• 제목/요약/키워드: Disease biomarker

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국가 감염병 공동R&D전략 수립을 위한 분류체계 및 정보서비스에 대한 연구: 해외 코로나바이러스 R&D과제의 분류모델을 중심으로 (The Classification System and Information Service for Establishing a National Collaborative R&D Strategy in Infectious Diseases: Focusing on the Classification Model for Overseas Coronavirus R&D Projects)

  • 이도연;이재성;전승표;김근환
    • 지능정보연구
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    • 제26권3호
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    • pp.127-147
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    • 2020
  • 세계는 신형 코로나바이러스 감염증(COVID-19)으로 수 많은 인명 피해와 경제적 손실을 기록하고 있는 상황이다. 우리나라 정부는 연구개발(Research & Development)을 통해 국가 감염병 위기를 극복하려는 전략을 수립하고 실행하기 위한 투자방향을 수립하였다. 기존 기술분류나 과학기술 표준분류에 따른 통계를 활용하면 특정 R&D 분야의 특이점 및 변화를 발견하기 어렵다는 한계가 존재해왔다. 최근 우리나라 감염병 연구개발 과제를 대상으로 수요자의 목적에 맞게 분류체계를 수립하고 연구비 비교 분석을 통해 투자가 요구되는 연구 분야를 제시하는 연구들이 진행되었다. 하지만 현재 국가 보건 안보와 신성장 산업육성이라는 목표를 달성하기 위한 실행방안으로 요구되고 있는 전염병 연구분야의 국가간 협력전략 수립에 필요한 정보를 체계적으로 제공하고 있지 못한 상황이다. 따라서 국가 공동 연구개발 전략 수립을 위한 분류체계와 분류모델기반의 정보서비스에 대한 연구가 요구되고 있다. 우선 감염병관련 NTIS 과제데이터를 기반으로 정성분석을 통해 7개의 분류체계를 도출하였다. 스코퍼스(Scopus) 데이터와 양방향 RNN모델을 사용하여, 분류체계 모델을 학습시켰다. 최종적인 모델의 분류 성능은 90%이상의 높은 정확도와 강건성을 확보하였다. 실증연구를 위해 주요 국가의 코로나바이러스 연구개발 과제를 대상으로 전염병 분류체계를 적용하였다. 주요 국가의 감염병(코로나바이러스) 연구개발 과제를 분류체계별로 분석한 결과, 세계적으로 유행하는 바이러스의 예상치 못한 창궐이 확산되는 속도에 비해 백신과 치료제 개발이 제대로 이뤄지지 않는 원인의 배경을 간접적으로 확인할 수 있었다. 국가별 비교분석을 통해 미국과 일본은 상대적으로 모든 영역에 골고루 연구개발 투자를 하고 있는 것으로 나타난 반면, 유럽은 상대적으로 특정 연구분야에 많은 투자를 하는 집중화 전략을 취하는 것으로 나타났다. 동시에 주요 국가의 코로나 바이러스 주요 연구조직에 대한 정보를 분류체계별로 제공하여 국제 공동R&D 전략의 기초정보를 제공하였다. 본 연구 결과를 통해 세 가지 정책적 의미를 도출할 수 있다. 첫째, 데이터기반 과학기술정책 관점에서 수요자 관심분야에 대한 국가 R&D사업의 정보를 글로벌 기준으로 문서를 분류하는 방안을 제시하였다. 둘째, 감염병관련 국가 R&D사업 영역에 대한 정보분석 서비스 기획의 기반을 마련하였다. 마지막으로 국가 감염병 R&D 분류체계 수립을 통해 분류 체계의 궁극적 목표인 산업, 기업, 정책 정보를 제공할 수 있는 기반을 마련한 것이다.

월경주기에 따른 치은열구액 내 염증지표의 변화: 예비 연구 (Influence of Menstrual Cycle on Inflammatory Markers in Gingival Crevicular Fluid : Pilot Study)

