• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제33권7호
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• pp.909-914
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• 2023

While searching for the bacteria which are responsible for degradation of pesticide in soybean field soil, a novel bacterial strain, designated 5-5^T, was isolated. The cells of the strain were Gram-staining-positive, aerobic and non-motile rods. Growth occurred at 10-42℃ (optimum, 30℃), pH 5.5-9.0 (optimum, pH 7.0-7.5), and 0-2% (w/v) NaCl (optimum, 1%). The predominant fatty acids were C_15:0 anteiso, C_17:0 anteiso, and summed feature 8 (C_18:1 ω7c and/or C_18:1 ω6c). The predominant menaquinone was MK-9 (H₂). Diphosphatidylglycerol, glycolipids, phosphatidylinositol, and phosphatidylglycerol were the major polar lipids. Phylogenetic analysis of 16S rRNA gene sequences indicated that strain 5-5^T is a member of the genus Sinomonas and its closest relative is Sinomonas humi MUSC 117^T, sharing a genetic similarity of 98.4%. The draft genome of strain 5-5^T was 4,727,205 bp long with an N50 contig of 4,464,284 bp. Genomic DNA G+C content of strain 5-5^T was68.0 mol%. The average nucleotide identity (ANI) values between strain 5-5^T and its closest strains S. humi MUSC 117^T and S. susongensis A31^T were 87.0, and 84.3 % respectively. In silico DNA-DNA hybridization values between strain 5-5^T and its closest strains S. humi MUSC 117^T and S. susongensis A31^T were 32.5% and 27.9% respectively. Based on the ANI and in silico DNA-DNA hybridization analyses, the 5-5^T strain was considered as novel species belonging to the genus Sinomonas. On the basis of the results from phenotypic, genotypic and chemotaxonomic analyses, strain 5-5^T represents a novel speciesof the genus Sinomonas, for which the name Sinomonas terrae sp. nov. is proposed. The type strain is 5-5^T (=KCTC 49650^T =NBRC 115790^T).

• 대한본초학회지
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• 제24권4호
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• pp.115-120
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• 2009

Objectives : Due to the morphological similarity and frequent occurrence of intermediate forms as well as morphological variations of aerial part, the correct identification between Rhei Radix et Rhizoma and Rhei Undulatai Rhizoma is very difficult. To develop a reliable method for correct identification and improving the quality standards of Rhei Radix et Rhizoma and Rhei Undulatai Rhizoma, we analyzed RAPD and developed SCAR marker. Methods : To amplify target DNA at the genomic level, 32 Operon 10-mer random primers were applied with four Rheum species, R. officinale, R. palmatum, R. tanguticum and R. undulatum. The nucleotide sequences were determined and species-specific primers were prepared depending on the species-specific RAPD amplicons after subcloned into the pGEM-Teasy vector. To develop the SCAR markers, species-specific PCR amplification and multiplex-PCR were carried out using the single species-specific primer pairs and combinations of them, respectively. Results : We used RAPD analysis of four Rheum plant species to obtain several species-specific RAPD amplicons. From nucleotide sequences of these RAPD amplicons, we developed two SCAR markers that amplified 314 bp and 390 bp DNA fragments in only R. undulatum but not in R. officinale, R. palmatum, R. tanguticum and R. undulatum, for distinguishing Rhei Undulatai Rhizoma and Rhei Radix et Rhizoma. Furthermore, we established SCAR markers for the simultaneous discrimination of the three species within a single reaction by using multiplex-PCR. Conclusions : These genetic markers can be used for the efficient discrimination of plants species and commercial herbal medicines between Rhei Undulatai Rhizoma and Rhei Radix et Rhizoma, to ultimately prevent indiscriminate distribution and prescription of these herbal medicines.

