• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권11호
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• pp.5469-5475
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• 2012

Background and Objectives: Acute lymphoblastic leukemia (ALL) is a complex genetic disease involving many fusion oncogenes (FO) having prognostic significance. The frequency of various FO can vary in different ethnic groups, with important implications for prognosis, drug selection and treatment outcome. Method: We studied fusion oncogenes in 101 pediatric ALL patients using interphase FISH and RT-PCR, and their associations with clinical features and treatment outcome. Results: Five most common fusion genes i.e. BCR-ABL t (22; 9), TCF3-PBX1 (t 1; 19), ETV6-RUNX1 (t 12; 21), MLL-AF4 (t 4; 11) and SIL-TAL1 (del 1p32) were found in 89/101 (88.1%) patients. Frequency of BCR-ABL was 44.5% (45/101). BCR-ABL positive patients had a significantly lower survival ($43.7{\pm}4.24$ weeks) and higher white cell count as compared to others, except patients with MLL-AF4. The highest relapse-free survival was documented with ETV6-RUNX1 (14.2 months) followed closely by those cases in which no gene was detected (13.100). RFS with BCR-ABL, MLL-AF4, TCF3-PBX1 and SIL-TAL1 was less than 10 months (8.0, 3.6, 5.5 and 8.1 months, respectively). Conclusions: This is the first study from Pakistan correlating molecular markers with disease biology and treatment outcome in pediatric ALL. It revealed the highest reported frequency of BCR-ABL FO in pediatric ALL, associated with poor overall survival. Our data indicate an immediate need for incorporation of tyrosine kinase inhibitors in the treatment of BCR-ABL+ pediatric ALL in this population and the development of facilities for stem cell transplantation.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권19호
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• pp.8311-8317
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• 2014

Background: Evidence supporting an association between the 8q24 rs4242382-A polymorphism and prostate cancer (PCa) risk has been reported in North American and Europe populations, though data from Asian populations remain limited. We therefore investigated this association by clinical detection in China, and meta-analysis in Asian, Caucasian and African-American populations. Materials and Methods: Blood samples and clinical information were collected from ethnically Chinese men from Northern China with histologically-confirmed PCa (n=335) and from age-matched normal controls (n=347). The 8q24 (rs4242382) gene polymorphism was genotyped by polymerase chain reaction-high-resolution melting analysis. We initially analyzed the associations between the risk allele and PCa and clinical covariates. A meta-analysis was then performed using genotyping data from a total of 1,793 PCa cases and 1,864 controls from our study and previously published studies in American and European populations, to determine the association between PCa and risk genotype. Results: The incidence of the risk allele was higher in PCa cases than controls (0.222 vs 0.140, $P=7.3{\times}10^{-5}$), suggesting that the 8q24 rs4242382-A polymorphism was associated with PCa risk in Chinese men. The genotypes in subjects were in accordance with a dominant genetic model (ORadj=2.03, 95%CI: 1.42-2.91, $Padj=1.1{\times}10^{-4}$). Presence of the risk allele rs4242382-A at 8q24 was also associated with clinical covariates including age at diagnosis ${\geq}65$ years, prostate specific antigen >10 ng/ml, Gleason score <8, tumor stage and aggressive PCa, compared with the non-risk genotype ($P=4.6{\times}10^{-5}-3.0{\times}10^{-2}$). Meta-analysis confirmed the association between 8q24 rs4242382-A polymorphism and PCa risk (OR=1.62, 95%CI: 1.39-1.88, $P=1.0{\times}10^{-5}$) across Asian, Caucasian and African American populations. Conclusions: The replicated data suggest that the 8q24 rs4242382-A variation might be associated with increased PCa susceptibility in Asian, Caucasian and African American populations. These results imply that this polymorphism may be a useful risk biomarker for PCa in multi-ethnic populations.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제62권5호
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• pp.406-416
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• 2007

