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한국산 백합 (Meretrix lusoria) 의 전사체 분석 (Expressed sequence tag analysis of Meretrix lusoria (Veneridae) in Korea)

  • 강정하;정지은;김봉석;안철민;강현숙;강세원;황희주;한연수;채성화;고현숙;이준상;이용석
    • 한국패류학회지
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    • 제28권4호
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    • pp.377-384
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    • 2012
  • The importance of biological resources has been gradually increasing, and mollusks have been utilized as main fishery resources in terrestrial ecosystems. But little is known about genomic and transcriptional analysis in mollusks. This is the first report on the transcriptomic profile of Meretrix lusoria. In this study, we constructed cDNA library and determined 542 of distinct EST sequences composed of 284 singletons and 95 contigs. At first, we identified 180 of EST sequences that have significant hits on protein sequences of the exclusive Mollusks database through BLASTX program and 343 of EST sequences that have significant hits on NCBI NR database. We also found that 211 of putative sequences through local BLAST (blastx, E < e-10) search against KOG database were classified into 16 functional categories. Some kinds of immune response related genes encoding allograft inflammatory factor 1 (AIF-1), B-cell translocation gene 1 (BTG1), C-type lectin A, thioester-containing protein and 26S proteasome regulatory complex were identified. To determine phylogenetic relationship, we identified partial sequences of four genes (COX1, COX2, 12S rRNA and NADH dehydrogenase) that significantly matched with the mitochondrial genomes of 3 species-Ml (Meretrix lusoria), Mp (Meretrix petechialis) and Mm (Meretrix meretrix). As a result, we found that there was a little bit of a difference between sequences of Korean isolates and other known isolates. This study will be useful to develop breeding technology and might also be helpful to establish a classification system.

분산산술연산방식을 이용한 MPEG-1 오디오 계층 3 합성필터의 FPGA 군현 (An FPGA Implementation of the Synthesis Filter for MPEG-1 Audio Layer III by a Distributed Arithmetic Lookup Table)

  • 고성식;최현용;김종빈;구대성
    • 한국음향학회지
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    • 제23권8호
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    • pp.554-561
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    • 2004
  • 반도체 기술과 멀티미디어 통신기술이 발달하면서 고품위 영상과 다중 채널의 오디오에 관심을 갖게 되었다. MPEG 오디오 계층 3 디코더는 표준안에 기반을 둔 프로세서로써 기존에 많이 구현되어 있다. MPBG-1오디오 계층3 디코더의 합성필터는 디코더 전체에서 가장 많은 연산을 필요로 하기 때문에 고속 프로세서를 설계하기 위해서는 연산량을 줄일 수 있는 새로운 방식의 합성필터를 필요로 한다. 따라서 본 논문에서는 MPEG-1 오디오 계층 3의 핵심부분인 합성필터 부분을 DALUT (distributed arithmetic look-up table)방식을 이용하여 FPGA (Field Programmable Gate Array)에 구현하였다. 고속 필터를 설계하기 위해서 승산기 대신에 DALUT방식을 사용하였고, 파이프라인 구조를 사용하였으며, 데이터를 코사인 함수와 곱셈한 결과를 테이블로 만듦으로써 곱셈기를 제거하여 30%의 성능향상을 얻었다. 본 논문에서의 하드웨어 설계는 모두 VHDL (VHSIC Hardware Description Language)로 기술하였다. VHDL 시뮬레이션은 ALDEC사의 Active-HDL 6.1과 Model-sim 및 합성은 Synplify Pro 7.2v을 사용하였다. 대상 라이브러리는 XILINX사의 XC4010E, XC4020BX, XC4052 XL, P&R 툴은 XACT Ml.4를 사용하여 구현하였다. 구현된 프로세서는 20MHz∼70MHz사이에서 동작한다.