  • 박후섭;황수정;조민정;김도경;양선연
    • 치위생과학회지
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    • 제12권1호
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    • pp.71-77
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    • 2012
  • 본 연구는 월경주기에 따른 치주조직의 변화에 관한 예비연구로, 건강한 치주조직을 가지고 있고 월경주기가 일정한 20대 여성 7명과 남성 3명을 대상으로 4주간 8회 추구조사를 하였다. 시진상 치주조직의 상태는 건강하므로 치은열구액 내 바이오마커의 변화를 기준 변수로 하여, 상악전치부 치은열구액 내 MMP-9과 MMP-8, IL-$1{\beta}$의 농도를 측정하여 비모수 검정방법으로 분석하였다. 그 결과, 1. 여성대상자에서 월경시기, 배란추정시기에 각 염증지표들이 상승하는 추세를 보였으나 변화정도는 유의하지 않았다. 2. 성별에 따른 각 염증지표들의 차이는 유의하지 않았으며, MMP-9, MMP-8의 농도는 차이가 없었으나 IL-$1{\beta}$의 농도가 남성에서 유의하게 높았다(p=0.03). 3. 검사시점별 각 염증지표들의 상관관계는 강하거나 상당한 강한 양적 선형관계를 나타내었고 배란추정 시기와 월경시기에 상관계수가 더 높게 나타났다. 4. MMP-8과 IL-$1{\beta}$의 관계는 모든 검사시점에서 유의하였으나 MMP-9의 경우, MMP-8과 IL-$1{\beta}$의 상관관계가 유의하지 않은 시점도 있었다. 따라서, 여성대상자도 월경주기에 따른 변화정도가 남성대상자와 유의한 차이가 없으므로 치주병 위험요인에 따른 치주조직 변화의 추구조사에 참여할 수 있는 근거가 마련되었다. 또한 검사지표 중에 MMP-8이 모든 시점에서 다른 지표와 유의하고 강한 상관관계를 나타내어 대표 바이오마커로 적합할 것으로 사료되었다.

Serum Gastrin and the Pepsinogen I/II Ratio as Markers for Diagnosis of Premalignant Gastric Lesions

  • Shafaghi, Afshin;Mansour-Ghanaei, Fariborz;Joukar, Farahnaz;Sharafkhah, Maryam;Mesbah, Alireza;Askari, Kurosh;Geranmayeh, Siamak;Mehrvarz, Alireza;Souti, Fatemeh;Sokhanvar, Homayoon;Fakhrieh, Saba;Aminian, Keyvan;Yousefi-Mashhour, Mahmud;Khosh-Sorur, Mahmud;Rasoulian, Javid
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제14권6호
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    • pp.3931-3936
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    • 2013
  • Background: Iran is a country with very high incidences of stomach cancer, especially in Northern parts. Here we assessed prognostic value of serum screening biomarkers among people >50 years old for early detection of precancerous lesions in a hot spot for gastric carcinoma in Guilan Province, North Iran. Methods: A cross-sectional population-based survey was conducted on 1,390 residents of Lashtenasha city with the mean age (SD) of 61.8 (9.02) years old (50.8% females) to assess the association of gastrin and the pepsinogen (PG) I/II ratio with premalignant gastric lesions. Blood samples were taken for CBC, blood group, and serologic exams (PGI, PGII, and gastrin 17) from each subject. Expert gastroenterologists performed upper GI endoscopy and ROC curves were generated to determine appropriate cutoff points. Results: Mean values of PGI, PGII, PGI/PGII and gastrin were significantly different between patients with and without atrophy or metaplasia (P<0.05). To diagnose atrophy and intestinal metaplasia, a significantly higher AUC was observed for the PGI/PGII ratio (70 and 72%, respectively) compared to the PGI (56, 55%), PGII (63, 64%) and gastrin (59, 61%) (all p<0.001). Conclusions: Biomarker tests such as the PGI/II ratio can be used in the screening and diagnosis of subjects at high gastric cancer risk in our region.

Prognostic Role of Hepatoma-derived Growth Factor in Solid Tumors of Eastern Asia: a Systematic Review and Meta-Analysis

  • Bao, Ci-Hang;Liu, Kun;Wang, Xin-Tong;Ma, Wei;Wang, Jian-Bo;Wang, Cong;Jia, Yi-Bin;Wang, Na-Na;Tan, Bing-Xu;Song, Qing-Xu;Cheng, Yu-Feng
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권5호
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    • pp.1803-1811
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    • 2015
  • Hepatoma-derived growth factor (HDGF) is a novel jack-of-all-trades in cancer. Here we quantify the prognostic impact of this biomarker and assess how consistent is its expression in solid tumors. A comprehensive search strategy was used to search relevant literature updated on October 3, 2014 in PubMed, EMBASE and WEB of Science. Correlations between HDGF expression and clinicopathological features or cancer prognosis was analyzed. All pooled HRs or ORs were derived from random-effects models. Twenty-six studies, primarily in Eastern Asia, covering 2,803 patients were included in the analysis, all of them published during the past decade. We found that HDGF overexpression was significantly associated with overall survival (OS) ($HR_{OS}=2.35$, 95%CI=2.04-2.71, p<0.001) and disease free survival (DFS) ($HR_{DFS}=2.25$, 95%CI =1.81-2.79, p<0.001) in solid tumors, especially in non-small cell lung cancer, hepatocellular carcinoma and cholangiocarcinoma (CCA). Moreover, multivariate survival analysis showed that HDGF overexpression was an independent predictor of poor prognosis ($HR_{OS}=2.41$, 95%CI: 2.02-2.81, p<0.001; $HR_{DFS}=2.39$, 95%CI: 1.77-3.24, p<0.001). In addition, HDGF overexpression was significantly associated with tumor category (T3-4 versus T1-2, OR=2.12, 95%CI: 1.17-3.83, p=0.013) and lymph node status (N+ versus N-, OR=2.37, 95%CI: 1.31-4.29, p=0.03) in CCA. This study provides a comprehensive examination of the literature available on the association of HDGF overexpression with OS, DFS and some clinicopathological features in solid tumors. Meta-analysis results provide evidence that HDGF may be a new indicator of poor cancer prognosis. Considering the limitations of the eligible studies, other large-scale prospective trials must be conducted to clarify the prognostic value of HDGF in predicting cancer survival.

