• Title/Summary/Keyword: Gel Image

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이차원 전기영동을 이용한 Lactobacillus acidophilus Strains의 Shiga Toxin-producing E. coli (STEC) 부착 억제와 관련된 단백질 발현 변화 분석 (Comparison of Specific Proteins of Shiga Toxin-producing E. coli (STEC) Adhesion by Lactobacillus acidophilus Strains Using Two Dimensional Gel Electrophoresis)

  • 김영훈;문용일
    • 한국축산식품학회지
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    • 제26권2호
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    • pp.263-268
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    • 2006
  • 최근 들어 병원성 미생물의 저감화를 위하여 기존의 항생제 계열의 항균물질이 아닌 새로운 개념의 신소재 개발이 활발하게 진행 중에 있다. 특히, 이러한 신개념의 병원성 저감화 소재 중 인간의 장내에 존해하는 probiotics 균주의 특성을 이용하여 병원성 미생물을 예방하는 것은 보다 효과적인 방법 중의 하나가 될 수 있을 것으로 판단된다. 본 실험에서는 HT-29 cell을 대상으로 L. acidophilus 균체와 세포 파쇄물을 대상으로 STEC ATCC 43894의 장 상피세포 부착 억제능력을 측정하였다. 10 mg/mL의 세포 파쇄물이 존재하였을 때 $10^9cfu/mL$의 균체가 존재했을 때와 유사한 수준으로 STEC ATCC 43894의 부착 저해 효과가 관찰되었다. 하지만, L. acidophilus A4의 상등액에서는 그 저해 효과가 세포 파쇄물의 $5{\sim}10%$ 정도 수준으로 관찰되어 그 효과는 매우 적은 것으로 판단되었다. 또한, L. acidophilus A4의 세포 파쇄물이 STEC의 부착에 미치는 영향을 관찰하기 위하여 10mg/mL의 세포 파쇄물이 첨가된 배지에서 STEC의 단백질발현 양상을 확인하였다. 각 gel의 image에서 평균적으로 800개의 spot을 관찰할 수 있었으며 이중 2배 이상의 발현차이를 보이는 13개의 spot을 선발하였다. 7개의 spot은 세포파쇄물이 첨가되었을 때 발현이 증가하였으며 3개의 spot은 발현이 감소하였다. 흥미롭게도 3개의 단백질 spot은 세포파쇄물이 존재할 때만 발현되는 것을 확인하였다. 명확하지는 않지만 이러한 L. acidophilus A4의 세포 파쇄물에 존재하는 물질은 (1)STEC의 부착과 관련된 특정 단백질의 발현을 저해하거나 (2)STEC과 장상 피세포에서의 수용체 경합을 통해 부착을 억제하는 것으로 생각된다. 앞으로 이와 관련된 보다 세부적인 작용 메카니즘 연구 및 생화학적연구가 필요할 것으로 판단된다.

고효율 방사선 검출 센서를 위한 PbO 박막의 소결효과에 대한 연구 (The study of PbO's sintering effect for high efficiency x-ray detection sensor)

  • 정숙희;김윤석;김영빈;김민우;오경민;윤민석;남상희;박지군
    • 한국방사선학회논문지
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    • 제3권3호
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    • pp.37-40
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    • 2009
  • 본 연구에서는 디지털 엑스레이 검출기의 직접 방식 다결정 lead oxide(PbO)를 이용하여 고효율 방사선 검출 센서를 제작하였다. 나노 크기의 PbO 입자들은 높은 효율을 가지기 위하여 액상법에 의한 합성법을 통하여 제작되었다. 제작된 나노 크기의 PbO 입자를 이용하여 실온에서 $200{\mu}m$ 두께의 후막을 PIB(particle-in-binder) 방법으로 다양한 온도에서 ITO(Induim Tin Oxide) 유리 위에 도포되었다. 제작된 PbO 후막은 누설전류, 엑스레이 감도, 신호 대 노이즈 비(SNR)을 통해 전기학적 특성이 분석되었다. 이로서 후막의 전기적 특성이 열처리 온도에 따라 많은 영향을 미치는 것을 발견하였고 산소 분위기에서 $500^{\circ}C$의 온도로 열처리과정을 거친 후막이 엑스레이 검출 센서로서의 효율이 가장 높다는 결론을 도출할 수 있었다.