개선된 정규화 최소합 알고리듬을 적용한 WiMAX/WLAN용 LDPC 복호기 (LDPC Decoder for WiMAX/WLAN using Improved Normalized Min-Sum Algorithm)

  • 서진호;신경욱
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제18권4호
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    • pp.876-884
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    • 2014
  • 본 논문에서는 개선된 정규화 최소합(improved normalized min-sum) 복호 알고리듬을 적용한 LDPC 복호기를 설계하였다. 설계된 LDPC 복호기는 IEEE 802.16e 모바일 WiMAX 표준의 19가지 블록길이(576~2304)에 따른 6가지 부호율(1/2, 2/3A, 2/3B, 3/4A, 3/4B, 5/6)과 IEEE 802.11n 무선 랜 표준의 3가지 블록길이(648, 1296, 1944)에 따른 4가지 부호율(1/2, 2/3, 3/4, 5/6)을 지원한다. INMS 복호 알고리듬과 SM(sign-magnitude) 수체계 연산을 기반으로 하는 DFU(decoding function unit)을 구현하여 하드웨어 복잡도와 복호 성능을 최적화시켰다. 설계된 LDPC 복호기는 0.18-${\mu}m$ CMOS 셀 라이브러리를 이용하여 100 MHz 동작 주파수로 합성한 결과, 284,409 게이트와 62,976 비트의 메모리로 구현되었으며, FPGA 구현을 통해 하드웨어 동작을 검증하였다. 1.8V 전원전압에서 100 MHz로 동작 가능할 것으로 평가되며, 부호율과 블록길이에 따라 약 82~218 Mbps의 성능을 가질 것으로 예상된다.

Methylotrophic Yeast, Pichia pastoris에서 사람 락토페린의 발현 및 항균성 연구 (Expression and Antibacterial Activity of Recombinant Human Lactoferrin in Methylotrophic Yeast, Pichia pastoris)

  • 이상오;임은미;남은주;이현환
    • 미생물학회지
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    • 제40권4호
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    • pp.348-354
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    • 2004
  • 사람의 모유에 많이 함유된 human lactoferrin(hLF)은 항균 및 항 바이러스 작용이 있는 것으로 보고되고 있다. 본 연구에서는 hLf를 메탄올자화 효모인 Pichia pastoris에 cloning하고 그 발현을 RT-PCR, Northern blotting, SDS-PAGE및 Western blotting으로 확인하였다. 그 결과 2.1 kb의 hLf 유전자가 P.pastoris의 염색체 DNA로 끼어들어가 안정적으로 hLf를 발현하였다. 이 재조합 P.pastotis로부터 hLf를 포함하는 세포 추출액을 얻어 항균 작용을 연구하였다. 발현된 재조합 hLf는 Staphylococcus aureus, Micrococcus flavus 등의 그람 양성균에 대해 강력한 항균작용을 보일 뿐만 아니라 그람 음성 동물성 병원균인 Pseudomonas fluorescens ID 9631, E. coli ATCC8739, 25922,35 등과 Salmonella typhimurium 114,115 등 다양한 균에 대해서도 강력한 항균작용을 보였다. 이는 재조합 hLf가 생물학적 활성이 있다는 것을 보여준다.

미더덕의 향기 성분 (Flavor Components of Mideoduck (Styela clava))

