• 제목/요약/키워드: Genetic Relationships

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ITS에 의한 한국내 마가목 속 분류군의 유전적 계통분류학적 연구 (Phylogenetic Study of Genus Sorbus in Korea by Internal Transcribed Spacer Sequence (ITS))

  • 허만규;김세현;박소혜
    • 생명과학회지
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    • 제17권12호
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    • pp.1610-1615
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    • 2007
  • 마가목 속(genus Sorbus)은 목본류로 아시아와 유럽에 분포되어 있다. 마가목 속 식물은 한국과 중국에서 약용으로 쓰인다. 한국내 마가목 속 식물에 대해 ITS에 의한 계통관계를 조사하였다 마가목 속 전체 종에서 5.8S exon은 165 핵산서열이었다. ITS1은 유럽마가목(S. aucuparia)에서 218 핵산서열인 반면 한국 내 마가목 종은 219 핵산서열이었다. ITS2 핵산서 열은 다양하였는데 S. sambucifolia var. pseudogricilisto에서 는 240 핵산서 열로 가장 적은 반면 S. aucuparia에서는 245 핵산서열이었다. ITS 전체 서열은 625개로 35개는 절약법에 정보적이었다. ITS 서 열로 한국내 분류군과 유럽종간 구분이 잘 되었다. RNA 2차 구조 추정 분석에서 도메인 I과 II는 마가목 속에 잘 보전되어 있는 반면 도메인 III에서는 많은 차이를 나타내었다. ITS 서열로 종 동정에 이용할 수 있었으며, 종의 보전이나 생식질 보전에 기초로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

소나무 풍매차대 가계의 유묘 생장특성과 성목 생장과의 관계 (Relationships of Growth Characteristics Between Adult Trees and Their Seedlings in Open-Pollinated Pinus densiflora Families)

  • 이위영;박응준;전병환;한상억
    • 한국육종학회지
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    • 제43권4호
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    • pp.330-336
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    • 2011
  • 신속하게 생장하는 소나무의 조기 선발인자를 구명하고자 32년생 소나무의 풍매차대 검정결과로 얻어진 재적지수를 기준으로 상, 중, 하로 구분하여 선발된 12가계의 생장특성과 동일한 가계의 유묘 생장특성과의 상관관계를 분석하였다. 선발된 12가계의 종자 특성과 동일 가계의 성목 생장특성과는 상관관계가 없었으며 다만 소나무 유묘의 초기 생장과는 관련이 있는 것으로 나타났다. 가계별 1년생의 유묘 건물중과 성목의 재적지수(32년생)와는 1%의 유의적 정의 상관 관계가 있는 것으로 나타났다. 특히 재적지수가 높았던 상위 그룹의 유묘 가계의 건물중에 따른 서열은 모두 상위에 있어 중, 하위 그룹과 구분이 되었다. 또한 가계별 묘고의 평균 생장속도는 상, 중, 하위그룹이 각 4.568, 3.773, 3.535로 나타나 상위 그룹이 중, 하위 그룹보다 매우 빠른 것으로 나타났다. 이러한 결과로 유묘의 건물중 및 묘고 생장속도는 신속 생장하는 소나무 가계의 조기선발을 위한 주요 인자로 추정되었다.

Alterations of mRNA and lncRNA profiles associated with the extracellular matrix and spermatogenesis in goats

  • Chen, Haolin;Miao Xiaomeng;Xu, Jinge;Pu, Ling;Li, Liang;Han, Yong;Mao, Fengxian;Ma, Youji
    • Animal Bioscience
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    • 제35권4호
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    • pp.544-555
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    • 2022
  • Objective: Spermatozoa are produced within the seminiferous tubules after sexual maturity. The expression levels of mRNAs and lncRNAs in testicular tissues are different at each stage of testicular development and are closely related to formation of the extracellular matrix (ECM) and spermatogenesis. Therefore, we set out to study the expression of lncRNAs and mRNAs during the different developmental stages of the goat testis. Methods: We constructed 12 RNA libraries using testicular tissues from goats aged 3, 6, and 12 months, and studied the functions of mRNAs and lncRNAs using the gene ontogeny (GO) and Kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG) databases. Relationships between differentially expressed genes (DEGs) were analyzed by lncRNA-mRNA co-expression network and protein-protein interaction network (PPI). Finally, the protein expression levels of matrix metalloproteinase 2 (MMP2), insulin-like growth factor 2 (IGF2), and insulin-like growth factor-binding protein 6 (IGFBP6) were detected by western blotting. Results: We found 23, 8, and 135 differentially expressed lncRNAs and 161, 12, and 665 differentially expressed mRNAs that were identified between 3 vs 6, 6 vs 12, and 3 vs 12 months, respectively. GO, KEGG, and PPI analyses showed that the differential genes were mainly related to the ECM. Moreover, MMP2 was a hub gene and co-expressed with the lncRNA TCONS-0002139 and TCONS-00093342. The results of quantitative reverse-transcription polymerase chain reaction verification were consistent with those of RNA-seq sequencing. The expression trends of MMP2, IGF2, and IGFBP6 protein were the same as that of mRNA, which all decreased with age. IGF2 and MMP2 were significantly different in the 3 vs 6-month-old group (p<0.05). Conclusion: These results improve our understanding of the molecular mechanisms involved in sexual maturation of the goat testis.