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초고온 archaeon인 Thermococcus profundus에서 P93 복합체의 분리 및 구조적 특성 (Purification and Structural Characterization of P93 Complex from Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus profundus)

  • 이미홍;김숙경;윤영근;박성철;박정동;정강원
    • Applied Microscopy
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    • 제30권2호
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    • pp.185-191
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    • 2000
  • 초고온 archaeon인 Thermococcus profundus에서 매우 거대한 단백질 복합체를 분리 및 구조를 규명하였다. 거대 복합체는 93kDa단백질(P93 complex)로 구성된 homomultimer이며, 강한 내열성을 보여주고 있다. 순수 분리한 P93 complex를 SDS(최종 농도 1%)와 $85^{\circ}C$에서 12시간 항온시킨 후, SDS-PAGE와 전자현미경에서 구조적 변화를 관찰할 수 없었다. 음착색된 P93 complex의 전자현미경 사진에서 하나의 형태만을 보여주고 있으며, 구조의 규명을 위해 image processing을 하였다. 이의 구조는 3대칭 중심에 core(혹은 hole)이 뚜렷이 존재하며 이를 중심으로 단백질이 모여 있는 형태를 보여 주고 있다. 또한 P93 complex는 가장자리에서 뚜렷한 형태를 보여주지 않은 부분, 즉 flexible부분을 포함하고 있다. Gel filtration과 2차원 구조를 기초로 P93 complex는 24 homomultimer로 되어 있음을 추정하였다.

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단일 비디오 카메라와 초음파센서를 이용한 스마트 에어백용 승객 감지 시스템 (An Occupant Sensing System Using Single Video Camera and Ultrasonic Sensor for Advanced Airbag)

  • 배태욱;이종원;하수영;김영춘;안상호;송규익
    • 한국멀티미디어학회논문지
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    • 제13권1호
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    • pp.66-75
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    • 2010
  • 본 논문에서는 단일 비디오카메라와 초음파센서를 이용한 스마트 에어백용 승객 감지 시스템을 제안하였다. 승객의 체형과 얼굴 위치를 검출하기 위하여, 실시간 검출이 용이한 얼굴색 및 움직임 정보를 이용한다. 비디오 카메라 영상에서 얼굴색에 해당하는 색차신호 (U/V)의 경계값과 휘도신호 (Y)의 현재 프레임과 이전 프레임간의 차이값을 이용하여 후보 얼굴 블록 영상을 만든 후 모폴로지 및 라벨링 과정을 거쳐 얼굴 위치를 검출한다. 제안한 승객 자세감지 시스템의 성능을 평가하기 위하여 차량 지그에 IEEE 카메라, 초음파 센서 및 적외선 LED를 설치하여 다양한 실험을 수행하였다.

2차원 전기영동 영상에서 잡영을 제거하기 위한 적응적인 문턱값 결정 (Adaptive thresholding for eliminating noises in 2-DE image)

  • 최관덕;김미애;윤영우
    • 융합신호처리학회논문지
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    • 제9권1호
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    • pp.1-9
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    • 2008
  • 2차원 전기영동 영상 분석 프로그램의 반점 검출 단계에서 해결해야할 문제점 중에 하나는 잡영 제거의 문제이다. 전처리과정에서 처리되지 않고 남은 잡영은 영역분할 결과 과분할되는 문제를 낳는다. 과분할된 배경 영역을 구분하고 제외시키기 위해서 일정한 밝기 이상의 영역을 제거하는 고정 문턱값을 사용하여 영역을 제거하면, 육안으로는 보이지 않으나 중요한 기능을 하는 미량의 단백질을 나타내는 반점들이 제외될 수도 있다. 제안 기법은 영역분할 후에 영역들의 첨도의 평균 곡선을 지수함수에 회귀분석하여 매개변수를 구한 다음, 오차의 확률분포에 따라서 매개변수들로 문턱값을 구하여 적용한다. 오차의 확률분포에 따르면 문턱값 적용의 신뢰도는 99.85%이며, 제안기법을 실험 영상으로 실험한 결과로써 적응적 문턱값 결정 기법이 정확함을 보인다.

