• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제54권6호
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• pp.628-634
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• 2003

기관지확장증은 일반적으로 원인을 찾기 위한 광범위한 조사없이 증상적 치료를 하는 경우가 많으나 기관지확장증을 유발할 수 있는 원인을 아는 경우 특별한 치료 방침을 정할 수도 있다. X연관 무감마글로불린혈증은 세포질 내 X 염색체에 존재하는 Bruton's tyrosine kinase (Btk) 유전자의 돌연변이에 의해 성숙 B 림프구가 분화하지 못하여 발생하는 체액성 면역결핍질환으로 반복적인 호흡기감염을 통해 기관지확장증을 유발한다. 이는 드문 유전적 질환으로 조기 발견과 주기적인 면역글로불린 치료가 중요하다. 저자들은 반복적인 감염의 과거력과 함께 미만성 기관지확장증을 가진 성인 남성에서 BTK 유전자의 돌연변이를 확인하여 X연관 무감마글로불린혈증을 진단하고 치료한 사례를 경험하여 이를 보고하는 바이다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제15권5호
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• pp.1066-1072
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• 2011

시스템 호출 순서에 대한 관계를 분석하는 방법은 정상적인 시스템 호출 순서를 일정한 크기로 시스템 호출 순서를 분할하여 진을 생성하여 탐지자로 사용한다. 시스템 호출의 매개변수를 고려하는 방법은 매개변수의 길이에 대한 평균과 표준편차를 이용하여 탐지자로 사용한다. 시스템 호출 순서만을 고려한 모델은 시스템 호출 순서는 정상이지만 포맷 스트링 공격과 같이 매개변수의 값만 변하는 공격을 탐지할 수 없으며, 시스템 호출 매개변수만을 고려한 모델은 매개변수 각각을 고려하므로 공격이 시작되지 않은 구간에서 획득한 정보에 의해 긍정적 결함률이 높게 나타나는 문제점이 있다. 이러한 문제점을 해결하기 위해 공격과 관련된 시스템 호출의 여러 속성들을 동시에 고려하는 접근 방법으로서 연속적인 시스템 호출 순서 및 매개변수를 그룹(Group)화하여 보다 효율적으로 학습 및 탐지하는 방법이 필요하다. 이 논문에서는 비정상적인 행위를 정상적인 행위로 판단하는 긍정적 결함률을 개선하기 위하여 시스템 호출 순서 및 매개변수에 시간 개념을 적용하여 시스템 호출 순서 및 매개변수의 비정상행위를 탐지한다. 실험 결과 제안 기법은 DARPA 데이터 셋을 사용한 실험에서 시스템 호출의 긍정적 결함률은 시간을 고려하지 않은 시스템 호출 순서 모델보다 시간을 고려한 시스템 호출 순서 모델의 긍정적 결함률이 13% 향상되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권10호
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• pp.1583-1590
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• 2006

T4 endonuclease V (T4 endo V) [EC 3. 1. 25. 1], found in bacteriophage T4, is responsible for excision repair of damaged DNA. The enzyme possesses two activities: a cyclobutane pyrimidine dimer DNA glycosylase (CPD glycosylase) and an apyrimidic/apurinic endonuclease (AP lyase). T4 denV (414 bp cDNA) encoding T4 en do V (138 amino acid) was synthesized and expressed using either an expression vector, pTriEx-4, in E. coli or a baculovirus AcNPV vector, pBacPAK8, in insect cells. The recombinant His-Tag/T4 endo V (rHis-Tag/T4 endo V) protein expressed from bacteria was purified using one-step affinity chromatography with a HiTrap Chelating HP column and used to make rabbit anti-His-Tag/T4 endo V polyclonal antibody for detection of recombinant T4 endo V (rT4 endo V) expressed in insect cells. In the meantime, the recombinant baculovirus was obtained by cotransfection of BacPAK6 viral DNA and pBP/T4 endo V in Spodoptera frugiperda (Sf21) insect cells, and used to infect Sf21 cells to overexpress T4 endo V protein. The level of rT4 endo V protein expressed in Sf21 cells was optimized by varying the virus titers and time course of infection. The optimal expression condition was set as follows; infection of the cells at a MOI of 10 and harvest at 96 h post-infection. Under these conditions, we estimated the amount of rT4 endo V produced in the baculovirus expression vector system to be 125 mg/l. The rT4 endo V was purified to homogeneity by a rapid procedure, consisting of ion-exchange, affinity, and reversed phase chromatographies, based on FPLC. The rT4 endo V positively reacted to an antiserum made against rHis-Tag/T4 endo V and showed a residual nicking activity against CPD-containing DNA caused by UV. This is the first report to have T4 endo V expressed in an insect system to exclude the toxic effect of a bacterial expression system, retaining enzymatic activity.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제47권1호
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• pp.1-10
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• 2005

