• 한국미생물·생명공학회지
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• 제31권4호
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• pp.322-328
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• 2003

TAR(Transformation-Associated Recombination) cloning 법은 복잡한 고등생물의 게놈으로부터 유전자나 특정 염색체 부위를 선별적 분리를 가능하게 한다. 이 방법은 목적으로 하는 염색체 부위의 주변에 존재하는 비교적 짧은 게놈 염기서열에 대한 정보를 필요로 하며, spheroplast 형질전환 과정에서 게놈 DNA와 5'-와 3'-표적배열을 지닌 TAR vector 사이에서 일어나는 상동성 재조합과정에 의해 이루어진다. 본 연구에서는 single-copy 유전자의 클론닝에 필요한 specific hook의 최소 크기를 조사하였고, 서로 다른 TAR vector(radial과 unique vector)의 유용성을 조사하기 위해 동일한 single-copy 유전자의 클론닝을 통해 비교하였다. 그 결과, hHPRT 유전자에 대한 TAR cloning의 빈도는 hook의 길이가 750 bp∼63 bp의 범위에서 동일하게 나타났다. radial hook을 사용한 경우보다 unique hook을 사용하였을 경우 형질전환체의 수는 약 20배정도의 감소를 보였으나 목적으로 하는 재조합체의 분리 빈도는 두 배 이상 증가하였다. 그러므로 본 연구에서 two-unique TAR vector는 선별력이 높으므로 일반적 TAR cloning에 사용할 수 있으며, radial TAR vector의 경우는 병리학적 표본과 같이 제한된 게놈 DNA를 사용하는 경우에 더 적합하다고 볼 수 있다. 또한, single-copy 유전자의 분리에 필요로 하는 specific hoot의 최소 길이는 약 60 bp로도 가능하다는 것을 확인하였다.

• Genomics & Informatics
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• 제21권2호
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• pp.27.1-27.7
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• 2023

Recombination events complicate the evolutionary history of populations and species and have a significant impact on the inference of isolation-with-migration (IM) models. However, several existing methods have been developed, assuming no recombination within a locus and free recombination between loci. In this study, we investigated the effect of recombination on the estimation of IM models using genomic data. We conducted a simulation study to evaluate the consistency of the parameter estimators with up to 1,000 loci and analyze true gene trees to examine the sources of errors in estimating the IM model parameters. The results showed that the presence of recombination led to biased estimates of the IM model parameters, with population sizes being more overestimated and migration rates being more underestimated as the number of loci increased. The magnitude of the biases tended to increase with the recombination rates when using 100 or more loci. On the other hand, the estimation of splitting times remained consistent as the number of loci increased. In the absence of recombination, the estimators of the IM model parameters remained consistent.

• 유기물자원화
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• 제26권3호
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• pp.39-46
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• 2018

유기성 폐기물 처리를 위해 강원도 홍천과 충청도 영동에서 사육되고 있는 두 지렁이 집단의 생식력 차이, 생식적 격리 정도 및 CO I 유전자의 서열을 비교하였다. 두 집단의 생식력에 큰 차이가 없었으며, 두 집단 간에 생식적 격리도 전혀 이루어지지 않았다. CO I 유전자 염기 서열을 분석하여 두 집단의 종을 동정한 결과 붉은줄지렁이 또는 줄지렁이로 확인되었고, 두 집단의 유연관계가 매우 가까운 것으로 나타났다. 따라서 두 집단은 같은 지렁이 종임을 강력히 시사하였다.

• Genomics & Informatics
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• 제17권4호
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• pp.37.1-37.8
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• 2019

Isolation-with-migration (IM) models have become popular for explaining population divergence in the presence of migrations. Bayesian methods are commonly used to estimate IM models, but they are limited to small data analysis or simple model inference. Recently three methods, IMa3, MIST, and AIM, resolved these limitations. Here, we describe the major problems addressed by these three software and compare differences among their inference methods, despite their use of the same standard likelihood function.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제23권6호
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• pp.781-783
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• 1995

A method is described for the rapid and simple isolation of genomic DNA from 3 ml culture of Bifidobacterium. The method is expected to be used in gene manipulation of Bifidobacterium spp. The isolated DNA using this method is shown to be an excellent substrate for restriction endonuclease digestion and ligation with T4 DNA ligase.

• Journal of Ecology and Environment
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• 제31권4호
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• pp.255-260
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• 2008

A commonly held view in studies of character displacement is that character states of both species are shifted in areas of sympatry. This view has been confirmed in an overwhelming number of cases for ecological character displacement. Excluding species pairs in which one of the two interacting species is found only within the distribution of the other species and species displaying gynogenesis, the pattern of reproductive character displacement is asymmetrical in that the shift in character states between areas of symaptry and allopatry occurs in only one of the two interacting species. Hypotheses for the reasons behind this asymmetry in reproductive character displacement include (1) homogenization by gene flow, (2) other mechanisms of reproductive isolation, and (3) sufficient reproductive isolation being provided by one of the interacting species exhibiting a pattern of reproductive character displacement. Because reproductive isolation can be achieved by divergence at any point in a sequence of premating reproductive behaviors and postmating developments, it is necessary to understand the mechanisms of reproductive isolation of two interacting taxa in areas of sympatry and allopatry and to analyze the relative contributions of potential factors to reproductive isolation to disentangle hypotheses for the patterns of asymmetry.

• 미생물학회지
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• 제39권3호
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• pp.128-134
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• 2003

Transformation-associated recombination (TAR) 클로닝법은 목적 유전자를 포함한 게놈 DNA와 그 유전자의 5' 또는 3' 말단 서열을 포함하고 있는 선형의 TAR vector를 동시에 출아효모의 spheroplast내로 co-penetration 시켜 상동부위에서 일어나는 재조합에 의해 환형의 Yeast Artification Chromosome(YAC)으로 분리되는 방법이다. 일반적으로 TAR 클로닝법에 의한 목적의 single-copy 유전자 분리 빈도는 전체 형질전환체의 0.01~1% 정도이다. 이러한 TAR 클로닝법을 개선하기 위하여 Tg.AC transgenic mouse를 모델계로 사용하여 유전자 분리에 대한 target hook 내의 GC content 가 미치는 영향을 조사하였다. 이러한 목적으로 한쪽에는 다양한 GC content(18~45%)를 지닌 transgene 특이적 hook을 포함하고 다른 한쪽은 B1 반복서열을 가지는 radial TAR vector를 사용하여 transgene 분리 빈도를 측정하였다. 그 결과 target hook의 GC content는 23% 이하의 경우, ~40%인 경우에 비해 두 배 정도 클로닝 빈도가 감소하였다. 따라서 TAR vector를 제작할 때, 유전자 분리에 이용되는 target hook의 GC content는 약 40% 일때 가장 적정한 것으로 나타났다. 또한 높은 target hook 내의 GC content(65%)위치분포에 의한 차이는 클로닝 빈도에 큰 영향을 미치지 않는 것으로 나타났다.

• 한국유전체학회:학술대회논문집
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• 한국유전체학회 2002년도 The 11th Korea Genome Conference
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• pp.50.1-50.1
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• 2002

• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 1994년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.243.2-243
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• 1994

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• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 1995년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.336.1-336
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• 1995

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