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Pt/$Al_2O_3$가 코팅된 니켈폼을 이용한 수소-공기 예혼합 기체의 촉매 연소 (Catalytic combustion of $H_2$/Air mixture using Pt/$Al_2O_3$ coated nickel foam)

  • 진정근;권세진
    • 한국연소학회:학술대회논문집
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    • 한국연소학회 2007년도 제34회 KOSCO SYMPOSIUM 논문집
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    • pp.37-44
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    • 2007
  • A nickel foam, one of metal foams was seleced as a catalyst support instead of conventional ceramic materials. $Al_2O_3$ was coated on the surface of nickel foam to increase the surface area. $Al_2O_3$ coating process was based on sol-gel process. SEM image was obtained and $Al_2O_3$ coverage was confirmed. Combustion experiments were carried out using SUS combustor and $H_2$/air mixture. Temperatures were measured with different equivalence ratios and $H_2$ flow rates. $H_2$ conversion rates were calculated by the analysis of product gas using gas chromatography. Catalytic combustion of $H_2$ was complete and stable with Pt/$Al_2O_3$ coated nickel foam and influences of water vapor were confirmed during the beginning of combustion.

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Data Analysis Methods for Quantitative Proteomics Research

  • 권경훈
    • 한국생물정보학회:학술대회논문집
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    • 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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    • pp.38-44
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    • 2006
  • 프로테오믹스는 생물체 안에 포함되어 있는 단백질을 통합적으로 연구하는 학문이다. 단백질을 동정(Protein identification)하고, 단백질의 상태를 분석(Protein characterization)하며, 단백질의 양적 변화를 관찰(Protein quantitation)한다. 유전자로부터 mRNA 로 복제되고 codon 의 규칙에 따라 합성되는 단백질이 세포 내에 얼만큼 존재하는가라는 단백질의 양적인 변화는 세포 내의 환경에 따라 시시각각 변화할 수 있으며, 이러한 변화의 추적은 단백질의 기능을 밝히는 기초자료로서 중요성을 가진다. 특히 질병의 조기 진단을 위한 바이오마커를 발굴하기 위한 스크리닝 역할로서, 단백질의 발현 양상을 비교하는 프로테오믹스는 기대를 모으고 있다. 단백질에 대한 분석, 특히 질량분석기에 의해 초고속으로 대량의 단백질 데이터를 생산하는 프로테오믹스의 연구는 정량적인 단백질 발현양상 분석의 정확도를 높이기 위해 다양한 실험기법과 데이터 분석기법을 동원하고 있다. 이번 발표에서는 프로테오믹스에서 단백질의 양을 측정하기 위한 실험 방법들과 그에 따른 데이터 분석 방법들을 소개하고자 한다. 프로테오믹스 연구의 초창기부터 사용되어온 2차원 전기영동법에 의해 생성되는 2D-gel image 에서의 spot 분석법으로부터, 탄뎀 질량분석기를 사용하는 ICAT, iTRAQ 등의 labeling 방법에 의한 정량분석, 그리고 질량분석기의 정확도를 최대한으로 활용하는 label-free 방법에 대한 기본 개념을 살펴보고 데이터 분석 기술의 적용 방법을 알아본다.

