• 한국미생물·생명공학회지
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• 제52권2호
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• pp.211-214
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• 2024

This study aimed to confirm the induction of resistance to other drug classes by treating Mycobacterium abscessus with moxifloxacin, a fluoroquinolone used for treating nontuberculous mycobacteria infection, and to obtain genetic data for improving treatment. The reads were assembled and analyzed using reference strain sequence data, and the whole-genome and transcriptome sequences of four strains (MD2, MD4, MD6, and MD8) were reported. Antibiotic resistance was not induced by moxifloxacin treatment; however, transcriptomic analysis revealed that the expression of genes responding to stress was upregulated.

• Genomics & Informatics
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• 제11권4호
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• pp.230-238
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• 2013

Many other human species appeared in evolution in the last 6 million years that have not been able to survive to modern times and are broadly known as archaic humans, as opposed to the extant modern humans. It has always been considered fascinating to compare the modern human genome with that of archaic humans to identify modern human-specific sequence variants and figure out those that made modern humans different from their predecessors or cousin species. Neanderthals are the latest humans to become extinct, and many factors made them the best representatives of archaic humans. Even though a number of comparisons have been made sporadically between Neanderthals and modern humans, mostly following a candidate gene approach, the major breakthrough took place with the sequencing of the Neanderthal genome. The initial genome-wide comparison, based on the first draft of the Neanderthal genome, has generated some interesting inferences regarding variations in functional elements that are not shared by the two species and the debated admixture question. However, there are certain other genetic elements that were not included or included at a smaller scale in those studies, and they should be compared comprehensively to better understand the molecular make-up of modern humans and their phenotypic characteristics. Besides briefly discussing the important outcomes of the comparative analyses made so far between modern humans and Neanderthals, we propose that future comparative studies may include retrotransposons, pseudogenes, and conserved non-coding regions, all of which might have played significant roles during the evolution of modern humans.

• 미생물학회지
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• 제54권1호
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• pp.79-80
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• 2018

본 연구에서는 돼지 축사 근처 하수 오물에서 분리된 그람 음성균이자 항생제 내성을 쉽게 획득하여 병원성을 띄는 균주인 Citrobacter freundii를 host로 하는 박테리오파지의 유전체 분석을 수행하였다. 본 박테리오파지는 G + C 비율이 42.65%이며, 50,339 bp로 구성된 유전체 DNA를 지니고 있었다. 이러한 유전체 DNA에서 89개의 단백질 코딩 유전자가 확인 되었으며, 이 중 55개의 유전자는 BLASTP 분석으로부터 기능을 가지고 있다고 추정되었다. 또한 RNA는 확인되지 않았다.

• 미생물학회지
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• 제53권4호
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• pp.323-325
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• 2017

Pectobacterium carotovorum subsp. actinidiae KKH3는 Enterobacteriaceae에 속하는 세균으로서, 키위 나무에 동고병과 같은 병을 일으키는 병원성 균주이다. 이 균주는 목본에서 분리되었으며 다양한 식물 세포벽 분해 효소를 가지고 있다. 따라서, 본 연구에서 제공하는 유전체 정보는 KKH3 균주의 병원성 기작을 이해하는 것뿐만 아니라 bioconversion 연구를 위한 토대로 활용될 수 있다.

• 미생물학회지
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• 제55권1호
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• pp.83-85
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• 2019

남극 연안 툰드라 토양에서 리그닌 분해능이 있는 Pseudomonas sp. PAMC 29040를 분리하였으며, 이후 토양 유기물의 주요 구성성분인 복합유기화합물 부식질 분해능을 확인하였다. 부식질 초기 저분자화 효소(예, dye-decolorizing peroxidase)와 부식질 유래의 다양한 저분자 분해산물들을 분해하는 효소들(예, vanillate O-demethylase)를 탐색하기 위해 PAMC 29040 게놈 염기서열을 분석하였다. 분석을 통해서 최종 확보한 효소유전자 정보는 저온환경에 서식하는 토양 세균의 부식질 분해경로 제안에 활용될 것이다.

