Kim, Min-Su;Min, Kwan-Sik;Seong, Hwan-Hoo;Kim, Chan-Lan;Kim, Dongkyo;Imakawa, Kazuhiko;Kim, Sung Woo
Journal of Embryo Transfer
/
v.31
no.4
/
pp.335-347
/
2016
Multiple interferon tau (IFNT) genes exist in bovine. An antiluteolytic substance secreted by the bovine conceptus and primarily responsible for maternal recognition of pregnancy is bovine trophoblast protein 1 (bIFNT1), a new type I interferon tau (IFNT) genes. The objectives of this research were to investigate whether multiple, distinct gene encode bIFNT1 and other type I bIFNT gene in the bovine genome and to examine expression of bIFNT1 and other bIFNTc1 mRNAs during conceptus development. These transcrips could be regulated through caudal-related homeobox-2 (CDX2) and ETS2 and/or AP1 (JUN) expression, a transcription factor implicated in the control of cell differentiation in the trophectoderm. The presence of mRNAs encoded by bIFNT1 and type I bIFNTc1 genes were examined quantitatively via reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) analysis of total cellular RNA (tcRNA) extracted from on day 17, 20 and 22 bovine conceptuses. The expression level of bIFNT1 was higher on day 17 transcripts were gradually weakly detectable on day 20 and 22. However, the other bIFNTc1 gene examined transcripts was highly expressed on day 20 and transcripts were weakly detectable on day 17 and 22 bovine conceptuses. Furthermore, human choriocarcinoma JEG3 was co-transfected with an -1kb-bIFNT1/c1-Luc constructs and several transcription factor expression plasmids. Compared to each -1kb-bIFNT1/c1-Luc increased when this constructs were co-transfected with, ETS2, AP1(JUN), CREBBP and/or CDX2. Also, bIFNTc1 gene was had very effect on activity by alone ETS2, and AP1 (JUN) expression factors in choriocarcinoma JEG3 cell. However, bIFNT1 gene expression of the upstream region was not identified. We demonstrated that the activities of bIFN genes are regulated by differential, tissue-specific and developmental competence during pregnancy.
Kim, Min-Su;Lim, Hyun-Joo;Lee, Ji Hwan;Park, Soo Bong;Won, Jeong-Il;Kim, Hyun Jong
Journal of Embryo Transfer
/
v.33
no.4
/
pp.195-203
/
2018
Interferon-tau (IFNT) is known as a major conceptus protein that signals the process of maternal recognition of pregnancy in ruminants. Also, multiple interferon genes exist in cattle, However, molecular mechanisms of these bovine IFNT (bIFNT) genes whose expressions are limited have not been characterized. We and others have observed that expression levels of bovine subtype IFNT genes in the tissues of ruminants; thus, bIFNT1 and other new type I (bIFNTc1/c2/c3) gene co-exist during the early stages of conceptus development and non-trophoblast cells. Its genes transcription could be regulated through CDX2 and ETS2 and JUN and/or cAMP-response element binding protein (CREB)-binding protein (CREBBP) expression, a transcription factor implicated in the control of cell differentiation in the trophectoderm. Bovine ear-derived fibroblast cells, were co-transfected with luciferase reporter constructs carrying upstream (positions -1000 to +51) regions of bIFNT1 and other new type I gene and various transcription factor expression plasmids. Compared to each - 1kb-bIFNT1/c1/c2/c3-Luc increased when this constructs were co-transfected with CDX2, ETS2, JUN and/or CREBBP. Also, Its genes was had very effect on activity by CDX2, either alone or with the other transcription factors, markedly increased luciferase activity. However, the degree of transcriptional activation of the bIFNTc1 gene was not similar to that bIFNT1/c2/c3 gene by expression plasmid. Furthermore, Sequence analyses also revealed that the expression levels of bIFNT1/c2/c3 gene mRNAs expression were highest on day 17, 20 and 22 trophoblast and, Madin-Darby bovine kidney (MDBK), Bovine ear-derived fibroblast (EF), and endometrium (Endo) non-trophoblast cells. But, bIFNTc1 mRNA had not same expression level, bIFNTc1 lowest levels than those of IFNT1/c2/c3 gene in both trophoblast and non-trophoblast cells. These results demonstrate that bovine subtype bIFNT genes display differential, in the trophoblast and non-trophoblast cells.