Intramuscular fat content(lMF) is considered as one of major economic traits in the pig breeding and industry. In general, high IMF results in better meat quality. Several approaches to detect quantitative trait 10ci( QTL) for IMF indicated a strong possibility of the existence of a QTL related to IMF between the microsatellite marker SW71 and SW1881 on SSC6q. Porcine FABP3 has been considered as a candidate gene affecting IMF due to its physiological roles and position on the pig genome. Two novel mutations, g.-114T> C and g.-158T>G were detected by duplicate sequencing of the porcine FABP3 promoter region. These two mutations were identified as absolute linkage disequilibrium. The g.-158T> G mutation was used for investigating relationships with growth and fat deposition traits. The GG genotype of the g.-158T> G polymorphism showed highly negative effects(P< 0.01) on body weights at 3 and 12 weeks of age, and a positive effect(P< 0.05) on IMF. However, backfat thickness(BF) and carcass fat(CF) content were not significantly associated with the genotype. The result indicates that the novel mutations, identified in this study, could be utilized as possible genetic markers to improve IMF, independent with BF.

• 대한임상검사과학회지
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• 제51권4호
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• pp.428-435
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• 2019

Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC)와 같은 carbapenem 분해효소의 급속한 증가와 보급은 의료 관련 감염 분야 내에서 주요한 문제가 되었다. Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) 감염을 치료하기 위한 항생제는 거의 없으므로 내성의 박테리아 메커니즘의 확인은 감염 통제와 역학 연구에 매우 중요하다. 그러므로 KPC 균주를 검출하는 신속하고 효과적인 방법은 치료상의 실패를 피하고, 이러한 다제 내성세균의 유통을 방지 및 통제하는 대책으로 도입할 필요가 있다. 분석에 이용한 31균주에서 Acinetobacter spp. 7균주, Morganella morganii 6균주, Pseudomonas aeruginosa 5균주, Proteus mirabilis 5균주, Proteus vulgaris 1균주, Enterobacter cloacae 2균주, Enterobacter aerogenes 1균주, Klebsiella pneumoniae 1균주, Klebsiella oxytoca 1균주, Serratia marcescens 1균주, Escherichia coli 1균주를 확인하였다. 그람음성 간균이 분리된 검체의 빈도는 urine (35.5%), blood (19.4%), sputum (16.1%), pus (9.7%), ascitic fluid (9.7%), tracheal aspirates (6.5%), bile juice (3.2%) 순으로 나타났다. PCR 방법을 이용한 유전자분석 결과 bla_IMP, bla_VIM, bla_OXA-48 에서는 증폭이 확인된 균주가 없었으나, Klebsiella oxytoca 1 균주에서 bla_KPC 유전자를 확인하였다. 결론적으로, PCR 방법을 이용한 진단법은 KPC를 정확하고 신속하게 진단할 수 있으며, 그로 인해 병원 내 KPC의 전파방지를 위한 신속한 예방대책 수립이 가능하다 할 수 있다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제36권5호
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• pp.407-417
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• 2021

