• 환경생물
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• 제19권4호
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• pp.321-324
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• 2001

일반적으로 지하수환경은 세균의 수가 적기 때문에 세균의 핵산을 추출하기 위해서는 지하수 시료의 여과를 통하여 대량의 세균을 획득하는 것이 우선적으로 요구되어왔다. 그러나 이러한 여과법은 많은 시간과 인력의 낭비 뿐만 아니라 실험 과정의 특수성으로 인하여 오염의 위험성이 높다. 따라서 본 논문에서는 구아니딘 열탕법을 이용하여 소량의 지하수 시료로부터 핵산증폭실험에 적용할 수 있는 충분한 양의 핵산의 추출을 시도하였다. 지하수 시료는 서울시 내의 질소화합물 요염지역, 오염 예상지역, 청정지역으로 구분하여 각각 2개의 정점을 선별하여 총 6개의 정점으로부터 채수하였다. 구아니딘 열탕법을 이용하여 얻은 핵산으로 지하수에서 탈질화세균의 존재 여부를 검정한 결과 청정지역을 제외한 4개의 정점에서 탈질화 세균의 존재를 확인하였다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제38권1호
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• pp.63-66
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• 1995

본 실험에서는 대두 ${\beta}-conglycinin$의 ${\alpha}'$ subunit 유전자의 발현에 관여하리라 추정되는 대두 배인자 3(SEF3) 역가를 가지는 대두 핵 추출물 조제 방법에 대하여 조사하였다. 역가 조사를 위한 DNA의 표지 반응 후에 추가로 1 mM dATP를 첨가하여 반응을 지속한 경우가 첨가하지 않은 경우보다 약 4배 높은 방사능 역가의 DNA 탐침을 얻을 수 있었다. 이러한 DNA 탐침을 이용하여 핵 추출물 조제 방법에 따른 대두 배인자 3의 역가를 gel mobility shift assay로 조사한 결과, 조제 중 glycerol 첨가가 배인자 3을 안정화시켰고, polyethylenimine을 이용한 대두 핵 추출물 조제법이 배인자 3의 비역가를 증가시키는 데 이용될 수 있음을 알 수 있었다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제47권1호
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• pp.15-25
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• 2020

Allium L. is one of the largest genera of the Amaryllidaceae family, with more than 920 species including many economically important species used as vegetables, spices, medicines, or ornamental plants. Currently, DNA barcoding tools are being successfully used for the molecular taxonomy of Allium. A total of 46 Allium species were collected from their native areas, and DNA was extracted using the IBRC DNA extraction kit. We used specific primers to PCR amplify matK. DNA sequences were edited and aligned for homology, and a phylogenetic tree was constructed using the neighbor-joining method. The results show thymine (38.5%) was the most frequent and guanine (13.9%) the least frequent nucleotide. The matK regions of the populations were quite highly conserved, and the amount of C and CT was calculated at 0.162 and 0.26, respectively. Analysis of the nucleotide substitution showed C-T (26.22%) and A-G (8.08%) to have the highest and lowest percent, respectively. The natural selection process dN/dS was 1.16, and the naturality test results were -1.5 for Tajima's D and -1.19 for Fu's Fs. The NJ dendrogram generated three distinct clades: the first contained Allium austroiranicum and A. ampeloprasum; the second contained A. iranshahrii, A. bisotunense, and A. cf assadi; and the third contained A. rubellum and other species. In this study, we tested the utility of the matK region as a DNA barcode for discriminating Allium. species.

• Journal of the Korean Academy of Child and Adolescent Psychiatry
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• 제16권1호
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• pp.54-62
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• 2005

목적 : 이번 연구는 최근 주목을 받고 있는 dopamine beta hydroxylase 유전자의 Taq I 절단부위 다형성과 주의력결핍 과잉행동장애 발병 간에 어떤 관련성이 있는지를 알아보기 위한 연구이다. 방법 : 주의력결핍 과잉행동장애 아동 106명을 환자군으로 선정하고, 환자군과 성별, 연령별로 빈도짝짓기된 일반 아동 212명을 대조군으로 하는 환자-대조군 연구를 실시했다. 아울러 환자군과 부모를 대상으로 가족기반 연구를 병행했다. 결과 : 환자-대조군 연구에서는 환자군과 대조군 간의 유전자형이나 대립유전자 분포에 있어 유의한 차이를 발견하지 못했다. 그러나 가족기반 연구에서는 대립유전자 Al의 선택 전달이 관찰되었다. 결론 : 이번 연구를 통해 주의력결핍 과잉행동장애와 dopamine beta hydroxylase 유전자의 Taq I 절단부위 다형성 간의 관련성을 부분적으로 확인했으나 이를 뒷받침하기 위해 서는 추가적인 연구가 필요할 것이다.

