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Molecular Dynamics Simulation Study for Ionic Strength Dependence of RNA-host factor Interaction in Staphylococcus aureus Hfq

  • Lazar, Prettina;Lee, Yun-O;Kim, Song-Mi;Chandrasekaran, Meganathan;Lee, Keun-Woo
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제31권6호
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    • pp.1519-1526
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    • 2010
  • The behavior of peptide or protein solutes in saline aqueous solution is a fundamental topic in physical chemistry. Addition of ions can strongly alter the thermodynamic and physical properties of peptide molecules in solution. In order to study the effects of added ionic salts on protein conformation and dynamics, we have used the molecular dynamics (MD) simulations to investigate the behavior of Staphylococcus aureus Hfq protein under two different ionic concentrations: 0.1 M NaCl and 1.0 M NaCl in presence and absence of RNA (a hepta-oligoribonucleotide AU5G). Hfq, a global regulator of gene expression is highly conserved and abundant RNA-binding protein. It is already reported that in vivo the increase of ionic strength results in a drastic reduction of Hfq affinity for $Q{\beta}$ RNA and reduces the tendency of aggregation of Escherichia coli host factor hexamers. Our results revealed the crucial role of 0.1 M NaCl Hfq system on the bases with strong hydrogen bonding interactions and by stabilizing the aromatic stacking of Tyr42 residue of the adjacent subunits/monomers with the adenine and uridine nucleobases. An increase in RNA pore diameter and weakened compactness of the Hfq-RNA complex was clearly observed in 1.0 M NaCl Hfq system with bound RNA. Aggregation of monomers in Hfq and the interaction of Hfq with RNA are greatly affected due to the presence of high ionic strength. Higher the ionic concentration, weaker is the aggregation and interaction. Our results were compatible with the experimental data and this is the first theoretical report for the experimental study done in 1980 by Uhlenbeck group for the present system.

폴리아크릴산과 인산으로 법랑질표면 처리후 전단결합강도의 비교 (A Comparison of shear Bonding Strength with Polyacrylic acid and Phosphoric acid Enamel Surface Conditioning)

  • 노정섭;김상철
    • 대한치과교정학회지
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    • 제32권1호통권90호
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    • pp.51-57
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    • 2002
  • 이번 연구의 목적은 3가지의 서로 다른 법랑질 표면처리용액을 사용하였을 때 각각의 경우 전단결합강도를 실험실에서 측정하고 비교해보는 것이다. (1)30% sulfated polyacrylic acid with 0.3M lithium sulfate (2)40% sulfated polyacrylic acid with 0.3M lithium sulfate (3)37% phosphoric acid. 105개의 사람의 소구치를 35개씩 3개의 군으로 분류하였다. 3가지의 준비된 용액을 분류된 각 군에 적용하고 동일한 자가 중합 레진을 사용하여 금속 브라켓을 부착하였다. 각각의 치아마다 전단결합강도를 측정하였다. 브라켓을 제거한후 법랑질표면과 브라켓 베이스의 파절양상을 입체현미경으로 관찰하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 30%와 40% 폴리 아크릴산을 사용한 군에서 측정된 전단결합강도는 37% 인산을 사용한 그룹의 2/3수준으로 임상적응용이 가능한 수준이었으나 충분하지는 않았다. 2. 폴리아크릴산 그룹간의 전단결합강도에서는 통계학적으로 유의성이 없었다. 3. 브라켓의 탈락양상을 관찰한 결과 폴리아크릴산을 사용한 군에서는 브라켓과 접착제간의 파절보다 접착제와 법랑질간의 파절빈도가 높았다. 인산을 사용한 군에서는 폴리아크릴산의 군과 반대로 관찰되었다. 이상의 결과로 볼 때 폴리아크릴산을 임상에 사용하려면 전단결합강도를 높일 수 있는 연구가 선행되어야 할것으로 사료된다.

