• 제목/요약/키워드: Detection/Identification

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Multiplex PCR 기법을 이용한 보통사마귀 내 인유두종바이러스 검출 및 분류 (Detection and Typing of Human Papillomavirus in Cutaneous Common Warts by Multiplex Polymerase Chain Reaction)

  • 최순용;임종호;김은정;김혜성;김범준;강훈;박영민
    • 생명과학회지
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    • 제21권7호
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    • pp.947-952
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    • 2011
  • 현재까지 다수의 역학연구를 통해 피부에 발생한 보통사마귀에서 제 1, 2, 3, 4, 7, 10, 27, 57 및 65형의 인유두종바이러스가 검출되었다. 그러나 기존의 중합효소연쇄반응(conventional polymerase chain reaction, PCR)을 이용하는 경우 절차가 복잡하여 시간이 오래 걸리는 단점이 있었다. 이번 연구를 통해 저자들은 보통사마귀에서 가장 흔히 검출되는 6가지 유전자형의 인유두종바이러스를 한번에 확인 가능한 간편한 muliplex PCR의 개발을 목표로 하였다. 인유두종바이러스의 염기서열분석을 통해, L1에서 E6, 그리고 E2에서 L2 사이의 유전자간영역(intergenic region)으로 부터 6쌍의 primer를 고안하였으며, L1 유전자서열 분석을 통해 multiplex PCR의 특이성을 확인하였다. 총 129개의 조직표본 중 109개에서 제 1, 2, 3, 4, 27, 57형의 인유두종바이러스를 확인하였다. 이번 연구의 primer를 이용한 인유두종바이러스 검출의 민감도와 특이도는 각각 85%와 99.5%였다. 이러한 primer 세트로 인유두종바이러스가 검출되지 않은 20개의 조직표본의 경우, 또 다른 HPV primer를 사용한 추가적인 multiplex PCR을 시행하여 7개 표본에서 제 7형 및 65형의 인유두종바이러스가 검출되었다. 이상의 결과는 본 연구를 통해 새롭게 고안된 multiplex PCR 기법을 통해 보통사마귀에서의 인유두종바이러스를 보다 정확하고 빠르게 검출할 수 있다는 것을 보여 준다.

역교잡반응법을 이용한 아이소니아지드 및 리팜피신 신속감수성검사 (Rapid Drug Susceptibility Testing for Isoniazid and Rifampicin by Reverse Hybridization Assay)

  • 박영길;유희경;류성원;배길한
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제55권5호
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    • pp.440-448
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    • 2003
  • 연구배경 : 다제내성균의 신속한 확인을 가능케 해주는 감수성검사법은 신속한 처방결정을 통해 환자의 치료 성공률을 향상 시킴과 동시에 다제내성균의 전파를 조기에 차단할 수 있게 되어, 국가 결핵관리 사업의 효율성을 증대시킬 수 있다. 방 법 : 아이나 또는 리팜피신 내성에 관련된 유전자 rpoB, katG, inhA, ahpC 등의 돌연변이를 검출할 수 있는 probe를 합성하였고, 총 502개의 내성균을 대상으로 중함효소연쇄반응 역교잡반응법으로 내성균 검출을 시도하였다. 결 과 : 264개의 리팜피신 내성균 중에서 Ser531Leu돌연변이가 46%를 차지하였고, codon 526에서는 32% 의 균주에서 돌연변이를 보였으며, codon 516에서는 10%의 균주가 돌연변이를 나타냈다. 469개의 아이나 내성균 중에서는 64%가 katG 유전자의 Ser315Thr 돌연변이를 나타내었고, 19%의 균은 inhA 유전자 promoter 돌연변이를 가지고 있었으며, ahpC유전자 돌연변이는 3%에 불과하였다. 역교잡반응법에 의한 검출율은 아이나 내성균 중 80%이상이었으며, 리팜피신 내성균에서도 92%이상을 검출할 수 있었다. 결 론 : 역교잡반응법에 의해 리팜피신 뿐만 아니라 아이나에 대한 감수성검사를 신속하게 수행할 수 있음을 확인하였고, 이 검사법은 특히 재발 또는 다제내성이 의심되는 환자의 처방 결정에 매우 유용한 수단이 될 수 있다.

