • 제33권3호
    • /
    • pp.234-239
    • /
    • 2009
  • 이 연구는 경기도 안성지역에서 우량 및 불량 인삼재배지를 대상으로 토양 및 잎을 분석하여 인삼의 생육에 적합한 양분함량의 수준을 구명하고자 수행하였다. 인삼생육과 밀접한 관계를 보이는 물리적 성질은 공극률이었으며, 우량포지에서 50%이상의 값을 보였다. 토양의 화학적 성질의 적정범위는 전질소 2.0-2.8 g/kg, 유효인산 500-900 mg/kg, 치환성 Ca 2.3-3.5 cmol$^+$/kg 이었다. 또한, 치환성 염기 성분비 (Exch. Ca:Mg:K)도 인삼생육에 영향을 미치는 것으로 나타났는데 그 값은 우량포지에서 6:2:1, 불량포지에서 4:2:1로 나타났다. 잎의 무기양분함량 적정범위는 P 0.25% 이상, Mg 0.22%이하였으며 그 외의 원소에 있어서는 뚜렷한 값을 나타내지 않았다. 우량포지에서 엽 중 N/P, N/Mg, K/Mg, Ca/P의 함량비는 각각 10 이상, 10-13, 14 이하, 1 이상의 값을 나타내었다.

기온, 강수량, 이산화탄소농도 변화에 따른 CERES-Barley 국내품종의 종실수량 반응 (Grain Yield Response of CERES-Barley Adjusted for Domestic Cultivars to the Simultaneous Changes in Temperature, Precipitation, and CO2 Concentration)

  • 김대준;노재환;윤진일
    • 한국농림기상학회지
    • /
    • 제15권4호
    • /
    • pp.312-319
    • /
    • 2013
  • 주어진 작물모형이 기후요소 중 어떤 것에 얼마만큼 반응하는지 상대적인 민감도를 모르는 상태에서 계산결과만으로 미래 전망을 내리는 것은 적절치 않을 수 있다. 본 연구에서는 미래기후전망에 근거한 국내 보리 품종의 민감도 변화 실험을 통해 기온, 강수량, 이산화탄소 농도의 변화가 작물의 생산량에 미치는 상대적인 영향을 분석하였다. 주요 보리 품종(올보리-수원, 알보리-밀양, 새쌀보리-익산, 삼도보리-진주)에 맞게 품종모수가 조정된 CERES-Barley를 RCP 8.5 시나리오의 2071-2100 기후변동범위(1981-2010 기준 기온 $-1^{\circ}C{\sim}+8^{\circ}C$, 강수량 -50% ~ +50%, $CO_2$ 농도 330ppm ~ 900ppm)에 근거한 99개 처리조합에 의해 구동하였다. 이들 처리조합에 의해 생성된 11,880개 종실수량 계산결과를 토대로 각 기후요소의 변화에 따른 종실수량의 민감도를 분석한 결과 이산화탄소농도 변화에 가장 민감한 반응을 보인 반면 강수량 변동에 대한 반응이 가장 무디었고, 온도변화에 대해서는 기준온도대비 상승, 하강 모두 감소하는 경향이었지만 품종 별로 차이가 뚜렷하였다. CERES-Barley는 우리나라에서 농업부문 기후변화 영향평가에 널리 사용되므로 실험설계 시 이러한 모형의 민감도를 감안하여야 현실성 있는 생육모의가 가능하다.

