• 제목/요약/키워드: Gene Targeting

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개에서 추출된 벼룩에서 분자생물학적 방법에 의한 Bartonella henselae DNA의 검출 (Molecular detection of Bartonella henselae DNA from fleas obtained from dogs, Korea)

  • 한태희;정주영;성희경;김상우
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제49권9호
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    • pp.983-986
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    • 2006
  • 목 적 : 소아 임파선염의 흔한 원인균의 하나로 잘 알려진 Bartonella henselae는 주로 고양이 벼룩에 감염된 고양이와의 접촉을 통하여 병을 일으키는 것으로 알려졌지만, 최근에는 개도 보유 숙주임이 확인되었다. 국내의 CSD증례 보고들에서는 고양이보다 개와 접촉한 경우가 더 많은 것으로 보고되었다. 하지만 국내에서는 개나 고양이 또는 매개체인 고양이 벼룩 등에서 B. henselae가 확인된 경우가 아직 없었다. 이에 저자들은 개에게서 얻은 벼룩을 대상으로 B. henselae DNA가 존재하는지 알아보기 위하여 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 전체 22마리의 개에서 얻은 총 42마리의 벼룩을 대상으로 연구를 시행하였다. 각각의 벼룩에서 DNA를 추출한 다음 B. henselae의 pap31 부위 유전자를 이용한 시발체를 사용하여 seminested PCR을 시행하였다. 결 과 : B. henselae DNA는 전체 22마리 중 4마리의 개(18.2%)에서 추출되었던 벼룩 42마리 중 7마리(16.7%)에서 확인되었다. PCR 결과를 확인하기 위하여 7개의 PCR 산물에 대한 염기서열 분석을 시행하였다. 염기서열 분석에 의하면 6개는 Huston-1 유전자형이었으며, 한 개는 Marseille 유전자형이었다. 결 론 : 국내 개에서 추출된 벼룩에서 Houston-1유전자형과 Marseille 유전자형을 포함한 B. henselae DNA가 존재하는 것으로 확인할 수 있었다. 국내에서 개가 CSD의 중요한 감염 경로일 가능성을 제시한 점에 의의가 있지만, 충분한 수의 고양이 및 개에서 얻은 혈청과 벼룩을 대상으로 한 추가적인 연구가 필요할 것으로 생각된다.

오리 도체에서 등온유전자증폭기법을 이용한 Salmonella spp. 신속 고감도 검출 기법 연구 (Rapid and Sensitive Detection of Salmonella spp. by Using a Loop-Mediated Isothermal Amplification Assay in Duck Carcass Sample)

  • 조애리;동희진;조성범
    • 한국축산식품학회지
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    • 제33권5호
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    • pp.655-663
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    • 2013
  • 본 연구에서는 Salmonella invA 유전자를 마커로 Salmonella 특이 LAMP primer를 제작하였고, inclusivity 및 exclusivity 실험 결과는 각각 100%로 관찰되었다. 순수 배양된 Salmonella 희석액에서의 검출한계는 18.17분에서 $3.2{\times}10^3$ CFU/mL ($R^2$ = 0.9446)으로 관찰되어 신속 간단하고 민감도가 높아 Salmonella 검출을 위한 방법으로 효과적일 뿐만 아니라 간접적인 정량기법으로서도 활용 가능함을 알 수 있었다. 1차 증균 배지인 BPW에 S. Enteritidis 접종 후 0시간 및 12시간 배양 후 LAMP의 검출한계는 각각 $3.2{\times}10^3$ CFU/mL 및 $3.2{\times}10^0$ CFU/mL으로 관찰되었고, 오리도체 시료가 포함된 BPW에 S. Enteritidis 접종 후 0시간 및 12시간 증균액에서의 LAMP 검출한계는 각각 $3.2{\times}10^3$ CFU/mL 및 $3.2{\times}10^0$ CFU/mL으로 관찰되어 PCR과 비교하였을 때 오리도체시료 성분에 의한 영향이 비교적 낮았음을 알 수 있었다. 또한, 실제 도압장에서 채취한 오리도체시료를 BPW에 6시간 배양한 1차 증균액에 개발한 LAMP기법을 적용한 결과, 96%의 민감도 및 84%의 특이도를 보여 오리도체에서의 Salmonella 신속 스크리닝 기법으로서 효과적으로 활용될 수 있음을 알 수 있었다.

