As it is needed to assay possible feasibility of extrapolation between in vivo and in vitro systems and to develop a new in vitro method for toxicity testing, we investigated global gene expression from both animal and cell line treated with thioacetamide (TAA) and compared between in vivo and in vitro genomic profiles. For in vivo study, mice were orally treated with TAA and sacrificed at 6 and 24 h. For in vitro study, TAA was administered to a mouse hepatic cell line, BNL CL.2 and sampling was carried out at 6 and 24 h. Hepatotoxicity was assessed by analyzing hepatic enzymes and histopathological examination (in vivo) or lactate dehydrogenase (LDH) assay and morphological examination (in vitro). Global gene expression was assessed using microarray. In high dose TAA-treated group, there was centrilobular necrosis (in vivo) and cellular toxicity with an elevation of LDH (in vitro) at 24 h. Statistical analysis of global gene expression identified that there were similar numbers of altered genes found between in vivo and in vitro at each time points. Pathway analysis identified several common pathways existed between in vivo and in vitro system such as glutathione metabolism, bile acid biosynthesis, nitrogen metabolism, butanoate metabolism for hepatotoxicty caused by TAA. Our results suggest it may be feasible to develop toxicogenomics biomarkers by comparing in vivo and in vitro genomic profiles specific to TAA for application to prediction of liver toxicity.
Background: Helicobacter pylori (H. pylori) infection is an established cause of peptic ulcers and gastric cancer. The aim of this study was to identify H. pylori genotypes and to examine their associations with geographical regions and gastritis, peptic ulcers and gastric cancer in Laos. Materials and Methods: A total of 329 Lao dyspeptic patients who underwent gastroscopy at Mahosot Hospital, Vientiane, Laos during December 2010 - March 2012 were enrolled. Two biopsy specimens (one each from the antrum and corpus) were obtained for CLO testing and only CLO test-positive gastric tissue were used to extract DNA. PCR and sequencing were identified for variants of the cagA and vacA genotypes. Results: Some 119 Laos patients (36.2%) were found to be infected with H. pylori including 83 with gastritis, 13 with gastric ulcers (GU), 20 with duodenal ulcers (DU) and 3 with gastric cancer. cagA was detected in 99.2%. East-Asian-type cagA (62%) and vacA s1c (64.7%) were predominant genotypes in Laos. vacA s1c-m1b was significantly higher in GU than gastritis (53.8% vs. 24.1%; P-value=0.04) whereas vacA s1a-m2 was significantly higher in DU than gastritis (40.0% vs. 16.9%; P-value=0.03). East-Asian-type cagA and vacA s1c were significantly higher in highland than lowland Lao (100% vs. 55.8%; P-value=0.001 and 88.2% vs. 61.5%, P-value=0.03 respectively). Conclusions: H. pylori is a common infection in Laos, as in other countries in Southeast Asia. The cagA gene was demonstrated in nearly all Laos patients, cagA and vacA genotypes being possible important factors in explaining H. pylori infection and disease outcomes in Laos.
Heo, Hyun Young;Kim, Yong Tae;Chen, Yuchao;Choi, Jong Young;Seo, Tae Seok
Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
/
2013.08a
/
pp.273-273
/
2013
Recently, Point-of-care (POC) testing microdevices enable to do the patient monitoring, drug screening, pathogen detection in the outside of hospital. Immunochromatographic strip (ICS) is one of the diagnostic technologies which are widely applied to POC detection. Relatively low cost, simplicity to use, easy interpretations of the diagnostic results and high stability under any circumstances are representative advantages of POC diagnosis. It would provide colorimetric results more conveniently, if the genetic analysis microsystem incorporates the ICS as a detector part. In this work, we develop a reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) microfluidic device integrated with a ROSGENE strip for colorimetric influenza H1N1 virus detection. The integrated RT-PCR- ROSGENE device is consist of four functional units which are a pneumatic micropump for sample loading, 2 ${\mu}L$ volume RT-PCR chamber for target gene amplification, a resistance temperature detector (RTD) electrode for temperature control, and a ROSGENE strip for target gene detection. The device was fabricated by combining four layers: First wafer is for RTD microfabrication, the second wafer is for PCR chamber at the bottom and micropump channel on the top, the third is the monolithic PDMS, and the fourth is the manifold for micropump operation. The RT-PCR was performed with subtype specific forward and reverse primers which were labeled with Texas-red, serving as a fluorescent hapten. A biotin-dUTP was used to insert biotin moieties in the PCR amplicons, during the RT-PCR. The RT-PCR amplicons were loaded in the sample application area, and they were conjugated with Au NP-labeled hapten-antibody. The test band embedded with streptavidins captures the biotin labeled amplicons and we can see violet colorimetric signals if the target gene was amplified with the control line. The off-chip RT-PCR amplicons of the influenza H1N1 virus were analyzed with a ROSGENE strip in comparison with an agarose gel electrophoresis. The intensities of test line was proportional to the template quantity and the detection sensitivity of the strip was better than that of the agarose gel. The test band of the ROSGENE strip could be observed with only 10 copies of a RNA template by the naked eyes. For the on-chip RT-PCR-ROSGENE experiments, a RT-PCR cocktail was injected into the chamber from the inlet reservoir to the waste outlet by the micro-pump actuation. After filling without bubbles inside the chamber, a RT-PCR thermal cycling was executed for 2 hours with all the microvalves closed to isolate the PCR chamber. After thermal cycling, the RT-PCR product was delivered to the attached ROSGENE strip through the outlet reservoir. After dropping 40 ${\mu}L$ of an eluant buffer at the end of the strip, the violet test line was detected as a H1N1 virus indicator, while the negative experiment only revealed a control line and while the positive experiment a control and a test line was appeared.