한국 기업의 물류아웃소싱 활용요인에 관한 연구 (An Approach to the Logistics Outsourcing Factors of the Korean Companies)

  • 방희석;박근식;오운열
    • 한국항만경제학회지
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    • 제25권4호
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    • pp.21-44
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    • 2009
  • 본 연구는 한국 기업의 계약 기간에 따른 물류아웃소싱의 패턴을 분석하여 물류기업의 경쟁력 향상에 기여하는데 목적이 있으며, 문헌연구와 실증분석을 병행하여 실시하였다. 설문조사는 2008년 4월부터 5월까지 2개월 간 진행하였다. 총 400개의 물류기업을 대상으로 설문을 배포한 결과 165부의 설문지를 회수하였으며 분석에 적합한 설문 155부를 대상으로 분석을 실시하였다. 요인분석과 요인별 중요도 분석결과 본 연구의 시사점은 크게 세 가지로 요약할 수 있다. 첫째, 한국기업은 물류아웃소싱 동기로서 기업의 전략과 관련된 요인을 중요시한다. 아웃소싱에 대한 결정은 최고경영자에 의해서 이루어지며, 기업은 해외진출 및 해외진출시 제품경쟁전략에 따라 물류아웃소싱을 검토하게 되고 최고경영자의 해외 진출 및 국제화에 대한 의지 정도, 해외에서 판매되는 자사 제품의 판매 전략에 따라 물류아웃소싱의 활용에 크게 영향을 준다. 둘째, 한국기업은 고객요구에 대한 대응정도, 경쟁의 정도에 따라 물류아웃소싱을 고려하며 기업의 특성, 물류비용, 제품의 물리적 특성 등을 감안하여 물류아웃소싱을 결정하게 된다. 셋째, 계약기간에 따른 물류아웃소싱에 대한 차이를 분석한 결과 시장진출요인은 계약기간에 따른 시사점이 도출되지 않았으나 기업전략, 기업특성, 환경 측면에서는 장기간의 계약관계가 중요하게 인식되었다. 상술한 연구결과를 토대로 아웃소싱의 동기, 결정요인과 계약기간을 고려하여 당사자의 입장 차이를 줄이기 위해 정확한 계약조건제시와 주기적인 의사소통을 토대로 물류아웃소싱의 효과를 높여야 할 것이다.

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태백바람꽃(Anemone pendulisepala, Ranunculaceae)의 분자계통학적 검토 (Molecular Phylogenetic Study of Anemone pendulisepala (Ranunculaceae))

  • 이창숙;이남숙;여성희
    • 식물분류학회지
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    • 제36권4호
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    • pp.263-277
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    • 2006
  • 태백바람꽃(Anemone pendulisepala)은 태백산에서 처음 보고된 후, 백두산에서도 발견된 적이 있으며, 회리바람꽃(A. reflexa), 들바람꽃(A. amurensis) 및 꿩의바람꽃(A. raddeana)과 혼생하여 분포하고 있다. 태백바람꽃은 총포엽의 중앙열편의 모양, 총포엽병의 길이, 꽃받침의 정단부, 줄기 내 중심주의 모양에 있어서 이들 세 분류군과 구별된다. 본 연구는 과거 제기되었던 태백바람꽃의 잡종 여부를 확인하고 분류학적 실체를 판단하기 위하여 형태적으로 유사한 회리바람꽃, 들바람꽃과 꿩의바람꽃과 함께 DNA 염기서열(ITS, psba-trnH, rps16, trnLF)을 분석하였다. 분석결과 태백바람꽃은 핵 DNA인 ITS구간에서 회리바람꽃과 동일한 염기서열을 가지며, 들바람꽃, 꿩의바람꽃 순으로 유집되었다. 태백바람꽃은 엽록체 DNA의 rps16구간에서 4개의 염기의 삽입, trnLF구간에서 2개 염기의 차이 및 6개 염기의 삽입에 의해 근연종들로부터 구분되었다. 또한 태백바람꽃은 형태적 특징에 의해 양친종으로 추정되었던 분류군들과 공유하는 염기서열이 없었고, 유전자다형성도 나타내지 않았다. 따라서 태백바람꽃은 독립된 종으로 처리되는 것이 타당하며, 유사종간의 교배종은 아닌 것으로 추정되었다.