• 한국환경복원기술학회지
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• 제27권2호
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• pp.43-53
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• 2024

This study attempted to elucidate the ecological niches and influencing environmental factors of Quercus variabilis and Quercus acutissima, which are representative deciduous broad-leaved trees in Korean forests, taxonomically close and genetically similar, under climate change conditions. Under climate change conditions induced by increased CO₂ and temperature, soil moisture and nutrient environments were manipulated in four gradients. At the end of the growing, plants were harvested to measure growth responses, calculate ecological niches, and compare them with those of the control. Eperimental plants were grown for 180 days in a glass greenhouse designed with four gradients each for soil moisture and nutrient environments under climate change conditions induced by increased CO₂ and temperature. After harvesting, growth responses of leaf traits were measured, ecological niches were calculated, and these were compared with those of the control groups. Furthermore, the responses of the two species' populations were interpreted using principal component analysis(PCA) based on leaf trait measurements. As a result, under climate change conditions, the ecological niche breadth for moisture environment was broader for Quercus variabilis than Quercus acutissima, whereas for the nutrient environment, Quercus acutissima exhibited a broader niche breadth than Quercus variabilis. And the rate of change in ecological niche breadth due to climate change decreased for Quercus variabilis in both moisture and nutrient environments, while for Quercus acutissima, it increased in the moisture environment but decreased in the nutrient environment. Additionally, in terms of group responses, both Quercus variabilis and Quercus acutissima expanded their ecological niches under climate change conditions in both soil moisture and nutrient conditions, with Quercus acutissima exhibiting a broader niche than Quercus variabilis under nutrient conditions. These results indicate that the changes in leaf morphological characteristics and the responses of individuals reflecting them vary not only under climate change conditions but also depending on environmental factors.

• 한국버섯학회지
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• 제2권3호
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• pp.115-126
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• 2004

원형질체 융합에 의한 화합성 및 불화합성 종간 체세포 잡종을 얻었다. 화합성 종간인 Pleurotus ostreatus와 P. florida의 융합체는 이질핵체(heterokaryon)를 형성하였고, 불화합성 종간인 P. cornucopiae + P. florida, P. ostreatus + Ganoderma applanatum, P. florida + Ganoderma lucidum, 그리고 P. ostreatus + Flammulina velutipes는 합핵체(synkaryon)를 형성하였다. 이질이핵체는 동일한 양상의 자실체를 형성하는데 비해 합핵체는 유사분열상의 꺽쇠연결체 형성, 한쪽 친과 유사한 자실체 형성, 비정상적 유전형질 분리 및 유전자재조합 현상을 나타내었다. 화합성 및 불화합성 계통간 융합체의 RAPD 분석결과 화합성 종간 융합체는 동일한 DNA 패턴을 나타내었고, 불화합성 종간 융합체는 한쪽 친과 유사한 DNA 양상이면서 비양친 DNA 밴드도 형성하였다. 합핵체의 패턴은 microgenome insertion type과 macrogenome insertion type으로 구분되었다. 합핵체의 자실체 발생은 융합 모균주 양친의 자가임성에 의존하는데 이는 느타리의 동형핵체 자가임성과 유사한 양상이었고, 교배형 전환과 관련이 있는 것으로 사료된다. 여기서는 이러한 관점에서 논할 것이다.

• 생태와환경
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• 제50권1호
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• pp.137-147
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• 2017

독소 생성 분류군의 정의는 분리균주에 의해서 동정되고, 단일배양에 의한 독소 생성 여부 및 유전적 검토가 확인된 분류군을 의미한다. 이러한 관점에서 Aphanizomenon flos-aquae의 독소 생성능은 세계적으로 아직 논쟁의 여지가 있다. 본 연구는 낙동강에서 분리한 Aphanizomenon flos-aquae (DGUC001, DGUC003)을 대상으로 16S rRNA 염기서열을 이용하여 계통학적 위치를 확인하고, 남세균독소인 saxitoxin (STX)과 cylindrospermopsin (CYN)의 잠재적 생성능력을 유전자 수준에서 검토하였다. 연구에 사용된 균주는 2016년 8월과 2016년 10월에 낙동강 본류구간의 하천수에서 분리되었다. 계통학적 분석에는 16S rRNA가 사용되었으며, 독소 생성 유전자는 CYN과 STX 생합성에 관여하는 cyrA, cyrJ, sxtA, sxtI 유전자가 선택되었다. 분리된 균주 DGUC001과 DGUC003은 육안으로 관찰 가능한 크기의 다발(fascicles)을 형성하였으며, 세포사(trichome)가 병렬 형태로 나열되고, 세포사의 양쪽 끝에 위치한 말단 세포(terminal cell)가 거의 투명하거나 긴 끈 형태의 세포질을 가지고 있었다. 또한, 두 개의 균주는 98.4%의 유전적 유사도를 나타내어 동일종으로 판단되었고, 유전자 은행에서 선별한 Cluster I의 Aph. flos-aquae strains과도 계통수에서 66~82%의 bootstrap value의 지지도로 단일 cluster에 포함되었다. 확보된 두 개 균주의 유전자 정보는 유전자은행 NCBI에 등록되었으며, KY327795, KY327796의 Accession no.를 부여받았다. 한편, 세포독소 CYN의 생합성에 관여하는 유전자 cyrA와 cyrJ는 두 개 균주 모두에서 확인되지 않았다. STX의 생합성을 담당하는 유전자 중 sxtA 유전자는 두 개의 균주에서 확보되었으며, 독소생합성 과정의 분자생물학적 지표 역할을 하는 sxtI 유전자는 발견되지 않았다. 따라서 낙동강 현장시료에서 분리된 두 개의 균주는 형태학적 및 계통분류학적으로 동일종인 Aphanizomenon flos-aquae Ralfs ex Bornet et Flahault 1888로 동정되었으며, 두 개의 균주는 CYN과 STX의 잠재적인 독소 비생성 균주로 확인되었다. 이 결과를 통하여 Aph. flos-aquae가 독소 생성 분류군으로 분류되는 것에 대한 보다 면밀한 검토가 필요할 것으로 판단되었다.