연구배경: 단일염기다형성(Single nucleotide polymorphism, SNP)은 인간의 유전자 서열 1000염기에 1개 빈도로 발견되어 인간은 대략 300만개의 유전자 다형성을 가지고 있다. 이 유전자 다형성의 조합결과로 인간의 개체 간 특성들이 결정되는 것으로 이해되고 있다. 이러한 다형성들의 조합양상에 따라 특이 질환에 대한 유전자 감수성 또한 달라지게 되므로 최근에는 많은 질환들과 유전자 다형성들과의 상관관계를 보는 연구들도 활발하게 진행되고 있다. 이러한 SNP분석은 큰 집단을 대상으로 진행되어 지므로 적은 비용으로 정확하게 그리고 대용량으로 분석할 수 있는 방법이 필요하다. 방 법: 대상 환자 89명의 genomic DNA를 가지고서 promotor상에 위치한 -37과 -524 염기부위에서 유전자 다형성을 보이는 것으로 보고되어져 있는 RRM1(ribonucleotide reductase M1) 유전자를 대상으로 PCR-RFLP(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)와 real-time PCR(RTPCR, TaqMan probe assay)을 동시에 시행한 후 각각의 결과를 비교 분석하였다. 결 과: 대상 DNA 89예 중 -37에서는 2예(2.17%), -524에서는 15예(16.26%)가 서로 다른 양상을 보였다. 결과 차이를 보인 샘플 17예를 대상으로 직접 염기서열 분석을 시행하여 본 결과, 17예 모두 RT-PCR에서 확인되었던 결과와 일치함을 확인할 수 있었다. 추가 샘플 138예를 대상으로 RT-PCR을 2회 연속 실행하여 genotyping을 해 본 결과 98%이상의 높은 일치율을 보였으며, 그중 10예를 무작위로 골라 직접 염기서열 분석을 시행하여 본 결과, 역시 100%일치, 높은 정확도를 보였고 이는 in-tube assay 방식으로 샘플의 오염을 최소화 할 수 있었으며 72 well based system(Corbett Research)을 이용함으로 1회 유전자 증폭반응을 통해 많은 검체를 한 번에 확인할 수 있어 매우 빠른 검사방법 이었다. 결 론: 큰 집단을 대상으로 다량의 SNP를 분석하기 위한 실험 방법으로는 RT-PCR이 신속하면서도 정확한 결과를 얻을 수 있는 방법으로 사료된다.

• 한국가금학회지
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• 제41권3호
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• pp.205-215
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• 2014

본 실험은 육계 품종(Ross vs. Cobb) 및 사육 밀도(표준 밀도구, $0.046m^2$/수 vs. 고밀도구, $0.023m^2$/수)가 생산성, 장기무게, 혈액 corticosterone, 친염증 사이토카인과 항산화 효소의 mRNA 발현에 미치는 영향을 조사하기 위해 실시하였다. 전체 사육 기간 동안 품종에 따른 생산성 지표들은 차이가 없었으나, 사육 밀도에 따른 사양 성적은 두 품종 모두 고밀도 사육구(HD)에서 표준 밀도구(SD)에 비해 체중과 사료 섭취량이 유의적으로 감소하였다(P<0.05). 간과 비장의 상대적 무게는 품종에 따른 유의적 차이가 나타났으나(P<0.05), 사육 밀도에 따른 차이는 없었다. 혈액 corticosterone 농도는 품종 및 사육 밀도에 따른 통계적 차이는 없는 것으로 나타났다. 육계 품종 및 사육 밀도에 따른 친염증 사이토카인과 항산화 효소의 mRNA 발현 양상으로 간 조직에서 이들 사이토카인(IL-$1{\beta}$, IL-6, IL-18 및 IFN-${\gamma}$) mRNA 발현은 품종과 사육 밀도에 따른 차이가 없었다. 한편, 항산화 유전자인 GPX mRNA 발현은 품종에 따라 현저한 반응의 차이를 보였으며(P<0.05), Ross 품종이 Cobb 품종보다 GPX mRNA 발현이 낮았다. 사육 밀도 요인에 따른 차이를 보면, SOD, GPX 및 CAT의 mRNA 발현이 모두 고밀도 사육구에서 현저히 증가되는 것으로 나타났다(P<0.05). 비장조직에서 대부분의 친염증 사이토카인은 품종 및 사육 밀도에 따른 차이가 없었으나, IL-18 mRNA 발현은 고밀도 사육 시 Cobb 종에서 발현이 감소되었다(P<0.05). 항산화 효소 mRNA 발현은 품종 및 사육 밀도 요인에 따라 SOD와 CAT에서 유의적 차이가 있었다(P<0.05). 이와 같은 결과로 보아 사양 성적은 육계 품종에 따른 요인에 영향을 받지 않았지만, 사육 밀도는 생산성을 감소시켰다. 친염증 사이토카인의 mRNA 발현은 품종 및 사육 밀도에 따른 차이는 적었으나, 항산화 효소는 품종, 사육 밀도 및 장기조직에 따른 발현의 차이가 나타나 체내 항상성 조절에 중요한 지표로서 지속적인 연구가 요구된다.