  • 최병대;오봉세;강석중
    • 생명과학회지
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    • 제20권11호
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    • pp.1648-1655
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    • 2010
  • 미더덕 육과 체액을 이용한 천연 조미료의 제조를 위하여 본래의 향과 가열에 따른 변화를 비교해보기 위하여 SDE법과 SPME법으로 미더덕 향기성분을 분석하였다. SDE 추출법으로 얻어진 미더덕 육에 함유된 주요 성분으로서는 hexanal $371.3\;{\mu}g/g$, 1-tridecanol $80.1\;{\mu}g/g$, (Z)-4,5-dimethyhex02-en-4-ol $72.1\;{\mu}g/g$ 등이 있었고, 그 외 다량의 alcohol, aldehydes 및 acids가 얻어졌다. SDE 추출법으로 얻어진 alcohol은 농도도 높았지만 미더덕 육향기성분의 주체가 되는 것으로 나타났다. SPME 추출법으로 얻어진 미더덕 육에는 9종의 alcohols, 1종의 acid, 1종의 aldehyde, 1종의 hydrocarbon, 1종의 ester, 1종의 amine 및 2종의 ketones이 포함되어 있었다. 이들 중 함량이 가장 높았으며 그 중 1-nonanol, 1-decanol 및 1-tridecanol이 주성분이었다. SPME법으로 얻어진 향기성분 중 1-nonanol $31.6\;{\mu}g/g$, (E)-2-butanoic acid dibutylester $20.3\;{\mu}g/g$ 및 heptadecanoic acid $26.7\;{\mu}g/g$으로 전체 향기성분 추출물의 62.1%를 차지하였다. 따라서 SPME법으로 얻어진 향기성분이 SDE법보다 추출효율은 낮았지만 원래 향에 가까운 것으로 나타났다.

Molecular Analysis of Colonized Bacteria in a Human Newborn Infant Gut

  • Park Hee-Kyung;Shim Sung-Sub;Kim Su-Yung;Park Jae-Hong;Park Su-Eun;Kim Hak-Jung;Kang Byeong-Chul;Kim Cheol-Min
    • Journal of Microbiology
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    • 제43권4호
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    • pp.345-353
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    • 2005
  • The complex ecosystem of intestinal micro flora is estimated to harbor approximately 400 different microbial species, mostly bacteria. However, studies on bacterial colonization have mostly been based on culturing methods, which only detect a small fraction of the whole microbiotic ecosystem of the gut. To clarify the initial acquisition and subsequent colonization of bacteria in an infant within the few days after birth, phylogenetic analysis was performed using 16S rDNA sequences from the DNA iso-lated from feces on the 1st, 3rd, and 6th day. 16S rDNA libraries were constructed with the amplicons of PCR conditions at 30 cycles and $50^{\circ}C$ annealing temperature. Nine independent libraries were produced by the application of three sets of primers (set A, set B, and set C) combined with three fecal samples for day 1, day 3, and day 6 of life. Approximately 220 clones ($76.7\%$) of all 325 isolated clones were characterized as known species, while other 105 clones ($32.3\%$) were characterized as unknown species. The library clone with set A universal primers amplifying 350 bp displayed increased diversity by days. Thus, set A primers were better suited for this type of molecular ecological analysis. On the first day of the life of the infant, Enterobacter, Lactococcus lactis, Leuconostoc citreum, and Streptococcus mitis were present. The largest taxonomic group was L. lactis. On the third day of the life of the infant, Enterobacter, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, S. mitis, and Streptococcus salivarius were present. On the sixth day of the life of the infant, Citrobacter, Clostridium difficile, Enterobacter sp., Enterobacter cloacae, and E. coli were present. The largest taxonomic group was E. coli. These results showed that microbiotic diversity changes very rapidly in the few days after birth, and the acquisition of unculturable bacteria expanded rapidly after the third day.

Sentiment Analysis of Product Reviews to Identify Deceptive Rating Information in Social Media: A SentiDeceptive Approach