• 한국패류학회지
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• 제32권4호
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• pp.263-268
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• 2016

Metallothionein (MT) family of metal-binding proteins are involved in maintaining homeostasis and heavy metal poisoning. Recently, MT has been considered as a biomarker that can identify a particular species, very similar to the use of cytochrome oxidase I (COI) gene. Satsuma myomphala species of land snails have been reported from North-East Asia, including South Korea and Japan. In particular, the land snail species have been known from only a limited area of Geoje Island, Gyeongsangnam-do province of South Korea. Genetic studies of S. myomphala has been limited with only 6 nucleotide, 2 protein registered on the NCBI server. For elucidating the genetic information of S. myomphala, we conducted RNA sequencing analysis using Illumina HiSeq 2500 next-generation platform. We screened the MT gene from the RNA-Seq database to confirm the molecular phylogenetic relationship. After sequencing, the de novo analysis and clustering generated 103,774 unigenes. After annotation against PANM database using BLAST program, we obtained MT sequence of 74 amino acid residues containing the coding region of 222 bp. Based on this sequence, we found about 53 sequences using the BLAST program in NCBI nr database. Using ClustalX alignment, Maximum-Likehood Tree of MEGA program, we confirmed the molecular phylogenetic relationships that showed similarity with mollusks such as Helix pomatia and H. aspersa, Megathura crenulata.

• 동의생리병리학회지
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• 제16권1호
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• pp.32-44
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• 2002