• Journal of Nutrition and Health
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• 제31권9호
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• pp.1411-1421
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• 1998

본 연구에서는 경희의료원 내과에 내원하고 있는 고지혈증 환자를 대상으로 12주 동안 영양상담을 통하여 식사조절을 실시하였으며. 이들 환자들의 apo E 유전자 다형성의 분포양상을 조사하였다 또한 그들의 식습관 분석과 더불어 영양상담 및 교육에 의한 식사조절이 apo E 유전자 다형성에 따라 혈중 지질 농도에 미치는 효과를 관찰함으로써, apo E 유전자 다형성과 식사 조절 후 혈청 지질 농도와의 상호 연관성을 조사하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1) 고지혈증 환자의 apo E 유전자 다형성의 분포양상을 살펴보면 apo E3/3가 70.6% . apo E3/4가 23.5%. 그리고 apo E2/3가 5.8%의 분포를 나타냈다. 일반적 특성인 연령, 몸무게, BMI, %IBW, WHR. 그리고 혈압에서는 apo E 유전자형에 따른 차이가 나타나지 않았으나 12주의 식사조절 후 모든 환자들에서 몸무게, BMI, %IBW, WHR, 그리고 혈압 감소의 경향을 보였다. 2) 고지혈증 환자가 평소 섭취하고 있는 식사 종류는 밥과 면류, 국류, 나물 및 무침류, 구이 및 조림류, 전류 및 볶음요리, 찌게류로 조사되었다. 3) 고지혈증 환자는 영양상담 후 포화지방과 콜레스테롤이 많은 음식의 섭취빈도가 감소하였고, 짠 음식 중 알, 젓갈류의 섭취가 감소하였다. 단음식과 인스턴트 식품의 섭취빈도도 감소하였다. 튀긴음식 섭취와 간식의 빈도도 감소하여 고지혈증 환자를 대상으로 실시한 12주간의 영양상담은 환자들의 식습관과 식품섭취 개선에 좋은 효과를 보였다. 4) 고지혈증 환자의 영양상담 전 식사는 탄수화물 : 단백질 : 지방의 비율이 64.2 : 15.7 : 20.1이었던 반면, 상담 후에는 그 비율이 66.0 : 15.7 : 18.3으로 지방의 섭취비율이 다소 낮아졌다. 또한 영양상담 이전의 콜레스테를 섭취는 236.0mg/day이었으며, 상담 후에는 109.8mg/day로 섭취량이 감소하였다. 5) 영양상담 전의 혈청 LDL-콜레스테롤은 apo E3/4군에서 164.2m조dl, E3/3군에서 133.4mg/dl 그리고 E2/3군에서 112.2mg/dl로 apo E3/4군에서 가장 높았고, 그 다음이 E3/3, 그리고 E2/3의 순으로 나타났으며 , 상담 후 apo E3/4에서 가장 많이 감소하였다. (13.3%) 영양상담 후. 혈청 총 콜레스테롤은 ape E3/4에서 15.6%, E3/3에서 8.5% 감소하였다(p<0.01). 혈청 중성지방과 VLDL-콜레스테를 수준도 모든 군에서 감소하였으며, 특히 3/3군에서 유의성있게 감소하였다. 그러나 HDL-콜레스테를 농도에는 각 군간에 차이없이 증가하는 양상을 보였다. Apo E3/4환자들에서 총 콜레스테롤과 LDL-콜레스테롤이 가장 크게 감소하여 식사조절의 효과가 가장 높은 것으로 나타났다. 6) Apo E 유전자 다형성에 따른 고지혈증환자에서 BMI의 감소량이 클수록 혈청 총 콜레스테를 수준이 비례적으로 감소하였지만(r=0.373, p<0.05), 혈청 중성지방과의 상관관계는 나타나지 않았다. 또한 포화지방의 섭취량이 감소함에 따라 혈청 콜레스테롤농도가 유의적으로 감소하였다(r=0.900, p<0.01).