Marker Assisted Selection-Applications and Evaluation for Commercial Poultry Breeding

  • Sodhi, Simrinder Singh;Jeong, Dong Kee;Sharma, Neelesh;Lee, Jun Heon;Kim, Jeong Hyun;Kim, Sung Hoon;Kim, Sung Woo;Oh, Sung Jong
    • 한국가금학회지
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    • 제40권3호
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    • pp.223-234
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    • 2013
  • Poultry industry is abounding day by day as it engrosses less cost of investment per bird as compared to large animals. Poultry have the most copious genomic tool box amongst domestic animals for the detection of quantitative trait loci (QTL) and marker assisted selection (MAS). Use of multiple markers and least square techniques for mapping of QTL affecting quality and production traits in poultry is in vogue. Examples of genetic tests that are available to or used in industry programs are documented and classified into causative mutations (direct markers), linked markers in population-wide linkage disequilibrium (LD) with the QTL (LD markers), and linked markers in population wide equilibrium with the QTL (LE markers). Development of genome-wide SNP assays, role of 42 K, 60 K (Illumina) and 600 K (Affymetrix$^{(R)}$ Axim$^{(R)}$) SNP chip with next generation sequencing for identification of single nucleotide polymorphism (SNP) has been documented. Hybridization based, PCR based, DNA chip and sequencing based are the major segments of DNA markers which help in conducting of MAS in poultry. Economic index-marker assisted selection (EI-MAS) provides platform for simultaneous selection for production traits while giving due weightage to their marginal economic values by calculating predicted breeding value, using information on DNA markers which are normally associated with relevant QTL. Understanding of linkage equilibrium, linkage dis-equilibrium, relation between the markers and gene of interest are quite important for success of MAS. This kind of selection is the most useful tool in enhancing disease resistance by identifying candidate genes to improve the immune response. The application of marker assisted selection in selection procedures would help in improvement of economic traits in poultry.

Arthrobacter luteus로부터 유래한 염기성 AL-Protease의 효소학적 성질 및 활성 아미노산 잔기의 검색 (Enzymological Properties of the Alkaline AL-Protease from Arthrobacter luteus and Detection of Its Active Amino Acid Residue)

  • 오홍록;상원태생;반진승
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제13권2호
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    • pp.193-204
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    • 1984
  • Zymolyase 조효소로부터 분리, 정제되었고, 효모세포벽 용해 촉진물질로 밝혀진 바 있는 Arthrobacter luteus로부터 유래한 염기성 protease(AL-protease)의 효소학적 성질 및 활성 아미노산 잔기를 검색한 결과는 다음과 같다. 1. AL-pretense는 저해제 DFP 및 PMSF에 의해서 그 Protease 활성 및 용해 촉진활성이 동시에 완전히 소멸 되었으며, 그 저해 반응속도는 chymotrypsin에 대한 것에 비하여 대단히 완만하였다. 1.반응에서 AL-protease와 DFP의 결합 mole비는 1:1로 추정 되었다. 2. 정제된 AL-protease의 동결건조품 중에는 종래효모세포벽 용해반응에 관여하는 것으로 알려진 yeast phosphomannase를 비롯한 다당류 가수분해효소들의 활성은 그 어느 것도 인정되지 않았다. 3. AL-protease의 casein에 대한 최적 pH 및 최적 온도는 pH 10.5와 $65^{\circ}C$이었고, 그 활성은 pH 5${\sim}$11 사이와 $65^{\circ}C$이하에서 안정하였다. 또한, AL-Protease의 활성에 미치는 여러가지 금속이온의 영향은 인정되지 않았다. 4. [$^{32}P$]-DFP에 의하여 화학수식된 [$^{32}P$]-DIP-AL-protease에 대한 활성부위의 아미노산 잔기를 검색, 동정하기 위하여 조제용 PAG-전기영동, SDS-PAG-전기영동, Dowex 이온교환 크로마토그래피 및 고압 여지 전기영동을 실시하였고, 그 결과, AL-protease는 활성 부위에 1분자당 1 mole의 serine 잔기를 가지는 염기성 protease로 밝혀졌다.

