• Journal of Animal Science and Technology
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• 제49권5호
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• pp.549-558
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• 2007

C4B 및 BAT2는 SLA class III 영역에 존재하며, 최근 들어 사람의 질병과의 연관성이 보고되고 있다. GenBank database로부터 수집된 사람과 마우스의 C4B 및 BAT2의 CDS를 염기정렬하여 상동성이 높은 부분에서 primer를 제작한 후 RT-PCR 및 RACE-PCR을 수행하여 돼지 C4B 및 BAT2 유전자의 CDS 서열을 결정하였다. 염기서열이 결정된 돼지 C4B와 BAT2의 CDS 길이가 각각 5226 bp와 6501 bp로 나타났다. 이들 각각의 CDS 및 아미노산 서열을 사람 및 마우스와 비교한 결과 CDS는 76~87%, 아미노산 서열은 72~90%의 상동성을 보였으며, C4B가 BAT2에 비해 다소 낮게 나타났다. 두 유전자에서 나타나는 cSNP를 분석하기 위해서 exon 영역을 증폭하기 위한 primer를 제작하였으며, 돼지 6품종을 대상으로 direct sequencing을 실시하였다. 그 결과 C4B로부터 4개, BAT2로부터 3개의 cSNP가 확인되었다. 또한 7개의 cSNP 중 C4B의 C4248T를 제외한 6개의 cSNP에 의해서 아미노산 치환이 발생하였다. 동일한 DNA를 사용하여 7개의 cSNP를 대상으로 Multiplex-ARMS 방법을 사용하여 유전자형 분석을 실시한 결과 direct sequencing 결과와 일치하였다. Multiplex-ARMS 방법의 재현성을 재확인하기 위해 무작위로 2개의 DNA 시료를 선택하여 direct sequencing과 Multiplex-ARMS 분석을 실시하여 유전자형이 일치함을 다시 확인하였다. 따라서 본 연구에서 확인된 7개의 cSNP는 SLA class III 지역의 haplotype 분석을 위한 기초 자료로 사용될 수 있으며, Multiplex- ARMS 기법은 이종장기 개발에 필수적인 SLA 전체 영역 내 유전자들의 유전자형 분석을 위한 효율적인 분석방법이라고 사료된다.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제6권1호
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• pp.123-130
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• 1999

목 적 : 무균성뇌막염은 소아에서 주로 발생하는 질환으로, 흔히 장 바이러스에 의해 초래 된다. 저자들은 그동안 우리나라에서 분리된 무균성뇌막염 원인바이러스의 5'-NCR에 대한 sequencing을 통하여 prototype과의 homology를 비교하고 이 연구를 진단에 이용하기 위한 기초자료로 이용하기 위하여 본 연구를 시도하였다. 방 법 : 과거 4년간 우리나라에서 분리한 장바이러스 Coxsackie B1, Echovirus 3, 7, 9, 30 을 이용하여 RNA를 분리하고 RT-PCR을 이용하여 DNA를 합성한 후, direct sequencing을 이용하여 WHO에서 얻은 prototype과 homology를 비교하였다. 결 과 : 1) PCR product는 155bp와 440bp부위에 특징적인 띠를 관찰할 수 있었다. 2) 155bp에 관한 sequencing homology를 보면 prototype의 Coxsackie virus와 echovirus 는 92.1%의 homology를 보였다. 3) 환자에서 분리한 Coxsackie B1은 prototype과 94.1%의 homology를 보였다. 4) 환자에서 분리한 Echovirus 3은 92.8%, Echovirus 7은 92.8%, Echovirus 9는 94.1%, Echovirus 30은 82.9%의 homology를 보였다. 결 론 : 장바이러스의 5'-NCR은 homology가 높아서 진단에 이용하기에 좋으며 이 부위를 통한 typing을 위해서는 더 긴 부위를 sequencing할 필요가 있다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제50권6호
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• pp.753-762
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• 2008