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제58권5호
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• pp.490-497
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• 2005

연구배경 : Paraoxonase는 산소유리기 제거효소의 하나로서, 유기인제 화합물의 독소제거에 있어서 중요한 역할을 한다. 본 연구에서는 한국인 남성에서 PON1 Q192R 유전자 다형성이 흡연과 관련하여 폐암발생에 미치는 영향을 조사하였다. 대상 및 방법 : 연구대상자는 조직 병리학적으로 폐암으로 새롭게 진단받은 남성 환자 335명과, 이들과 3세 이내에서 연령을 짝지은 동수의 대조군으로 하였다. 직접면접조사를 통하여 인적사항과 직업력 그리고 흡연력, 음주력 등을 조사하였다. TaqMan 실시간 중합 효소 연쇄반응을 이용하여 PON1 유전자 다형성을 확인하고, 폐암과 흡연 그리고 PON1 유전자 다형성 유형 사이의 상호 관련성을 통계적으로 분석하였다. 결 과 : 흡연과 PON1 유전자 Q/Q형이 폐암 발생 위험도를 유의하게 증가시켰다. 흡연자에서 PON1 Q/Q형인 사람이 Q/R 혹은 R/R형인 사람에 비하여 폐암에 대한 교차비(95% 신뢰구간)가 2.56(1.52 - 4.31)으로 폐암발생 위험도가 통계적으로 유의하게 증가하였다. 비흡연자이며 PON1 Q/R 혹은 R/R형인 사람을 비교군으로 하였을 때, 비흡연자이며 PON1 Q/Q형인 군, 흡연자이며 Q/R 혹은 R/R형인 군, 흡연자이며 Q/Q형군으로 이행할수록 대응비는 모든 세포유형에서 유의하게 증가하였다. 특히 흡연자이며 Q/Q형인 사람은 비흡연자이며 PON1 Q/R 혹은 R/R형인 사람에 비하여, 편평세포암종은 53.77(6.55 - 441.14)배, 선암종은 6.25(1.38 - 28.32)배, 소세포암종은 59.94(4.66 - 770.39) 배 더 잘 생기는 것으로 나타났다. 결 론 : 흡연과 PON1 Q/Q형은 폐암의 위험인자이며, 흡연과 PON1 Q/Q형은 조직학적 유형에 관계없이 폐암발생 위험도를 서로 상승적으로 증가시키는 것으로 판단된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제59권3호
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• pp.298-305
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• 2005

