• 제목/요약/키워드: Gene Expression Patterns

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칡소의 MC1R의 유전자형에 따른 교배 조합이 자손의 모색과 유전자형 변이에 미치는 영향 (Effects of Genotype Mutation and Coat Color Phenotype on the Offspring from Mating System of MC1R Genotype Patterns in Korean Brindle Cattle)

  • 김상환;정경섭;이호준;백준석;정덕원;김대은;윤종택
    • 한국수정란이식학회지
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    • 제28권3호
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    • pp.215-222
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    • 2013
  • Bovine coat color is decided by the melanocortin receptor 1 (MC1R) genotype mutation and melanogenesis. Specially, in the various cattle breeds, dominant black coat color is expressed by dominant genotype of $E^D$, red or brown is expressed in the frame shift mutation of recessive homozygous e by base pair deletion and wild type of $E^+$ is expressed in various coat colors. However, not very well known about the effected of MC1R genotype mutation on the coat color through family lines in KBC. Therefore, this study were to investigate effect of MC1R genotype mutation on the coat color, and to suggest mating breed system in accordance with of MC1R genotype for increased on brindle coat color appearance. Parents (sire 2 heads and dam 3 heads) and offspring (total : 54 heads) from crossbreeding in KBC family line with the MC1R genotype and phenotype records were selected as experimental animals. The relationship between melanocortin 1 receptor (MC1R) genotypes expression verified by PCR-RFLP, and brindle coat color appearance to the family line of the cross mating breed from MC1R genotype pattern was determined. As a result, 4MC1R genetic variations, $E^+/E^+$ (sire 1), $E^+/e$ (sire 2 and dam 3), $E^+/e$ with 4 bands of 174, 207 and 328 bp (dam 1) and $E^+/e$ with 3 bands of 174, 207, 328 and 535 bp (dam 2) from parents (sire and dam) of KBC. However, 3 genetic variations, e/e (24%), $E^+/E^+$ (22%) and $E^+/e$ (56%) were identified in offspring. Also, brindle coat color expressrated was the e/e with the 0%, $E^+/E^+$ with 67% and $E^+/e$ with 77% from MC1R genotype in offspring on the cross mating of KBC. Furthermore, when the sire had $E^+/e$ genotype and the dam had $E^+/E^+$ with the 3 bands or $E^+/e$ genotype, and both had whole body-brindle coat color, 62% of the offspring had whole body-brindle coat color. Therefore, the seresults, the mating system from MC1R genotype patterns of the sires ($E^+/e$) and dams ($E^+/E^+$ with the 3 bands or $E^+/e$) with brindle coat color may have the highest whole body-brindle coat color expression in their offspring.

알코올에 대한 Escherichia coli, Clostridium acetobutylicum, Saccharomyces cerevisiae의 반응 (Cellular Responses to Alcohol in Escherichia coli, Clostridium acetobutylicum, and Saccharomyces cerevisiae)

  • 박주용;홍천상;한지혜;강현우;정봉우;최기욱;민지호
    • Korean Chemical Engineering Research
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    • 제49권1호
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    • pp.105-108
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    • 2011
  • 유가의 급등과 화석 연료에 의한 온난화 현상은 재생 가능한 대체 연료에 대한 필요성이 요구되었다. 수송용 바이오 연료를 비교하였을 때 에탄올보다 높은 알코올 경우 휘발유와 비슷한 장점을 갖는데 그 이유는 높은 에너지 밀도와 낮은 흡습성을 갖기 때문이다. 이러한 이유로 미생물의 발효는 지속적인 에너지를 얻을 수 있는 잠재적 생산자라 할 수 있다. 본 연구에서는 생물학적으로 생산되는 알코올 성분에 대하여 두 종의 세균과 한종의 효모인 Escherichia coli와 Clostridium acetobutylicum 그리고 Saccharomyces cerevisiae를 이용하여 바이오 알코올에 대한 세포 성장 정도와 함께 미생물내에 스트레스 반응 유전자들의 분석을 실시하였다. 분석한 알코올은 에탄올과 부탄올이며, 이들의 농도별 세균의 성장속도와 산화적 손상에 민감하게 반응하는 katG 유전자, 생물막 손상에 민감하게 반응하는 fabA 유전자, 단백질 손상에 민감하게 반응하는 grpE 유전자, 유전자 손상에 민감하게 반응하는 recA 유전자의 반응여부를 분석하였다. 그 결과, 에탄올과 부탄올 중 부탄올의 세포 독성이 더 높게 관찰되었으며, 부탄올의 경우 생물막 손상을 유발하는 세포내 독성효과를 지니고 있음을 확인하였다.