구실바위취의 신조합명 및 계통 유연관계 (A new combination for Saxifraga octopetala (Saxifragaceae) and its phylogenetic relationship)

  • 김용인;조성현;김보윤;이정훈;강대현;김순옥;;김영동
    • 식물분류학회지
    • /
    • 제45권4호
    • /
    • pp.306-317
    • /
    • 2015
  • 본 연구에서는 간혹 흰바위취(Micranthes manchuriensis)와 동일종으로 취급되기도 하는 한국 고유종 구실바위취(Saxifraga octopetala)의 분류학적 지위를 알아보고자 수행되었다. 구실바위취의 계통학적 위치와 종의 경계를 확인하기 위해 두 종의 기준표본에 대한 형태적 검토와 핵 리보솜 DNA의 ITS 지역 염기서열에 대한 집중적인 계통분석을 시행하였다. 총 65개 구실바위취 개체는 ITS 계통수에서 하나의 무리를 이루면서 Micranthes 분기군(clade)에 포함되었고, 톱바위취 및 흰바위취와 가까운 계통 유연관계를 나타내었다. 중국과 러시아에서 채집된 다수의 흰바위취 개체 역시 독자적인 분기군을 형성하면서 M. nelsoniana var. pacifica 및 M. fusca와 자매군을 이루었다. 구실바위취의 실체가 모호했던 것은 흰바위취 개체와 톱바위취의 화서를 함께 포함하고 있는 복합표본인 Wilford의 채집품(흰바위취의 기준표본)을 Nakai가 잘못 관찰하였기 때문으로 생각되었다. 구실바위취와 흰바위취의 높은 형태적 유사성에도 불구하고 이들은 지하 포복경의 특징에 있어서 차이를 보였다. ITS 계통수에서 구실바위취가 Micranthes 내에 자리하는 것으로 나타나 구실바위취는 Micranthes 내에서 종의 지위를 유지하여야 할 것으로 판단되었고, 이에 따라 신조합명(Micranthes octopetala)을 발표하였다.

Edge effects confirmed at the clear-cut area of Korean red pine forest in Uljin, eastern Korea

  • Jung, Song Hie;Lim, Chi Hong;Kim, A Reum;Woo, Dong Min;Kwon, Hye Jin;Cho, Yong Chan;Lee, Chang Seok
    • Journal of Ecology and Environment
    • /
    • 제41권10호
    • /
    • pp.290-301
    • /
    • 2017
  • Background: Forest edges create distinctive ecological space as adjacent constituents, which distinguish between different ecosystems or land use types. These edges are made by anthropogenic or natural disturbance and affects both abiotic and biotic factors gradually. This study was carried out to assess edge effects on disturbed landscape at the pine-dominated clear-cut area in a genetic resources reserve in Uljin-gun, eastern Korea. This study aims to estimate the distance of edge influence by analyzing changes of abiotic and biotic factors along the distance from forest edge. Further, we recommend forest management strategy for sustaining healthy forest landscapes by reducing effects of deforestation. Results: Distance of edge effect based on the abiotic factors varied from 8.2 to 33.0 m. The distances were the longest in $Mg^{2+}$ content and total nitrogen, $K^+$, $Ca^{2+}$ contents, canopy openness, light intensity, air humidity, $Na^+$ content, and soil temperature followed. The result based on biotic factors varied from 6.8 to 29.5 m, coverage of tree species in the herb layer showed the longest distance and coverage of shrub plant in the herb layer, evenness, species diversity, total coverage of herb layer, and species richness followed. As the result of calculation of edge effect by synthesizing 26 factors measured in this study, the effect was shown from 11.0 m of the forest interior to 22.4 m of the open space. In the result of stand ordination, Rhododendron mucronulatum, R. schlippenbachii, and Fraxinus sieboldiana dominated arrangement of forest interior sites and Quercus mongolica, Vitis amurensis, and Rubus crataegifolius dominated spatial distribution of the open area plots. Conclusions: Forest interior habitat lies within the influence of both abiotic and biotic edge effects. Therefore, we need a forest management strategy to sustain the stability of the plant and further animal communities that depend on its stable conditions. For protecting forest interior, we recommend selective logging as a harvesting method for minimizing edge effects by anthropogenic disturbance. In fact, it was known that selective logging contributes to control light availability and wind regime, which are key factors affecting microclimate. In addition, ecological restoration applying protective planting for the remaining forest in the clear-cut area could contribute to prevent continuous disturbance in forest interior.

