• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제79권2호
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• pp.85-90
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• 2016

Background: Lung cancer is the most common cause of cancer related death. Alterations in gene sequence, structure, and expression have an important role in the pathogenesis of lung cancer. Fusion genes and alternative splicing of cancer-related genes have the potential to be oncogenic. In the current study, we performed RNA-sequencing (RNA-seq) to investigate potential fusion genes and alternative splicing in non-small cell lung cancer. Methods: RNA was isolated from lung tissues obtained from 86 subjects with lung cancer. The RNA samples from lung cancer and normal tissues were processed with RNA-seq using the HiSeq 2000 system. Fusion genes were evaluated using Defuse and ChimeraScan. Candidate fusion transcripts were validated by Sanger sequencing. Alternative splicing was analyzed using multivariate analysis of transcript sequencing and validated using quantitative real time polymerase chain reaction. Results: RNA-seq data identified oncogenic fusion genes EML4-ALK and SLC34A2-ROS1 in three of 86 normal-cancer paired samples. Nine distinct fusion transcripts were selected using DeFuse and ChimeraScan; of which, four fusion transcripts were validated by Sanger sequencing. In 33 squamous cell carcinoma, 29 tumor specific skipped exon events and six mutually exclusive exon events were identified. ITGB4 and PYCR1 were top genes that showed significant tumor specific splice variants. Conclusion: In conclusion, RNA-seq data identified novel potential fusion transcripts and splice variants. Further evaluation of their functional significance in the pathogenesis of lung cancer is required.

• Composites Research
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• 제16권2호
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• pp.26-32
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• 2003

레이저 융착된 광섬유의 절단 부위에 대한 보호를 위한 관심이 크게 높아지고 있다 일반적으로 절단된 광섬유의 융착부분은 다른 부위에 비해 상대적으로 매우 취약하며 이러한 이유로 광섬유를 광 통신망에 사용할 때 동일 부분에서의 손실이 추가적으로 일어날 수 있다 일반적으로 광섬유 융착 부위는 일반 광섬유의 파괴 강도에 비해 약 1/10인 0.4～l kg로 감소된다. 이러한 이유로 인해 광 융착 부위의 보강이 절실히 요구되고 있다. 그러나, 이러한 구조물의 대부분이 철심 형태의 구조물을 삽입한 슬리브로 보강됨에 따라 굽힘에 대해 효과적으로 대응하지 못할 뿐 아니라 일단 구조물이 굽혀졌을 경우에는 지속적인 광 손실을 발생시키는 요인이 된다. 이러한 문제점을 보완하기 위하여 복합재료로 제작된 코일형 스프링 구조물 형태의 슬리브가 제안되었다. 이러한 슬리브는 기존의 슬리브의 취약점이었던 직하중에 대해 서로 효과적으로 반응할 뿐 아니라 굽힘 및 인장/압축 하중에도 효과가 있음을 알 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제19권4호
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• pp.549-552
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• 2009

유전자의 융합으로 인한 돌연변이는 염색체 재배열, 트랜스 스플라이싱, 유전자간 스플라이싱으로 인하여 야기된다고 알려져 있다. 우리는 두 개의 서로 다른 유전자의 pre-mRNA의 융합으로 인하여 만들어지는 트랜스 스플라이싱의 전사 산물에 관심을 가져, 인간의 태아 줄기 세포에서 이러한 돌연변이 양상을 분석하였다. 배아줄기세포의 mRNA에서 트랜스 스플라이싱 전사체 70개를 탐지해 내고, 이들의 융합되는 패턴에 따라 5'UTR-5'UTR, 5'UTR-3'UTR, 3'UTR-3'UTR, 5'UTR- CDS, 3'UTR-CDS, CDS-CDS의 6개의 유형으로 분류하여 분석하였다. 두 유전자의 융합되는 영역은 UTR영역보다 CDS에서 풍부하였는데, 이러한 이유는 많은 인트론 수로 인해 야기되는 것으로 추정된다. 융합되는 유전자의 염색체상의 위치분석 결과, 17번과 19번 염색체가 융합유전자의 활성화를 나타내었다. 이러한 연구결과는 향후 융합유전자와 인간의 질병 연구에 크게 기여할 것으로 사료된다.

• BMB Reports
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• 제45권3호
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• pp.133-140
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• 2012

Cancers claim millions of lives each year. Early detection that can enable a higher chance of cure is of paramount importance to cancer patients. However, diagnostic tools for many forms of tumors have been lacking. Over the last few years, studies of chimeric RNAs as biomarkers have emerged. Numerous reports using bioinformatics and screening methodologies have described more than 30,000 expressed sequence tags (EST) or cDNA sequences as putative chimeric RNAs. While cancer cells have been well known to contain fusion genes derived from chromosomal translocations, rearrangements or deletions, recent studies suggest that trans-splicing in cells may be another source of chimeric RNA production. Unlike cis-splicing, trans-splicing takes place between two pre-mRNA molecules, which are in most cases derived from two different genes, generating a chimeric non-co-linear RNA. It is possible that trans-splicing occurs in normal cells at high frequencies but the resulting chimeric RNAs exist only at low levels. However the levels of certain RNA chimeras may be elevated in cancers, leading to the formation of fusion genes. In light of the fact that chimeric RNAs have been shown to be overrepresented in various tumors, studies of the mechanisms that produce chimeric RNAs and identification of signature RNA chimeras as biomarkers present an opportunity for the development of diagnoses for early tumor detection.