GenBank database로부터 돼지 genomic 서열과 사람의 CFB 유전자의 CDS를 정렬하여 돼지 CFB 유전자의 CDS를 추정하였다. 이를 바탕으로 제작된 primer를 이용하여 RT-PCR을 실시하여 CDS 내부서열을 결정하였으며, 결정된 서열을 바탕으로 primer 제작 및 RACE-PCR을 실시하였다. 돼지 CFB 유전자의 전체 CDS 길이는 2298 bp였으며, 사람 및 마우스와의 비교결과 염기삽입/결실이 확인되었다. CDS 및 아미노산 서열을 사람 및 마우스와 비교한 결과 CDS는 84% 및 80%, 아미노산 서열은 79%, 77%의 상동성을 보였다. 포유류의 CFB에서 일반적으로 나타나는 보체조절단백질(complement control protein, CCP) 영역, Von willebrand factor A(VWFA) 영역, 그리고 serine protease 영역이 확인되었으며, 단백질 기능에 중요하게 작용하는 아미노산 잔기들은 돼지를 포함한 사람, 마우스, 소, 말에서 동일하게 나타났다. 사람, 마우스, 소, 말, 돼지 CFB 유전자의 아미노산 서열에 의한 유전적 거리지수 및 neighbor-joining tree 작성 결과 돼지는 같은 우제목에 속하는 소와 가장 가까운 계통유전학적 유연관계를 나타내었다. 결정된 CDS를 바탕으로 exon 영역을 증폭하기 위한 primer를 제작하였고, cSNP 분석을 위해서 돼지 6품종을 대상으로 direct sequencing을 실시하였다. 그 결과 아미노산 치환을 일으키는 3개(C13T, A1696G, A2015C)의 cSNP가 동정되었다. 동일한 DNA를 사용하여 동정된 3개의 cSNP를 대상으로 Multiplex- ARMS 방법으로 유전자형 분석 결과 direct sequencing 결과와 일치하였다. Multiplex-ARMS 방법의 재현성 확인을 위해 무작위로 2개의 DNA 시료를 선발한 후 direct sequencing과 Multiplex-ARMS 분석을 각각 실시하였으며, 3개의 cSNP에 대한 유전자형이 일치함을 재확인하였다. 따라서 본 연구에서 확인된 3개의 cSNP는 SLA class III 영역의 haplotype 분석을 위한 기초 자료로 사용될 수 있으며, Multiplex- ARMS 기법은 이종장기 개발에 필수적인 SLA 전체 영역 내 유전자들의 유전자형 분석을 위한 효율적인 분석방법이라고 사료된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제26권1호
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• pp.30-35
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• 2013

The myostatin (MSTN) gene, as a negative regulator of skeletal muscle growth, has been proposed to be associated with production traits in farm animals. In the present study, a T/C variant at -125 bp (relative to ATG start codon) of 5'regulatory region of rabbit MSTN was identified by direct sequencing. Two hundred and twenty two rabbits, which were randomly sampled from 3 breeds (Ira rabbits, Champagne rabbits and Tianfu black rabbits), were genotyped by high-resolution melting (HRM). Comparing the genotyping results of 47 samples with direct sequencing, the HRM showed high sensitivity (0.96) and high specificity (0.98). In the three rabbit breeds, the allele C was the predominant allele. The polymorphic site showed high heterozygosity (He = 0.48) and high effective number of alleles (Ne = 1.91). The genetic diversity was reasonably informative (0.25

• 한국자원식물학회지
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• 제23권6호
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• pp.526-534
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• 2010

Genomes of clusters of related eukaryotes are now being sequenced at an increasing rate. In this paper, we developed an accurate, low-cost method for annotation of gene prediction and exon-intron structure. The gene prediction was adapted for delta 1-pyrroline-5-carboxylate-synthetase (p5cs) gene from China wild-type of the halophytic Leymus chinensis (Trin.), naturally adapted to highly-alkali soils. Due to complex adaptive mechanisms in halophytes, more attentions are being paid on the regulatory elements of stress adaptation in halophytes. P5CS encodes delta 1-pyrroline-5-carboxylate-synthetase, a key regulatory enzyme involved in the biosynthesis of proline, that has direct correlation with proline accumulation in vivo and positive relationship with stress tolerance. Using analysis of reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and PCR, and direct sequencing, 1076 base pairs (bp) of cDNA in length and 2396 bp of genomic DNA in length were obtained from direct sequencing results. Through gene prediction and exon-intron structure verification, the full-length of cDNA sequence was divided into eight parts, with seven parts of intron insertion. The average lengths of determinated coding regions and non-coding regions were 154.17 bp and 188.57 bp, respectively. Nearly all splice sites displayed GT as the donor sites at the 5' end of intron region, and 71.43% displayed AG as the acceptor sites at the 3' end of intron region. We conclude that this method is a cost-effective way for obtaining an experimentally verified genome annotation.

• 대한두경부종양학회지
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• 제18권1호
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• pp.3-10
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• 2002

Background: The molecular pathogenesis of hereditary medullary thyroid carcinoma is well known to be associated with germ-line mutation in the RET proto-oncogene and sporadic medullary thyroid carcinoma has been shown to carry somatic RET mutation especially in exon 13 and 16. The aim of this study is to evaluate the genetic background in the pathogenesis of the sporadic medullary thyroid carcinoma which shows extremely high incidence in Korea. Materials and Methods: Direct DNA sequencing for RET exon 13 and 16, as well as immunohistochemistrical assay for a monoclonal RET antibody were performed from 20 cases of archival tissues of medullary thyroid carcinoma. Results: Monoclonal RET antibody with C-terminal epitope showed comparatively stronger expression in tumor cells than in normal tissues and immunoreactive area in the tumor was $66.0{\pm}40.1%$. Direct sequencing of RET exon 13 revealed 4 cases of mis-sense mutations in Codon 778, Codon 767, and both in Codon 768 and 778. One case showed a silent mutation (ACG-ACT) in RET exon 16 (Codon 926). Conclusions: The strong RET immunoreactivity of medullary thyroid carcinoma may suggest that there could be a genetic alteration in oncoprotein level. RET proto-oncogene mutation may be involved in the evolutional process of medullary thyroid carcinoma in the aspect of molecular basis.