MiR-204 acts as a potential therapeutic target in acute myeloid leukemia by increasing BIRC6-mediated apoptosis

  • Wang, Zhiguo;Luo, Hong;Fang, Zehui;Fan, Yanling;Liu, Xiaojuan;Zhang, Yujing;Rui, Shuping;Chen, Yafeng;Hong, Luojia;Gao, Jincheng;Zhang, Mei
    • BMB Reports
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    • 제51권9호
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    • pp.444-449
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    • 2018
  • Acute myeloid leukemia (AML) is one of the most common hematological malignancies all around the world. MicroRNAs have been determined to contribute various cancers initiation and progression, including AML. Although microRNA-204 (miR-204) exerts anti-tumor effects in several kinds of cancers, its function in AML remains unknown. In the present study, we assessed miR-204 expression in AML blood samples and cell lines. We also investigated the effects of miR-204 on cellular function of AML cells and the underlying mechanisms of the action of miR-204. Our results showed that miR-204 expression was significantly downregulated in AML tissues and cell lines. In addition, overexpression of miR-204 induced growth inhibition and apoptosis in AML cells, including AML5, HL-60, Kasumi-1 and U937 cells. Cell cycle analysis further confirmed an augmentation in theapoptotic subG1 population by miR-204 overexpression. Mechanistically, baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat containing 6 (BIRC6) was identified as a direct target of miR-204. Enforcing miR-204 expression increased the luciferase activity and expression of BIRC6, as well as p53 and Bax expression. Moreover, restoration of BIRC6 reversed the pro-apoptotic effects of miR-204 overexpression in AML cells. Taken together, this study demonstrates that miR-204 causes AML cell apoptosis by targeting BIRC6, suggesting miR-204 may play an anti-carcinogenic role in AML and function as a novel biomarker and therapeutic target for the treatment of this disease.

사람 핵DNA로부터 FosB 유전자 프로모터 클로닝 및 활성도 분석 (Cloning and Activity Analysis of the FosB Promoter Region from Human Genomic DNA)

  • 나한흠;강윤성;김근철
    • 생명과학회지
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    • 제27권8호
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    • pp.857-863
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    • 2017
  • FosB (FBJ murine osteosarcoma viral oncogene homolog B) 유전자는 사람의 19번 염색체에 위치하고 있으며 약 43 KD의 단백질을 코딩하며, 발생 및 분화과정, 개체 유지, 발병 진행 등을 조절한다고 알려져 왔다. 본 연구에서는 바이오 마커 등의 가능성이 있다고 보고된 FosB 유전자의 프로모터를 클로닝하여 활성도를 분석하고자 하였다. FosB genomic DNA 서열을 확인한 결과, TSS upstream 방향의 약 1 Kb 안쪽 부위에 FosB 유전자 발현을 위한 중요한 요소들이 있을 것으로 추정하였고, 따라서 FosB genomic DNA의 upstream -1,555 부위부터 exon 1의 +73까지 부위에 대한 PCR 증폭을 수행하였다. 또한 클로닝 성공을 높이기 위하여 일차로 $TA-1^{st}FosBp$ plasmid를 얻은 후, 다시 $TA-1^{st}FosBp$ plasmid를 template로 Kpn1과 Nhe1 제한 효소 절단부위를 프라이머에 삽입한 후 제작하여 2차 PCR을 수행하였으며, $TA-2^{nd}FosBp$ 플라스미드를 제작한 후 제한 효소로 절단하여 pGL3-luc vector로 subcloning하였다. 제작된 pGL3-FosBp-luc를 이용하여 항암제에 대한 활성도를 분석하고자 A549 사람 폐암세포주에 pGL3-FosBp-luc 플라스미드를 transfection 한 후 luciferase 활성도 분석을 수행하였다. Luciferase 활성도 증가는 doxorubicin, taxol 등을 처리한 후 단백질 발현 양상과 비교 하였을 때도 일치되는 결과를 얻을 수 있었다. 그러므로 FosB프로모터 클로닝은 향후 유전자 발현 연구, 마커분석 등에 유용할 것으로 사료된다.