Kim Kwan-Suk;Shin Hee Young;Lee Joong-Jae;Hong Sung-Kwang;Choi Bong-Hwan;Kim Tae-Hun;Lee Hak-Kyo;Cho Byung-Wook
Journal of Life Science
/
v.15
no.6
s.73
/
pp.968-971
/
2005
The Melanocortin-4 receptor gene (MC4R) regulates the energy balance and the genetic basis of obesity. A polymorphism in the porcine melanocortin-4 receptor has previously shown to be associated with growth, fat deposition and feed intake. In this study, the polymorphism of the gene was studied in several pig breeds of Duroc, Landrace, Berkshire, and Yorkshire. The results showed that the frequencies of MC4R genotype varied among those breeds. Association analyses were also performed between the MC4R polymorphism and average daily gain, feed conversion ratio, backfat thickness and lean percentage phenotypes. The results strongly support that the MC4R polymorphism can be used DNA marker selection indicator for economically important traits for pig breeding program in Korea.
An area comprising Juwangsan National Park and its adjacent mountains (southeastern Korean Peninsula) is a good model system for testing the effects of physical barriers to gene flows in plant populations. We predicted that plant species consisting of isolated populations are genetically more differentiated than those that are rather continuously distributed. Most populations of Sedum polytrichoides occur in four isolated valleys, and we assessed the genetic variability and structures using twelve allozyme loci in ten populations. We also compared the present results to earlier findings pertaining to the two co-occurring herbs Hylotelephium ussuriense (${\equiv}$ Sedum ussuriense) (growing only in the four isolated valleys) and S. kamtschaticum (rather continuously distributed). We found moderate levels of within-population genetic variation in S. polytrichoides ($H_{e}=0.112$). Estimates of among-population divergence in S. polytrichoides were also moderate ($F_{ST}=0.250$) and, as expected, very similar to that of H. ussuriense (0.261) but considerably higher than the variation in S. kamtschaticum (0.165). An analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that S. polytrichoides and H. ussuriense had higher percentages of among-valley variation (19% each) than S. kamtschaticum (4%). Most of this variation, as also indicated by the STRUCTURE program, was due to differences in genetic profiles between the two central valleys. We concluded that the genetic differences observed between species (S. kamtschaticum vs. S. polytrichoides and H. ussuriense) are mainly due to differences in their distribution within the study area.
The emergence and spread of multidrug resistant (MDR) Pseudomonas aeruginosa is a critical problem worldwide. The pathogenesis of P. aeruginosa is due partly to the production of several cell-associated and extracellular virulence factors. This study examined the distribution of virulence factors and antimicrobial resistance patterns of carbapenem-resistant P. aeruginosa (CRPA) isolated from a tertiary hospital in Daejeon, Korea. Antimicrobial susceptibility testing was performed using the disk diffusion method, and PCR and DNA sequencing were performed to determine for the presence of virulence genes. In addition, the sequence type (ST) of MDR P. aeruginosa was investigated by multilocus sequence typing (MLST). Among 32 CRPA isolates, 14 (43.8%) were MDR and the major ST was ST235 (10 isolates, 71.4%). All isolates were positive for the presence of virulence genes and the most prevalent virulence genes were toxA, plcN, and phzM (100%). All isolates carried at least eight or more different virulence genes and nine (28.1%) isolates had 15 virulence genes. The presence of the exoU gene was detected in 71.4% of the MDR P. aeruginosa isolates. These results indicate that the presence of the exoU gene can be a predictive marker for the persistence of MDR P. aeruginosa isolates.