• Genomics & Informatics
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• 제20권3호
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• pp.30.1-30.9
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• 2022

Hereditary spastic paraplegia is a not common inherited neurological disorder with heterogeneous clinical expressions. ALDH18A1 (located on 10q24.1) gene-related spastic paraplegias (SPG9A and SPG9B) are rare metabolic disorders caused by dominant and recessive mutations that have been found recently. Autosomal recessive hereditary spastic paraplegia is a common and clinical type of familial spastic paraplegia linked to the SPG11 locus (locates on 15q21.1). There are different symptoms of spastic paraplegia, such as muscle atrophy, moderate mental retardation, short stature, balance problem, and lower limb weakness. Our first proband involves a 45 years old man and our second proband involves a 20 years old woman both are affected by spastic paraplegia disease. Genomic DNA was extracted from the peripheral blood of the patients, their parents, and their siblings using a filter-based methodology and quantified and used for molecular analysis and sequencing. Sequencing libraries were generated using Agilent SureSelect Human All ExonV7 kit, and the qualified libraries are fed into NovaSeq 6000 Illumina sequencers. Sanger sequencing was performed by an ABI prism 3730 sequencer. Here, for the first time, we report two cases, the first one which contains likely pathogenic NM_002860: c.475C>T: p.R159X mutation of the ALDH18A1 and the second one has likely pathogenic NM_001160227.2: c.5454dupA: p.Glu1819Argfs Ter11 mutation of the SPG11 gene and also was identified by the whole-exome sequencing and confirmed by Sanger sequencing. Our aim with this study was to confirm that these two novel variants are direct causes of spastic paraplegia.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제58권9호
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• pp.317-324
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• 2015

Kabuki syndrome (KS) is a rare syndrome characterized by multiple congenital anomalies and mental retardation. Other characteristics include a peculiar facial gestalt, short stature, skeletal and visceral abnormalities, cardiac anomalies, and immunological defects. Whole exome sequencing has uncovered the genetic basis of KS. Prior to 2013, there was no molecular genetic information about KS in Korean patients. More recently, direct Sanger sequencing and exome sequencing revealed KMT2D variants in 11 Korean patients and a KDM6A variant in one Korean patient. The high detection rate of KMT2D and KDM6A mutations (92.3%) is expected owing to the strict criteria used to establish a clinical diagnosis. Increased awareness and understanding of KS among clinicians is important for diagnosis and management of KS and for primary care of KS patients. Because mutation detection rates rely on the accuracy of the clinical diagnosis and the inclusion or exclusion of atypical cases, recognition of KS will facilitate the identification of novel mutations. A brief review of KS is provided, highlighting the clinical and genetic characteristics of patients with KS.

• Mycobiology
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• 제32권3호
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• pp.119-122
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• 2004

The intergenic spacer(IGS) sequence of Fusarium oxysporum have been reported to provide reliable information concerning intraspecific variation and phylogeny of fungal species. The eleven strains of Fusarium oxysporum and its formae speciales belonging to section Elegans were compared with sequencing analysis. The direct sequencing of partial IGS was carried out using PCR with primer NIGS1(5'-CTTCGCCTCGATTTCCCCAA-3')/NIGS2(5'-TCGTCGCCGACAGTTTTCTG-3') and internal primer NIGS3(5'-TCGAGGATCGATTCGAGG-3')/NIGS4(5'-CCTCGAATCGATCCTCGA-3'). A single PCR product was found for each strain. The PCR fragments were sequenced and revealed a few within species polymorphisms at the sequence level. The size of partial IGS sequencing of F. oxysporum was divided into three groups; $526{\sim}527$ bp including F. o. f. sp. chrysanthemi, cucumerinum, cyclaminis, lycopersici, and fragariae; $514{\sim}516$ bp including F. o. f. sp. lilii, conglutinans, and raphani; 435 bp for F. o. f. sp. cucumerinum from Korea. Sequence analysis of PCR products showed that transitions were more frequent than transversions as well as the average numbers of substitution per site were range 0.41% to 3.54%.

• 한국임상수의학회지
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• 제27권2호
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• pp.130-135
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• 2010

Malassezia 종은 온혈 척추동물의 정상 미생물총을 구성하며, 개에서는 비지방친화성인 M. pachydermatis가 주로 감염을 유발하는 것으로 알려져 있다. 본 연구는 습도가 높은 한국의 여름 동안 개에 감염을 일으킨 말라세지아종의 분포를 조사하기 위해 실시되었다. 2006년 6월부터 10월까지 총 50개의 샘플을 채취하여 배양한 후 PCR-RFLP와 direct sequencing을 통해 분석하였다. 조사 결과 지방친화성 종인 M. furfur와 M. obtusa가 전체 96%를 차지하였으며, M. pachydermatis는 4%만을 구성하였다. 이 결과는 기후에 따라 감염을 일으키는 Malassezia 종에 차이가 있을 수 있음을 보여준다.