• 한국양봉학회지
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• 제32권2호
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• pp.119-131
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• 2017

벌집꼬마밑빠진벌레 (Small hive beetle; SHB; Aethina tumida)의 신속검출과 대량 조사를 위하여 SHB 특이 초고속 유전자 증폭법을 개발하였다. 3쌍의 Aethina tumida-특이 유전자 증폭용 프라이머들은 벌집꼬마밑빠진벌레의 미토콘드리아 유전체 중 cytochrome oxidase subunit I (COI) 유전자에 근거하여 선발하였다. 최적화된 초고속 PCR은 $2.1{\times}10^1$ 분자의 작은벌집딱정벌레 COI 유전자를 18분 40초만에 특이적으로 그리고 정량적으로 검출할 수 있었다. 양봉현장의 적용을 위하여, 봉변으로부터 쉽게 DNA를 추출하는 방법을 고안하였으며, 봉변 1g 중 $10^5$ 분자의 벌집꼬마밑빠진벌레 COI 유전자가 존재할 경우(1/1000의 SHB 유충 사체), 10분 이내에 벌집꼬마밑빠진벌레의 존재와 분자적 정량을 마칠 수 있었다. 제안하는 이 실험법이 양봉현장에 널리 적용되어, 벌통 내 벌집꼬마밑빠진벌레의 침입여부 판단, 증식의 수준, 그리고 침입지역의 파악 및 제어에 활용되기를 기대한다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제52권3호
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• pp.305-310
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• 2014

Ascidian soft tunic syndrome (AsSTS) caused by Azumiobodo hoyamushi (A. hoyamushi) is a serious aquaculture problem that results in mass mortality of ascidians. Accordingly, the early and accurate detection of A. hoyamushi would contribute substantially to disease management and prevention of transmission. Recently, the loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method was adopted for clinical diagnosis of a range of infectious diseases. Here, the authors describe a rapid and efficient LAMP-based method targeting the 18S rDNA gene for detection of A. hoyamushi using ascidian DNA for the diagnosis of AsSTS. A. hoyamushi LAMP assay amplified the DNA of 0.01 parasites per reaction and detected A. hoyamushi in 10 ng of ascidian DNA. To validate A. hoyamushi 18S rDNA LAMP assays, AsSTS-suspected and non-diseased ascidians were examined by microscopy, PCR, and by using the LAMP assay. When PCR was used as a gold standard, the LAMP assay showed good agreement in terms of sensitivity, positive predictive value (PPV), and negative predictive value (NPV). In the present study, a LAMP assay based on directly heat-treated samples was found to be as efficient as DNA extraction using a commercial kit for detecting A. hoyamushi. Taken together, this study shows the devised A. hoyamushi LAMP assay could be used to diagnose AsSTS in a straightforward, sensitive, and specific manner, that it could be used for forecasting, surveillance, and quarantine of AsSTS.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제5권1호
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• pp.79-87
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• 1998