• 대한전자공학회논문지SD
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• 제46권7호
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• pp.15-21
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• 2009

단일모드 광섬유(SMF)와 포토닉 밴드갭 광섬유(PBGF), SMF와 고비선형 광자결정 광섬유(NL-PCF)의 저손실 융착접속을 위한 방법을 제안하였다. SMF와 PBGF를 융착접속할 경우 PBGF의 공기구멍 붕괴현상에 의한 손실이 가장 큰 영향을 미치므로 PBGF의 공기구멍을 유지시키기 위해서 광섬유 융착접속기를 최적화하여 접속손실을 1.22 dB이하로 줄였다. SMF와 NL-PCF의 융착접속시에는 Ultra High Numerical Aperture(UHNA)광섬유를 두 광섬유 사이에 삽입하여 융착접속하는 방법을 적용하여 평균 2.59 dB이하로 접속손실을 줄였다.

• 한국광학회:학술대회논문집
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• 한국광학회 2009년도 동계학술발표회 논문집
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• pp.503-504
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• 2009

• 산업기술연구
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• 제29권A호
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• pp.161-167
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• 2009

The bifunctional Xylanase-Cellulase hybrid protein was constructed by gene fusion. Two genes corresponding to endoxylanase gene (xylS) and endocellulase gene (celA) were amplified by PCR from Bacillus licleniformis NBL420. It was then linked through splicing by overlap extension (SOE) by PCR method. The two resulting fused hybrids, xyl/cel and cel/xyl, which differ by its orientation, were confirmed by its nucleotide sequencings. One of two fusion genes, xyl/cel was successfully expressed into pET22b(+) vector (pxyl/cel) with bifunctional xylanase-cellulase activity. On the contrary, the other cel/xyl fusion protein showed only cellulase activity with much decreased xylanase activity. Enzymatic properties of Xyl/Cel fusion protein were investigated regarding optimum pH, optimum temp, thermostability, and pH stability. It was revealed that Xyl/Cel fusion protein retained the bifunctional xylanase-cellulase activities eventhough two enzymes were connected with each other directly. These informations could be useful for construction of other hybrid proteins as well as increased range of substrate utilization.

• 대한전자공학회논문지
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• 제18권3호
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• pp.21-24
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• 1981

Micro-torch를 사용하여 두 개와 taper를 동시에 제작하고, fusion splicing에 외해 광섬유 t-branch률 제작하였다. Y-branch의 insertion loss는 2.6dB, branching율은 0.98까지 얻을 수 있었다. 또 Y-branch를 OTDR의 제작에 응용하여 광학계를 대폭 간소화 하였으며, 길 이 측정오차 ±5m, 손실 측정오차 ±0.5bB/km로 광섬유의 특성을 측정할 수 있었다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제25권1호
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• pp.43-53
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• 2021

We examine the effect of endoplasmic reticulum (ER) stress inhibitor treatment time on the in vitro development of porcine somatic cell nuclear transfer (SCNT) embryos. Porcine SCNT embryos were classified by four groups following treatment time of ER stress inhibitor, tauroursodeoxycholic acid (TUDCA; 100 µM); 1) non-treatment group (control), 2) treatment during micromanipulation process and for 3 h after fusion (NT+3 h group), 3) treatment only during in vitro culture after fusion (IVC group), and 4) treatment during micromanipulation process and in vitro culture (NT+IVC group). SCNT embryos were cultured for six days to examine the X-box binding protein 1 (Xbp1) splicing levels, the expression levels of ER stress-associated genes, oxidative stress-related genes, and apoptosis-related genes in blastocysts, and in vitro development. There was no significant difference in Xbp1 splicing level among all groups. Reduced expression of some ER stress-associated genes was observed in the treatment groups. The oxidative stress and apoptosis-related genes were significantly lower in all treatment groups than control (p<0.05). Although blastocyst development rates were not different among all groups (17.5% to 21.7%), the average cell number in blastocysts increased significantly in NT+3 h (48.5±2.3) and NT+IVC (47.7±2.4) groups compared to those of control and IVC groups (p<0.05). The result of this study suggests that the treatment of ER stress inhibitor on SCNT embryos from the micromanipulation process can improve the reprogramming efficiency of SCNT embryos by inhibiting the ER and oxidative stresses that may occur early in the SCNT process.

• 한국광학회지
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• 제21권5호
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• pp.200-205
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• 2010

본 논문에서는 포토닉 밴드갭 광섬유(Photonic Bandgap Fiber: PBGF) 사이에 중공광섬유(Hollow Optical Fiber: HOF)를 융착 접속시켜 만든 광섬유 간섭계와 넓은 모드 면적을 가지는 광자결정 광섬유(Large Mode Area-Photonic Crystal Fiber: LMA-PCF)사이에 HOF를 융착접속시켜 만든 광섬유 간섭계의 온도 및 스트레인에 대한 광학적 특성을 분석하였다. PBGF 또는 LMA-PCF와 HOF의 융착접속시 광섬유내 공기구멍을 최대한 유지하도록 융착조건을 최적화하여 접속 손실을 줄였다. PBGF와 HOF로 구성된 광섬유 간섭계의 온도 및 스트레인에 대한 민감도는 각각 15.4 pm/$^{\circ}C$와 0.24 pm/${\mu}\varepsilon$으로 측정되었으며, LMA-PCF와 HOF로 구성된 광섬유 간섭계의 온도 및 스트레인에 대한 민감도는 각각 17.4 pm/$^{\circ}C$와 0.2 pm/${\mu}\varepsilon$으로 측정되었다.