연구배경 : 폐쇄성 수면무호흡증후군은 다양한 원인에 의해 발생하게 된다. 주된 위험요소로는 비만과 좁은 상기도, 비정상적인 머리-얼굴 구조 등이 알려져 있으며 유전적 요인 또한 가족내 집단적 발생하였다는 보고들에 의해 뒷받침되고 있다. 본 연구에서 저자들은 HLA검사를 통하여 폐쇄성 수면무호흡증후군에서 유전학적인 배경을 규명하고자 하였다. 방 법 : 철야 수면다원검사로 진단한 25명의 폐쇄성 수면무호흡증후군 환자 (여자 1명과 남자 24명, 연령 30-66세)를 대상으로 하였으며 대조군은 200명의 건강한 한국인으로 하였다. HLA-A와 -B 대립유전자의 검사는 미세세포독성검사로 시행하였고 HLA-DRB1 유전자의 두번째 엑손의 다형성에 대한 분석은 PCRSSOP방법을 이용하여 시행하였다. 결 과 : HLA-A11 대립유전자의 빈도는 폐쇄성 수면무호흡증후군 환자군에서 대조군에 비해 유의하게 감소되어 있었다 (p<0.05). HLA-B 대립유전자의 빈도는 양군간에 유의한 차이가 없었다. HLA-DRB1 유전자의 다형태 분석에서는 DRB1*09의 빈도가 폐쇄성 수면무호흡환자군에서 대조군에 비해 유의하게 증가되어 있었다 (p <0.05). 환자군을 무호흡지수 45를 기준으로 경-중등증군과 중증군으로 나누어 대조군과 비교하였을 때 중증군에서 HLA-DRB1*08의 빈도가 유의하게 증가되어 있었다 (p <0.05). 결 론 : 한국의 폐쇄성 수면무호흡증후군 환자에서 HLAA11과 DRB1*09가 폐쇄성 수면무호흡증후군과 관련되어 있고, HLA-DRB1*08이 이 질환의 중증도와 연관되어 있음을 알 수 있었다. 이상의 결과는 폐쇄성 수면 무호흡 증후군의 발생뿐 아니라 경중도 여부에도 유전적인 요소가 중요한 역할을 한다는 것을 시사한다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권12호
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• pp.6273-6276
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• 2012

Background/Aim: Six prostate cancer (PCa) susceptibility loci were identified in a genome-wide association study (GWAS) in populations of European decent. However, the associations of these 6 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) with PCa has remained tobe clarified in men in Northern China. This study aimed to explore the loci associated with PCa risk in a Northern Chinese population. Methods: Blood samples and clinical information of 289 PCa patients and 288 controls from Beijing and Tianjin were collected. All risk SNPs were genotyped using polymerase chain reaction (PCR)-high resolution melting curve technology and gene sequencing. Associations between PCa and clinical covariates (age at diagnosis, prostate-specific antigen [PSA], Gleason score, tumor stage, and level of aggressiveness) and frequencies of alleles and genotypes of these SNPs were analyzed using genetic statistics. Results: Among the candidate SNPs, 11p15 (rs7127900, A) was associated with PCa risk (P = 0.02, odds ratio [OR] = 1.64, 95% confidence interval [CI] = 1.09-2.46). Genotypes showed differences between cases and controls on 11p15 (rs7127900, A), 11q13 (rs7931342, T), and HNF1B (rs4430796, A) (P = 0.03, P = 0.01, and P = 0.04, respectively). The genotype TG on 11q13 (rs7931342, T) was positively associated with an increased Gleason score (P = 0.04, OR = 2.15, 95% CI = 1.02-4.55). Patients carrying TG on 17q24 (rs1859962, G) were negatively associated with an increased body mass index (BMI) (P = 0.03, OR = 0.44, 95% CI = 0.21-0.92) while those with AG on HNF1B (rs4430796, A) were more likely to have PSA increase (P = 0.002). Conclusion: Our study suggests that 11p15 (rs7127900, A) could be a susceptibility locus associated with PCa in Northern Chinese. Genotype TG on 11q13 (rs7931342, T) could be related to an increased Gleason score, AG on HNF1B (rs4430796, A) could be associated with PSA increase, and TG on 17q24 (rs1859962, G) could be negatively associated with an increased BMI in Chinese men with PCa.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제65권6호
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• pp.487-494
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• 2008

