• 한국미생물·생명공학회지
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• 제35권2호
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• pp.104-111
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• 2007

본 연구에서는 단일 탄소원과 질소원으로 aniline을 이용하는 것으로 보고된 바 있는 Bukholderia sp. HY1과 Deiftia sp. HY99로부터 aniline의 첫 번째 분해 단계에 관련된 aniline dioxygenas의 위치를 확인하고 그 유전자를 클로닝하여 아미노산 서열을 결정하고 비교하였다. 한 개 이상의 플라스미드 DNA를 포함하고 있을 것으로 조사된 B.a sp. HY1에서 유래된 플라스미드의 curing 실험을 통해, B. sp. HY1의 aniline oxygenase는 플라스미드가 아닌 염색체 DNA에 존재하는 것으로 확인되었다. B. sp. HY1과 D. sp. HY99에서 유래된 aniline dioxygenase small subunit는 146개 아미노산을 기준으로 약 79%의 상동성을 보였다. 특히, B. sp. HY1으로부터 얻어진 ado2는 aniline dioxygenase small subunit의 terminal dioxygenase에 속하는 것으로 Frateuria sp. ANA-18의 tdnA2와 99%, 그리고 Delftia sp. HY99의 ado2는 Delftia sp. AN3의 danA2와 99% 이상의 아미노산 상동성을 나타내었다. 또한 본 연구에서 두 균주에서 얻어진 catechol oxygenase의 아미노산 서열분석을 통해 B. sp. HY1은 catechol 1,2-dioxygenase에 의해 ortho pathway를 D. sp. HY99는 catechol 2,3-dioxygenase에 의해 meta pathway를 운영할 것이라는 이전 보고를 강력하게 뒷받침해 주었다.

• Archives of Pharmacal Research
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• 제27권12호
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• pp.1263-1269
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• 2004

The objective of this study was to characterize immunoliposomes carrying plasmid DNA with optimal encapsulation efficiency and antibody density. Plasmid DNA was encapsulated by the freezing/thawing method into liposomes composed of POPC (1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycerol- 3-phosphocholine), DDAB (didodecyl dimethyl ammonium bromide), DSPE-PEG 2000 (distearoyl phosphatidyl ethanolamine polyethylene glycol 2000) and DSPE-PEG 2000-maleimide. The liposomes carrying plasmid DNA were extruded through two stacked polycarbonate filters, of different pore size, to control the liposome size. Then, rat IgG molecules were conjugated to the liposomes. The immunoliposomes containing plasmid DNA were separated from the free plasmid DNA and unconjugated IgG by Sepharose CL-4B column chromatography. The DNA amount encapsulated was affected by DDAB (cationic lipid) concentration, the initial amount of plasmid DNA between 10 ${\mu}g$ and 200 ${\mu}g$, the total lipid amount and plasmid DNA size, but not significantly by liposome size. By varying the ratio of DSPE-PEG 2000-maleimide to IgG, the number of IgG molecules per liposome was changed significantly.

• 한국응용곤충학회지
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• 제35권4호
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• pp.315-320
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• 1996

Drosophila의 actin 5C 유전자 promoter에 쥐의 DNA polymerase $\beta$cDNA를 도입시킨 형질전환 초파리가 고감수성 환경성 변이원 검출계로 사용할 수 있는지를 조사하였다. 체세포 염색체 재조환과 체세포 염색체 돌연변이의 검출을 위해서는 geterozygous(mwh/+) 계통을 사용하였다. 염색체상의 결실이나 비분리 등에 의한 small mwh spot의 자연 발생적 빈도는 non-transgenic w 계통과 transgenic p[pol $\beta$]-130 계통에서 각각 0.351 및 0.606 정도였다. 체세포 염색체 재조환에 의한 large mwh spot의 자연 발생적 빈도의 경우는 transgenic p[pol $\beta$]-130 계통(0.063)이 non-transgenic w 계통(0.021)에 비해 약 3배 정도 높게 나타났다. IQ, Glu-P-1 및 {TEX}$AFB_{1}${/TEX} 등의 돌연변이원의 처리에 의한 경우, 두 종류의 mutant clone의 발생 빈도는 쥐의 DNA polymerase $\beta$가 도입된 transgenic p[pol $\beta$]-130 계통이 non-transgenic w 계통에 비하여 모두 약 2-3배 정도 높게 나타났다. 본 연구의 결과는 쥐의 DNA polymerase $\beta$가 최소한 체세포 염색체 돌연변이 유발이나 체세포 염색체 재조환의 생성 과정에 관여함을 의미하며, 형질전환 초파리 계통이 환경성 변이원 검출계로서 충분한 응용가능성이 있음을 보여 주었다.