Lung adenocarcinoma accounts for about 40% of all lung cancers. With the recent development of gene profiling technology, studies on mutations in oncogenes and tumor suppressor genes, which are important for the development and growth of tumors, have been actively conducted. Companion diagnosis using next-generation sequencing helps improve survival with targeted therapy. In this study, formalin-fixed paraffin-embedded tissues of non-small cell lung cancer patients were subjected to hematoxylin and eosin staining for detecting genetic mutations that induce lung adenocarcinoma in Koreans. Immunohistochemical staining was also performed to accurately classify lung adenocarcinoma tissues. Based on the results, next-generation sequencing was applied to analyze the types and patterns of genetic mutations, and the association with smoking was established as the most representative cause of lung cancer. Results of next-generation sequencing analysis confirmed the single nucleotide variations, copy number variations, and gene rearrangements. In order to validate the reliability of next-generation sequencing, we additionally performed the existing genetic testing methods (polymerase chain reaction-epidermal growth factor receptor, immunohistochemistry-anaplastic lymphoma kinase (D5F3), and fluorescence in situ hybridiation-receptor tyrosine kinase 1 tests) to confirm the concordance rates with the next-generation sequencing test results. This study demonstrates that next-generation sequencing of lung adenocarcinoma patients simultaneously identifies mutation.
V. parahaemolyticus causes waterborne and foodborne disease such as acute diarrhea. In this study, V. parahaemolyticus isolates from seawater, fish tanks, and distributed fishery products in Jeju were investigated for potential toxin or species-specific genes (tdh, trh, tlh, and toxR) using RT-PCR and their genetic characteristics were analyzed using Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Overall, V. parahaemolyticus of 90 strains (36.7%), including 33 strains from seawater, 8 strains from fish tanks, and 50 strains from fishery products, were isolated from 245 samples. All V. parahaemolyticus strains did not detect the tdh gene, whereas all strains detected tlh or toxR genes. In addition, trh genes were detected in 3 strains from seawater and 1 strain from fishery products. Monthly quantitative testing of seawater revealed that V. parahaemolyticus was positively correlated with water temperature. The 90 strains of V. parahemolyticus obtained in this study showed by gene homology between types, ranging from 64.0-97.3%. Among these, thirteen types showed 100% homology between genes. These results indicate that continuous monitoring is needed to facilitate food poisoning epidemiological investigations because some isolated V. parahaemolyticus strains harbored toxin genes and V. parahaemolyticus strains isolated from seawater, fish tanks, and distributed fishery products showed genetic similarity.
Complex and intricate preparation techniques, the imperative for utmost precision and sensitivity in instrumentation, premature sample failure, and fragile specimens collectively contribute to the arduous task of measuring the fracture toughness of concrete in the laboratory. The objective of this research is to introduce and refine an equation based on the gene expression programming (GEP) method to calculate the fracture toughness of reinforced concrete, thereby minimizing the need for costly and time-consuming laboratory experiments. To accomplish this, various types of reinforced concrete, each incorporating distinct ratios of fibers and additives, were subjected to diverse loading angles relative to the initial crack (α) in order to ascertain the effective fracture toughness (Keff) of 660 samples utilizing the central straight notched Brazilian disc (CSNBD) test. Within the datasets, six pivotal input factors influencing the Keff of concrete, namely sample type (ST), diameter (D), thickness (t), length (L), force (F), and α, were taken into account. The ST and α parameters represent crucial inputs in the model presented in this study, marking the first instance that their influence has been examined via the CSNBD test. Of the 660 datasets, 460 were utilized for training purposes, while 100 each were allotted for testing and validation of the model. The GEP model was fine-tuned based on the training datasets, and its efficacy was evaluated using the separate test and validation datasets. In subsequent stages, the GEP model was optimized, yielding the most robust models. Ultimately, an equation was derived by averaging the most exemplary models, providing a means to predict the Keff parameter. This averaged equation exhibited exceptional proficiency in predicting the Keff of concrete. The significance of this work lies in the possibility of obtaining the Keff parameter without investing copious amounts of time and resources into the CSNBD test, simply by inputting the relevant parameters into the equation derived for diverse samples of reinforced concrete subject to varied loading angles.
Holt-Oram syndrome (HOS) is the most common heart-hand syndrome, which is inherited in an autosomal dominant manner, but most cases are sporadic. This condition is characterized by upper-extremity malformations involving radial-ray, thenar, and carpal bones, and congenital heart malformations including atrial septal defect and ventricular septal defect. It is caused by mutations in the TBX5 gene. In this report, a Korean case with HOS is described, which is inherited from her father. A novel nonsense mutation, $p.Glu294^*$, was identified. This is the first Korean case with HOS confirmed by genetic testing.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.