C-reactive Protein Concentration Is Associated With a Higher Risk of Mortality in a Rural Korean Population

  • Lee, Jung Hyun;Yeom, Hyungseon;Kim, Hyeon Chang;Suh, Il;Kim, Mi Kyung;Shin, Min-Ho;Shin, Dong Hoon;Koh, Sang-Baek;Ahn, Song Vogue;Lee, Tae-Yong;Ryu, So Yeon;Song, Jae-Sok;Choe, Hong-Soon;Lee, Young-Hoon;Choi, Bo Youl
    • Journal of Preventive Medicine and Public Health
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    • 제49권5호
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    • pp.275-287
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    • 2016
  • Objectives: C-reactive protein (CRP), an inflammatory biomarker, has been widely used as a preclinical marker predictive of morbidity and mortality. Although many studies have reported a positive association between CRP and mortality, uncertainty still remains about this association in various populations, especially in rural Korea. Methods: A total of 23 233 middle-aged participants (8862 men and 14 371 women) who were free from cardiovascular disease, cancer, and acute inflammation (defined by a CRP level ${\geq}10mg/L$) were drawn from 11 rural communities in Korea between 2005 and 2011. Blood CRP concentration was analyzed as a categorical variable (low: 0.0-0.9 mg/L; intermediate: 1.0-3.0 mg/L; high: 3.1-9.9 mg/L) as well as a continuous variable. Each participant's vital status through December 2013 was confirmed by death statistics from the National Statistical Office. Cox proportional hazard models were used to assess the independent association between CRP and mortality after adjusting for other risk factors. Results: The total quantity of observed person-years was 57 975 for men and 95 146 for women, and the number of deaths was 649 among men and 367 among women. Compared to the low-CRP group, the adjusted hazard ratio for all-cause mortality of the intermediate group was 1.17 (95% confidence interval [CI], 0.98 to 1.40) for men and 1.27 (95% CI, 1.01 to 1.61) for women, and the corresponding values for the high-CRP group were 1.98 (95% CI, 1.61 to 2.42) for men and 1.41 (95% CI, 1.03 to 1.95) for women. Similar trends were found for CRP evaluated as a continuous variable and for cardiovascular mortality. Conclusions: Higher CRP concentrations were associated with higher mortality in a rural Korean population, and this association was more prominent in men than in women.

담석증 환자의 식생활양식 및 영양 실태 조사 (A Descriptive Study of Gall Stone Patient's Dietary Habits and Nutritional Status)

  • 김은정;이영미
    • 대한지역사회영양학회지
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    • 제12권6호
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    • pp.826-837
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    • 2007
  • Gallstone composition has changed over the past decades in the Korean with a prominent increase in the prevalence of cholesterol gallstone. This trend is possibly due to the westernization of dietary habits. The purpose of this study was descriptive of GB patient's health related eating behaviors and nutrient consumption patterns. One hundred and six gallstone patients who have had cholecystitis surgery enrolled in this study. Anthropomertic indices, such as height, weight, waist circumference, and hip circumference were measured and calculated BMI and WHR. As the biomarker, TC, TG, LDL-C, HDL-C, FBG level and SBP/DBP were measured and analyzed the relationship with GB stone formation. The structured checklist of health related eating behavior and the semiquantitative food frequency questionnaire after pre-test was used in the face to face interview study. The mean age was $54.9{\pm}13.3$ and gallstone disease was more frequent in the fifties and sixties. Mean BMI was $24.3{\pm}2.8$ in males, and $23.4{\pm}3.9$ in females, the average of waist circumference was $91.1{\pm}7.0cm$ in males and females were $85.4{\pm}9.6cm$. The WHR of men and women was $0.93{\pm}0.0,\;0.90{\pm}0.1$, respectively. The obesity and overweight trend was observed in gallstone patients. The mean blood sugar was researched at $114.5{\pm}35.0mg/dL$. And the ratio of both symptoms DM and gallstone was 26.4%. The rate of dramatic eating repast was significantly higher in the females (p<0.01). Males tended to more frequently consume meat, of high fat content meats and greasy food consumption when eating out. The CPF ratio was 57:16.5:26.5. There was a significant positive correlation between WC and energy (r=0.252, p<0.05), carbohydrate (r=0.255, p<0.05) and niacin (r=0.227, p<0.05). In addition, carbohydrate were significantly correlatied with TC (r=0.230, p<0.05). BMI appeared positive in correlation of protein (r=0.201, p<0.05) and fat (r=0.205, p<0.05). These findings provide a little association that dietary habits are related with cholesterol gallstone formation.