모바일폰용 TFT-LCD와 AMOLED의 색재현성 평가 (Evaluation of Color Reproduction Characteristics of TFT-LCD and AMOLED for Mobile Phone)

  • 박태용;이철희;하영호
    • 대한전자공학회논문지SP
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    • 제45권1호
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    • pp.29-37
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    • 2008
  • 디스플레이 기술이 급격히 발전함과 동시에 디스플레이 종류 또한 다양해지면서 디스플레이의 화질평가에 대한 중요성이 대두되고 있다. 화질평가에는 명암비, 색재현율, 색온도 및 감마 특성 등 물리적인 측정에 의한 정량적인 평가 방법이 사용되어 왔지만, 최종적인 화질의 비교 평가는 관측자가 느끼는 주관적인 인지 화질에 의해 이루어진다. 이에 디스플레이가 가지고 있는 물리적 특성과 관측자가 느끼는 감성 화질 사이의 상관관계를 정립할 필요성이 있다. 따라서 본 논문에서는 Video Electronics Standards Association(VESA) Flat Panel Display Measurements(FPDM) version 2.0의 표준에 따른 측정을 통하여 모바일용 TFT-LCD와 AMOLED가 가지고 있는 색재현 특성-명암비, 기준 백색에 대한 색온도, 회색 계조의 색도 일관성 및 감마 특성, RGB 채널별 계조의 감마 특성, 디스플레이 장치의 색역 크기-을 객관적으로 비교 평가한다. 그 다음, 주요평가 항목을 중심으로 일반 관측자뿐만 아니라 색채 전공자에 의한 다양한 주관적 화질 평가를 수행하고, 이 평가 결과를 뒷받침 할 수 있는 정량적인 자료 및 근거를 제시한다. 이를 통해 화질 향상을 위해 색재현 관점에서 TFT-LCD와 AMOLED가 고려해야할 방향을 제시한다.

과학관 활용 수업을 위한 중등 예비과학교사의 교수 설계에서 나타나는 특징 (The Characteristics of Pre-Service Secondary Science Teachers' Curriculum Design for Teaching in Science Museum)

  • 양찬호;배유진;노태희
    • 한국과학교육학회지
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    • 제35권1호
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    • pp.95-107
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    • 2015
  • 이 연구에서는 사례연구를 통해 과학관 활용 수업을 위한 중등 예비 과학교사의 교수 설계에서 나타나는 특징을 분석하였다. 서울 소재 사범대학의 예비과학교사 3명이 연구에 참여하였으며, 국립과천과학관을 활용한 수업을 계획 및 실행하였다. 예비교사들이 제작한 모든 교수학습 자료를 수집하였고, 수업을 관찰하면서 수업 장면을 촬영 및 녹음하였으며, 교수 실행 전후에 반구조화된 면담을 실시하였다. 예비교사의 과학관 활용 수업을 위한 교수 설계의 특징을 분석하기 위해 지속적 비교 방법을 사용하였다. 연구 결과, 예비교사들은 과학관 수업을 서로 연계된 방문 전, 중, 후 활동으로 구성하였고, 방문 후 활동을 통해 방문 중 학습을 강화시키려 시도하였으며, 과학관 학습을 학생 개인의 경험과 연결시키는 측면을 비교적 적절히 고려하는 것으로 나타났다. 그러나 방문 전 활동을 통해 과학관에 대한 낯설음을 감소시키거나, 소집단 활동을 통해 학생들이 공동의 산출물을 만들도록 하거나, 다양한 사회적 상호작용을 촉진시키거나, 학생들이 자신의 학습을 직접 선택하고 조절하도록 하는 것에 대한 인식과 실행 지식은 부족하였다. 이러한 연구 결과를 바탕으로 예비교사의 과학관 학습관련 전문성을 향상시키기 위한 교육 방안을 제안하였다.

