• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제59권3호
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• pp.250-256
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• 2005

배 경 : FQ계 약제는 다제내성 결핵환자들의 치료를 위한 주용 2차 항결핵약제의 하나이다. 그러나 FQ계 여러 약제들 간 교차내성정도와 내성관련 유전자인 gyrA의 돌연변이간 관련성을 조사하게 되었다. 방 법 : 결핵균 중에서 OFX 내성인 63균주와 감수성인 10균주를 대상으로 Lowenstein-Jensen 배지에 CIP, LVX, MXF, GAT, SPX 등에 대한 교차내성을 조사하였다. 퀴놀론계 각 약제를 $0.5-3{\mu}g/ml$ 농도로 첨가한 배지에서, $2{\mu}g/ml$ 이상에서 균이 발육한 경우를 내성으로 판정하였다. OFX 내성인 균주의 gyrA 및 gyrB 유전자의 돌연변이가 잘 발생하는 곳을 염기서열 분석하여 약제별로 그 교차내성 양상을 비교하였다. 결 과 : OFX 내성인 63균주 모두가 CIP약제에서는 교차내성을 나타내었고, LVX에는 90.5%, MXF에는 44.4%, GAT에는 36.5%, SPX에는 46.0%가 교차내성을 보였다. 이들 내성균주의 81.0%가 gyrA 유전자에 돌연변이를 가지고 있었으며, 그 분포는 아미노산 88번, 90번, 91번, 94번에서 나타났다. 그 중에서도 Gly88Ala, Ala90Val, Asp94Ala 돌연변이는 제3세대 FQ계 약제인 MXF, GAT, SPX에 감수성을 나타내는 경향이 있었다. 한편 gyrB 유전자에서는 63개 OFX 내성균주 중 4균주만이 돌연변이를 나타내었으나, 이들과 gyrB 유전자내 돌연변이가 없는 균주들 사이에서 FQ의 내성에 관련해서 차이가 없었다. 결 론 : OFX 내성균 중에서 약 60% 정도가 제3세대 FQ계 약제에서 감수성을 보였다. 따라서 이 들 약제에 대해서는 별도로 감수성검사를 실시하여 처방에 활용한다면, OFX 내성환자의 치료를 크게 향상시킬 수 있을 것으로 판단되었다.

• 대한의생명과학회지
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• 제18권2호
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• pp.152-159
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• 2012

Campylobacter species are known to the high optimum growth temperature ($42^{\circ}C$) and the cause of enteritis in people. Erythromycin has a curative effect for enteritis caused by the bacteria. However, the rate of erythromycin-resistant bacteria was not well known until recently in Korea. Swine are one of sources of the infection with a Campylobacter species which cause the symptom of a high temperature. In this study, we cultured rectum fecal specimens of 100 pigs in an area of Buan-gun, Jeonbuk Province during July 2009. As a result, the detection rate of C. jejuni and C. coli and the rate of erythromycin-resistant bacteria for the separated Campylobacter species on the condition of high temperature were investigated. The possession or not of hipO and glyA gene and ciprofloxacin-resistant gene gyrA was also reviewed with biochemical characteristics and PCR.

• The Plant Pathology Journal
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• 제33권1호
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• pp.21-33
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• 2017

Citrus blast caused by bacterium Pseudomonas syringae is a very important disease of citrus occuring in many areas of the world, but with few data about genetic structure of the pathogen involved. Considering the above fact, this study reports genetic characterization of 43 P. syringae isolates obtained from plant tissue displaying citrus blast symptoms on mandarin (Citrus reticulata) in Montenegro, using multilocus sequence analysis of gyrB, rpoD, and gap1 gene sequences. Gene sequences from a collection of 54 reference pathotype strains of P. syringae from the Plant Associated and Environmental Microbes Database (PAMDB) was used to establish a genetic relationship with our isolates obtained from mandarin. Phylogenetic analyses of gyrB, rpoD, and gap1 gene sequences showed that P. syringae pv. syringae causes citrus blast in mandarin in Montenegro, and belongs to genomospecies 1. Genetic homogeneity of isolates suggested that the Montenegrian population might be clonal which indicates a possible common source of infection. These findings may assist in further epidemiological studies of this pathogen and for determining mandarin breeding strategies for P. syringae control.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제13권1호
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• pp.155-158
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• 2003

In early 2002, over 200 people in the city of Pusan. Korea suffered from paratyphoid fever resulting from Salmonella Paratyphi A Infection. Antimicrobial susceptibility tests and Xbal pulsed-field gel electrophoresis (PFCE) were conducted to 54 Salmonella Paratyphi A isolated from humans during the period of 1998 to 2002. Most of the isolates ($83\%$) were only nalidixic acid-resistant and $78\%$ were X 1 PFGE patterns. Also, we measured the MIC of ciprofloxacin and screened gyrA mutation(5) using allele- specific PCR and restriction fragment length polymorphism (AS-PCR-RFLP). The representative 5 isolates in 2002 and 1 isolate in 2000 were $1{\mu}g/ml$ of MIC and had mutation at the 83rd codon in gyrA. These data suggest that the outbreak in the early 2002 might have been due to dissemination of the strain present In 2000. Also, decreased susceptibility to ciprofloxacin was partly due to the mutation at the 83rd codon in gyrA.