Gu-Chang is a disorder characterized by recurring ulcers confined to the oral mucosa. Despite much clinical and research attention, the causes remain poorly understood. In this paper, we will compare Gu-Chang with Recurrent Aphthous Stomatitis(RAS) in order to know what is the similiarity between Gu-Chang and RAS. So we will arrange various oriental and western medical literatures which are important. As a result of arrangement of the causes, symptoms and therapys of Gu-Chang, we can conclude through the studies as follows. 1. The etiologies of Gu-chang are following. In the Sthenia syndrome, there are evil heat of external factor, heat of heart and spleen, insomnia, heat of upper warmer, stress and diet, heat of lung and heart, excessive heat of upper warmer, inappropriate food intake, heat conveyance of organ, heat of stomach merdian, moistured heat of spleen and stomach and stasis of liver energy. In the Asthenia syndrome, there are deficiency of stomach energy, deficiency of upper warmer leading to heat, deficiency of middle warmer leading to cold, deficiency of lower warmer leading to heat, deficiency of middle energy, deficiency of blood, decreased fire and deficiency of soil, yin fire of lower warmer, deficiency of heart yin, deficiency of spleen yin and deficiency of qi and blood. 2. In western medicine the causes of RAS is presumed as local, microbial, systemic, nutritional, genetic, immunologic factors. 3. Once Gu-chang is compared with RAS, in the deficiency of yin leading to hyperactivity of fire, deficiency of yin leading to floating of fire and stasis of liver energy, recurring of Gu-chang is similar to RAS. Although recurring of Gu-chang due to tripple warmer of excessive fire has no recurrance, since there are the degree of Pain, site of lesion, dysphagia etc, it is similar to major RAS. It is may be believed that Sthenia Gu-chang is similar to major RAS, shape of recurring, site of lesion, degrree of Pain and white color of Asthenia Gu-chang are similar to minor RAS, but there is no similarity concerning herpes RAS in the literatures that describe the symptoms. 4. Generally, the treatment of Gu-chang is divided into Asthenia and Sthenia Syndrome. The method of cure to Sthenia syndrome is heat cleaning and purge fire, Asthenia syndrome is nourish yin to lower and adverse rising energy and strength the middle warmer and benefit vital energy. 5. Following is the medication for Sthenia syndrome. Heat of heart and spleen is Do Jok San, Yang Gyek San, Juk Yup Suk Go Tang, evil heat of external factor is Yang Gyek San Ga Gam, Stasis of liver energy is Chong Wi Fae Dok Yum, moistured heat of spleen and stomach is Chong Gi Sam Syep Tang. The medication for Asthenia Syndrome is following. Deficiency of upper warmer leading to heat is Bo Jung Ik Gi Tang, deficiency of middle warmer leading to cold is Bu Ja Lee Jung Tang, deficiency of lower warmer leading to heat is Yuk Mi Ji Hwang Tang, deficiency of yin leading to hyperactivity of fire is Ji Baek Ji Hwang Hwan, deficiency of yin leading to floating of fire is Lee Jung Tang Ga Bu Ja Medicine for external use were Yang Suk San, Boo Wyen San, Rok Po San, Yoo Hwa San ate. 6. In western medicine, there is no specific treatment for RAS, and management strategies depend on dinical presentation and symptoms and includes antibiotics, oral rinses, glucocorticoids, immunomodulatory drugs, vitamines, analgesics, laser and antiviral agents.

• 식물병연구
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• 제18권4호
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• pp.317-323
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• 2012

본 연구는 국내 고추 주산지의 P. capsici의 균주에 대한 병원성과 균주별 역병 저항성 유전 양식을 구명하고자 수행하였다. 이병성 재료 '#308'과 역병 저항성 재료 'CM334' 및 이들의 $F_1$, $F_2$ 그리고 'Kataguma'(Sakata Korea) 고추 총 5종의 공시 재료에 이천, 음성, 부안, 임실, 영양 지역에서 수집한 P. capsici 각각의 균주와 국립농업유전자원센터에서 분양받은 PA-159(KACC No. 40482)를 포함하여 총 6종의 고추 P. capsici 균주를 사용하여 접종하였다. 접종 농도는 $1{\times}10^5spores/ml$로 관주 접종하였고 이들의 기내 특성, 이병률, $F_2$ 후대 집단의 역병저항성 분리 기대비를 분석하였다. 이병성 재료 '#308'과 저항성 'CM334', $F_1$의 비분리세대는 균주별 군내 비교에서는 각각 고추 역병의 발병도는 4.94-5.00, 1.00-1.07, 1.01-1.08을 보여 P. capsici 균주별 군내 비교에서 공시재료간 역병 저항성 차이는 명확히 구분할 수 있다. 또한 $F_2$ 분리세대의 역병 발병도의 경향은 1.79-2.31을 보여 P. capsici 군내 비교의 차이가 없고 저항성과 이병성 재료간에 유의한 차이를 보여 본 연구에서 사용된 6종의 P. capsici 균주 모두 역병 저항성 검정을 위한 균주로 활용 가능한 것으로 나타났다. 하지만 $F_2$ 분리세대의 균주별 군간 비교에서 PA-159 균주를 중심으로 이천 균주, 부안 균주, 임실 균주가 포함된 집단과 이보다 높은 병원성을 지닌 영양 균주와 음성 균주로 구분되었다. 각 균주별 $F_2$ 세대의 역병 저항성에 대한 분리 기대비를 분석하였는데, PA-159 균주는 3:1 또는 9:3:3:1의 분리비를 보여 1-2개의 유전자가 관여하는 것으로 나타났다. 반면 음성 균주와 영양 균주는 11:5, 이천 균주는 12:3:1의 분리비를 보여 유전자간 상호작용이 있는 것으로 나타났다.