• 대한약학회:학술대회논문집
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• 대한약학회 2002년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2
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• pp.98-114
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• 2002

The completion of the draft sequence of the human genome has provided us with a partial list of known and putative human genes, the total number of which is estimated between 30, 000 and 45, 000 (1, 2). These genes provide many potential targets for drugs, some of which may be useful in stopping the growth of cancers. The development of gene-targeting anticancer drugs could be greatly facilitated by the ability to narrow down the list of human genes to those that are necessary for the growth of tumor cells. (omitted)

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권12호
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• pp.1971-1976
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• 2015

Oceanobacillus kimchii is a member of the genus Oceanobacillus within the family Bacillaceae. Species of the Oceanobacillus possess moderate haloalkaliphilic features and originate from various alkali or salty environments. The haloalkaliphilic characteristics of Oceanobacillus advocate they may have possible uses in biotechnological and industrial applications, such as alkaline enzyme production and biodegradation. This study presents the draft genome sequence of O. kimchii X50^T and its annotation. Furthermore, comparative genomic analysis of O. kimchii X50^T was performed with two previously reported Oceanobacillus genome sequences. The 3,822,411 base-pair genome contains 3,792 protein-coding genes and 80 RNA genes with an average G+C content of 35.18 mol%. The strain carried 67 and 13 predicted genes annotated with transport system and osmoregulation, respectively, which support the tolerance phenotype of the strain in high-alkali and high-salt environments.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제42권4호
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• pp.342-349
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• 2015

키위는 세계적으로 1970년대 이후 상업화되어 최근 재배가 급속히 확대되고 있는 신종 과수이며, 국내에서도 재배와 소비량이 급격히 증가하고 있다. 키위는 자웅이주 낙엽성 덩굴 식물로 과피에 털이 있고 과육색이 다양한 특성을 가지고 있으며 배수성도 다양하나, 산업적인 품종 구성은 매우 단순하다. 독특한 식물적 특성에 기인한 진화 및 생물학적 관점은 물론 다양한 품종의 효율적 개발의 요구에 따라 최근 유전체 해석 및 활용 연구가 활발히 진행되고 있다. 키위 유전체 draft 서열과 엽록체 서열이 Illumina HiSeq 기반으로 각각 2013년과 2015년에 해독 되었으며 gene annotation 연구가 계속적으로 진행되고 있다. 과거 ESTs 기반의 전사체 분석에서 최근 RNA-seq 기반의 전사체 분석으로 전환되어 과일의 아스코르브산 생합성, 과육색 발현 및 성숙, 그리고 나무의 궤양병 저항성 관련 유전적 발현조절과 유전자 발굴 연구가 중점적으로 진행되고 있다. 전통육종의 효율을 증대하기 위한 분자표지 개발 및 유전자지도 작성에 있어서는 이전의 RFLP, RAPD, AFLP 기반의 연구에서 벗어나 NGS 기반의 유전체 및 전사체 정보의 해독에 의한 SSR 및 SNP 기반의 농업적으로 중요한 형질연관 분자마커 개발 및 고밀도 유전자지도 작성이 연구되고 있다. 그러나 국내 연구는 아직 제한적인 수준에서 진행되고 있다. 향후 키위 유전체 및 전사체 분석 연구는 가까운 장래에 실질적으로 분자육종에 적용될 것으로 전망된다.

• 미생물학회지
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• 제53권4호
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• pp.347-350
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• 2017

그람 음성이며 막대모양의 Sphingobacteriaceae bacterium SH-48은 삼척 소한천에서 분리하였다. SH-48에 대한 유전체 분석을 실시하였으며, G + C 비율이 38.4%인 5,650,162 bp 크기의 염기서열을 얻었다. 유전체 특징은 카로티노이드 생합성 유전자인 crt 유전자 클러스터를 보유하고 있어 균주의 잠재적 중요성을 보여준다. 이러한 유전체 정보는 카로티노이드 생합성 경로에 대한 새로운 정보를 제공한다.

• 산업기술연구
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• 제37권1호
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• pp.16-20
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• 2017

A new putative laccase gene (soncotA) which show 78% homology with that from Bacillus licheniformis (liccotA) was isolated from draft genome sequence of Bacillus sonorensis KCTC 13918. A 1,545 bp of PCR product corresponding 514 amino acids was cloned into NdeI-NotI site of pET21c and expressed as soluble form in E. coli. About 59 kDa size of recombinant laccase was purified into homogenity by Ni-NTA column and laccase activity was confirmed by zymography. The enzymatic properties of recombinant laccase were characterized. The specific activity of B. sonorensis laccase was 0.033 fold lower than that of Bacillus licheniformis laccase. The finding of new laccase gene broadened the enzymatic diversity of Bacillus species laccases.