HIV-1 Rev단백질은 바이러스의 구조단백질의 발현조절에 매우 중요한 역할을 하며RNA가 1차발현된 원형대로 또는 일부만이 절단/재조합된 상태로 세포질에 집적되는 것을 가능하게 한다. env gene에 존재하는 Rev-responsive element RNA는 복잡한 RNA구조를 지니면서 Rev의 기능을 위하여 필수적으로 필요시 된다. 그러나 이러한 절차의 완전한 진행을 위해서는 핵단백질이 요구되는 것으로 추정된다. 본 연구에서는 electrophoretic mobility shift, UV-crosslinking 또는 SDS/PAGE등의 실험을 통하여 36/37, 56, 41, 76, 150 kD등의 핵단백질등이 RRE RNA와 결합반응하는 것을 발견하였으며 특히 36/37 과 56 kD 단백질을 5분간의 자외선조사에 의해 특히 RRE RNA에 결합하는 핵단백질들은 gel mobility shift assay에서 Rev RNA인식결합에 경쟁적인 특징을 나타내고 있다.
Post-transcriptional regulation of mRNA stability by Hu proteins is an important mechanism for tumorigenesis. We focused on the molecular interactions between the HuC protein and AU-rich elements (AREs) to find chemical inhibitors of RNA-protein interactions using RNA electrophoretic mobility shift assay with non-radioactive probes. Screening of 52 natural compounds identified 14 candidate compounds that displayed potent inhibitory activity. Six (quercetin, myricetin, (-)-epigallocatechin gallate, ellagic acid, (-)-epicatechin gallate, and rhamnetin) were categorized as phytochemicals, and their $IC_{50}$ values were low ($0.2-1.8\;{\mu}M$).
연구배경: NF-$\kappa$B는 단백질이 생성된 후의 변형(post-translational modification)과 세포내에서의 위치 변화(subcellular localization)에 따라 그 작용이 결정되는 특성을 가진 전사 인자로서 최초에는 면역반응에 있어 중요한 역할을 하는 사실이 알려졌으나 그후 이러한 작용이외에도 급성기 염증 반응, 바이러스의 증식, 세포의 발생과 분화에 있어 중요한 작용을 한다는 사실이 알려지게 되었다. 최근의 연구들에서 NF-$\kappa$B 전사 인자가 정상 세포로부터 암세포로의 형질전환에 있어서도 어떤 기능을 할 것이라는 사실들이 알려지게 되었다. NF-$\kappa$B가 암세포로의 형질 전환, 나아가 암세포의 생성에 어떤 역할을 제공한다면 이러한 사실은 나아가 향후의 암치료에 있어서도 유용한 지식이 될 수 있다. NF-$\kappa$B 전사 인자가 인체 암세포에 있어서 세포의 형질 변환에 연관될 수 있다는 사실은 몇몇 암종에서 알려져 있으나 폐암에서의 NF-$\kappa$B 전사 인자의 종양 생성기능에 있어서는 아직 연구된 바가 없다. 방 법: 본 연구에서는 배양된 인체 폐암세포주에 있어서 NF-$\kappa$B family 전사 인자들의 발현정도를 western blot를 이용하여 관찰하고 과발현된 NF-$\kappa$B 전사 인자의 세포내 위치가 세포핵인지 세포질내에 존재하는 것인지를 각각의 단백질 분획에서 western blot를 시행하여 관찰하였고 또한 immunocy-tochemistry를 시행하여 그 발현 양상을 확인하였다. 존재하는 NF-$\kappa$B 전사 인자가 어떠한 복합체의 형태인지를 알아보기 위하여 세포주의 단백 추출물에서 NF-$\kappa$B family 전사 인자에 대한 항체를 사용하여 immunoprecipitation을 시행하였다. 세포주 단백추출물의 $\kappa$B consensus oligonucleotide에의 결합여부를 보기위하여 electrophoretic mobility shift assay를 시행하였다. 결 과: 배양된 인체 폐암세포주에서는 NF-$\kappa$B family의 p50 subunit, p65 subunit가 발현되어 있었고 p50 subunit의 발현은 세포핵내에 국한하여 위치하고 있음을 western blot와 immunocytochemistry를 통하여 관찰할 수 있었다 immunoprecipitation assay는 세포내에서 p50 subunit가 p65 subunit와 복합체를 이루는 상태로 존재하고 있음을 보여주었다. 폐암세포주의 세포핵 추출물은 NF-$\kappa$B consensus oligonucleotide와 결합할 수 있음을 electrophoretic mobility shift assay를 통하여 확인할 수 있었다. 결 론: 인체 폐암세포주에서 NF-$\kappa$B family 전사 인자의 발현이 활성화되어 있으며 NF-$\kappa$B family 전사 영자가 인체 폐암 형성에 있어 어떤 역할을 할 가능성을 시사한다.