  • Marwat, M. Irfan;Khan, Javed Ali;Alshehri, Dr. Mohammad Dahman;Ali, Muhammad Asghar;Hizbullah;Ali, Haider;Assam, Muhammad
    • KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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    • 제16권3호
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    • pp.830-860
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    • 2022
  • [Introduction] Nowadays, many companies are shifting their businesses online due to the growing trend among customers to buy and shop online, as people prefer online purchasing products. [Problem] Users share a vast amount of information about products, making it difficult and challenging for the end-users to make certain decisions. [Motivation] Therefore, we need a mechanism to automatically analyze end-user opinions, thoughts, or feelings in the social media platform about the products that might be useful for the customers to make or change their decisions about buying or purchasing specific products. [Proposed Solution] For this purpose, we proposed an automated SentiDecpective approach, which classifies end-user reviews into negative, positive, and neutral sentiments and identifies deceptive crowd-users rating information in the social media platform to help the user in decision-making. [Methodology] For this purpose, we first collected 11781 end-users comments from the Amazon store and Flipkart web application covering distant products, such as watches, mobile, shoes, clothes, and perfumes. Next, we develop a coding guideline used as a base for the comments annotation process. We then applied the content analysis approach and existing VADER library to annotate the end-user comments in the data set with the identified codes, which results in a labelled data set used as an input to the machine learning classifiers. Finally, we applied the sentiment analysis approach to identify the end-users opinions and overcome the deceptive rating information in the social media platforms by first preprocessing the input data to remove the irrelevant (stop words, special characters, etc.) data from the dataset, employing two standard resampling approaches to balance the data set, i-e, oversampling, and under-sampling, extract different features (TF-IDF and BOW) from the textual data in the data set and then train & test the machine learning algorithms by applying a standard cross-validation approach (KFold and Shuffle Split). [Results/Outcomes] Furthermore, to support our research study, we developed an automated tool that automatically analyzes each customer feedback and displays the collective sentiments of customers about a specific product with the help of a graph, which helps customers to make certain decisions. In a nutshell, our proposed sentiments approach produces good results when identifying the customer sentiments from the online user feedbacks, i-e, obtained an average 94.01% precision, 93.69% recall, and 93.81% F-measure value for classifying positive sentiments.

Position of Hungarian Merino among other Merinos, within-breed genetic similarity network and markers associated with daily weight gain

  • Attila, Zsolnai;Istvan, Egerszegi;Laszlo, Rozsa;David, Mezoszentgyorgyi;Istvan, Anton
    • Animal Bioscience
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    • 제36권1호
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    • pp.10-18
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    • 2023
  • Objective: In this study, we aimed to position the Hungarian Merino among other Merinoderived sheep breeds, explore the characteristics of our sampled animals' genetic similarity network within the breed, and highlight single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with daily weight-gain. Methods: Hungarian Merino (n = 138) was genotyped on Ovine SNP50 Bead Chip (Illumina, San Diego, CA, USA) and positioned among 30 Merino and Merino-derived breeds (n = 555). Population characteristics were obtained via PLINK, SVS, Admixture, and Treemix software, within-breed network was analysed with python networkx 2.3 library. Daily weight gain of Hungarian Merino was standardised to 60 days and was collected from the database of the Association of Hungarian Sheep and Goat Breeders. For the identification of loci associated with daily weight gain, a multi-locus mixed-model was used. Results: Supporting the breed's written history, the closest breeds to Hungarian Merino were Estremadura and Rambouillet (pairwise FST values are 0.035 and 0.036, respectively). Among Hungarian Merino, a highly centralised connectedness has been revealed by network analysis of pairwise values of identity-by-state, where the animal in the central node had a betweenness centrality value equal to 0.936. Probing of daily weight gain against the SNP data of Hungarian Merinos revealed five associated loci. Two of them, OAR8_17854216.1 and s42441.1 on chromosome 8 and 9 (-log10P>22, false discovery rate<5.5e-20) and one locus on chromosome 20, s28948.1 (-log10P = 13.46, false discovery rate = 4.1e-11), were close to the markers reported in other breeds concerning daily weight gain, six-month weight, and post-weaning gain. Conclusion: The position of Hungarian Merino among other Merino breeds has been determined. We have described the similarity network of the individuals to be applied in breeding practices and highlighted several markers useful for elevating the daily weight gain of Hungarian Merino.