• 대한임상검사과학회지
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• 제49권4호
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• pp.427-434
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• 2017

Acinetobacter calcoaceticus-baumannii (Acb) complex에 속한 종들은 빈번하게 병원감염 및 기회감염을 일으킨다. 또한 다제내성인 경우가 많아 이 균들의 감염증 치료를 위한 항균제 선택이 매우 제한적이다. 본 연구에서는 ciprofloxacin 내성 Acinetobacter species 53균주를 대상으로 fluoroquinolone 내성기전을 조사했다. 항균제 감수성 양상을 조사하기 위해 디스크확산법이 시행되었다. Fluoroquinolone 내성과 관련된 유전자 및 돌연변이 검출을 위해 PCR과 염기서열분석이 이루어졌다. 본 연구에서 수집된 53균주의 ciprofloxacin 내성 Acinetobacter 중 47균주가 gyrA 유전자의 83번째 serine 아미노산 잔기와 parC 유전자의 80번째 serine 아미노산 잔기가 leucine 잔기로 치환된 sense mutations 가지고 있는 것으로 나타났다. gyrA와 parC 유전자에 sense mutations을 가지고 있는 47균주 중 44균주가 A. baumannii 였고 3균주는 A. pittii였다. 본 연구에서 조사대상이 되었던 Acb complex 균주들 중 plasmid-mediated quinolone resistance (PMQR) determinants를 가지고 있는 균주는 한나도 없었다. 46 균주의 ciprofloxacin 내성 A. baumannii 는 A, B, 또는 F형의 banding pattern을 보였는데 이는 충청지역에 위치한 일개의 병원에 ciprofloxacin 내성 A. baumannii가 수평확산 되어 있음을 의미한다. Fluoroquinolone 내성 Acb complex 균주의 집락화 및 확산을 막기 위해서 다제내성 균주들을 대상으로 항균제 내성인자들을 지속적으로 조사하고 모니터링할 필요가 있을 것으로 사료된다.

• 한국어병학회지
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• 제30권2호
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• pp.79-88
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• 2017

현재 양식장에서는 Aeromonad를 비롯한 다양한 병원균에 의한 전염병으로 인해 많은 경제적 손실을 겪고 있다. 연어과 어류뿐만 아니라 담수 및 해수어류에도 치명적인 감염을 야기하는 Aeromonas 종은 적어도 26종 이상이 보고되어왔으며, 전염병을 유발하는 유비쿼터스 세균이다. Aeromonas 종을 확인하기 위해 16S rDNA 및 하우스 키핑 유전자의 핵산 서열을 기반으로 한 분자생물학적 기술이 사용될 수 있다. 본 연구에서 Aeromonas 종은 강원도 16개 양식장의 연어과 어류로부터 분리되었으며 Aeromonad의 16S rDNA와 하우스 키핑 유전자의 서열, 즉 RNA polymerase sigma factor ${\sigma}^{70}$ (rpoD) 또는 DNA gyrase subunit B (gyrB)를 기반으로 계통 발생 학적으로 동정했다. 그 결과 대서양 연어 (Salmo salar), 은연어 (Oncorhynchus keta), 산천어 (Oncorhynchus masou masou), 무지개송어 (Oncorhynchus mykiss)에서 96 개의 균주가 수집되었으며, 36개의 균주가 16S rDNA 분석에 의해 Aeromonas 속으로 확인되었다. 확인된 Aeromonas 속 균주는 rpoD 또는 gyrB 유전자 서열을 기반으로 추가 분석되어 Aeromonas salmonicida (24 균주), A. sobria (10 균주), A. media (1 균주) 및 A. popoffii (1 균주)로 검출되었으며, 이 것은 Aeromonas salmonicida가 강원도의 연어과 어류에서 주요 감염균임을 나타낸다. 또 하우스 키핑 유전자의 서열에 기초한 Aeromonas 종의 계통발생학적 동정은 16S rDNA 서열보다 더 정확하다는 것이 또한 증명되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권1호
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• pp.112-121
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• 2017

Edwardsiella tarda is a gram-negative pathogenic bacterium in aquaculture that can cause hemorrhagic septicemia in fish. Many secreted proteins have already been identified as virulent factors of E. tarda. Moreover, since virulent phenotypes are based on the expression regulation of virulent genes, understanding the expression profile of virulent genes is important. A quantitative RT-PCR is one of the preferred methods for determining different gene expressions. However, this requires the selection of a stable reference gene in E. tarda, which has not yet been systematically studied. Accordingly, this study evaluated nine candidate reference genes (recA, uup, rpoB, rho, topA, gyrA, groEL, rpoD, and 16S rRNA) using the Excel-based programs BestKeeper, GeNorm, and NormFinder under different culture conditions. The results showed that 16S rRNA was more stable than the other genes at different culture growth phases. However, at the same culture time, topA was identified as the reference gene under the conditions of different strains, different culture media, and infection, whereas gyrA was identified under the condition of different temperatures. Thus, in experiments, the expression of gapA and fbaA in E. tarda was analyzed by RT-qPCR using 16S rRNA, recA, and uup as the reference genes. The results showed that 16S rRNA was the most suitable reference gene in this analysis, and that using unsuitable reference genes resulted in inaccurate results.