Balani, Valerio Americo;De Lima Neto, Quirino Alves;Takeda, Karen Izumi;Gimenes, Fabricia;Fiorini, Adriana;Debatisse, Michelle;Fernandez, Maria Aparecida
BMB Reports
/
제43권11호
/
pp.744-749
/
2010
The aim of this work was to determine whether intrinsically bent DNA sites are present at, or close to, the mammalian replication origins oriGNAI3 and oriB in the Chinese hamster AMPD2 locus. Using an electrophoretic mobility shift assay and in silico analysis, we located four intrinsically bent DNA sites (b1 to b4) in a fragment that contains the oriGNAI3 and one site (b5) proximal to oriB. The helical parameters show that each bent DNA site is curved in a left-handed superhelical writhe. A 2D projection of 3D fragment trajectories revealed that oriGNAI3 is located in a relatively straight segment flanked by bent sites b1 and b2, which map in previously identified Scaffold/Matrix Attachment Region. Sites b3 and b4 are located approximately 2 kb downstream and force the fragment into a strong closed loop structure. The b5 site is also located in an S/MAR that is found just downstream of oriB.
We previously identified the origin of replication of p703/5, a small cryptic plasmid from the KBL703 strain of Enterococcus faecalis. The origin of replication contains putative regulatory cis-elements required for replication and a replication initiator (RepA) gene. The replicon of p703/5 is similar in its structural organization to theta-type plasmids, and RepA is homologous to a family of Rep proteins identified in several plasmids from Gram-positive bacteria. Here, we report molecular interactions between RepA and the replication origin of p703/5. DNase I footprinting using recombinant RepA together with electrophoretic mobility shift assays confirmed the binding of RepA to the replication origin of p703/5 via iterons and an inverted repeat. We also demonstrated the formation of RepA dimers and the different binding of RepA to the iteron and the inverted repeat using gel filtration chromatographic analysis, a chemical crosslinking assay, and electrophoretic mobility shift assays in the presence of guanidine hydrochloride. Our results suggest that RepA plays a regulatory role in the replication of the enterococcal plasmid p703/5 via mechanisms similar to those of typical iteroncarrying theta-type plasmids.
The Jun and Fos families of eukaryotic transcription factors form heterodimers capable of binding to their cognate DNA enhancer elements. We are interested in searching for inhibitors or antagonists of the binding of the Jun-Fos heterodimer to the activator protein-1 (AP-1) site. The basic-region leucine zipper (bZIP) domain of c-Fos was expressed as a fusion protein with glutathione S-transferase, and allowed to form a heterodimer with the bZIP domain of c-Jun. The heterodimer was bound to glutathione-agarose, to which were added radiolabeled AP-1 nucleotides. After thorough washing, the gel-bound radioactivity was counted. The assay is faster than the coventional electrophoretic mobility shift assay because the gel electrophoresis step and the autoradiography step are eliminated. Moreover, the assay is very sensitive, allowing the detection of picomolar quantities of nucleotides, and is not affected by up to 50% dimethylsulfoxide, a solvent for hydrophobic inhibitors. Curcumin and dihydroguaiaretic acid, recently known inhibitors of Jun-Fos-DNA complex formation, were applied to this Jun-GST-fused Fos system and revealed to decrease the dimer-DNA binding.