• ALGAE
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• 제29권2호
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• pp.75-99
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• 2014

A small dinoflagellate, Ansanella granifera gen. et sp. nov., was isolated from estuarine and marine waters, and examined by light microscopy, scanning electron microscopy, and transmission electron microscopy. In addition, the identity of the sequences (3,663-bp product) of the small subunit (SSU), internal transcribed spacer (ITS) region (ITS1, 5.8S, ITS2), and D1-D3 large subunit (LSU) rDNA were determined. This newly isolated, thin-walled dinoflagellate has a type E eyespot and a single elongated apical vesicle, and it is closely related to species belonging to the family Suessiaceae. A. granifera has 10-14 horizontal rows of amphiesmal vesicles, comparable to Biecheleria spp. and Biecheleriopsis adriatica, but greater in number than in other species of the family Suessiaceae. Unlike Biecheleria spp. and B. adriatica, A. granifera has grana-like thylakoids. Further, A. granifera lacks a nuclear fibrous connective, which is present in B. adriatica. B. adriatica and A. granifera also show a morphological difference in the shape of the margin of the cingulum. In A. granifera, the cingular margin formed a zigzag line, and in B. adriatica a straight line, especially on the dorsal side of the cell. The episome is conical with a round apex, whereas the hyposome is trapezoidal. Cells growing photosynthetically are $10.0-15.0{\mu}m$ long and $8.5-12.4{\mu}m$ wide. The cingulum is descending, the two ends displaced about its own width. Cells of A. granifera contain 5-8 peripheral chloroplasts, stalked pyrenoids, and a pusule system, but lack nuclear envelope chambers, a nuclear fibrous connective, lamellar body, rhizocysts, and a peduncle. The main accessory pigment is peridinin. The SSU, ITS regions, and D1-D3 LSU rDNA sequences differ by 1.2-7.4%, >8.8%, and >2.5%, respectively, from those of the other known genera in the order Suessiales. Moreover, the SSU rDNA sequence differed by 1-2% from that of the three most closely related species, Polarella glacialis, Pelagodinium bei, and Protodinium simplex. In addition, the ITS1-5.8S-ITS2 rDNA sequence differed by 16-19% from that of the three most closely related species, Gymnodinium corii, Pr. simplex, and Pel. bei, and the LSU rDNA sequence differed by 3-4% from that of the three most closely related species, Protodinium sp. CCMP419, B. adriatica, and Gymnodinium sp. CCMP425. A. granifera had a 51-base pair fragment in domain D2 of the large subunit of ribosomal DNA, which is absent in the genus Biecheleria. In the phylogenetic tree based on the SSU and LSU sequences, A. granifera is located in the large clade of the family Suessiaceae, but it forms an independent clade.

• 미생물학회지
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• 제54권4호
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• pp.343-353
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• 2018