국내 생강 에센셜오일이 만성 스트레스로 교감신경이 항진된 동물 모델에 미치는 영향 (The Effects of Korea Ginger Essential oil on Chronic Mild Stress-induced Rats Model of Sympathetic Hyperactivity)

  • 지중구
    • 한국응용과학기술학회지
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    • 제36권4호
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    • pp.1188-1197
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    • 2019
  • 스트레스는 인체의 다양한 기관과 정신적 상태에 영향을 미치는 교감신경 항진을 야기시킨다. 본 연구의 목적은 만성 스트레스로 교감신경을 항진시킨 동물 모델에서 국내산 생강 에센셜오일이 스트레스 호르몬 및 뇌 조직 반응에 미치는 효과를 평가하였다. 평가 방법은 세포독성 평가 및 성분 분석을 수행하였으며, 혈청 바이오 마커와 뇌 조직의 병리학적 분석이 기초한 효과를 관찰하였다. 동물 실험에서 국산 생강 에센셜오일의 처리는 만성 스트레스로 교감신경을 항진시킨 동물 모델 제작 후 2주간 100 nl/㎖로 처리하였다. 그 결과, 국산 생강 에센셜오일은 100 nl/㎖ 농도 이하에서 독성이 없었으며, 6-진저롤 함량이 345 ppm으로 확인되었다. 국산 생강 에센셜오일의 처리는 대조군과 비교하여 혈청에서 부신피질호르몬, 코르티코스테론, 멜라토닌과 같은 스트레스 호르몬의 농도를 크게 줄였으며, 복측피개부(VTA) 및 흑색질 치밀부(SNpc) 부분에서 TH-면역 반응이 때때로 중단되는 것을 효과적으로 보존하였다. 이와 같은 결과는 국산 생강 에센셜오일이 교감신경 항진을 개선했음을 나타내고 있다. 따라서 국산 생강은 교감신경 항진에 대한 아로마오일의 새로운 원료로 활용될 수 있다.

각질형세포와 피지선세포 공배양을 통한 지루성 피부염 억제 소재 연구 (The Study about Relief Effect of Essential Oil on Seborrheic Dermatitis with Co-culture System)

  • 김아름;김수나;이현기;전병배;박원석
    • 대한화장품학회지
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    • 제38권4호
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    • pp.311-319
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    • 2012
  • 보통 지루성 피부염은 과다 생성된 피지와 함께 피지를 영양분으로 상재하는 M. globosa 이스트에 의해서 얼굴, 몸 및 두피에 자주 발생하는 피부질환이다. 본 연구는 천연정유성분(Natural essential oils)으로부터 지루성 피부염과 관련된 항염증 활성과 M. globosa 이스트에 대한 증식 억제 활성을 평가하고자 하였다. 지루성 피부염 진정 효능을 평가하기 위해서 지루성 피부염 환경을 모사한 공배양 세포 평가 모델을 구축하였다. 본 평가모델을 통해서 육계(Cinnamomum zeylanicum, Cinnamon bark)의 껍질 및 박하(Mentha arvensis, Cornmint)의 잎에서 추출한 천연정유 성분이 다양한 지루성 피부염 자극원에 따른 Interleukin-$1{\alpha}$ (IL-$1{\alpha}$), Interleukin-6 (IL-6), Interleukin-8 (IL-8) 사이토카인의 발현량 증가와 피지생성 증가를 감소시킴을 확인하였다. 또한, 지루성 피부염 유발균으로 알려진 M. globosa 이스트에 대한 증식 저해 평가를 통해 두 정유성분에서 유의한 M. globosa 증식 억제 능(MIC ${\leq}0.0625%$)을 확인하였다. 본 연구 결과로부터 육계껍질 및 박하 잎 정유성분이 지루성 피부염에 따른 염증성 사이토카인의 발현량을 감소시켰다. 특히 육계 껍질 오일은 지루성 피부염 주요 원인인 Malassezia furfur 및 M. globosa 증식을 억제함으로써, 지루성 두피 염증의 예방과 효과적인 관리 제품의 소재로서 활용가치가 높음을 알 수 있다.