인천산업디자인의 발전방향에 관한 연구 -인천국제디자인공모전의 필요성에 대하여- (A study on the directions for the development of industrial design in Incheon -in Incheon international design competition-)

  • 김영희;김지호;김부치
    • 디자인학연구
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    • 제17권4호
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    • pp.201-210
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    • 2004
  • 본 연구는 인천의 디자인 현황을 분석하여, 인천의 특성을 살린 인천산업디자인의 발전방안을 연구하고, 다음으로 인천광역시가 처음으로 시행하고자하는 ‘인천국제디자인공모전’ 행사에 본 연구를 적용하고자 하는 것이 최종목적이다. 인천은 약260만의 인구를 가진 광역시로서, 수도권의 관문으로 수출산업의 중심지인 국내 최대의 산업도시이자, 인천국제공항개항 및 송도 신도시 개발로 인한 21세기 국제교역도시의 중추기지로 성장하고 있다. 인천의 산업구조는 대부분 중소기업 중심으로 업체 자체의 디자인 개발 능력이 부족하고, 디자인 관련 인력양성기관도 타 광역시에 비해 4년제 대학 2개교, 전문대학 6개교의 열악한 형편이다. 특히, 서울과 인접하여 디자인 관련 학회 및 공모전은 거의 전무한 상태이다. 이러한 인천이 산업적 특성과 디자인의 필요성을 우선 ‘인천국제디자인공모전’의 필요성에 대한 연구를 통하여, 그동안 타 지역에 비해 낙후된 디자인 산업 및 인천경제 활성화에 이바지하도록 할 것이다. 그리고 본 연구를 통해 얻은 결과를 토대로 인천에 걸 맞는 수준 높은 ‘인천국제디자인공모전’을 시행하는데 기초 자료로 활용하고, 나아가 우수한 디자인 전문가 양성 및 인재 발굴로 지자체, 기업, 학교가 서로 협동하여 새로운 국제도시 인천의 이미지 향상에 기여하고자 한다.

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미국 브라운필드 관리 프로그램과 정책의 시기별 특성과 함의 (Periodic Characteristics and Implications of Programs and Policies for Brownfield Management in the U.S.A.)

  • 김유진;패트릭 밀러
    • 한국조경학회지
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    • 제43권1호
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    • pp.96-107
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    • 2015
  • 하수처리시설, 군부대 등의 산업이전적지의 공원화 계획이 늘어나면서 브라운필드 재개발은 조경계획 및 디자인에서 하나의 분야로 자리 잡았다. 특히, 주변 커뮤니티 활성화, 지가 상승 등 동반이익에 대한 기대가 높아지면서 선별된 부지들의 종합적 계획 및 관리에 대한 필요성이 인식되고 있다. 본 연구는 미국 브라운 필드 관리 정책의 변화양상을 살펴 본 기초적인 사례연구로서, 1980년 수퍼펀드 프로그램 도입 이후, 약 30 여 년간 확장하여 온 브라운필드 프로그램과 정책의 시기별 특성을 파악하는 것을 주 목적으로 한다. 연구 방법으로 서술적, 해석적 방법에 기반한 미국 환경부 산하 기관들의 웹문서 및 관련 문헌 분석을 통해 정책의 특성을 시계열적으로 분석하였다. 본 연구의 결과, 주요한 변화를 기점으로 하여, 환경규제시기, 오염정화 및 재개발 촉진시기, 종합적 계획시기의 세 가지 시기로 구분되었고, 주요 특성은 규제 완화 및 재조정, 지원 프로그램의 다양화, 하향식과 상향식 방식의 조화, 데이터베이스 구축의 네 가지 측면으로 요약되었다. 본 연구는 대상지 선별기준, 이해 당사자 파악 및 책임분쟁 조정, 오염도 평가비용 및 처리 등 브라운필드만이 가진 공통 문제들이 어떻게 다뤄져 왔는지 선례를 살펴봄으로써, 향후 한국의 체계적 브라운 필드 관리 및 계획에 시사점을 제공하는 것에 의의를 두고 있다.