AFLPs에 의한 Aegilops의 계통발생학적 재평가 (Application of AFLPs to Phylogenetic Analysis of Aegilops)

  • 박용진;심재욱
    • 한국작물학회지
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    • 제42권6호
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    • pp.790-799
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    • 1997
  • 각 게놈형간의 근연관계 및 배수체종의 게놈분석에 관한 새로운 접근을 시도하고자, Aegilops 19종 및 재배밀(T. aestivum)을 공시하여 AFLP 분석을 실시하여 얻은 결과는 다음과 같다. 1. AFLPs를 이용한 Aegilops종들간 근연관계를 분석한 결과, 7개의 primer 조합에서 총 207개의 다형 band를 조사하였으며 조합당 평균 다형 band수는 29.8개 이었다. 2. 각 게놈간 유연관계로 보아 Ae. heldreichii ($M^h$) 는 Ae. comosa (M)와 Ae. uniaristate(N)의 중간위치의 게놈으로 나타났고, UM게놈을 가진 4배체종의 M게놈 공여종으로 판단되었다. 그리고 Ae. squarrosa는 재배밀의 D게놈 공여종임을 확인하였다. 3. 6배체성 Ae. triaristate(UMN)는 4배체성 Ae. triaristate(UM)보다는 Ae. columnaris(UM)와 더 근연인 것으로 나타났다. 그리고 Ae. ventricosa(DN)은 U게놈이 N게놈보다 더 근연인 것으로 나타났다. 4. AFLPs에 의한 군집형성은 5개의 군집으로 구분되었고 이는 기본적으로 Gihara의 Section군과 일치하였고, 다양성분석, 게놈분석 등에 보다 효율적인 것으로 평가되었다.

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한국 성인의 해조류 섭취와 다유전자 위험 점수 간의 상호작용이 염증에 미치는 영향 (Effects of the interaction between seaweed consumption and the polygenic risk score on inflammation in Korean adults)

  • 홍가연;신다연
    • Journal of Nutrition and Health
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    • 제57권2호
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    • pp.211-227
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    • 2024
  • 본 연구에서는 해조류 섭취와 염증과 관련된 유전자의 변이 및 다유전자 위험 점수 간의 상호작용이 염증에 미치는 영향을 확인하였다. 남성과 여성 모두 PRS가 높은 그룹에서 염증 발생 위험은 증가하였다. 본 연구에서는 해조류의 섭취가 염증과 직접적인 관련이 있는 것으로 밝혀지지 않았지만, 해조류 섭취와 다유전자 위험 점수 변이 사이에선 통계적으로 유의한 결과를 보였다. 특히, 낮은 해조류의 섭취는 높은 다유전자 위험 점수를 가진 여성에서 고염증 발생 위험이 높았다. 따라서 본 연구결과는 한국인에게서 작용하는 염증 및 염증질환에 대한 유전자 소인을 파악할 수 있고 면역 체계의 균형 및 건강 유지에 새로운 중재방안을 제시할 수 있음을 기대한다.

옥천대(沃川帶) 우라늄광층(鑛層)의 구조규제(構造規制) 및 지구화학적(地球化學的) 특성연구(特性硏究) (Lithologic and Structural Controls and Geochemistry of Uranium Deposition in the Ogcheon Black-Slate Formation)