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DNA 컴퓨팅 연산 과정의 통계 물리적 예측 (KISS Korea Computer Congress 2005)

  • 김준식;김종찬;노영균;이동윤;장병탁
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2005년도 한국컴퓨터종합학술대회 논문집 Vol.32 No.1 (B)
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    • pp.253-255
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    • 2005
  • DNA 연산 과정의 열역학적 통계 물리학적 예측 모델을 기술한다. 온도를 천천히 내리는 시험관에서의 DNA string 들의 결합은 Metropolis 알고리즘과 진화 연산의 일종인 simulated annealing 알고리즘으로 설명될 수 있다 본 논문에서는 정리 증명 문제를 통해 위의 통계 물리학적 모델이 DNA 연산에 적용될 수 있음을 보인다. 여섯 종류의 DNA 가닥들의 시뮬레이션 결과와 온도에 대한 실험적인 fluorescence intensity의 비교를 통해 이 모델이 유효함을 보인다. 또한 목표 DNA 개수를 시뮬레이션으로 예측하고 그 결과를 electrophoresis gel image 와 비교하였다.

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Morphological Control of Periodic Mesoporous Organosilica with Agitation

  • 박성수;이치헌;전종현;조상준;박동호
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제22권9호
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    • pp.948-952
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    • 2001
  • Periodic mesoporous organosilicas with rope-based morphology from a reaction gel composition of 1 BTME : 0.57 ODTMABr : 2.36 NaOH : 353 H2O were synthesized. While long rope-shaped product dominated in case of static synthesis condition , gyroid type products instead of rope shaped product appeared and rope shaped product disappeared with agitation. PMO with such a long rope shaped morphology is firstly reported. Additionally, various rope-based morphologies depending on the degree of bending, twisting, folding and winding of rope such as spirals, discoids, toroids, and worm-like aggregates were observed. White powdered products were characterized by X-ray diffraction, N2 sorption measurement, SEM and TEM. From XRD pattern and TEM image, ODTMA-PMO with hexagonal symmetry was identified. The pore diameter and BET surface area of ODTMA-PMO are $32.9{\AA}$ and 799 m2g-1 , respectively. Hexagonally arrayed channels run with long axis of rope and rope-based shapes with various degree of curvature, which was elucidated by using TEM images.

Expression of AGR-2 in Chicken Oviduct during Laying Period

  • Kim, Nam-Soo;Shen, Yan-Nan;Kim, Tae-Yoon;Byun, Sung-June;Jeon, Ik-Soo;Kim, Sang-Hoon
    • BMB Reports
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    • 제40권2호
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    • pp.212-217
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    • 2007
  • The chicken oviduct is a dynamic organ that produces secretory proteins such as ovalbumin during the laying period. In this study, we identified oviduct-specific proteins in hens during the egg-laying period by proteomic analysis. Proteins extracted from the magnum of hens of different ages (5, 35, and 65 weeks) were analyzed by two-dimensional gel electrophoresis to compare the intensity of proteins among samples. Approximately 300 spots were detected on each gel. Based on the comparison of image gels, we found that the intensity of eight spots in 35-week magnums was increased at least by 2-fold compared with the others. Five of the eight spots were identified as calumenin, acidic ribosomal phosphoproteins (ARP), prohibitin, heart fatty acid-binding protein, and anterior gradient-2 (AGR-2). In particular, ARP and AGR-2 were highly expressed in 35- week magnums compared with 5- and 65-week magnums. In addition, the level of these proteins was consistent with their RNA levels. Expression of AGR-2 mRNA was detected in the mature magnum, whereas no signal was observed in premature tissue. Among various tissues, expression of AGR-2 mRNA was highest in the magnum, high in the isthmus, and five fold lower in muscle. It was undetectable in the liver and in other tissues (heart and kidney). However, the mRNA levels of other proteins were ubiquitous among tissues. In transcriptional activity of AGR-2, a 3.0 kb fragment of promoter region containing potential estrogen receptor binding sites had enhanced its activity strongly. In conclusion, these results suggest that AGR-2 has functional regulatory roles in the chicken oviduct during the egglaying period.