• 미생물학회지
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• 제50권3호
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• pp.185-190
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• 2014

원유시료에서 분리한 대장균의 quinolone 항생제 내성비율과 그 내성 결정인자를 분석하였다. 원유시료에서 대장균을 분리하고 quinolone 항생제인 nalidixic acid와 ciprofloxacin에 대한 MIC값을 결정하였으며 내성균을 대상으로 염색체상에 있는 quinolone 내성 결정부위(quinolone resistant determining region, QRDR)인 gyrA, gyrB, parC, pareE의 염기서열 분석, 플라스미드상에 존재하는 내성유전자(plasmid mediated quinolone resistant, PMQR) qnrA, qnrB, qnrS, aac(6')-lb-cr, qepA의 분석 및 약물 유출펌프 유전자인 acrB의 발현을 비교 분석하였다. 그 결과 총 487개의 대장균군 세균중 9개의 균이 nalidixic acid에 내성임을 확인하였으며($MIC{\geq}64{\mu}g/ml$) 이중 6개 균주가 ciprofloxacin에도 내성임을 확인하였다(MIC $4-16{\mu}g/ml$)). 9개의 내성 균주 모두 QRDR의 gyrA 영역 codon 83에 변이(S83L)를 갖고 있었으며 그 중 2균주는 codon 83과 87 (S83L and D87N)에 이중 돌연변이를 갖고 있었다. 한편 9균주 중 3개의 균주에서 parC 영역 codon 80 (S80I)에 변이를 갖고 있었다. 플라스미드 상에 존재하는 내성유전자인 qnrA, qnrB, qnrS, aac(6')-lb-cr 및 qepA 유전자는 존재하지 않았으며 AcrAB-TolC efflux pump 유전자인 acrB 유전자가 대조균인 E. coli ATCC 25922와 비교하여 ciprofloxacin 내성 균주 6균주 중 4균주에서 유의적으로 과발현(2.15-5.74배) 되고 있음을 확인하였다.

• 미생물학회지
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• 제49권3호
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• pp.228-236
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• 2013

Campylobacter jejuni는 사람에서 매우 중요한 식중독 원인균의 하나이며, 2010년 경기도내 병원을 내원한 설사 환자와 4번의 식중독 outbreak에서 42균주를 분리하였다. 본 연구에서는 분리된 C. jejuni 42균주의 유전적 특성과 혈청형, 항균제 내성율을 분석하였다. hipO 종특이 유전자(100%), cdtB 독소 유전자(100%)가 검출되었고, gyrA 돌연변이 유전자(95.2%)가 PCR 실험결과 검출되었다. gyrA 돌연변이 유전자는 ciprofloxacin 내성과 연관이 깊으며, 디스크 확산법에 의해 실험한 결과 gyrA 돌연변이 유전자가 검출된 40균주(95.2%)에서 실제 ciprofloxacin에 대해 내성을 보였다. 분리된 42균주 C. jejuni에 대한 gyrA 유전자의 염기서열을 분석한 결과 ciprofloxacin에 내성을 가진 40균주에서 아미노산 서열이 ACA (트레오닌)에서 ATA (이소루신)으로 돌연변이 되어있음을 확인하였다. 하지만 대체 치료제인 erythromycin과 azithromycin에 대해서는 97.6% (41균주) 감수성을 보였다. 또한 C. jejuni의 혈청형을 분석한 결과 4가지 타입으로 분류되었는데, HS2(B), HS3(C), HS4(D), HS19(O)로 확인되었다. 도내에서 분리한 C. jejuni 42균주의 유전형을 rep-PCR과 PFGE로 확인한 결과 PFGE에 의해서는 12 cluster, rep-PCR에 의해서는 11 cluster의 유전형으로 구분되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권7호
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• pp.1177-1182
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• 2007

Bacillus cereus group bacteria share a significant degree of genetic similarity. Thus, to differentiate and identify the Bacillus cereus group efficiently, a multiplex PCR method using the gyrB and groEL genes as diagnostic markers is suggested for simultaneous detection. The assay yielded a 400 bp amplicon for the groEL gene from all the B. cereus group bacteria, and a 253 bp amplicon from B. anthracis, 475 bp amplicon from B. cereus, 299 bp amplicon from B. thuringiensis, and 604 bp amplicon from B. mycoides for the gyrB gene. No nonspecific amplicons were observed with the DNA from 29 other pathogenic bacteria. The specificity and sensitivity of the B. cereus group identification using this multiplex PCR assay were evaluated with different kinds of food samples. In conclusion, the proposed multiplex PCR is a reliable, simple, rapid, and efficient method for the simultaneous identification of B. cereus group bacteria from food samples in a single tube.