• 생명과학회지
• /
• 제18권2호
• /
• pp.284-286
• /
• 2008

낙지는 우리나라 연안에 대부분 서식하는 종으로 특히 남해안 연안에서 많이 어획되고 있는 종이다. 현재, 중국산 낙지가 우리나라 수산시장에 많이 수입되고 있는 관계로 본 연구에서는 분자마커를 이용하여 한국산과 중국산 낙지를 구별하기 위하여 조사했다. 유전자 증폭을 이용하여 중국 산동지역에 서식하고 있는 낙지 4마리에 대하여 PCR 생성물이 보인 반면에, 남해, 무안, 여수, 진도에 서식하고 있는 낙지 미토콘드리아 DNA는 나타나지 않았다. 따라서 PCR 증폭으로 국내산 $1{\mu}g$ DNA 첨가 시 중국산 0.1 ng DNA까지 민감도를 보여, 앞으로 간편하고 신속한 중국산 낙지 구별을 위하여 좋은 도구로 이용될 것으로 보인다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
• /
• 제63권6호
• /
• pp.195-202
• /
• 2020

Developments in next-generation sequencing (NGS) techogies have assisted in clarifying the diagnosis and treatment of developmental delay/intellectual disability (DD/ID) via molecular genetic testing. Advances in DNA sequencing technology have not only allowed the evolution of targeted panels but also, and more currently enabled genome-wide analyses to progress from research era to clinical practice. Broad acceptance of accuracy-guided targeted gene panel, whole-exome sequencing (WES), and whole-genome sequencing (WGS) for DD/ID need prospective analyses of the increasing cost-effectiveness versus conventional genetic testing. Choosing the appropriate sequencing method requires individual planning. Data are required to guide best-practice recommendations for genomic testing, regarding various clinical phenotypes in an etiologic approach. Targeted panel testing may be recommended as a firsttier testing approach for children with DD/ID. Family-based trio testing by WES/WGS can be used as a second test for DD/ID in undiagnosed children who previously tested negative on a targeted panel. The role of NGS in molecular diagnostics, treatment, prediction of prognosis will continue to increase further in the coming years. Given the rapid pace of changes in the past 10 years, all medical providers should be aware of the changes in the transformative genetics field.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제17권9호
• /
• pp.4259-4265
• /
• 2016

Background: Colorectal malignancies with high microsatellite instability (MSI-H), either hereditary (Lynch syndrome) or sporadic, demonstrate better prognosis and altered response to 5FU chemotherapy. It is now recommended to perform MSI testing for all new cases of colorectal cancer regardless of being categorized as hereditary or sporadic. For MSI detection, immunohistochemistry or PCR-based protocols using a cohort of various sets of STR markers are recommended. Here we aimed to evaluate a simplified protocol using just a single STR marker, MT1XT20 mononucleotide repeat, for detection of MSI in Lynch syndrome patients. A Promega five-marker MSI testing panel and immunohistochemistry (IHC) were used as the gold standard in conjunction with MT1XT20. Materials and Methods: Colorectal patients with a positive history of familial cancers were selected by evaluating medical records. Based on Amsterdam II criteria for Lynch syndrome 20 families were short listed. DNA was extracted from formalin fixed paraffin embedded tumour and adjacent normal tissues resected from the index case in each family. Extracted DNA was subjected to MT1XT20 mononucleotide marker analysis and assessment with a commercially available five marker MSI testing kit (Promega, USA). IHC also was performed on tissue sections and the results were compared with PCR based data. Results: Eight (40%), seven (35%) and five (25%) cases were MSI positive using with the Promega kit, IHC and MT1XT20, respectively. Among the markers included in Promega kit, BAT26 marker showed instability in all 8 samples. NR24 and NR21 markers showed instability in 7 (87.5%), and BAT25 and MONO 27 in 6 (75%) and 5 (62.5%). Conclusions: Although MT1XT20 was earlier reported as a valid standalone marker for MSI testing in CRC patients, we could not verify this in our Iranian patients. Instead BAT26 among the markers included in Promega MSI testing kit showed instability in all 8 MSI-H CRC samples. Therefore, it seems BAT26 could act well as a single marker for MSI testing in Iranian CRC patients.