목 적 : 최근 Mycoplasma pneumoniae를 P1 유전자 배열의 차이에 따라 1군(Group 1)과 2군(Group 2)으로 분류하는데, 두 군간에는 면역 반응, 질환의 중증도에 있어 다소간의 차이가 있고, Mycoplasma pneumoniae가 주기적으로 유행하는 것은 두 군중 어떠한 한 군의 빈도가 특히 증가되는 것과 관련이 있다는 보고도 있다. 이에 저자들은 1996년과 1997년도에 유행하였던 Mycoplasma pneumoniae를 분류하여 유행한 군을 알아보고, 두 군간에 임상 양상의 차이가 있는지 알아보고자 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 1996년 11월부터 1997년 10월 사이에 성애병원 및 광명 성애병원에 방사선 소견, 혈청 마이코플라스마 특이항체 검사와 임상가검물의 PCR로 마이코플라스마 폐렴으로 진단된 155명을 대상으로 하였다. 두 군으로의 분류는 대상 환아의 급성기 임상가검물에서 핵산을 추출한 후 P1 유전자의 배열의 차이를 기초로 제작한 시발체를 이용한 PCR법으로 하였고, 이들의 임상 양상과 마이코플라즈마 항체가를 후향적으로 비교하여 보았다. 결 과 : 1) 1군은 137명(88.4%), 2군은 18명(11.6%)으로 주로 1군이 유행하였고, 두 군 모두 가을과 겨울에 걸쳐 유행하였다. 2) 1군과 2군 모두 남아에서 특히, 4세에서 6세 사이에 호발하였다. 3) 평균 발열기간(1군 $7.5{\pm}3.1$일, 2군 $6.8{\pm}2.7$일)과 평균 입원기간(1군 $6.6{\pm}3.0$일, 2군 $7.5{\pm}2.1$일)에서 두 군간에 통계적으로 유의한 차이는 없었다(P>0.05). 4) 급성기 마이코플라스마 항체가가 1:2560 이하인 저항체가군은 1군이 131명(95.6%), 2군은 16명(88.9%)이었으며, 1:5120 이상인 고항체가군은 1군이 6명(4.4%), 2군은 2명(11.1%)이었다. 결 론 : 1996년과 1997년 사이에는 1군이 호발하였고, 두 군간의 성별 분포, 호발 연령, 평균 발열기간, 평균 입원기간에는 의미있는 차이는 없었으나 고항체가군은 2군에서 높은 빈도를 보였다. 그러나 단기간의 연구로 인한 표본의 차이로 두 군간의 면역 반응, 질환의 중증도를 비교하기에는 무리가 있었고, 특히 연구 기간중 1군의 호발이 Mycoplasma pneumoniae의 유행 주기와 관계가 있었는지를 알기 위해서는 지속적인 연구가 필요할 것으로 사료된다.

• Radiation Oncology Journal
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• 제17권2호
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• pp.151-157
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• 1999

목적 : HL60 세포주에서 PMA(phorbol 12-myrisate 13-acetate) 및 DMSO(dlmethyisulfoxlde) 에 의해 분화가 유도될 때 감소되는 특성을 보이는 K872 클론에 대한 염기 서열, 조직 분포, 단백 분리 등을 시행하였다. 재료 및 방법 QIA plasmid extraction kit(Qiagen GmbH, Germany)를 이용하여 사람의 모유두 세포 pBluescript phagemid cDNA library로부터 K872 클론을 추출하였다. Sanger's dideoxy nucleotide chain-termination method을 이용하여, 추출한 K872 클론의 염기 서열을 분석하였다. BLAST(Basic Local Alignment Search Tools) 프로그램으로 유전자은행의 염기 서열과의 상동성을 검색하였다. K872 클론으로 만든 probe로 다양한 인간 조직 및 암세포주로부터 분리한 RNA에 대하여 nothern blot을 시행하였다. His-Patch Thifusion expression system을 이용하여 대장균 배지에 0.1mM IPTG(Isopropyl-$\beta$-thlogalactopyranoslde) 를 첨가해서 결합단백의 유전자 발현을 유도하였다. 결합단백이 함유된 용출액을 SDS-PAGE에 걸어서 발현된 단백을 확인하였다. 결과 : K872 클론은 675개의 코딩 영역과 280개의 코딩과 관련없는 영역으로 구성된 1006개의 염기로 구성됨을 관찰하였다. 해독틀로 추정되는 부분은 시작 코돈을 포함하여 길6개의 아미노산을 형성하고 단백 산물의 분자량은 25,560 Da으로 추정되었다. 추정 아미노산 배열은 쥐의 glutathlone S-transferase kappa 1(rGSTKl) 의 아미노산 배열과 70$\%$의 상동성을 보였다. nothern blot에 따른 발현 양상은 심장, 수의근, 말초혈액 백혈구 등의 조직에서 높은 발현을 보였으며 방사선 내성과 관련지어 볼 때 대장암 및 흑색종 세포주에서 발현이 높았던 점은 특기할 만하였다. 결론 : 상동성 검색 결과 K872 유전자는 항암제 및 방사선 내성과 관련이 있는 rGSTK1에 대한 사람의 상동유전자로 사료되며 향후 이와 관련한 기능 분석이 필요할 것으로 사료된다