• 대한환경공학회지
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• 제28권2호
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• pp.128-136
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• 2006

본 연구에서는 분자생물학적인 방법을 이용하여 침출수 내의 미생물 군집 분석을 통한 매립지의 안정화 정도를 평가하는 기술을 개발하고자 하였다. 국내 사용종료매립지 중 정밀조사대상매립지 244개소를 대상으로 기초자료 조사 및 현장답사를 통해 천안 J 매립지와 원주 T 매립지를 연구대상 매립지로 선정하였다. 각 매립지의 침출수 시료에서 genomic DNA를 추출한 후 PCR을 이용한 16S rDNA 클로닝 과정을 거쳐 매립지 침출수 내에 분포하는 미생물 군집의 유전적 다양성을 확인하였다. 또한 탈질화 및 메탄생성 유전자를 대상으로 competitive PCR과 Real-Time PCR을 이용한 미생물 정량을 실시하여 오염인자와의 상관관계를 확인하였다. 분석된 DNA sequence를 BLAST search한 결과 97% 이상 유사성을 보이는 근연종은 J 매립지, T 매립지 각각 47.6%, 32.1%로 나타났으며 이 중 Proteobacteria phylum이 가장 많이 분포하는 것으로 나타났다. 탈질화 유전자 정량 결과 매립종료 후 경과기간이 13년인 T 매립지에 비해 7년인 J 매립지메서 nirS gene, cnorB gene이 각각 약 7배, 4배 정도 많이 분포하고 있는 것으로 확인되었다. 또한 메탄생성 유전자 정량 결과 J 매립지 내부 침출수(J1)에서 가장 많이 분포하고 있는 것으로 나타났으며, 매립지에서 지하수 흐름 방향으로 멀어질수록 미생물 개체수가 급격히 감소함을 확인하였다. nirS gene, cnorB gene 및 MCR gene의 개체수와 TOC, $NH_3-N,\;NO_3-N,\;NO_2-N,\;Cl^-$, alkalinity에 대한 비교 분석결과 $NO_3-N$을 제외하고 최대 99% 이상의 높은 상관관계를 보였다. 불량매립지로부터 침출수의 유출에 의한 경계 영역 주변에 대한 분자생태학적 영향평가 결과 종래 대표적인 수질평가 분석 항목과의 상관관계가 매우 높게 관측되어 분자생물학적 기술을 영향역 설정 및 안정화 지표로서 충분히 활용할 수 있음을 확인하였다.

• 식물분류학회지
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• 제41권1호
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• pp.66-80
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• 2011

금강제비꽃 보전을 위한 기초자료를 확보하기 위해 18개 지역을 대상으로 자생지 환경특성과 RAPD를 이용한 집단 간 유연관계 분석을 실시하였다. 자생지는 해발 614-1,462 m의 범위에 위치하였으며, 경사는 $3-30^{\circ}$로 비교적 완만하였다. 식생조사 결과 조사된 방형구 내에 출현한 관속식물은 총 268분류군이었으며, 초본층은 금강제비꽃의 중요치가 11.58%로 가장 높았고, 다음으로는 조릿대(5.61%), 벌깨덩굴(5.21%), 단풍취(3.62%), 큰개별꽃(3.60%) 등의 순으로 나타나 이 종류들이 금강제비꽃과 친화도가 높은 것으로 생각된다. 종다양도는 평균 1.36, 균등도는 평균 0.89, 우점도는 평균 0.07로 나타나 비교적 균일한 식생구조를 갖는 것으로 나타났다. 토양 분석결과 포장용수량, 유기물함량 그리고 pH는 각각 평균 25.99%, 17.47%, 5.19로 조사되었으며, 토성은 11개 지역이 사양토, 7개 지역이 양토로 확인되었다. RAPD 분석을 통해 총 78개의 band가 확인되었으며, 그 중 polymorphic band는 64(84.6%)개로 지역 간 높은 유전변이를 보였다. 18개 집단은 유사도지수 0.53-0.86 범위 내에서 5개의 분계조를 형성하였다. 지리적으로 가장 격리된 지리산 집단이 가장 기부에 위치하였고, 강원도 남부의 2개 집단과 충청북도의 3개 집단도 함께 유집되었다. 또한 강원도 중부에 위치한 4개 지역과 경상북도의 보현산이 하나의 분계조를 형성하였으며, 경기도의 2개 지역과 강원도 북부의 5개 지역이 한 개의 군을 이루었고, 가리왕산 집단은 강원도 남부와 중부집단의 분계조 사이에 위치하였다.