연구배경: p53 유전자의 돌연변이가 모든 조직형의 폐암에서 가장 흔한 유전적 이상으로 알려져 있다. 이전의 연구에도 불구하고, 폐암 조직에서 p53 단백질의 과발현과 생존과의 관계에 대해서는 아직도 논란이 있다. 본 연구의 목적은 수술로 절제한 병리학적 병기 1기인 비소세포폐암 환자에서 p53 단백질 과발현과 관련된 임상적 특징을 평가하고, p53 단백질 과발현과 예후와의 관계를 평가하는 것이다. 방 법: 본 연구는 삼성서울병원에서 2003년 1월부터 2004년 6월까지 폐암으로 치료 받은 환자 중 병리학적 병기 제 1기의 비소세포폐암 환자를 대상으로 한 후향적 연구이다. 폐암 환자의 종양 조직을 이용하여 p53 단백질에 대한 면역조직화학 염색이 시행되었다. 성별, 연령, 흡연력, 조직형 및 병기 등의 임상적 특징들에 따른 p53 과발 현 여부를 단변량 및 다변량 분석으로 평가하였다. 한편, p53의 과발현 여부에 따른 DFS, DSS 및 OS은 Kaplan-Meier 방법으로 평가하였고, 군간 비교는 log-rank test를 이용하였다 결 과: 125명의 연구 대상 환자에서 p53 면역 염색양성 종양 세포 빈도의 중앙값은 10%였다. 편평세포암에서 p53 과발현(${\geq}10%$)의 빈도가 66%로 선암의 38%보다 통계적으로 유의하게 증가되어 있었다(p=0.002). 병리학적 병기가 IB인 경우 p53 과발현의 빈도가 59%로 IA의 38%보다 증가되어 있었다(p=0.024). 흡연의 기간은 p53이 과발현 된 경우(27년)에 그렇지 않은 경우(20년)보다 통계적으로 유의하게 길었다(p=0.032). 25갑년 이상의 흡연력도 p53이 과발현 된 경우(58%)에 그렇지 않은 경우(38%)보다 더 흔하게 관찰되었다(p=0.024). 다변량 분석에서 p53 과발현과 관련된 인자는 편평세포암의 조직형뿐인 것으로 평가 되었다(p=0.002). 한편, p53 과발현 여부에 따른 DFS, DSS 및 OS의 차이는 없었으며, 편평세포암과 선암의 세부 군 분석에서도 생존의 차이는 없었다. 결 론: 수술로 절제한 제 1기 비소세포폐암 조직에서 면역조직화학 염색으로 평가한 p53 과발현은 조직형, 병기 및 흡연력과 관련이 있었고, 다변량 분석에서 조직형만이 p53 과발현과 관련된 독립적 인자였다. 하지만, p53 과발현과 환자의 생존과는 관련이 없었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제65권6호
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• pp.495-503
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• 2008

연구배경: 유전자의 후생적인 변화(epigenetic alteration)는 악성종양의 병인론에 있어서 유전자 변이와 동등한 위치를 점하고 있다. 특히 종양억제 유전자의 전사 촉진(promoter) 부위에 발생하는 비정상적인 메칠화(methylation)는 유전자의 발현을 침묵화(silencing)하고, 결과적으로 유전자의 기능 소실을 일으키게 된다. 저자들은 CpG island와 HpaII site를 가지고 있으며 암화 과정에 관여할 것으로 생각되는 유전자에 대하여 HpaII-MspI methylation microarray를 이용하여 새로운 종양억제 유전자를 발굴하고자 하였다. 방 법: 2005년 건양대학교 병원에서 수술한 비 소세포성 폐암 환자 10명에서 폐암조직과 상응하는 암 주변의 정상조직을 얻었으며, HpaII-MspI methylation microarray (Methyl-Scan DNA chip$^{(R)}$, Genomic tree, Inc, South Korea)를 이용하여 21개의 유전자에 대하여 DNA methylation profile을 분석하였다. 각각의 유전자에서 메칠화된 정도를 두 그룹에서 비교하였고, 정상 대조군으로 두 명의 젊고 건강한 기흉 환자에서 수술한 폐 조직에 대하여 methylation profile을 분석하였다. 결 과: 21개의 대상 유전자 중 10개의 유전자에서 폐암조직, 폐암 주변 정상 조직, 대조군에서 모두 공통적으로 과메칠화 되었고, 나머지 11개의 유전자 중 APC, AR, RAR-b, HTR1B, EPHA3, CFTR의 6개의 유전자에서 대조군에서 메칠화가 없으며, 폐암조직에서 폐암 주변 정상 조직에 비하여 더 빈번하게 과메칠화 되었다. 결 론: HTR1B, EPHA3, CFTR은 비소세포 폐암에서 후생적 변화로 발생하는 새로운 종양억제 유전자의 후보 유전자로서의 가능성이 있을 것으로 생각한다.