• 대한환경공학회지
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• 제29권8호
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• pp.904-908
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• 2007

병원성 원생동물인 지아디아 람블리아는 수인성 질병을 야기하는 주요 원인이 되고 있다. 본 연구는 PCR 및 RT-PCR 기법을 적용하여 한강본류 하천수 시료에서 사람감염성 종인 지아디아 람블리아를 동정하고, 활성 여부를 판별하여 현 표준시험방법을 보완하고자 하였다. PCR과 RT-PCR에는 지아디아의 복부 흡반 구성 유전자를 증폭하는 giardin primer를 사용하였으며, DNA/RNA 추출 및 PCR/RT-PCR 과정에서의 민감도 검사를 수행한 결과, 1포낭까지 검출가능한 것으로 나타났다. 또한 한강본류 및 유입지천 시료 48점에 적용하여 면역형광항체법과 PCR 및 RT-PCR 방법을 비교하였다. 면역형광항체법을 이용한 현미경관찰 결과 48개 시료의 지아디아 총포낭수의 평균 농도는 6.3 cysts/10 L이었고 양성율은 62.5%였으며, 속빈 포낭을 제외한 지아디아의 평균 농도는 4.5 cysts/10 L이었고 양성율은 52.1%였다. PCR 수행결과 48개 시료 중 24개(50%)의 시료에서 지아디아 람볼리아가 검출되었으며, RT-PCR 수행결과 10개(21%) 시료가 살아있는 G. lamblia를 포함한 것으로 나타났다. 본 연구를 통해 PCR/RT-PCR 기법이 지아디아 포낭을 저농도로 포함하고 있는 하천수 시료에 적용가능하며 원생동물 표준시험방법을 보완하여 종(species) 및 활성에 대한 정보를 제공할 수 있을 것으로 결과되었다.

• 대한화장품학회지
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• 제32권1호
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• pp.59-64
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• 2006

문주란(Crinum asiaticum Linne var. japonicum)은 한국, 말레이지아 등 동남아시아 지역에서 관절통, 해열, 궤양 치료, 국부의 소염 및 해열 등의 목적에 민간요법 등으로 오래 전부터 사용되어 오고 있다. 본 연구에서는 이러한 문주란의 화장료 조성물로서의 가능성을 확인하기 위하여 iNOS (inducible nitric oxide synthase) 억제 그리고 PGE2, IL-6, and IL-8 방출 억제에 의한 항염 효능을 측정하였다. pH를 3.5로 조절하고 95% ethanol을 사용하여 추출한 후, HPLC 실험으로 문주란의 주성분이 면역조절물질로 잘 알려진 lycorine이며 대략 1% 정도 함유한 것을 확인하였고 그 함량은 문주란의 추출 부위 및 추출방법에 따라 달랐다. 리포다당(lipopolysaccharide, LPS)에 의해 활성화된 생쥐 대식세포(RAW 264.7 cells)에서 생성되는 NO 형성의 억제능을 측정한 항염실험에서, 문주란 에탄을 추출물은 투여량에 비례하는 저해능을 가지고 있음을 확인할 수 있었다($IC_{50} = 83.5 {\mu}g/mL$). 또한 RT-PCR법을 이용하여 문주란 에탄을 추출물이 iNOS 유전자 발현도 억제함을 확인하였다. 또한, 문주란 추출물은 전혀 세포독성을 보이지 않았으며 오히려 LPS에 대하여 세포증식효과를 나타내었다(세포생존율 약 $10{\sim}60%$ 증가). 인간의 섬유아세포에서 과산화수소에 의해 활성화된 PGE2, IL-6 및 IL-8 방출 억제효능 측정 실험에서는 0.05%와 1% 농도 이상에서 (PGE2와 IL-6의 분비가) 거의 완전히 억제됨을 확인할 수 있었고, 나아가서 IL-8의 경우는 모든 실험농도 범위에서 완전히 억제되었다(>0.0025%). 이러한 결과로부터 문주란의 추출물이 충분한 항염 효과를 가지고 있음을 확인할 수 있었다.