장수풍뎅이(Allomyrina dichotoma)와 누에(Bombyx mori) 렉틴의 사이토카인 생성 양상 비교 (Cytokine Expressions with Lectins from Allomyrina dichotoma and Bombyx mori)

  • 김세진;정시련;전경희
    • 생약학회지
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    • 제36권2호통권141호
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    • pp.129-135
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    • 2005
  • Lectins from Allomyrina dichotoma (ADL) and Bombyx mori (BML) were partially purified by physiological saline extraction, ammonium sulfate fractionation, anion exchange column chromatography on DEAE Sephadex A-50 and gel filtration column chromatography on Sephadex G-200. An assay for cytokine expression was carried out by using reverse transcription polymerase chain reaction(RT-PCR). mRNA isolated from PBMC(human peripheral blood mononuclear cells) were stimulated with ADL(O.D.=0.2) and BML(O.D.=0.1) for various times(1,4,8,24,48 and 72 h) and various cytokine mRNA assessed by RT-PCR were shown as follows: The patterns of bands for IL-1 mRNA of BML were very similar with those from ADL and these bands were decreased along the increasing reaction times after showing a strong band at 1 h. However mRNA expressions for IL-2, IL-6, $IFN{\gamma}$ and $TNF{\alpha}$ showed different patterns between ADL and BML. With the effect of ADL, the expression of IL-2 and IL-6 mRNA were continuously detected until 72 h with the strongest band of IL-2 mRNA at 24 h. The strong bands of $IFN{\gamma}$ mRNA were observed from 4 to 8 h but the strongest one of $TNF{\alpha}$ was just observed at 1 h. Meanwhile with BML, the bands for IL-2 and $IFN{\gamma}$ were increased along the increasing reaction times until 72 h. The strongest bands were showed from 4 to 8 h with IL-6 and at 8 h with $TNF[\alpha}$. To verify quantitatively ELISA was used for assay of protein secretions of the cytokine gene with IL-2 and $IFN{\gamma}$ expressed markedly different in RT-PCR. The highest cytokine secretion for IL-2 was demonstrated at 48 h. The production of $IFN{\gamma}$ was markedly increased at 24 h and secreted highest at 72 h. These result suggest that ADL and BML, as inducers of cytokines, can elicit detectable cytokine mRNA from PBMC within the first few hours of stimulation and maintain the production of cytokines for a few days by the methods of RT-PCR and ELISA.

Natural and synthetic pathogen associated molecular patterns modulate galectin expression in cow blood

  • Asiamah, Emmanuel Kwaku;Ekwemalor, Kingsley;Adjei-Fremah, Sarah;Osei, Bertha;Newman, Robert;Worku, Mulumebet
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제61권5호
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    • pp.245-253
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    • 2019
  • Pathogen-associated Molecular Patterns (PAMPs) are highly conserved structural motifs that are recognized by Pathogen Recognition receptors (PRRs) to initiate immune responses. Infection by these pathogens and the immune response to PAMPS such as lipopolysaccharide (LPS), Peptidoglycan (PGN), bacterial oligodeoxynucleotides [CpG oligodeoxynucleotides 2006 (CpG ODN2006) and CpG oligodeoxynucleotides 2216 (CpG ODN2216)], and viral RNA Polyinosinic-Polycytidylic Acid (Poly I:C), are associated with infectious and metabolic diseases in animals impacting health and production. It is established that PAMPs mediate the production of cytokines by binding to PRRs such as Toll-like receptors (TLR) on immune cells. Galectins (Gal) are carbohydrate-binding proteins that when expressed play essential roles in the resolution of infectious and metabolic diseases. Thus it is important to determine if the expression of galectin gene (LGALS) and Gal secretion in blood are affected by exposure to LPS and PGN, PolyI:C and bacterial CpG ODNs. LPS increased transcription of LGALS4 and 12 (2.5 and 2.02 folds respectively) and decreased secretion of Gal 4 (p < 0.05). PGN increased transcription of LGALS-1, -2, -3, -4, -7, and -12 (3.0, 2.3, 2.0, 4.1, 3.3, and 2.4 folds respectively) and secretion of Gal-8 and Gal-9 (p < 0.05). Poly I:C tended to increase the transcription of LGALS1, LGALS4, and LGALS8 (1.78, 1.88, and 1.73 folds respectively). Secretion of Gal-1, -3, -8 and nine were significantly increased in treated samples compared to control (p < 0.05). CpG ODN2006 did not cause any significant fold changes in LGALS transcription (FC < 2) but increased secretion of Gal-1, and-3 (p < 0.05) in plasma compared to control. Gal-4 was however reduced in plasma (p < 0.05). CpG ODN2216 increased transcription of LGALS1 and LGALS3 (3.8 and 1.6 folds respectively), but reduced LGALS2, LGALS4, LGALS7, and LGALS12 (-1.9, -2.0, -2.0 and; -2.7 folds respectively). Secretion of Gal-2 and -3 in plasma was increased compared to control (p < 0.05). Gal-4 secretion was reduced in plasma (p < 0.05). The results demonstrate that PAMPs differentially modulate galectin transcription and translation of galectins in cow blood.