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아연피리치온을 유효성분으로 표기한 화장품류에서 미표기 성분인 베타메타손 유도체의 검출 (Detection of Undeclared Betamethasone Derivatives in Cosmetic Products Labeled to Contain Zinc Pyrithione as the Active Ingredient)

  • 이정표;박성환;양성준;김선미;손경훈;윤미옥;최상숙
    • 대한화장품학회지
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    • 제35권1호
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    • pp.11-17
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    • 2009
  • 스테로이드 함유 표시가 없는 화장품에서 항염증 효과가 있는 글루코코티코스테로이드인 베타메타손프로피오네이트 성분이 검출되었다. 이 화장품은 외용스프레이 및 샴푸로서 주성분으로 아연피리치온을 함유하는 것으로 표기되어 있었다. 화장품에서 스테로이드 구조와 활성을 갖는 물질의 존재를 확인하기 위하여 실리카겔 박층판을 이용한 박층크로마토그래프를 사용하였으며 이 성분을 분리하기 위해 high-performance liquid chromatography (HPLC)를 이용하여 확인 및 정량을 수행하였다. 분취용 HPLC를 이용하여 스테로이드를 함유한 것으로 판단되는 분획을 모은 다음 nuclear magnetic resonance (NMR) 및 mass spectrometry (MS)를 이용하여 스테로이드 성분을 확인하였다. 스테로이드 표준물질로 베타메타손 17-프로피오네이트 및 베타메타손 21-프로피오네이트를 합성하여 사용하였고 이 표준물질과 HPLC 크로마토그램을 비교하여 스테로이드 성분의 함량을 분석하였다. 이 방법으로 아연피리치온 제제와 같은 일부 시판 화장품에서 스테로이드 성분을 확인하였고 reversed-phase high-performance liquid chromatography (RP HPLC) 상의 유지시간 비교를 통하여 스테로이드 성분을 정량한 결과 시험한 총 8종의 화장품 시료 중 2개 제품에서 0.005 ${\sim}$ 0.02%의 베타메타손프로피오네이트가 검출되었다.

경향성 분석과 수문학적 민감도 기법을 이용한 화천댐 유입량의 연별 변동량 규명 (Identification of yearly variation in Hwacheon dam inflow using trend analysis and hydrological sensitivity method)

  • 김상욱;이철응
    • 한국수자원학회논문집
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    • 제51권5호
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    • pp.425-438
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    • 2018
  • 물순환에 영향을 미치는 원인과 결과를 분석하는 기존의 연구들은 대부분 강우-유출모형을 사용하고 있어 모형의 구축 및 매개변수의 보정과 검증에 많은 노력이 필요하다. 본 연구에서는 수문기상자료만을 이용하여 유량의 변동성분을 정량화할 수 있는 수문학적 민감도 분석기법을 화천댐 상류유역에 적용하고 화천댐 유입량에 대한 1967~2017년 동안의 변동량을 자연적 요인과 인위적 요인으로 분리하여 제시하였다. 다양한 변동점 탐색기법을 사용한 결과 1999년이 통계적으로 유의한 변동점으로 탐색되었으며, 이를 활용하여 수문학적 민감도 분석을 5가지의 Budyko 함수들을 이용하여 산정한 결과 평균적으로 18.99억 $m^3/y$의 유입량 감소가 임남댐 건설로 인하여 발생된 것을 알 수 있었다. 이와 같은 결과는 기존 연구자들의 화천댐 유입량 감소량에 비해 다소 크게 산정된 결과이며, 이는 2000년대 이후 증가된 강우량 및 화천댐 유입량의 감소가 주된 영향을 미친 결과로 추정된다. 향후 월별, 계절별 단위의 분석이 추가로 연구될 필요가 있으며, 미래의 기후변화 상황을 고려한 예측을 통한 실효성 있는 계획이 수립될 필요가 있을 것으로 판단된다.