  • 이대성;윤석규;이종혁;김정택
    • 자원환경지질
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    • 제19권spc호
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    • pp.19-41
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    • 1986
  • Structural, radioactive, petrological, petrochemical, mineralogical and stable isotopic study as well as the review of previous studies of the uranium-bearing slates in the Ogcheon sequence were carried out to examine the lithological and structural controls, and geochemical environment in the uranium deposition in the sequence. And the study was extended to the coal-bearing formation (Jangseong Series-Permian) to compare the geochemical and sedimentologic aspects of uranium chemistry between Ogcheon and Hambaegsan areas. The results obtained are as follows: 1. The uranium mineralization occurs in the carbonaceous black slates of the middle to lower Guryongsan formation and its equivalents in the Ogcheon sequence. In general, two or three uranium-bearing carbonaceous beds are found with about 1 to 1.5km stratigraphic interval and they extend from Chungju to Jinsan for 90km in distance, with intermittent igneous intrusions and structural Jisturbances. Average thickness of the beds ranges from 20 to 1,500m. 2. These carbonaceous slate beds were folded by a strong $F_1$-fold and were refolded by subsequent $F_1$-fold, nearly co-axial with the $F_1$, resulting in a repeated occurrence of similar slate. The carbonaceous beds were swelled in hing zones and were shrinked or thined out in limb by the these foldings. Minor faulting and brecciation of the carbonaceous beds were followed causing metamorphism of these beds and secondary migration and alteration of uranium minerals and their close associations. 3. Uranium-rich zones with high radioactive anomalies are found in Chungju, Deogpyong-Yongyuri, MiwonBoun, Daejeon-Geumsan areas in the range of 500~3,700 cps (corresponds to 0.017~0.087%U). These zones continue along strike of the beds for several tens to a few hundred meters but also discontinue with swelling and pinches at places that should be analogously developed toward underground in their vertical extentions. The drilling surveyings in those area, more than 120 holes, indicate that the depth-frequency to uranium rich bed ranging 40~160 meter is greater. 4. The features that higher radioactive anomalies occur particularly from the carbonaceous beds among the argillaceous lithologic units, are well demonstrated on the cross sections of the lithology and radioactive values of the major uranium deposits in the Ogcheon zone. However, one anomalous radioactive zone is found in a l:ornfels bed in Samgoe, near Daejeon city. This is interpreted as a thermal metamorphic effect by which original uranium contents in the underlying black slate were migrated into the hornfels bed. 5. Principal minerals of the uranium-bearing black slates are quartz, sericite, biotite and chlorite, and as to chemical composition of the black slates, $Al_2O_3$ contents appear to be much lower than the average values by its clarke suggesting that the Changri basin has rather proximal to its source area. 6. The uranium-bearing carbonaceous beds contain minor amounts of phosphorite minerals, pyrite, pyrrhotite and other sulfides but not contain iron oxides. Vanadium. Molybdenum, Barium, Nickel, Zirconium, Lead, Cromium and fixed Carbon, and some other heavy metals appear to be positive by correlative with uranium in their concentrations, suggesting a possibility of their genetic relationships. The estimated pH and Eh of the slate suggests an euxenic marine to organic-rich saline water environment during uranium was deposited in the middle part of Ogcheon zone. 7. The Carboniferous shale of Jangseong Series(Sadong Series) of Permian in Hambaegsan area having low radioactivity and in fluvial to beach deposits is entirely different in geochemical property and depositional environment from the middle part of Ogcheon zone, so-called "Pibanryong-Type Ogcheon Zone". 8. Synthesizing various data obtained by several aspects of research on uranium mineralization in the studied sequence, it is concluded that the processes of uranium deposition were incorporated with rich organic precipitation by which soluble uranyl ions, $U{_2}^{+{+}}$ were organochemically complexed and carried down to the pre-Ogcheon sea bottoms formed in transitional environment, from Red Sea type basin to Black Sea type basin. Decomposition of the organic matter under reducing conditions to hydrogen sulfide, which reduced the $UO{_2}^{+2}$ ions to the insoluble uranium dioxide($UO_2$), on the other side the heavy metals are precipitated as sulfides. 9. The EPMA study on the identification of uraninite and others and the genetic interpretation of uranium bearing slates by isotopic values of this work are given separately by Yun, S. in 1984.

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한국 중부와 동남부지역 금·은광화작용의 성인적 특성 (Contrasting Styles of Gold and Silver Mineralization in the Central and Southeastern Korea)