우리나라에서 분리된 풍진바이러스의 염기서열 분석 및 유전자 발현 (Sequence Analysis of Rubella Viruses Isolated in Korea and Expression of Rubella Specific Gene)

  • 송진원;김태환;김종헌;박광숙;이용주;백락주;송기준
    • 대한바이러스학회지
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    • 제30권1호
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    • pp.51-59
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    • 2000
  • During the recent epidemic period ($1995{\sim}1996$), seven strains of rubella virus were isolated in Korea. To analyze phylogenetic relationship between seven Korean strains and rubella virus strains from other different geographical areas, structural genes (E1, E2 and C) of Korean strains were enzymatically amplified and automatically sequenced. The sequence similarities of the E1, E2 and C genes of the cosmopolitan types were $95.8{\sim}98.1%$, $92.6{\sim}99.2%$ and $96.4{\sim}99.3%$ based on 1,441, 122 and 139 nucleotides and $96.9{\sim}98.5%$, $90{\sim}100%$ and $97.8{\sim}100%$ based on 480, 40 and 46 amino acids compared to the sequences of strain RA27/3, respectively. In contrast, the sequence similarities of the E1, E2 and C genes of the Asian types were $91.5{\sim}92.1%$, $83.6{\sim}88.5%$ and 91.4% based on nucleotides and $96.9{\sim}97.7%$, 85.5% and 97.8% based on amino acids compared to the sequences of strain RA27/3, respectively. However, immunodominent epitopes of the E1 gene of the cosmopolitan and Asian types were well conserved, and the growth patterns in cell culture and immunofluorescent antibody titers in cross-reaction test showed no differences between two different types. In phylogenetic analysis based on nucleotide sequences of each gene regions, the cosmopolitan and Asian types formed two distinct phylogenetic lineages. These data showed two distinct genotypes of rubella viruses cocirculated in Korea, but no significant differences in the antigenicity of two different rubella virus strains were found.

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두개골 봉합부의 초기 형태발생과정에서 Msx 유전자들의 발현양상 (THE EXPRESSION OF MSX GENES DURING EARLY CRANIAL SUTURE EMBRYOGENESIS)

  • 이상엽;박미현;유현모;남순현;김영진;김현정
    • 대한소아치과학회지
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    • 제30권1호
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    • pp.171-180
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    • 2003
  • 두개골의 성장은 뇌의 발달과 밀접하게 연관되어 있으며, 두개봉합부 주위 여러 조직들사이의 조화로운 상호작용을 필요로 한다. 두개골의 조기융합으로 알려진 craniosynostosis는 이러한 상호작용의 불균형으로 인해 야기될 수 있으며, craniosynostosis의 원인 유전자의 하나로 Msx2가 알려져 있다. Msx1, Msx2, Msx3로 구성되어 있는 Msx 유전자는 homeobox를 포함하고 있는 전사조절인자로, 초파리의 muscle segment homeobox 유전자의 homologue이다. Msx1과 Msx2 유전자들은 척추동물의 발생과정에서 조직 상호작용하는 여러 부위에 서로 겹치는 양상으로 발현되며 기관형성동안 상피-간엽조직 상호작용과 연관되어 나타나고, BMP와 FGF signaling의 표적 유전자들이다. Mouse 두개골의 시상봉합부와 관상봉합부의 초기 형태발생과정에서의 Msx 유전자들의 기능을 알아보기위해, 태생 15일에서 태생 18일까지의 mouse의 두개골을 이용하여 in vivo 실험을, 태생 15.5일 mouse 두개골을 이용하여 in vitro 실험을 시행하였다. 시상두개봉합부에서는, Msx1은 봉합부의 간엽조직과 dura mater에 발현하였으며 Msx2는 두개봉합부와 dura mater에 강하게 발현되었다. 관상두개봉합부에서는 Msx1, Msx2 유전자 모두 강하게 발현되었으며, 골막에서도 관찰할 수 있었고, Msx1이 Msx2보다 좀더 광범위하게 발현되었다. In vitro 실험결과, BMP2 bead 주위로 Msx1 mRNA와 Msx2 mRNA 모두 발현되었으나, FGF2 bead 주위로는 Msx1만 발현되고 Msx2는 관찰되지 않았다. 이 결과들을 종합해 볼 때, Msx1, Msx2 유전자들은 태생기 두개봉합부의 형태발생 및 유지를 조절하는데 중요하며, Msx 유전자들은 거의 유사한 발현양상을 나타내고 있으나 이들 유전자들을 조절하는 상위 siganling에 의해 서로 보완적으로 혹은 독립적으로 기능을 나타내고 있음을 시사해 주고 있다.