Molecular and Ecological Analyses of Microbial Community Structures in Biofilms of a Full-Scale Aerated Up-Flow Biobead Process

  • Ju, Dong-Hun;Choi, Min-Kyung;Ahn, Jae-Hyung;Kim, Mi-Hwa;Cho, Jae-Chang;Kim, Tae-Sung;Kim, Tae-San;Seong, Chi-Nam;Ka, Jong-Ok
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
    • /
    • 제17권2호
    • /
    • pp.253-261
    • /
    • 2007
  • Molecular and cultivation techniques were used to characterize the bacterial communities of biobead reactor biofilms in a sewage treatment plant to which an Aerated Up-Flow Biobead process was applied. With this biobead process, the monthly average values of various chemical parameters in the effluent were generally kept under the regulation limits of the effluent quality of the sewage treatment plant during the operation period. Most probable number (MPN) analysis revealed that the population of denitrifying bacteria was abundant in the biobead #1 reactor, denitrifying and nitrifying bacteria coexisted in the biobead #2 reactor, and nitrifying bacteria prevailed over denitrifying bacteria in the biobead #3 reactor. The results of the MPN test suggested that the biobead #2 reactor was a transition zone leading to acclimated nitrifying biofilms in the biobead #3 reactor. Phylogenetic analysis of 16S rDNA sequences cloned from biofilms showed that the biobead #1 reactor, which received a high organic loading rate, had much diverse microorganisms, whereas the biobead #2 and #3 reactors were dominated by the members of Proteobacteria. DGGE analysis with the ammonia monooxygenase (amoA) gene supported the observation from the MPN test that the biofilms of September were fully developed and specialized for nitrification in the biobead reactor #3. All of the DNA sequences of the amoA DGGE bands were very similar to the sequence of the amoA gene of Nitrosomonas species, the presence of which is typical in the biological aerated filters. The results of this study showed that organic and inorganic nutrients were efficiently removed by both denitrifying microbial populations in the anaerobic tank and heterotrophic and nitrifying bacterial biofilms well-formed in the three functional biobead reactors in the Aerated Up-Flow Biobead process.

자생 Tuber himalayense 자실체 추출물의 항염증 활성 (Anti-inflammatory activity of indigenous Tuber himalayense in Korea)

  • 김민경;홍혜현;김정환;김승영;김창무
    • 한국버섯학회지
    • /
    • 제19권3호
    • /
    • pp.176-183
    • /
    • 2021
  • 본 연구는 국내 참나무 생육지에서 채집된 송로버섯의 일종인 T. himalayense 자실체 추출물(TH)의 항염증 활성을 확인하였다. LPS로 유도된 RAW 264.7 대식세포를 대상으로 한 염증 억제 실험에서 TH는 100 ㎍/ml 이하의 농도에서 세포독성을 보이지 않았으며 LPS에 의해 증가된 NO와 PGE2의 생성을 농도 의존적으로 억제하였다. Western blot 분석 결과로 볼 때, TH의 항염증 활성은 iNOS와 COX-2 유전자의 발현억제에 의해 NO와 PGE2의 생성이 감소된 것으로부터 유발된 것임을 입증한다. 또한, TH가 대식세포에 의해 생산 및 분비되는 cytokine IL-1β와 IL-6의 생성을 효과적으로 저해함을 확인하였다. T. himalayense는 다양한 염증 매개체들의 과발현을 효과적으로 억제하며, 이를 표적으로 하는 항염증 관련 식품 및 의약품에 다양하게 활용 될 수 있을 것으로 기대된다. 추후 염증 예방 물질로 적용 될 수 있는 가능성을 높이기 위하여 염증성 작용 기전에 대한 자세한 연구가 필요할 것으로 사료된다.