이전 연구에서 우리는 RDX (hexahydro-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazine) 분해세균 Pseudomonas sp. HK-6에서 xenobiotic reductase B를 암호화하는 xenB 유전자의 돌연변이 균주를 이용하여 RDX 스트레스에 대한 xenB 유전자의 역할에 관하여 연구를 보고하였다[Lee et al. (2015) Curr. Microbiol. 70(1): 119-127]. 본 연구에서는 Pseudomonas sp. HK-6 xenA 돌연변이 균주로 연구 범위를 확대하여 RDX 스트레스 조건에서 세포반응과 프로테옴 프로필의 변화를 분석하였다. RDX 첨가 배지에서 xenA 돌연변이 균주는 야생균주와 비교하여 RDX를 약 2배 정도 느리게 분해하였으며, RDX 스트레스 하에서 xenA 돌연변이 균주의 생장률과 생존율은 야생균주와 비교하여 낮았다. RDX 스트레스에 의한 심한 형태적 손상이 xenA 돌연변이 균주의 세포 표면에 발생하는 것이 주사전자현미경을 통해서 확인되었다. RDX 스트레스 하에서 야생균주에서 발현된 충격단백질인 DnaK 및 GroEL의 양은 배양 초기 혹은 상대적으로 낮은 RDX 농도에서는 증가하였으나, 배양시간이 길어지거나 높은 RDX 농도에서는 다소 감소하였다. 그러나 xenA 돌연변이 균주에서는 DnaK와 GroEL의 발현양은 RDX 농도가 증가함에 따라 점차 감소되었다. RT-qPCR에 의해 측정된 야생균주에서 dnaA와 groEL의 전사 수준은 RDX 스트레스가 증가된 상태에서 잘 유지되었으나, xenA 돌연변이 균주에서는 점차 감소되어 결국에는 소멸되었다. RDX 스트레스에서 xenA의 돌연변이에 의한 프로테옴 프로필의 변화를 2-DE PAGE를 통해서 관찰한 결과에 따르면 27개 단백질이 감소하고 3개가 증가한 것으로 나타났다. 이들 결과로 보아, 정상적인 xenA 유전자는 RDX 스트레스 하에서 세포의 온전한 형태 유지와 효율적인 RDX 분해 과정을 수행하기 위해서 필요하다는 것을 의미하였다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제24권2호
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• pp.159-163
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• 2008

Accurate identification of pine wood nematode, Bursaphelenchus xylophilus is a prerequisite to diagnose the pine wilt disease. However, a fungivorous nematode, B. mucronatus is highly similar to B. xylophilus and it is difficult to differentiate these two species by morphological features. A molecular diagnosis method, ITSRFLP was applied for the identification of B. xylophilus and B. mucronatus from Korea. Genomic DNA was extracted from a single individual nematode and ITS DNA was amplified by PCR. The size of PCR product was approximately 900bp and the sequence data were obtained after cloning. Amplified ITS was digested by 5 different restriction enzymes (Rsa I, Hae III, Msp I, Hinf I, and Alu I) and provided a discriminatory profile for B. xylophilus and B. mucronatus. Besides, B. mucro- natus was determined to have 2 different genotypes, East Asian type and European type also clearly separated by Rsa I and Hae III digestion. European type of B. mucronatus is recently collected from Pinus koraiensis and has not been reported before. ITS sequnce data were analyzed by Restriction Mapper program and the result supported ITS-RFLP pattern. These data indicated that PCRRFLP method is an accurate and simple way for identification of Bursaphelenchus species.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권3호
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• pp.391-398
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• 2006

$NF-{\kappa}B$ is a transcription factor involved in the innate immunity against bacterial infection and inflammation. It is also known to render cells resistant to the apoptosis caused by some anticancer drugs. Such a chemoresistance of cancer cells may be related to the activation of $NF-{\kappa}B$ transcription factor; however, the mechanism of activation is not well understood. Here, we demonstrate that a chemotherapeutic agent, etoposide, independently stimulates the $I{\kappa}B{\alpha}$ degradation pathway and PI3-kinase/Akt signaling pathway: The classical $I{\kappa}B{\alpha}$ degradation pathway leads to the nuclear translocation and DNA binding of p65 subunit through $IKK{\beta}$ kinase, whereas the PI3-kinase/Akt pathway plays a distinct role in activating this transcription factor. The PI3-kinase/Akt pathway acts on the p50 subunit of the $NF-{\kappa}B$ transcription factor and enhances the DNA binding affinity of the p50 protein. It may also explain the role of the PI3-kinase/Akt pathway in the anti-apoptotic function of $NF-{\kappa}B$ during chemoresistance of cancer cells.