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Rhodobacter sphaeroides에서의 광합성유전자(puf, puc, puhA, bchC, bchE, bchF와 bchI)의 발현조절 (Regulation of Photosynthesis Genes (puf, puc, puhA, bchC, bchE, bchF, and bchI) in Rhodobacter sphaeroides)

  • 고인정;김용진;이진목;신선주;오정일
    • 생명과학회지
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    • 제16권4호
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    • pp.632-639
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    • 2006
  • 본 연구에서는 lacZ transcriptional fusion plasmid를 이용하여 광합성 세균인 Rhodobacter sphaeroides에서의 7가지 광합성유전자 (puf, puc, puhA, bchC, bchE, bchF, bchI) 발현의 경향과 조절을 조사하였다. R. sphaeroides에서 puhA와 bchI를 제외한 모든 광합성유전자들이 호기적 조건과 비교했을 때 혐기적 조건에서 더욱 강하게 발현되었다. puhA 유전자는 bchFNBHLM-RSP0290과 operon을 형성하며, bchI 유전자는 crtA와 operon을 이루는 것으로 나타났다. 광합성 조건에서 자란 R. sphaeroides의 puf, puc, bchCXYZ operon의 발현은 빛의 세기에 비례하는 반면, bchFNBHLM(RSP0290 puhA) operon의 발현은 빛의 세기에 반비례 하였다. bchEJG의 발현은 $10\;W/m^2$의 빛이 조사된 광합성 조건에서 제일 낮았으며, $100\;W/m^2$의 빛의 광합성 조건에서 가장 높았다. R. sphaeroides의 산소인지와 빛 인지에 관련된 세 가지 주요 조절기작에 의한 광합성유전자 조절은 다음과 같다. puf와 bchC는 PpsR repressor와 PrrBA two-component system에 의해 조절된다. 그리고 puc operon은 PpsR, FnrL, PrrBA system에 의해 조절된다. bchE의 발현은 FnrL과 PrrBA system에 의해 조절되는 반면, bchF는 오로지 PpsR에 의해서만 조절된다. PpsR repressor는 강한 세기의 빛 조건에서 bchf 발현억제의 원인이 되며, FnrL은 그 자체가 산소를 인지하는 기능 이외에도 세포질의 산화/환원 상태의 인지에 관련될 것으로 보인다.

Expression Pattern of Antioxidant Enzymes Genes in the Ventral Prostates of Rats Exposed to Procymidone and/or Testosterone after Castration

  • Lee, Jong-Geol;Yon, Jung-Min;Jung, Ki-Youn;Lin, Chunmei;Jung, A-Young;Lee, Beom-Jun;Yun, Young-Won;Nam, Sang-Yoon
    • 한국수정란이식학회지
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    • 제26권4호
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    • pp.265-270
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    • 2011
  • Procymidone is a fungicide with anti-androgenic properties widely used to protect fruits from fungal infection, which induces an excessive reactive oxygen species production in male reproductive organs. In this study, to clarify whether procymidone affect the cellular antioxidant system of prostate at onset of puberty, gene expression patterns of the representative antioxidant enzymes such as cytoplasmic glutathione peroxidase (GPx1), phospholipid hydroperoxide GPx (PHGPx), selenoprotein P (SePP), cytoplasmic copper/zinc superoxide dismutase (SOD1), and manganese SOD (SOD2) were investigated in the rat ventral prostates exposed to procymidone using real-time RT-PCR analyses. Seven-week-old Sprague-Dawley rats castrated at 6 weeks old were treated with procymidone (25, 50, or 100 mg/kg per day) orally for 7 consecutive days after testosterone propionate (0.4 mg/kg per day) administration by subcutaneous injection. As compared to normal control animals, GPx1 mRNA expression in prostates significantly increased by the administration with TP and/or procymidone. However, PHGPx and SOD1 mRNA levels significanatly decreased by over 25 mg/kg of procymidone treatment and SePP and SOD2 mRNA levels was significanatly reduced by over 50 mg/kg of procymidone treatment. These findings indicate that procymidone may affect the antioxidant system of prostatic cells in up-regulation mode of GPx1, but in down-regulation modes of PHGPx, SePP, SOD1, and SOD2, suggesting that procymidone may affect differently the cellular antioxidant system of prostate according to the exposure doses.