국화에 발생하는 반쪽시들음병균 Verticillium dahliae 검출용 등온 증폭법 개발 (Development of a Loop-mediated Isothermal Amplification Detection Assay for Verticillium dahliae Infection in Chrysanthemum)

  • 백창기;박미정;한경숙;박종한
    • 한국균학회지
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    • 제47권4호
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    • pp.437-441
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    • 2019
  • 국화에 발생하는 반쪽시들음병은 Veriticillium dahliae에 의해 발생하는 진균병으로 국화 재배농가에 상당한 경제적 손실을 야기한다. 일반 식물병원균을 동정하는 방법으로는 병원균을 진단하기까지 상당한 시간이 소요된다. 본 연구에서는V. dahliae를 신속하고 특이적으로 진단하기 위하여 등온증폭기술 (Loop-mediated isothermal amplification, LAMP)을 적용한 검출법을 개발하였다. 이 방법은 반쪽시들음병균의 cellulose-growth-specific protein partial mRNA 유전자 염기서열을 이용하여 4개의 특이 프라이머 세트를 제작하였다. 최적 반응조건 및 시간은 60℃ 내외의 온도조건에서 60분 이내에서 가장 효율이 좋은 것으로 나타났다. 이 등온증폭 검출법은 4종의 토양전염성 병원균과 기주식물의 DNA에는 반응하지 않았다. 따라서 반쪽시들음병균 등온증폭법을 활용한다면 병원균의 감염 유무를 조기에 신속하게 진단할 수 있고, 반쪽시들음병을 효율적으로 모니터링하고 방제할 수 있을 것으로 기대한다.

PCR 및 RT-PCR을 이용한 하천수 중 Giardia lamblia 검출 (Detection of Giardia lamblia in River Water Samples Using PCR and RT-PCR)

  • 조은주;이목영;변승헌;한선희;안승구
    • 대한환경공학회지
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    • 제29권8호
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    • pp.904-908
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    • 2007
  • 병원성 원생동물인 지아디아 람블리아는 수인성 질병을 야기하는 주요 원인이 되고 있다. 본 연구는 PCR 및 RT-PCR 기법을 적용하여 한강본류 하천수 시료에서 사람감염성 종인 지아디아 람블리아를 동정하고, 활성 여부를 판별하여 현 표준시험방법을 보완하고자 하였다. PCR과 RT-PCR에는 지아디아의 복부 흡반 구성 유전자를 증폭하는 giardin primer를 사용하였으며, DNA/RNA 추출 및 PCR/RT-PCR 과정에서의 민감도 검사를 수행한 결과, 1포낭까지 검출가능한 것으로 나타났다. 또한 한강본류 및 유입지천 시료 48점에 적용하여 면역형광항체법과 PCR 및 RT-PCR 방법을 비교하였다. 면역형광항체법을 이용한 현미경관찰 결과 48개 시료의 지아디아 총포낭수의 평균 농도는 6.3 cysts/10 L이었고 양성율은 62.5%였으며, 속빈 포낭을 제외한 지아디아의 평균 농도는 4.5 cysts/10 L이었고 양성율은 52.1%였다. PCR 수행결과 48개 시료 중 24개(50%)의 시료에서 지아디아 람볼리아가 검출되었으며, RT-PCR 수행결과 10개(21%) 시료가 살아있는 G. lamblia를 포함한 것으로 나타났다. 본 연구를 통해 PCR/RT-PCR 기법이 지아디아 포낭을 저농도로 포함하고 있는 하천수 시료에 적용가능하며 원생동물 표준시험방법을 보완하여 종(species) 및 활성에 대한 정보를 제공할 수 있을 것으로 결과되었다.