선충 종류별 4종 포식성곰팡이의 포식력 차이 (Nematode-Trapping Fungi Showed Different Predacity among Nematode Species)

  • 강헌일;최인수;박남숙;배창환;김동근
    • 식물병연구
    • /
    • 제25권3호
    • /
    • pp.149-155
    • /
    • 2019
  • 선충 포식성곰팡이는 유기물에서 번식하다가 양분이 부족해지면 특수 기관을 형성하여 선충을 포획하고 선충으로부터 양분을 섭취하기 때문에 토양 내 동물계와 먹이사슬을 이루며 생태계에서 중요한 부분을 차지한다. 본 연구에서는 끈끈이그물형 포식기관을 가진 3종, Arthrobotrys oligospora, A. sinensis, A. thaumasia과 수축성올가미형 포식기관을 가진 Drechslerella brochopaga 1종 등 4종의 선충 포식성곰팡이의 식세균성선충 9종, 식균성선충 1종, 식물기생성선충 2종 등 총 12종의 선충류에 대한 포식력을 검정하였다. 4종의 포식성곰팡이에 모두 감수성인 선충은 식물기생성선충 2종류(Meloidogyne incognita, Pratylenchus penetrans), Rhabditidae에 속하는 P. strongyloides, Mesorhabditis irregularis이었고 접종 4일 후부터 선충을 포식하였으며, 선충 내부로 곰팡이가 번식하여 15일째에는 거의 선충의 형태를 알아볼 수 없을 정도였다. 반면, Cephlobidae에 속하는 Acrobeloides spp., A. avenae는 4종의 포식성곰팡이에 모두 저항성을 보였으며 15일 후 관찰하였을 때, 접종배지 내에 선충 수가 초기접종 밀도와 같거나 오히려 2-3배 정도까지 번식되었다. 나머지 선충 종들은 포식성곰팡이 종류에 따라 감수성에 다소간 차이가 있었다. 본 연구결과, 선충 포식성곰팡이가 선충 종에 따라 특이적으로 반응하였으며 이러한 기주특이성을 이용하여 식물기생성선충의 친환경적 방제를 위한 하나의 수단으로 이용될 수 있다.

갓이 백색인 느타리 신품종 '세나'의 육성 및 특성 (Breeding and characterization of a new white cultivar of Pleurotus ostreatus, 'Sena')

  • 오민지 ;김민식 ;임지훈 ;오연이
    • 한국버섯학회지
    • /
    • 제21권3호
    • /
    • pp.179-184
    • /
    • 2023
  • 국내에서 많이 재배되는 버섯 품목 중 하나인 느타리는 병재배 자동생산 시스템이 개발되면서 대량생산이 가능해졌다. 그러나, 생산량이 과잉되며 소비가 줄어들면서 농가에서는 다양한 품목과 품종의 버섯을 요구하고 있다. 이에 갓이 백색이면서 수량이 높고 품질이 우수한 느타리 품종 '세나'를 개발하였다. 국립원예특작과학원 버섯과에서 보유중인 유전자원 중 기존 백색느타리 품종인 '고니'와 '미소'를 선발하여 포자 간 교잡을 통해 계통을 육성하고 재배시험과 특성평가를 통해 최종 우량계통을 선발하였다. '세나' 품종의 균사생장 적온은 25~30℃이고, 버섯생육 적온은 14~18℃이며 다발 형태로 생육하고 갓은 백색이며 얕은 깔때기 형태이다. 균사 생장은 맥아한천배지(MEA)에서 가장 우수하고 30℃ 이상의 고온에서는 생장하지 않았다. 1,100cc 병재배 시 유효경수는 약 35개로 대조품종 '고니' 16개보다 많았으며, 수량도 약 157 g으로 24% 증수됨을 확인하였다. 수확된 버섯 300 g을 간이 포장하여 4℃ 저온저장고에서 28일 간 저장했을 때, 중량 감모율은 약 4.22%로 대조품종보다 낮았으며, 백색도 변화값도 갓, 대가 각각 6.99, 8.33으로 대조품종보다 낮았다. 갓이 백색으로 육안으로 보이는 품질 또한 중요하기 때문에, 대조품종 '고니'에 비해 '세나' 품종이 저온 저장을 거쳤을 때 중량과 품질 측면에서 모두 우수함을 확인하였다.