국내에서 분리된 사람 로타바이러스의 NSP4 유전자 염기서열 분석 및 발현 (Nucleotide sequence analysis and expression of NSP4 gene of human rotaviruses isolated in Korea)

  • 정동혁;송윤경;김경미;박효선;백명순;강신영
    • 대한수의학회지
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    • 제42권1호
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    • pp.89-100
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    • 2002
  • The nonstructural glycoprotein NSP4, encoded by the 10th gene of rotavirus, has been known to play important roles in viral assembly and pathogenesis. The NSP4 genes of human rotavirus Korean isolates, designated as CBNU/HR-1, CBNU/HR-2, CBNU/HR-3, and CBNU/HR-4, were cloned, sequenced and characterized. Also, the NSP4 gene of the CBNU/HR-1 was expressed in a baculovirus-insect cell system. The sequence data indicated that the NSP4 genes of human rotavirus Korean isolates were 750 or 751 bases in length and encoded one open reading frame of 175 amino acids. Two glycosylation sites were recognized in the NSP4 gene of human rotavirus isolates tested. The NSP4 of CBNU/HR-1, CBNU/HR-3, and CBNU/HR-4 exhibited a high degree of amino acid sequence homology with that of NSP4 genotype B viruses, but a low degree of amino acid sequence homology with that of NSP4 genotype A viruses. However, the NSP4 of CBNU/HR-2 exhibited a high degree of amino acid sequence homology with that of NSP4 genotype A viruses, but a low degree of amino acid sequence homology with that of NSP4 genotype B viruses. The Sf9 cells infected with recombinant baculovirus, inserted with NSP4 gene of CBNU/HR-1, produced specific cytopathic effects and the expressed NSP4 was detected by immunofluorescence staining using NSP4-specific monoclonal antibody(MAb). The expressed NSP4 migrated at 16-26 kDa on SDS-PAGE and reacted with NSP4-specific MAb by Western blotting.

창원시 용도지역별 침수 피해에 따른 위험등급화 분석 (Analysis of Risk Classification on the Urban Flood Damage in Changwon city)

  • 박기용;정진호;전원식
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제18권4호
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    • pp.685-693
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    • 2017
  • 본 연구는 인구와 주요시설들이 집중되어 있는 도시지역에 국지성 폭우가 발생했을 경우, 용도지역별로 침수 피해에 대한 위험도를 등급화하여 효율적으로 대처하기 위해 연구하였다. 창원시를 대상으로 토지이용의 제도적 기반이 되는 용도지역과 재산 가치를 추정할 수 있는 공시지가, 그리고 건축물의 피해 면적과 밀도를 추정하기 위한 용적률 등에 대한 자료를 확보하여 Fuzzy모형을 통해 동일한 침수면적이 발생했을 경우 사회 경제적 피해에 대한 민감도를 파악함으로써 용도지역별로 피해 정도를 위험등급화를 하였다. 분석결과 창원시의 5개 구(마산합포구, 마산회원구, 성산구, 의창구, 진해구)에서 용도지역별 침수피해 순위는 상업지역, 주거지역, 공업지역, 녹지지역 순으로 동일하게 나타났으며, 이는 상업지역이 공시지가와 용적률이 가장 높아 침수 피해에 대한 재산 피해가 높기 때문으로 판단된다. 하지만 마산회원구와 성산구의 세부적인 분석결과에서 앞선 결과와는 상이한 것을 볼 수 있었는데, 지역의 환경 및 특성에 따라 용도지역별로도 침수위험등급이 달라질 수 있음을 보여주고 있다. 본 연구에서 도출된 결과물은 향후 도시계획과 연계하여 토지이용계획 수립 시 도시 침수피해를 줄이기 위한 기초 자료로 활용될 수 있을 뿐 아니라, 도시 지역 개발 계획 수립 시 침수 피해 정도를 사전에 예측할 수 있다. 또한, 기후변화와 도시화라는 이슈와 함께 폭우 발생 시 도시 내수침수 저감에 기여하기 위한 대책으로 토지이용 부문이라는 새로운 대책을 제시했다는 점에서 큰 의의가 있다고 할 수 있다.