Molecular Target Therapy of AKT and NF-kB Signaling Pathways and Multidrug Resistance by Specific Cell Penetrating Inhibitor Peptides in HL-60 Cells

  • Davoudi, Zahra;Akbarzadeh, Abolfazl;Rahmatiyamchi, Mohammad;Movassaghpour, Ali Akbar;Alipour, Mohsen;Nejati-Koshki, Kazem;Sadeghi, Zohre;Dariushnejad, Hassan;Zarghami, Nosratollah
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제15권10호
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    • pp.4353-4358
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    • 2014
  • Background: PI3/AKT and NF-kB signaling pathways are constitutively active in acute myeloid leukemia and cross-talk between the two has been shown in various cancers. However, their role in acute myeloid leukemia has not been completely explored. We therefore used cell penetrating inhibitor peptides to define the contributions of AKT and NF-kB to survival and multi drug resistance (MDR) in HL-60 cells. Materials and Methods: Inhibition of AKT and NF-kB activity by AKT inhibitor peptide and NBD inhibitor peptide, respectively, resulted in decreased expression of mRNA for the MDR1 gene as assessed by real time PCR. In addition, treatment of HL-60 cells with AKT and NBD inhibitor peptides led to inhibition of cell viability and induction of apoptosis in a dose dependent manner as detected by flow cytometer. Results: Finally, co-treatment of HL-60 cells with sub-optimal doses of AKT and NBD inhibitor peptides led to synergistic apoptotic responses in AML cells. Conclusions: These data support a strong biological link between NF-kB and PI3-kinase/AKT pathways in the modulation of antiapoptotic and multi drug resistant effects in AML cells. Synergistic targeting of these pathways using NF-kB and PI3-kinase/AK inhibitor peptides may have a therapeutic potential for AML and possibly other malignancies with constitutive activation of these pathways.

대학 구내식당 식품위생환경의 세균오염도 조사연구 (A Study on Bacterial Contamination of Cooking Environments of Food Service Operations at University)

  • 박성준;윤현선;이수진;양민지;권보미;이정훈;고광표
    • 한국환경보건학회지
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    • 제40권2호
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    • pp.88-97
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    • 2014
  • Objectives: The aim of this study was to evaluate the occurrence of microbiological contamination of kitchen utensils and environments of food service operations at university located in Seoul, Korea. Methods: We collected swab samples from the surfaces of knives, chopping boards, floors, and drains, as well as drinking water and airborne bacteria samples from 20 food service operations. Three bacterial indicators and five food poisoning bacteria were measured quantitatively and qualitatively, respectively. We used selective culture media and the PCR assay targeting 16S rRNA gene for the microbiological analysis. Results: We detected bacterial indicators on knives or chopping boards in eight different food service operations and, three food service operations (I, M, and O) showed more than 3 log colony forming units $(CFU)/100cm^2$ on their knives, significantly higher than the others. The levels of bacterial indicators on the floors and drains in the cooking areas were much higher than those on the cooking utensils. S. aureus was detected on 10 floors and 8 drains. Culturable bacteria were identified in 5 drinking water samples, and food service operation B ($431.1CFU/m^3$) and C ($551.2CFU/m^3$) showed more than $400CFU/m^3$ of total airborne bacteria. Conclusions: These results suggest that some of food service operations in this study may require additional investigation to secure the microbial safety of cooking environments. In addition, further actions including hygiene education for employees and proper guidelines to maintain clean cooking environments should be prepared.

Inhibition of HBV replication and gene expression in vitro and in vivo with a single AAV vector delivering two shRNA molecules