ESG 보고서의 텍스트 분석을 이용한 ESG 활동 탐색 -중국 상장 제조 기업을 대상으로- (Exploring ESG Activities Using Text Analysis of ESG Reports -A Case of Chinese Listed Manufacturing Companies-)

  • 진웅철;백승익;손유봉;김향단
    • 서비스연구
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    • 제14권2호
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    • pp.18-36
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    • 2024
  • 본 연구는 글로벌 경제 시장에서 중국의 제조 기업들이 동적역량을 기반으로 어떠한 ESG 활동을 수행하고 있으며 그 활동에는 어떠한 차이가 있는가를 분석하였다. 상하이와 선전 증권 거래소 (Shanghai & Shenzhen Stock Exchange)에서 151개 중국 상장 제조 기업들의 ESG 연례 보고서와 상하이 화정 지표 정보 회사(CSI, China Securities Index Company)의 ESG 지표를 데이터로 사용하였다. 연구 분석에는 TensorFlow-BERT 모델과 코사인 유사도를 사용하여 환경, 사회, 지배구조로 구분된 ESG 키워드를 분류하였고 이를 기반으로 다음 세가지의 연구 질문을 구성하였다. 첫번째는 ESG 점수가 높은 기업(TOP-25)과 낮은 기업(BOT-25)을 구분하여 이 기업들 사이의 ESG 활동에는 어떠한 차이가 있는지를 확인하였으며, 두 번째는 ESG 점수가 높은 기업만을 중심으로 10년간(2010~2019년)의 ESG 활동에는 어떠한 변화가 있는지도 확인하였다. 그 결과 ESG 점수가 높은 기업과 낮은 기업간의 ESG 활동에는 유의한 차이를 보였으며, TOP-25기업의 연도별 활동 변화 추적에서는 ESG 활동의 모든 부분에서 차이를 보이지 않은 것으로 나타났다. 세번째 연구에서는 연도별로 작성된 각 항목별 E, S, G 키워드에 대하여 소셜 네트워크 분석을 진행하였다. 동시발생행렬(Co-occurance matrix) 기법을 통해 기업들의 ESG활동을 4사분면 그래프로 시각화하였으며 이를 바탕으로 ESG활동에 대한 향후 방향을 제시하였다.

붉은줄지렁이 (Eisenia andrei) 중장에서 발현되는 chitinase 유전자, EaChi의 동정 및 분자생물학적 특성에 관한 연구 (Identification and molecular characterization of the chitinase gene, EaChi, from the midgut of the earthworm, Eisenia andrei)

  • 탁은식;김대환;이명식;안치현;박순철
    • 유기물자원화
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    • 제18권3호
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    • pp.31-37
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    • 2010
  • Chitinase (EC 3.2.1.14)는 곰팡이와 곤충 등에서 세포벽이나 외골격을 형성하는 생물학적 방어기질의 구성 요소인 chitin의 ${\beta}$-1,4-linkages를 가수분해하는 효소이다. 이러한 chitinase를 포함하는 Glycosyl hydrolases 18 family는 Archea, Prokaryotes 그리고 Eukaryotes에 널리 퍼져 있는 Ancient gene으로 알려져 있다. 그 중, 지렁이는 곰팡이와 세균이 많은 환경에서 자라기 때문에 이러한 미생물들의 공격으로부터 스스로를 보호할 수 있는 면역체계를 가지고 있는 것으로 알려져 왔다. 본 연구에서는, 붉은줄지렁이 (Eisenia andrei)의 중장에서 발현되는 Chitinases의 cDNA 서열을 얻기 위해 기존에 알려져 있던 EST 서열을 가지고 RT-PCR 및 RACE-PCR을 수행하였고 이를 통해 E. andrei의 중장에서 발현되는 Chitinase의 특성을 동정 및 규명하였다. 그 결과 309개의 아미노산을 암호화하는 927개의 염기 서열을 얻을 수 있었으며 다른 종들의 Chitinases와 아미노산 서열을 비교 분석한 결과 지렁이의 Chitinase는 Glycosyl hydrolases 18 family에 속하고, 기질 결합과 촉매 작용에 관여하는 2개의 영역이 잘 보존되어 있는 것으로 나타났다.