한국인 만성 치주염 환자에서 치주질환 원인균의 동정 (Identification of putative periodontal pathogens in Korean chronic periodontitis patients)

  • 윤정호;박정은;김두일;이승일;최성호;조규성;이대실
    • Journal of Periodontal and Implant Science
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    • 제38권2호
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    • pp.143-152
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    • 2008
  • Purpose: Specific bacteria are believed to play an important role in chronic periodontitis. Although extensive microbial analyses have been performed from subgingival plaque samples of periodontitis patients, systemic analysis of subingival microbiota has not been carried out in a Korean population so far. The purpose of this study was to investigate the prevalence of 29 putative periodontal pathogens in Korean chronic periodontitis patients and evaluate which pathogens are more associated with Korean chronic periodontitis. Material and Methods: A total of 86 subgingival plaque samples were taken from 15 chronic periodontits(CP) patients and 13 periodontally healthy subjects in Korea. CP samples were obtained from the deepest periodontal pocket (>3 mm probing depth[PD]) and the most shallow periodontal probing site ($\leq$3 mm PD) in anterior tooth and posterior tooth, respectively, of each patient. Samples in healthy subjects were obtained from 1 anterior tooth and 1 posterior tooth. Polymerase chain reaction (PCR) of 16S ribosomal DNA (rDNA) of subgingival plaque bacteria was performed. Detection frequencies(% prevalence) of 29 putative periodontal pathogens were investigated as bacterium-positive sites/total sites. Results: With the exception of Olsenella profuse and Prevotella nigrescens, the sites of diseased patients generally showed higher prevalence than the healthy sites of healthy subjects for all bacteria analyzed. Tanerella forsythensis (B.forsythus), Campylobacter rectus, Filifactor alocis, Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas endodontalis and Porphyromonas gingivalis were detected in more than 80% of sites with deep probing depths in CP patients. In comparison between the sites (deep or shallow PD) of CP patients and the healthy sites of healthy subjects, there was statistically significant difference(P<0.05) of prevalence in T.forsythensis (B.forsythus), C.rectus, Dialister invisus, F.alocis, P.gingivalis and Treponema denticola. Conclusion: Our results demonstrate that the four putative periodontal pathogens, T.forsythensis (B.forsythus), C.rectus, P.gingivalis and F.alocis are closely related with CP patients in the Korean population.

형태기반 보간법과 양자화 기법을 이용한 CT 영상에서의 간 영역과 간암 추출 및 분석 (Detection and Analysis of the Liver Region and Hepatoma in CT Images Using Shape-based Interpolation and Quantization Method)

  • 김광백
    • 한국지능시스템학회논문지
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    • 제17권3호
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    • pp.380-389
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    • 2007
  • 암은 한국에서 전체 사망률의 가장 많은 원인 중의 하나이며 이 중 간세포 암은 암에 의한 사망원인 중에서 성별에 관계없이 위암 다음으로 사망률이 높다. 특히 $40{\sim}60$세까지 중장년 기에서의 간암 발생률은 세계에서 가장 높으며, OECD 국가 중에서 간암 사망률은 최고 수치를 기록하고 있다. 본 논문에서는 조영증강 CT 영상에서 간암을 자동으로 추출하는 방법을 제안하여 전문의를 보조할 수 있는 보조 전문가 시스템으로서의 유용성을 확인하고자 한다. 흉부의 상위 부분부터 5mm 간격으로 연속적으로 촬영한 약 $40{\sim}50$장의 조영 증강 CT 영상에서 늑골의 정보를 이용하여 장기들의 정보만으로 구성된 내부 영역과 늑골 및 피하지방층, 그리고 배경으로 구성된 외부 영역을 구분한다. 간 영역의 정보가 포함된 내부영역에서 명암도와 명암의 분포도, 간의 형태 및 위치 정보, 그리고 각 슬라이드를 기준으로 이전 CT 영상과 다음 CT 영상의 정보를 이용하여 간 영역을 추출한다. 간암은 추출된 간 영역에 형태기반 보간법을 적용하여 CT 촬영에서 생기는 슬라이드 사이의 5mm 공간정보를 복원한 후, 각 슬라이드를 기준으로 이전 CT 영상과 다음 CT 영상의 정보와 간암이 가지는 명암도 및 형태학적 특징 정보를 이용하여 추출한다. 제안된 간 및 간암 영역 추출 방법을 전문의가 판별한 것과 비교 분석한 결과, 전문의를 보조할 수 있는 보조 전문가 시스템으로서 효율적임을 확인할 수 있었다.