  • Li, Zhi;He, Ming-Liang;Yao, Hong;Dong, Qing-Ming;Chen, Yang-Chao;Chan, Chu-Yan;Zheng, Bo-Jian;Yuen, Kwok-Yung;Peng, Ying;Sun, Qiang;Yang, Xiao;Lin, Marie C.;Sung, Joseph J.Y.;Kung, Hsiang-Fu
    • BMB Reports
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    • 제42권1호
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    • pp.59-64
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    • 2009
  • Hepatitis B virus (HBV) infection is highly prevalent worldwide. The major challenge for current antiviral treatment is the elevated drug resistance that occurs via rapid viral mutagenesis. In this study, we developed AAV vectors to simultaneously deliver two or three shRNAs targeting different HBV-related genes. These vectors showed markedly better antiviral effects than ones that delivered a single shRNA in vitro. A dual shRNA expression vector (AAV-157i/1694i), which simultaneously expressed two shRNAs targeted the S and X genes of HBV, reduced HBsAg, HBeAg and HBV DNA levels by $87{\pm}4$, $80.3{\pm}2.6$ and $86.2{\pm}7%$ respectively, eight days post-transduction. In a mouse model of prophylactic treatment, HBsAg and HBeAg were reduced to undetectable levels and the serum HBV DNA level was reduced by at least 100 fold. These results indicate that AAV-157i/1694i generates potent anti-HBV effects and that the strategy of constructing multi-shRNA expression vectors may lead to enhanced anti-HBV efficacy and overcome the evading mechanism of the virus and thus the development of drug resistance.

올리고 마이크로어래이를 이용한 활성화된 인간 제대 정맥 내피세포의 유전자 발현 조사 (DNA Microarray Analysis of the Gene Expression Profile of Activated Human Umbilical Vein En-dothelial Cells.)

  • 김선용;오호균;이수영;남석우;이정용;안현영;신종철;홍용길;조영애
    • 생명과학회지
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    • 제14권5호
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    • pp.874-881
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    • 2004
  • 혈관 신생은 암의 성장 및 전이뿐만 아니라 염증, 관절염, 건성, 동맥경화 등의 병적인 진행에 주요한 역할을 하며, 혈관신생 억제를 통한 암의 치료를 시도하는 연구들이 활발하게 진행되고 있다. 혈관 신생 시 내피세포의 증식, 이동을 유도하는 활성화 과정이 필수적으로 일어나는 것으로 알려져 있다 본 연구에서는 in vitro에서 내피세포를 배양하여, 각종 growth factor가 풍부한 배지에서 활성화 시켰을 때, 그렇지 않는 세포들과의 유전자 발현 형태를 비교 조사하였다. HUVEC을 70∼80% cofluency로 배양시킨 후에 endothelial cell growth supplement (ECCS), 20% fetal bovine serum, heparin이 첨가된 Ml99 배지에서 13 시간 활성화시킨 세포(AHUVEC)와 대조군 세포(RHUVEC)로부터 분리한 total RNA로부터 CDNA를 제작하였고, 이것을 18,864 개의 유전자가 올려져있는 인간 올리고 칩과 hybridization 반응을 시켰다. 반응된 유전자를 이용하여 random clustering분석을 실시한 결과, 활성화 시켰던 HUVEC과 그렇지 않은 HUVEC으로 dendrogram 상에서 두개의 subgroup으로 나뉘어 지는 것을 확인할 수 있었다. 최소 2배 이상 발현 변화가 있는 유전자 122종이 활성화 시켰던 HUVEC으로부터 추출되었다. 이중에서 기능이 알려진 32 개의 유전자는 활성화시킨 HUVEC에서 발현이 증가하였고, 38 개의 유전자 발현은 감소하였다. 흥미롭게도 세포 증식과 이동, 염증, 면역반응에 관련한 유전자의 발현이 증가된 반면에 세포 흡착과 혈관 조직과 기능에 관련한 유전자의 발현이 감소된 것이 관찰되었다. 예상외로 규명이 잘된 혈관신생 인자와 관련한 유전자들의 발현에는 크기 차이를 보이지 않았으나, Eph-B4의 발현은 약 4 배 감소된 것으로 관찰되었다 또한, 2배 이상 발현에 차이를 보이고 기능이 알려져 있지 않은 유전자 52종이 발견되었다. 따라서, 이러한 연구 결과로부터 새로운 혈관 표적 물질 개발에 대한 기회가 제공될 수 있을 것이라 사료된다.