6-Shogaol의 Toll-like receptor 2, 3, 4 agonists에 의해서 유도된 cyclooxygenase-2 발현 억제 (Suppression of the Expression of Cyclooxygenase-2 Induced by Toll-like Receptor 2, 3, and 4 Agonists by 6-Shogaol)

  • 김점지;안상일;이전수;윤새미;이미영;윤형선
    • 한국식품과학회지
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    • 제40권3호
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    • pp.332-336
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    • 2008
  • 선천성 면역은 병원성균의 침입에 대항하기 위한 숙주의 최초 방어체계라 할 수 있다. 이러한 선천성 면역반응은 병원균들이 가지고 있는 독특한 구조를 인식하는 TLRs에 의해서 조절되어 진다고 알려져 있다. 숙주에 침입한 여러 병원성균들이 TLRs를 자극하며 이렇게 자극된 신호들은 아래로 전달되어 전사요소 $NF-{\kappa}B$의 활성화를 유도하고 결국 COX-2와 같은 염증 유발인자를 유도하여 암이나 질병을 유발하게 된다. 우리는 이번 연구를 통하여 생강 추출물중의 하나인 6-shogaol이 어떻게 $NF-{\kappa}B$ 활성화나 COX-2 발현을 조절하여 항염증 효과를 가지고 있는지를 알아보았다. 6-shogaol은 TLR2, TLR3, TLR4 agonists에 의해서 유도된 $NF-{\kappa}B$ 활성화와 COX-2 발현을 억제하였다. 이러한 결과는6-shogaol이 여러 병원균들로부터 유도되는 염증반응이나 만성적인 질병들을 조절할 수 있다는 중요한 결과를 보여주는 것이라 할 수 있다.

수온이 대서양 연어(Salmo salar) 치어의 체내 스트레스 관련 유전자 발현에 미치는 영향 (Effect of Water Temperature on the Expression of Stress Related Genes in Atlantic Salmon (Salmo salar) Fry)

  • 강희웅;김광일;임현정;강한승
    • 환경생물
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    • 제36권2호
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    • pp.131-139
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    • 2018
  • 기후 변화로 인한 수온의 상승은 어류 서식지에 영향을 미친다. 수온의 변화는 어류 생리 거의 모든 부분에 영향을 미치는 것으로 알려져 있다. 기후 변화에 따른 수온의 상승은 산소 용해도의 감소 및 산소 운반 헤모글로빈의 결합 능력의 감소로 인해 저산소증을 초래할 수 있다. 본 연구는 대서양 연어(Salmo salar) 치어 성장의 최적수온($15^{\circ}C$)보다 고수온($20^{\circ}C$)에 사육 시, 대서양 연어 치어의 건강상태를 평가하기 위해 수행되었다. 평가 방법은 NGS RNAseq 분석방법을 이용하여 생체지표유전자를 개발하고, RT-qPCR 분석을 이용하여 생체지표유전자의 발현양상을 조사하는 것이다. 개발한 생체지표유전자로는 interferon alpha-inducible protein 27-like protein 2A transcript variant X3, protein L-Myc-1b-like, placenta growth factor-like transcript variant X1, fibroblast growth factor receptor-like 1 transcript variant X1, transferrin, intelectin, thioredoxin-like, c-type lectin lectoxin-Thr1-like, ladderlectin-like 및 calponin-1 등이다. 선택된 생체지표 유전자는 NGS RNAseq 분석을 통해 수온변화에 민감하게 발현한 유전자들이며, RT-qPCR 분석을 통한 이들 유전자의 발현 양상은 NGS RNAseq 분석을 통한 발현 양상과 매우 유사하게 나타났다.