방사선조사 고추가루로부터 휘발성 표지물질의 구명 (Identification of Irradiation -induced Volatile Marker Compounds in Irradiated Red Pepper Powder)

  • 김훈;안준석;신영민;이영자;이경혜;변명우;차용준
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제34권2호
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    • pp.236-242
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    • 2005
  • 방사선 조사된 고춧가루의 휘발성 화합물로부터 방사선 조사 표지물질의 선정에 의한 새로운 검지방법의 개발 가능성을 검토하기 위해, 각 선량별(0, 1, 3, 5, 10 kGy)로 조사된 고춧가루를 시료로 하여 SPME법 및 P&T법으로 휘발성 화합물을 추출한 후 GC/MS법으로 분석하였다. 그 결과 SPME법 및 P&T법에 의해 각각 51종과 34종의 휘발성 화합물이 검출되었다. 이 중 방사선 조사선량과 유의 적 상관성 (p<0.05 또는 p<0.01)을 가지는 총 25종의 화합물이 SPME법 및 P&T법에 선별되었으며 이는 주로 탄화수소류(4종, dodecane, tridecane, tetradecene, pentadecane), 알데히드류(7종: propanal, 2-methylpropanal, 2-propenal, hexanal, (E)-2-octenal, benzaldehyde, (E)-2-noneal), 케톤류(1종: 2,2,6-trimethyl-cyclohexanone), 알콜류(3종: 1-ponton-3-ol, hexanol, 1-octen-3-ol), 방향족화합물류(4종: toluene, ethyl benzene, o-xylene, 1,3-bis(1,1-dimethylethyl)benzene), 에스테르 화합물류(2종, methyl acetate, ethyl acetate) 및 기타 화합물(4종: p-cymene, tetramethyl-pyrazine, dimethyl disulfide, $\beta$-ocimene)로 구성되어 있었다. 하지만 방사선 조사선량과 화합물의 함량 간의 회귀분석에 의한 결정계수($R^2$) 0.80 이상을 나타내며, 방사선 조사된 시료에서만 검출되는 조건을 만족하는 화합물은 1,3-bis(1,1-dimethylethyl)benzene 1종 뿐이었으며, 1,3-bis(1,1-dimethylethyl)benzene이 SPME법 과 P&T법에 의한 고춧가루의 방사선 조사 판별을 위한 휘발성 표지물질로 선정되었다.

발효 황련해독탕의 생물 전환 성분분석 (Analysis of Bioconversion Components of Fermentation Hwangryunhaedok-tang)

  • 이광진;이보형;정필문;량춘;마진열
    • 약학회지
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    • 제57권4호
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    • pp.293-298
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    • 2013
  • Hwangryunhaedok-tang (HRT) is a traditional herbal medicine, which has been known as a useful prescription for anti-biotic, anti-inflammatory, anti-oxidative and immunosuppressive activity. In this study, the variation in the amount of eight bioactive components of Hwangryunhaedok-tang (HRT) and its fermentation HRT with Lactobacillus casei KFRI 127, Lactobacillus curvatus KFRI 166 and Lactobacillus confuses KFRI 227 was investigated via high-performance liquid chromatography coupled with diode array detection (HPLC-DAD). Simultaneous qualitative and quantitative analysis of eight bioactive components; geniposide, genipin, baicalin, wogonoside, palmatine, berberine, baicalein and wogonin was achieved by comparing their retention times ($t_R$) and UV spectra with those of the standard components. All calibration curve of standard components showed good linearity ($r^2$ >0.979). As a result, the geniposide amount was $15.52{\pm}0.19{\mu}/mg$ that as a main components in HRT. The wogonoside was decreased by 29.28~58.35% with Lactobacillus casei KFRI 127 and L. confuses KFRI 227 ($3.17{\pm}0.31{\mu}g/mg$ and $3.55{\pm}0.13{\mu}g/mg$) compared with the original HRT ($5.02{\pm}0.14{\mu}g/mg$). Otherwise wogonin was increased by 16.28~41.86% with Lactobacillus casei KFRI 127 and L. confuses KFRI 227 ($0.61{\pm}0.01{\mu}g/mg$ and $0.50{\pm}0.02{\mu}g/mg$) compared with the original HRT($0.43{\pm}0.00{\mu}g/mg$). HRT fermented with L. casei KFRI 127 and L. confuses KFRI 227 were evaluated as creating the changes in wogonoside to that aglycon wogonine. In the fermented HRT using Lactobacillus acidophilus KFRI 166, the genipin was only detected, among 3 species of fermentation strains. Thus, these results considered that the strains 166 were exhibited the remarkable changes in genipin.