Expression of Transcription Factor FOXC2 in Cervical Cancer and Effects of Silencing on Cervical Cancer Cell Proliferation

  • Zheng, Chun-Hua;Quan, Yuan;Li, Yi-Yang;Deng, Wei-Guo;Shao, Wen-Jing;Fu, Yan
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제15권4호
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    • pp.1589-1595
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    • 2014
  • Objective: Forkhead box C2 (FOXC2) is a member of the winged helix/forkhead box (Fox) family of transcription factors. It has been suggested to regulate tumor vasculature, growth, invasion and metastasis, although it has not been studied in cervical cancer. Here, we analyzed FOXC2 expression in cervical tissues corresponding to different stages of cervical cancer development and examined its correlation with clinicopathological characteristics. In addition, we examined the effects of targeting FOXC2 on the biological behavior of human cervical cancer cells. Methods: The expression of FOXC2 in normal human cervix, CIN I-III and cervical cancer was examined by immunohistochemistry and compared among the three groups and between cervical cancers with different pathological subtypes. Endogenous expression of FOXC2 was transiently knocked down in human Hela and SiHa cervical cells by siRNA, and cell viability and migration were examined by scratch and CCK8 assays, respectively. Results: In normal cervical tissue the frequency of positive staining was 25% (10/40 cases), with a staining intensity (PI) of $0.297{\pm}0.520$, in CIN was 65% (26/40cases), with a PI of $3.00{\pm}3.29$, and in cancer was 91.8% (68/74 cases), with a PI of $5.568 {\pm}3.449$. The frequency was 100% in adenocarcinoma (5/5 cases) and 91.3% in SCCs (63/69 cases). The FOXC2 positive expression rate was 88.5% in patients with cervical SCC stage I and 100% in stage II, showing significant differences compared with normal cervix and CIN. With age, pathologic differentiation degree and tumor size, FOXC2 expression showed no significant variation. On transient transfection of Hela and SiHa cells, FOXC2-siRNA inhibition rates were 76.2% and 75.7%; CCK8 results showed reduced proliferation and relative migration (in Hela cells from $64.5{\pm}3.16$ to $49.5{\pm}9.24$ and in SiHa cells from $60.1{\pm}3.05$ to $44.3{\pm}3.98$) (P < 0.05). Conclusion: FOXC2 gene expression increases with malignancy, especially with blood vessel hyperplasia and invasion degree. Targeted silencing was associated with reduced cell proliferation as well as invasion potential.

Effects of Atomoxetine on Hyper-Locomotive Activity of the Prenatally Valproate-Exposed Rat Offspring

  • Choi, Chang Soon;Hong, Minha;Kim, Ki Chan;Kim, Ji-Woon;Yang, Sung Min;Seung, Hana;Ko, Mee Jung;Choi, Dong-Hee;You, Jueng Soo;Shin, Chan Young;Bahn, Geon Ho
    • Biomolecules & Therapeutics
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    • 제22권5호
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    • pp.406-413
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    • 2014
  • to valproic acid (VPA) during pregnancy produces ASD-like core behavioral phenotypes as well as hyperactivity in offspring both in human and experimental animals, which makes it a plausible model to study ASD-related neurobiological processes. In this study, we examined the effects of two of currently available attention defecit hyperactivity disorder (ADHD) medications, methylphenidate (MPH) and atomoxetine (ATX) targeting dopamine and norepinephrine transporters (DAT and NET), respectively, on hyperactive behavior of prenatally VPA-exposed rat offspring. In the prefrontal cortex of VPA exposed rat offspring, both mRNA and protein expression of DAT was increased as compared with control. VPA function as a histone deacetylase inhibitor (HDACi) and chromatin immunoprecipitation experiments demonstrated that the acetylation of histone bound to DAT gene promoter was increased in VPA-exposed rat offspring suggesting epigenetic mechanism of DAT regulation. Similarly, the expression of NET was increased, possibly via increased histone acetylation in prefrontal cortex of VPA-exposed rat offspring. When we treated the VPA-exposed rat offspring with ATX, a NET selective inhibitor, hyperactivity was reversed to control level. In contrast, MPH that inhibits both DAT and NET, did not produce inhibitory effects against hyperactivity. The results suggest that NET abnormalities may underlie the hyperactive phenotype in VPA animal model of ASD. Profiling the pharmacological responsiveness as well as investigating underlying mechanism in multiple models of ASD and ADHD may provide more insights into the neurobiological correlates regulating the behavioral abnormalities.