Heo, Ji Hye;Lee, Seung Ha;Chang, Kyung Ha;Han, Eun Hye;Lee, Seung Gwan;Choi, Dal Woong;Kim, Suhng Wook
Biomolecules & Therapeutics
/
v.21
no.2
/
pp.126-131
/
2013
Neuropathic pain is a chronic pain disorder caused by nervous system lesions as a direct consequence of a lesion or by disease of the portions of the nervous system that normally signal pain. The spinal nerve ligation (SNL) model in rats that reflect some components of clinical pain have played a crucial role in the understanding of neuropathic pain. To investigate the direct effects of gabapentin on differential gene expression in cultured dorsal root ganglion (DRG) cells of SNL model rats, we performed a differential display reverse transcription-polymerase chain reaction analysis with random priming approach using annealing control primer. Genes encoding metallothionein 1a, transforming growth factor-${\beta}1$ and palmitoyl-protein thioesterase-2 were up-regulated in gabapentin-treated DRG cells of SNL model rats. The functional roles of these differentially expressed genes were previously suggested as neuroprotective genes. Further study of these genes is expected to reveal potential targets of gabapentin.
Differential gene expression profiling was carried out in the hepatic tissue of medaka fish, Oryzias latipes, after exposure to an organophosphorus pesticide (OPP), Iprobenfos (IBP), a widely used pesticide in agri- and fish-culture, using a medaka cDNA micro array. Twenty six kinds of differentially expressed candidate genes, with 15 and 11 induced and repressed in their gene expressions, respectively, were associated with cytoskeleton (3.8%), development (7.7%), immune (7.7%), metabolism (30.8%), nucleic acid/protein binding (42.3%) and reproduction (7.7%). Of these genes, changes at the transcription level of five were re-evaluated by real-time quantitative PCR (qRT-PCR). Considering the known function of authentic genes, the effects of IBP on the biological activity and pathological aspects in medaka fish were discussed. The identified genes could be used as molecular biomarkers for biological responses to OPPs contamination in an aquatic environment.
Mesenchymal stem cells (MSCs) have greater potential for immediate clinical and toxicological applications, due to their ability to self-renew, proliferate, and differentiate into a variety of cell types. To identify novel candidate genes that were specifically expressed during transdifferentiation of human MSCs to neuronal cells, we performed a differential expression analysis with random priming approach using annealing control primer-based differential display reverse transcription-polymerase chain reaction approach. We identified genes for acyl-CoA thioesterase, tissue inhibitor of metalloproteinases-1, brain glycogen phosphorylase, ubiquitin C-terminal hydrolase and aldehyde reductase were up-regualted, whereas genes for transgelin and heparan sulfate proteoglycan were down-regulated in MSC-derived neurons. These differentially expressed genes may have potential role in regulation of neurogenesis. This study could be applied to environmental toxicology in the field of testing the toxicity of a chemical or a physical agent.
Even though exposure to benzene has been linked to a variety of cancers including leukemia, the detailed molecular mechanisms relevant to benzene-induced carcinogenesis remain to be clearly elucidated. In this study, we evaluated the effects of benzene on differential gene expression in a leukemia cell line. The K562 leukemia cell line used in this study was cultured for 3 h with 10 mM benzene and RNA was extracted. To analyze the gene expression profiles, a 41,000 human whole genome chip was employed for cDNA microarray analysis. We initially identified 6,562 genes whose expression was altered by benzene treatment. Among these, 3,395 genes were upregulated and 3,167 genes were downregulated by more than 2-fold, respectively. The results of functional classification showed that the identified genes were involved in biological pathways including transcription, cell proliferation, the cell cycle, and apoptosis. These gene expression profiles should provide us with further insights into the molecular mechanisms underlying benzene-induced carcinogenesis, including leukemia.