Pseudomonas syringae pv. tabaci 11528은 담배를 숙주로 하여 wildfire disease를 일으키는 식물 병원성 세균이다. P. syringae pv. tabaci psyR deletion mutant를 이용하여 swarming motility, tabtoxin 생산능, siderophore 생산능, AHL 생산능 등의 phenotypic test를 수행하였다. psyR deletion mutant는 wild-type 균주보다 swarming motility가 증가하였고, tabtoxin 생산 또한 증가하였다. 하지만 siderophore와 AHL 생산능은 감소하였고 virulence 또한 지연되었다. 이러한 결과로 PsyR이 QS regulator로 작용한다는 사실과 더불어 병원성 유전자의 조절에도 관여한다는 것을 확인하였다. PsyR이 각각의 병원성 유전자의 발현을 조절하는 regulator들에게 미치는 영향을 전사단계에서 확인하기 위해 fur, gacA, psyI, prhI, prhA, hrpR, hrpA 유전자들을 정량적 real-time PCR (qRT-PCR) 방법으로 확인하였다. 또한 PsyR에 의한 병원성 유전자 조절이 DNA상에 직접적으로 결합하여 일어나는 것인지 아니면 다른 경로를 통해 간접적으로 일어나는 것인지를 확인할 필요가 있어 정제한 PsyR 단백질과 병원성 관련 유전자들의 upstream region 서열을 이용하여 electrophoretic mobility shift assay (EMSA)를 수행한 결과 본 연구에서 선정한 병원성 관련 유전자들이 PsyR에 의해 직접적으로 조절되지는 않는다는 사실을 밝혔다.
We demonstrate that paclitaxel, an antitumor agent derived from yew tree, inhibits LPS- and $IFN-{\gamma}$-induced NF-kB/Rel activation in RAW 264.7 cells. Previously, paclitaxel ($>10{\mu}M$) has been known to induce iNOS gene expression in macrophages. However, in the previous report we described that the pretreatment of macrophages with low concentration of paclitaxel ($0.1{\mu}M$) for 8 h inhibited LPS-induced iNOS gene expression. Pretreatment of RAW 264.7 cells with paclitaxel significantly inhibited NF-kB/Rel transcriptional activation. Electrophoretic mobility shift assay further confirmed that pretreatment of macrophages with paclitaxel inhibited NF-kB/Rel DNA binding. Taxotere, a semisynthetic analog of paclitaxel, also inhibited LPS- and $IFN-{\gamma}$-induced iNOS gene expression. Collectively, these series of experiments indicate that paclitaxel inhibits iNOS gene expression by blocking NF-kB/Rel activation.
Testis brain RNA-binding protein (TB-RBP) is a DNA/RNA binding protein. TB-RBP is mainly expressed in testis and brain and highly conserved protein with several functions, including chromosomal translocations, DNA repair, mitotic cell division, and mRNA transport, stabilization, and storage. In our previous study, we identified TB-RBP as an interacting partner for the catalytic subunit $(C{\alpha})$ of protein kinase A(PKA) and verified their interaction with several biochemical analyses. Here, we confirmed interaction between $C{\alpha}$. and TB-RBP in mammalian cells and determined the effect of $C{\alpha}$. on the function of TB-RBP. The activation of $C{\alpha}$. increased the TB-RBP function as a DNA-binding protein. These results suggest that the function of TB-RBP can be modulated by PKA and provide insights into the diverse role of PKA.
The maternal transcription factor Dorsal (Dl) functions as both an activator and a repressor in a context-dependent manner to control dorsal-ventral patterning in the Drosophila embryo. Previous studies have suggested that Dl is an intrinsic activator and its repressive activity requires additional corepressors that bind corepressor-binding sites near Dl-binding sites. However, the molecular identities of the corepressors have yet to be identified. Here, we present evidence that Capicua (Cic) is involved in Dl-mediated repression in the zerkn$\ddot{u}$llt (zen) ventral repression element (VRE). Computational and genetic analyses indicate that a DNA-binding consensus sequence of Cic is highly analogous with previously identified corepressor-binding sequences and that Dl failed to repress zen expression in lateral regions of cic mutant embryos. Furthermore, electrophoretic mobility shift assay (EMSA) shows that Cic directly interacts with several corepressor-binding sites in the zen VRE. These results suggest that Cic may function as a corepressor by binding the VRE.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.