• Nutrition Research and Practice
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• 제3권2호
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• pp.122-127
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• 2009

Folate is generally considered as a safe water-soluble vitamin for supplementation. However, we do not have enough information to confirm the potential effects and safety of folate supplementation and the interaction with vitamin $B_{12}$ deficiency. It has been hypothesized that a greater methyl group supply could lead to compensation for vitamin $B_{12}$ deficiency. On this basis, the present study was conducted to examine the effects of high-dose folic acid (FA) supplementation on biomarkers involved in the methionine cycle in vitamin $B_{12}$-deficient rats. Sprague-Dawley rats were fed diets containing either 0 or $100{\mu}g$ (daily dietary requirement) vitamin $B_{12}/kg$ diet with either 2 mg (daily dietary requirement) or 100 mg FA/kg diet for six weeks. Vitamin $B_{12}$-deficiency resulted in increased plasma homocysteine (p<0.01), which was normalized by dietary supplementation of high-dose FA (p<0.01). However, FA supplementation and vitamin $B_{12}$ deficiency did not alter hepatic and brain S-adenosylmethionine (SAM) and S-adenosylhomocysteine (SAH) concentrations and hepatic DNA methylation. These results indicated that supplementation of high-dose FA improved homocysteinemia in vitamin $B_{12}$-deficiency but did not change SAM and SAH, the main biomarkers of methylating reaction.

• 한국식품과학회지
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• 제25권1호
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• pp.46-51
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• 1993

본 연구는 2가철-아스코르빈산착체(Fe-Asc)에 의한 파아지 불활화에 있어서 Fe-Asc의 작용부위에 관해 연구하여 다음과 같은 결과를 얻었다. Fe-Asc의 단백질에 대한 작용에 관하여 우혈청알부민과 J1파아지의 구조단백질을 사용하여 검토한 결과 Fe-Asc의 처리구와 미처리구에 있어서 SDS-폴리아크릴아미드 겔 전기영동패턴, 아미노산 조성 및 자외선 스펙트럼에 변화는 보이지 않았다. 이에 대하여 Fe-Asc를 pUC18 DNA, M13mp8, ${\lambda}$ DNA 및 J1 파아지의 DNA에 작용시키면 아가로오스겔 전기영동패턴에 변화가 보여 사슬절단이 확인되었다. pUC18 DNA는 Fe-Asc와 반응시 먼저 수퍼코일형의 두가닥사슬 DNA의 한쪽 가닥에 절단이 일어나 개환형으로 되고 잇따라 두 가닥 사슬절단이 일어나 선형으로 되어 저분자화하는 것이 확인되었다. 이상의 결과로부터 Fe-Asc에 의한 파아지 불활화는 파아지 DNA의 손상에 기인한다고 생각된다.

• 미생물학회지
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• 제34권3호
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• pp.120-125
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• 1998

pNPG는 염색체 1번의 동원체 왼편에 위치하는 npgA1을 상보할 수 있는 genomic DNA를 포함하는 플라스미드인데 Aspergillus nidulans의 형질전환율을 현저히 증가시키는 특징을 보여주었다. 이 플라스미드로 형질전환시켰을 때 $Trp^+$형질전환체 모두가 $Npg^+$이었고 이들 중에 불완전 형질전환체는 전혀 형성되지 않았다. pNPG를 제한효소 PstI으로 절단하여 얻어진 10.4 kb 절편내에 형질전환율을 증가시키는 DNA서열이 존재함을 확인하고 pILJ16의 PstI site에 재조합하여 pKJH10.4라 명명하였다. pKJH10.4에 의한 A. nidulans의 형질전환율은 pILJ16 보다 대략 200배 이상 증가하였다. pKJH10.4에 의한 형질전환체를 비선택적 조건에서 배양하였을 때 $Arg^+$무성생식포자의 약 80%이상이 $Arg^-$로 복귀됨으로써 플라스미드가 매우 불안정함을 보여주었다. argB2 지표와 다른 종류의 연관된 유전자 지표를 지니는 플라스미드로 형질전환하였을 경우 비선택적 조건에서 argB2 지표가 결손될 때 연관된 다른 지표도 항상 함께 결손되는 현상을 보여주었다. 이 결과는 이 플라스미드에 의한 형질전환체의 불안정성이 염색체로 삽입되었다가 절제되어 나오기 때문이기보다는 염색체 밖에서 자가 복제하기 때문임을 시사한다. 형질전환율을 증가시키는 최소한의 DNA절편은 EcoRI-HaeIII 4.9 kb 절편이었으며 PvuII-EcoRI 2.2 kb 절편은 플라스미드의 불안정성과 관련이 있었다. 이러한 결과들을 종합해 볼 때 형질전환율을 증가시키는 새로운 DNA 서열의 특성이 ANS1 보다는 AMA1과 유사하였으므로 AMA2라 명명하였다.