새싹삼의 곰팡이 발생을 조사하기 위해 18점의 유통중인 새싹삼을 수집하여 곰팡이 발생빈도를 분석하였다. 전체 시료의 총 곰팡이 발생빈도는 평균 113.3-174.1%였고 Penicillium spp.의 발생빈도가 가장 높았다. 곰팡이 발생빈도는 이끼가 잎, 줄기, 뿌리보다 유의하게 높았다. 잎과 줄기에서는 Penicillium spp.이, 뿌리에서는 Fusarium spp.의 발생이 높았으며 각각의 우점종은 P. olsonii와 F. oxysporum으로 동정되었다. 계통발생학적 분석을 통해 Fusarium spp.은 총 9개 종, Aspergillus spp.은 A. westerdijkiae와 A. favus, Penicillium spp.은 총 11개 종이 동정되었다. 곰팡이독소 생성 종으로 알려진 25균주의 독소형을 PCR로 검정한 결과 19점의 균주에서 각 독소형이 확인되었다. 이 중 A. flavus 2점과 A. westerdijkiae 11점이 aflatoxin과 ochratoxin A을 각각 생성하였고 일부 균주는 높은 독소생성능을 보였다. 이 결과는 새싹삼 생산에 있어 곰팡이 발생에 대한 지속적인 모니터링 및 관리방안이 필요함을 시사하였다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제32권3호
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• pp.320-333
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• 2019

Objective: The Shanghai Holstein cattle breed is susceptible to severe mastitis and other diseases due to the hot weather and long-term humidity in Shanghai, which is the main distribution centre for providing Holstein semen to various farms throughout China. Our objective was to determine the genetic mechanisms influencing economically important traits, especially diseases that have huge impact on the yield and quality of milk as well as reproduction. Methods: In our study, we detected the structural variations of 1,092 Shanghai Holstein cows by using next-generation sequencing. We used the DELLY software to identify deletions and insertions, cn.MOPS to identify copy-number variants (CNVs). Furthermore, we annotated these structural variations using different bioinformatics tools, such as gene ontology, cattle quantitative trait locus (QTL) database and ingenuity pathway analysis (IPA). Results: The average number of high-quality reads was 3,046,279. After filtering, a total of 16,831 deletions, 12,735 insertions and 490 CNVs were identified. The annotation results showed that these mapped genes were significantly enriched for specific biological functions, such as disease and reproduction. In addition, the enrichment results based on the cattle QTL database showed that the number of variants related to milk and reproduction was higher than the number of variants related to other traits. IPA core analysis found that the structural variations were related to reproduction, lipid metabolism, and inflammation. According to the functional analysis, structural variations were important factors affecting the variation of different traits in Shanghai Holstein cattle. Our results provide meaningful information about structural variations, which may be useful in future assessments of the associations between variations and important phenotypes in Shanghai Holstein cattle. Conclusion: Structural variations identified in this study were extremely different from those of previous studies. Many structural variations were found to be associated with mastitis and reproductive system diseases; these results are in accordance with the characteristics of the environment that Shanghai Holstein cattle experience.

• 대한임상검사과학회지
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• 제53권1호
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• pp.41-48
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• 2021

Essential thrombocythemia (ET) is a clonal bone marrow stem cell disorder, primarily involving the megakaryocytic lineage. The WHO 2016 guidelines include the molecular detection of JAK2, MPL, and CALR mutations as a major diagnostic criterion for ET. This study aimed to determine the frequency of JAK2 V617F, MPL W515L, and CALR mutations in Iraqi Kurdish patients afflicted with ET, and to analyze their clinical and hematological features. A total of 73 Iraqi Kurdish patients with ET were enrolled as subjects, and analysis was achieved utilizing real-time PCR. The frequency of JAK2 V617F, CALR, and MPL W515L mutations was determined to be 50.7%, 22%, and 16.4%, respectively. No statistically significant difference was obtained when considering the age and gender among different genotypes. The JAK2 V617F mutated patients had significantly higher white blood cell counts and hemoglobin levels than the CALR-positive patients (P-value=0.000, 0.007, respectively), MPL W515L-positive patients (P-value=0.000, 0.000, respectively), and triple negative patients (P-value=0.000, 0.000, respectively). Also, the JAK2 V617F mutated patients showed higher platelet count as compared to the MPL W515L-positive patients (P-value=0.02) and triple negative patients (P-value=0.04). Furthermore, significantly lower white blood cell count and hemoglobin levels were associated with CALR positivity (P-value=0.000, 0.01, respectively), MPL W515L-positivity (P-value=0.001, 0.000, respectively), and triple negativity (P-value=0.000, 0.000, respectively), as compared to patients with combined mutations. In conclusion, apart from a relatively high frequency of MPL W515L mutation, our data is comparable to earlier reports, and highlights the importance of genotyping the JAK2 V617F, MPL W515L, and CALR mutations for accurate diagnosis of patients with ET.