The present study was performed to evaluate the relationship between the neurotoxicity of acrylamide and the differential gene expression pattern in mice. Both locomotor test and rota-rod test showed that the group treated with higher than 30 mg/kg/day of acrylamide caused impaired motor activity in mice. Based on cDNA microarray analysis of mouse brain, myelin basic protein gene, kinesin family member 5B gene, and fibroblast growth factor (FGF) 1 and its receptor genes were down-regulated by acrylamide. The genes are known to be essential for neurofilament synthesis, axonal transport, and neuroprotection, respectively. Interestingly, both FGF 1 and its receptor genes were down-regulated. Genes involved in nucleic acid binding such as AU RNA binding protein/enoyl-coA hydratase, translation initiation factor (TIF) 2 alpha kinase 4, activating transcription factor 2, and U2AF 1 related sequence 1 genes were down-regulated. More interesting finding was that genes of both catalytic and regulatory subunit of protein phosphatases which are important for signal transduction pathways were down-regulated. Here, we propose that acrylamide induces neurotoxicity by regulation of genes associated with neurofilament synthesis, axonal transport, neuro-protection, and signal transduction pathways.
Using the DDRT-PCR, a series of differentially expressed genes in human primary cervical cancer was isolated. Among the 250 PCR amplimers, 88 gene fragments were confirmed by reverse Northern hybridization. Homology searches indicated that 26 out of 88 were previously known genes including calmodulin, human BBC1, histone H3.3, a series of ribosomal proteins (RPL19, RPS19, and RPS12), translation initiation factor (eIF-4AI), lactoferrin, integrin ${\alpha}6$, cell-surface antigens (CD9 and CD59), transcription factor (mbp-1), and mitochondrial proteins. Several unknown clones showed sequence homology with known genes. Furthermore, six of the unknown genes showed identical sequence with expressed sequence tags (EST) of unknown function. Differential expression patterns of identified genes were further examined and confirmed with multiple pairs of cervical cancer samples using Northern hybridization. Our profiling of differentially expressed genes may provide useful information about the underlying genetic alterations in human cervical carcinoma and diagnostic markers for this disease. The precise roles of these genes in cancer development remain to be elucidated.
To find the candidate genes concerned with ovulation rate of sheep, Differential Display Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction was employed to find the differently expressed cDNA controlling ovulation in the Small Tail Han sheep of polyembryony and in Tan sheep of single birth. Twenty-four primer pairs of three anchored primers and eight arbitrary primers were assembled to amplify the specialized bands from these sheep. Positive cross tests were applied to optimize the ascertainable PCR conditions in which different special bands can be identified by silver strain in one PCR tube. After eliminating the false positive PCR products by Northern hybridization, 24 differential display bands were acquired from the ovary in the Small Tail Han sheep. These EST bands were sequenced and 18 different ESTs were found in which five ESTs had several copies and 13 ESTs had only one copy. Comparing these ESTs with homologous sequences by BLAST in the GenBank, there were six ESTs with known open reading frame (ORF) and function, three ESTs with known ORF and no function, and 9 ESTs without homologous sequence. These ESTs partly represent several genes such as NOS2, tensin, TCRA, CDKN1A, ESR1 and ACTB which express especially in Small Tail Han sheep.
The limited information on differential gene expression in the different serotypes of Actinobacillus pleuropneumoniae has significantly hampered the research on the pathogenic mechanisms of this organism and the development of multivalent vaccines against A. pleuropneumoniae infection. To compare the gene expressions in the A. pleuropneumoniae strains CVCC259 (serotype 1) and CVCC261 (serotype 3), we screened the differentially expressed genes in the two strains by performing representational difference analysis (RDA). Northern blot analyses were used to confirm the results of RDA. We identified 22 differentially expressed genes in the CVCC259 strain and 20 differentially expressed genes in the CVCC261 strain, and these genes were classified into 11 groups: (1) genes encoding APX toxins; (2) genes encoding transferrin-binding protein; (3) genes involved in lipopolysaccharide (LPS) biosynthesis; (4) genes encoding autotransporter adhesin; (5) genes involved in metabolism; (6) genes involved in the ATP-binding cassette (ABC) transporter system; (7) genes encoding molecular chaperones; (8) genes involved in bacterial transcription and nucleic acid metabolism; (9) a gene encoding protease; (10) genes encoding lipoprotein/membrane protein; and (11) genes encoding various hypothetical proteins. This is the first report on the systematic application of RDA for the analysis of differential gene expression in A. pleuropneumoniae serotypes 1 and 3. The determination of these differentially expressed genes will serve as an indicator for future research on the pathogenic mechanisms of A. pleuropneumoniae and the development of a multivalent vaccine against A. pleuropneumoniae infection.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.