  • 최선규;최상훈
    • 자원환경지질
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    • 제28권6호
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    • pp.587-597
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    • 1995
  • 한반도 중부지역과 동남부지역에 분포하는 금-은 광상들의 광화작용은 쥐라기 중기로부터 백악기 말기에 걸쳐서 진행되었으며, 이들 광상은 유행별로 산출지역 및 산출시기에 연관된 지질학적 지화학적 생성환경의 차이를 나타내고 있다. 중부지역 금-은 광상은 북동-남서의 방향성을 갖고 산출분포하는 중생대 화강암류 및 주변 선캠브리아기 변성암류내에 분포하지만, 동남부지역 금-은 광상은 백악기 퇴적암 및 화산암류내에 주로 배태되고 있다. 이는 한반도 대표적인 화성활동인 쥐라지 대보화성활동 및 백악기 불국사 화성활동과 각각 밀접한 성인적 연관성을 시사하고 있다. 이러한 각 광상들의 광화작용 특성(광물공생관계, 조직, 구조 등)과 연대측정결과 및 지질학적 분포특성은 쥐라가 중기로부터 백악기 말기에 이르기까지 광상형성과 연관된 열수유체의 성인적 차이를 의미하고 있다. 즉, 쥐라기로부터 초기 백악기에는 금광단일형 광상의 광화작용이 우세하게 진행되었으나, 후기 백악기에 이르면서 금-은혼합형광상 및 은광단일형 광상의 광화작용이 우세하게 야기되었음을 알 수 있다. 쥐라기 금광단일형 광상들은 괴상의 맥상 산출특성 및 단순한 광석 광불 공생관계를 보여주는 단성광맥으로 높은 fineness 값을 나타내지만, 백악기 금-은혼합형 광상과 은광단일형 광상은 다양하고 복잡한 구조 및 조치특성 갖는 복성 광맥내에 함은황인 및 황화광물과 함은tellurides 및 자연은 등을 포함하는 등 상대적으로 복잡한 광석광물 공생과계를 보여준다. 한편 황화광물의 지질온도계와 유체포유물 연구의 결과등에 의하면 백악기 금-은혼합형 광상과 은광단일형 광상은 천부(<0.5 kb)에서 천수가 우세한 광화유체로부터 $200^{\circ}{\sim}350^{\circ}C$ 온도조건하에서 주된 광화작용이 진행되었지만, 쥐라기 금광단일형 광상은 마그마기원의 열수용액으로부터 고온$(300^{\circ}{\sim}500^{\circ}C)$ 및 고압$({\approx}4-5kb)$의 생성환경하에서 광화작용이 진행되었음을 시사한다.

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초장립종 벼를 이용한 입형 관련 QTL 분석 및 국내 벼 품종 입형 개선 연구 (QTL Analysis to Improve and Diversify the Grain Shape of Rice Cultivars in Korea, Using the Long Grain japonica Cultivar, Langi)

  • 김석만;박현수;이창민;백만기;조영찬;서정필;정오영
    • 한국작물학회지
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    • 제65권4호
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    • pp.303-313
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    • 2020
  • 본 연구는 단조로운 국내 벼 품종의 입형을 다양화하기 위하여 초장립종 자포니카 품종을 활용해 그 특성을 국내 벼 품종에 도입함으로써 입형이 다양한 새 품종을 개발하려는 기초 육종연구의 일환으로 수행되었다. 입형 다양화를 위하여 세장형 자포니카 벼 품종인 Langi와 입형이 극단적으로 원형에 가까운 자포니카형 조생자도를 교배하여 유전분석 및 QTL 탐색을 위한 mapping 집단을 육성하였고, 이를 이용하여 입형 관련 형질의 상관분석, QTL 분석, validation test 및 탐색된 QTL 효과를 검정한 결과는 다음과 같다. 1. 조생자도와 Langi 조합의 교배립을 생산하여 F2 집단을 육성하였고 출수 일수를 고려하여 최종 265 개체를 선발·수확하여 주요 형질에 대한 조사와 QTL 분석에 이용하였다. 2. 육성된 mapping집단의 입형 관련 형질들은 종자 길이에 대해 종자 장폭비(0.89)와 천립중(0.69)이 상대적으로 높은 상관계수를 나타냈고, 종자폭에 대해서는 종자 길이(-0.47)와 장폭비(-0.82)가 음의 상관을 나타냈으며 종자두께(0.43)는 정상관을 보였다. 3. QTL 분석 결과 종자 길이와 관련하여 벼 5번 염색체에서 PVE 값이 20.31%인 qGL5와 7번 염색체에서 PVE 값이 각각 36.07%와 26.11%인 qGW5와 qGW7을 탐색하였다. qGL5는 세장형인 Langi로부터 유래하였으며, 두 QTL(qGW5, qGW7)은 원형인 조생자도로부터 유래하였다. 4. Validation test결과 Langi는 자포니카형 벼(qsw5_N)에서는 매우 드문 qSW5형 대립유전자를 가지고 있으며 이것은 qGL5와 함께 작용하여 집단내에서 종자 길이신장에 관여했을 것으로 추정된다. 5. 탐색 QTL의 효과는 qGL5 (+)와 qGW5:qGW7 조합에서 중원형, 장원형, 세장형 등 입형의 변이가 다양하게 나타났는데 Langi가 자포니카 생태형이란 점과 QTL의 효과가 증명되어 MAS활용이 가능하다는 점 등 입형 다양화를 위한 육종사업에서의 효과 및 활용도가 다양할 것으로 생각된다.

