Hernandez, Luis Alberto Robles;Callahan, Tiffany J.;Banda, Juan M.
Genomics & Informatics
/
v.19
no.3
/
pp.21.1-21.5
/
2021
The use of social media data, like Twitter, for biomedical research has been gradually increasing over the years. With the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, researchers have turned to more non-traditional sources of clinical data to characterize the disease in near-real time, study the societal implications of interventions, as well as the sequelae that recovered COVID-19 cases present. However, manually curated social media datasets are difficult to come by due to the expensive costs of manual annotation and the efforts needed to identify the correct texts. When datasets are available, they are usually very small and their annotations don't generalize well over time or to larger sets of documents. As part of the 2021 Biomedical Linked Annotation Hackathon, we release our dataset of over 120 million automatically annotated tweets for biomedical research purposes. Incorporating best-practices, we identify tweets with potentially high clinical relevance. We evaluated our work by comparing several SpaCy-based annotation frameworks against a manually annotated gold-standard dataset. Selecting the best method to use for automatic annotation, we then annotated 120 million tweets and released them publicly for future downstream usage within the biomedical domain.
Toxicogenomics combines transcriptome, proteome and metabolome profiling with conventional toxicology to investigate the interaction between biological molecules and toxicant or environmental stress in disease caution. Toxicogenomics faces the problems of comparison and integration across different sources of data. Cause of unusual characteristics of toxicogenomic data, researcher should be assisted by data analysis and annotation for getting meaningful information. There are already existing repositories which claim to stand for toxicogenomics database. However, those just contain limited abilities for toxicogenomic research. For supporting toxicologist who comes up against toxicogenomic data flood, now we propose novel toxicogenomics knowledgebase system, XPERANTO-TOX. XPERANTO-TOX is an integrated system for toxicogenomic data management and analysis. It is composed of three distinct but closely connected parts. Firstly, Data Storage System is for reposit many kinds of '-omics' data and conventional toxicology data. Secondly, Data Analysis System consists of analytical modules for integrated toxicogenomics data. At last, Data Annotation System is for giving extensive insight of data to researcher.
We have built a database server called Patome which contains the annotation information for patented bio-sequences from the Korean Intellectual Property Office (KIPO). The aims of the Patome are to annotate Korean patent bio-sequences and to provide information on patent relationship of public database entries. The patent sequences were annotated with Reference Sequence (RefSeq) or NCBI's nr database. The raw patent data and the annotated data were stored in the database. Annotation information can be used to determine whether a particular RefSeq ID or NCBI's nr ID is related to Korean patent. Patome infrastructure consists of three componentsthe database itself, a sequence data loader, and an online database query interface. The database can be queried using submission number, organism, title, applicant name, or accession number. Patome can be accessed at http://www.patome.net. The information will be updated every two months.
Journal of the Korea Society of Computer and Information
/
v.5
no.3
/
pp.99-105
/
2000
Video has become an important element of multimedia computing and communication environments, with applications as varied as broadcasting, education, publishing, and military intelligence. The necessity of the efficient methods for multimedia data retrieval is increasing more and more on account of various large scale multimedia applications. According1y, the retrieval and representation of video data becomes one of the main research issues in video database. As for the representation of the video data there have been mainly two approaches: (1) content-based video retrieval, and (2) annotation-based video retrieval This paper designs and implements a video retrieval system for using semantic-based annotation.
IEMEK Journal of Embedded Systems and Applications
/
v.18
no.6
/
pp.267-275
/
2023
This paper presents the development of specialized software for annotating volume-of-interest on 18F-FDG PET/CT images with the goal of facilitating the studies and diagnosis of head and neck cancer (HNC). To achieve an efficient annotation process, we employed the SE-Norm-Residual Layer-based U-Net model. This model exhibited outstanding proficiency to segment cancerous regions within 18F-FDG PET/CT scans of HNC cases. Manual annotation function was also integrated, allowing researchers and clinicians to validate and refine annotations based on dataset characteristics. Workspace has a display with fusion of both PET and CT images, providing enhance user convenience through simultaneous visualization. The performance of deeplearning model was validated using a Hecktor 2021 dataset, and subsequently developed semi-automatic annotation functionalities. We began by performing image preprocessing including resampling, normalization, and co-registration, followed by an evaluation of the deep learning model performance. This model was integrated into the software, serving as an initial automatic segmentation step. Users can manually refine pre-segmented regions to correct false positives and false negatives. Annotation images are subsequently saved along with their corresponding 18F-FDG PET/CT fusion images, enabling their application across various domains. In this study, we developed a semi-automatic annotation software designed for efficiently generating annotated lesion images, with applications in HNC research and diagnosis. The findings indicated that this software surpasses conventional tools, particularly in the context of HNC-specific annotation with 18F-FDG PET/CT data. Consequently, developed software offers a robust solution for producing annotated datasets, driving advances in the studies and diagnosis of HNC.