• Journal of Veterinary Science
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• 제23권5호
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• pp.74.1-74.16
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• 2022

Background: Previous studies have presented evidence to support the significant association between red meat intake and colon cancer, suggesting that heme iron plays a key role in colon carcinogenesis. Epigallocatechin-3-gallate (EGCG), the major constituent of green tea, exhibits anti-oxidative and anti-cancer effects. However, the effect of EGCG on red meat-associated colon carcinogenesis is not well understood. Objectives: We aimed to investigate the regulatory effects of hemin and EGCG on colon carcinogenesis and the underlying mechanism of action. Methods: Hemin and EGCG were treated in Caco2 cells to perform the water-soluble tetrazolium salt-1 assay, lactate dehydrogenase release assay, reactive oxygen species (ROS) detection assay, real-time quantitative polymerase chain reaction and western blot. We investigated the regulatory effects of hemin and EGCG on an azoxymethane (AOM) and dextran sodium sulfate (DSS)-induced colon carcinogenesis mouse model. Results: In Caco2 cells, hemin increased cell proliferation and the expression of cell cycle regulatory proteins, and ROS levels. EGCG suppressed hemin-induced cell proliferation and cell cycle regulatory protein expression as well as mitochondrial ROS accumulation. Hemin increased nuclear factor erythroid-2-related factor 2 (Nrf2) expression, but decreased Keap1 expression. EGCG enhanced hemin-induced Nrf2 and antioxidant gene expression. Nrf2 inhibitor reversed EGCG reduced cell proliferation and cell cycle regulatory protein expression. In AOM/DSS mice, hemin treatment induced hyperplastic changes in colon tissues, inhibited by EGCG supplementation. EGCG reduced the hemin-induced numbers of total aberrant crypts and malondialdehyde concentration in the AOM/DSS model. Conclusions: We demonstrated that EGCG reduced hemin-induced proliferation and colon carcinogenesis through Nrf2-inhibited mitochondrial ROS accumulation.

• 대한유전성대사질환학회지
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• 제22권1호
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• pp.28-36
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• 2022

목적: 혈장 아미노산(PAA) 및 소변 유기산(UOA) 분석에서 비정상적인 대사 산물의 검출은 리 증후군과 같은 임상 미토콘드리아 질환을 진단하는 데 사용되었다. 본 연구에서는 PAA 및 UOA 분석의 진단적 가치와 유효성을 검토하였다. 방법: 이 논문은 2003년에서 2018년 사이에 단일 3차 진료 센터에서 진단된 리 증후군 환자에 대상으로 후향적 연구로 진행되었다. 전체 미토콘드리아 시퀀싱 및 핵 DNA 관련 미토콘드리아 유전자 패널 분석을 통해 미토콘드리아 DNA (mtDNA) 돌연변이 관련 리 증후군에 대해 19명의 환자가 양성이었고 57명의 환자는 음성인 것으로 밝혀졌다. 그 이후에 PAA 및 UOA 분석 결과를 비교하였다. 결과: 두 그룹 간의 PAA 및 UOA 분석 결과를 비교한 결과, mtDNA 돌연변이 양성 Leigh 증후군과 mtDNA 돌연변이 음성 Leigh 증후군 그룹 간에 비정상적인 대사 산물은 뚜렷한 차이를 보이지 않았다. 결론: PAA 및 UOA 분석은 리 증후군을 진단하거나 mtDNA 돌연변이 관련 리 증후군을 선별하기 위한 부적절한 검사 방법이다. 그러나 UOA 분석은 여전히 리 증후군에 대한 적합한 선별 검사일 수 있다.