국내 감자 품종 판별을 위한 다중 초위성체 마커 세트 개발 (Development of Multiplex Microsatellite Marker Set for Identification of Korean Potato Cultivars)

  • 조광수;원홍식;정희진;조지홍;박영은;홍수영
    • 원예과학기술지
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    • 제29권4호
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    • pp.366-373
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    • 2011
  • 국내 감자품종들의 품종간 유연관계를 분석하고 품종구분을 위한 DNA 표지인자를 개발하기 위하여 SSR(simple sequence repeats) 분석 및 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다. 기존에 보고된 92개의 SSR 마커를 디자인 하고 이들을 이용하여 국내에서 육성된 24개 감자 품종에 대해 유전적 다양성을 분석하였다. 92개의 SSR 마커 중 PIC(polymorphism information contents) 값이 높은 14개의 SSR 마커를 선발하였고 PIC 값은 SSR 마커별로 0.48에서 0.89로 나타났고, 평균 값은 0.79였다. PSSR-29의 PIC 값은 0.48로 가장 낮은 값을 나타내었으며 PSSR-191에서 0.89로 가장 높은 값을 보였다. 선발된 14개의 SSR 마커를 이용하여 UPGMA 집괴분석 결과 24개의 감자 품종 중 21개의 품종이 2개의 집단으로 구분 할 수 있었으며 I 집단과 II 집단에는 각각 16개, 5개의 품종들이 군집되었으나 3개의 품종은 군집되지 않았다. 선발된 14개의 SSR 마커를 이용한 결과 24개의 품종에서 총 121개의 대립인자가 확인되었으며 각 마커별 대립인자는 3개에서 34개까지 확인되었고 평균 10.8개로 나타났다. 선발된 SSR 마커 중에서 PSSR-17, PSSR-24, PSSR-29 마커를 조합하여 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다. 다중초위성체 마커세트는 한번의 PCR 반응과 PAGE 분석 만으로 본 연구에서 사용된 국내 24개의 감자 품종을 구분할 수 있었며 PIC 값은 0.95로 나타났다.

위암에서 P16 및 hMLH1 유전자의 메틸화 (Methylation of P16 and hMLH1 in Gastric Carcinoma)

  • 성기영;전경화;송교영;김진조;진형민;김욱;박조현;박승만;임근우;박우배;김승남;전해명
    • Journal of Gastric Cancer
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    • 제5권4호
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    • pp.228-237
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    • 2005
  • 목적: 위암조직에서 P16과 hMLH1 유전자의 메틸화상태를 검사하여 위암의 발생과정에서의 작용과 유전자의 발현에 미치는 영향과 Helicobacter paylori균 감염여부 및 임상병리학적인자와의 연관성을 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 위암 신선 동결 절편조직 100예를 대상으로 유전자의 단백질 발현상태는 면역조직화학 염색을 시행하여 확인하였고. 메틸화 상태는 methylation-specific PCR(MSP)과 염기서열분석을 시행하였다. 결과: P16유전자의 메틸화는 19예(19%)에서 관찰되었고 이 중 18예(94.7%)에서 P16유전자의 단백질 발현 소실이 있어, P16 유전자의 단백질 발현 소실이 P16유전자의 메틸화와 연관이 있음을 알 수 있었다(kappa 계수=0.317, P=.0011). hMLH1 유전자의 메틸화는 27예(27%)에서 관찰되었고, 이 중 24예(8.8%)에서 hMLH1 단백의 소실이 hMLH1유전자의 메틸화와 연관이 있음을 보여주었다(kappa계수=0.675, p<0.0001). hMLH1 유전자의 메틸화는 나이, 암종의 크기, Lauren 분류와 연관성이 있었다. P16 유전자와 hMLH1 유전자 메틸화 모두 Helicobacter paylori균 감염여부와는 연관성이 없었다. 결론: 위암에서 P16 및 hMLH1 유전자의 불활성화에는 DNA 메틸화가 작용을 함을 알 수 있었고, hMLH1유전자의 메틸화는 나이, 암종의 크기, Lauren 분류와 연관이 있음을 알 수 있었다.

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