Proceedings of the Korean Society of Broadcast Engineers Conference
/
2019.11a
/
pp.69-70
/
2019
본 논문에서는 토지 정보를 분류하는 연구를 수행하기 위한 이미지 데이터 셋을 개발하는데 필요한 반자동 annotation 도구를 제안한다. 논문에서 제안하는 도구는 합성개구레이더 영상을 입력으로 하고, 물/경작지/숲/건물을 구분하는 시스템을 개발하기 위해서 만들어진 것이나, 다른 목적을 가지는 토지 관련 이미지 분석 시스템의 개발에 사용될 수 있다. 제안하는 도구는 합성개구레이더 영상이 GPS 정보와 같이 입력되었을 때, GPS 정보에 기반하여 토지지목정보를 불러오고, 이를 재정리하여 1차 레이블링 결과를 자동적으로 생성한다. 국가에서 관리하는 토지지목정보는 개발하고자 하는 시스템의 분류 기준에 많은 부분 도움이 되긴 하지만, 일부분 차이점이 있기 때문에 이를 다시 수동으로 수정하는 도구을 동작하여 annotation이 완료된 이미지 데이터를 구축한다.
Proceedings of the Korean Society for Language and Information Conference
/
2002.02a
/
pp.1-1
/
2002
This talk provides an overview of current work in my research group on the syntactic annotation of the T bingen corpus of spoken German and of the German Reference Corpus (Deutsches Referenzkorpus: DEREKO) of written texts. Morpho-syntactic and syntactic annotation as well as annotation of function-argument structure for these corpora is performed automatically by a hybrid architecture that combines robust symbolic parsing with finite-state methods ("chunk parsing" in the sense Abney) with memory-based parsing (in the sense of Daelemans). The resulting robust annotations can be used by theoretical linguists, who lire interested in large-scale, empirical data, and by computational linguists, who are in need of training material for a wide range of language technology applications. To aid retrieval of annotated trees from the treebank, a query tool VIQTORYA with a graphical user interface and a logic-based query language has been developed. VIQTORYA allows users to query the treebanks for linguistic structures at the word level, at the level of individual phrases, and at the clausal level.
The Journal of the Korea institute of electronic communication sciences
/
v.9
no.7
/
pp.739-745
/
2014
In this paper, an evaluation of intelligent CCTV system is proposed with recording and implementation video and video DB. Videos for evaluation are recorded by dividing far, mid and near zone. Video DB has video recording information, detection area, and ground truth in XML format. A video annotation tool is proposed to make ground truth effectively in this paper. A video annotation tool writes ground truths of videos and includes evaluation comparing system alarms with ground truths.
Proceedings of the Korean Society for Language and Information Conference
/
2007.11a
/
pp.450-458
/
2007
Tombstone inscriptions represent a linguistic genre which yields insights in culture and language. Creating corpora from tombstones is thus a complementary approach for the study of languages and cultures. For the annotation of tombstone corpora, we propose TSML, the Tombstone-Markup-Language, developed during the massive annotation of Taiwanese tombstones and a number of tombstones from China, Indonesia and Europe. We discuss our conceptual framework in the annotation of tombstones and derive successively and present preliminary research data to show how the usefulness of the annotations. Finally, we will encourage researchers to participate in the specification of TSML to obtain soon an annotation language for annotations across cultures and languages.
Mobile (smartphone) search engine marketing is increasingly important. Accordingly, the development of visual apparel search technology to obtain easier and faster access to visual information in the apparel field is urgently needed. This study helps establish a proper classifying system for an apparel search after an analysis of search techniques for apparel search applications and existing domestic and overseas apparel sites. An annotation technique is developed in accordance with visual attributes and apparel categories based on collected data obtained by web crawling and apparel images collecting. The categorical composition of apparel is divided into wearing, image and style. The web evaluation site traces the correlations of the apparel category and apparel factors as dependent upon visual attributes. An appraisal team of 10 individuals evaluated 2860 pieces of merchandise images. Data analysis consisted of correlations between apparel, sleeve length and apparel category (based on an average analysis), and correlation between fastener and apparel category (based on an average analysis). The study results can be considered as an epoch-making mobile apparel search system that can contribute to enhancing consumer convenience since it enables an effective search of type, price, distributor, and apparel image by a mobile photographing of the wearing state.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.