• 원예과학기술지
• /
• 제31권3호
• /
• pp.344-351
• /
• 2013

국내에서 유통되고 있는 오이 110 품종을 대상으로 microsatellite 마커를 이용하여 DNA profile 데이터베이스를 구축하기 위하여 품종식별력이 높은 분자 마커의 선정 및 이를 활용한 품종간 유전적 유사도 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 오이 11 품종을 358개의 microsatellite 마커로 검정하여 31개의 다형성이 높은 마커를 선정한 다음 110품종에 대한 DNA profile 데이터베이스를 구축하였다. 오이 110품종을 31개의 microsatellite 마커로 분석하였을 때 대립유전자의 수는 2-9개로 비교적 다양한 분포를 나타내었으며 전체 139개의 대립유전자가 분석되었다. PIC 값은 0.253-0.873 범위에 속하였으며 평균값은 0.610으로 나타났다. Microsatellite 마커들의 대립유전자를 이용하여 계통도를 작성하였을 때 110 품종이 과실의 형태에 따라 그룹화되는 것을 확인하였으며, 대부분이 품종이 microsatellite 마커의 유전자형에 의해 식별이 되는 것으로 나타났다. 이 연구결과에 의해 개발된 오이 품종별 DNA profile 데이터베이스는 품종보호 출원 품종의 선 DNA 검정을 통한 대조품종 선정, 구별성, 균일성, 안정성 확인에 매우 유용하게 이용할 수 있어 향후, 품종보호권 강화 등에 크게 기여할 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국산학기술학회논문지
• /
• 제16권10호
• /
• pp.6715-6721
• /
• 2015

최근 실종자, 변사자, 미아 등의 유전자 분석 자료는 지속적으로 증가하고 있으나, 현재 친자확인을 위한 통계학적 계산은 대부분 수기에 의하거나 엑셀을 통해서 이루어지고 있다. 따라서 유전자 분석 자료 중 상염색체 Short Tandem Repeat (STR)을 체계적으로 관리하고 효과적으로 분석할 수 있는 소프트웨어의 개발이 필요하다. 친자관계 및 혈연관계를 다양한 옵션 하에서 용이하게 분석하는 웹 기반 유전자자료 분석시스템이 광범위한 테스트 없이 약 20개월의 연구를 통해서 개발되었다. 친자관계 분석을 위해서 부계지수 계산 알고리즘을 사용하였고, 혈연관계 분석을 위해서 Identity by descent (IBD) 공식을 사용하였다. 이 시스템은 실제 데이터를 기반으로 혈연관계지수와 친자확률이 검증됨으로써 신뢰성이 확보됨은 물론, 대량 재난 재해 시 발생될 유전자 분석 자료의 관리 및 분석에 효과적으로 이용될 수 있을 것이다. 이 외에도 본 시스템은 데이터베이스와 알고리즘의 통합 환경, 사용자 중심 인터페이스, 프로세스 자동화 등 고급기능을 포함한다.

• Journal of Genetic Medicine
• /
• 제6권2호
• /
• pp.146-154
• /
• 2009

Multiplex ligation dependent probe amplification (MLPA)은 탐침자를 표적지에 교잡시킨 후, ligation 시키고, 그 산물을 중합효소연쇄반응으로 증폭시킴으로써 표적지의 존재여부 또는 농도를 확인할 수 있는 방법으로, 그 원리가 소개된 이래로 여러 유전자들에 대한 거대결실 및 중복돌연변이에 대한 탐색에 이용되었다. 유전자진단은 질환에 관련된 유전자에 대한 돌연변이를 탐색함으로써 질환을 진단하는 방법으로, 단일유전자 결핍 질환에 대한 유전자진단은 주로 중합효소연쇄반응과 염기서열 분석 방법을 통한 점돌연변이의 탐색에 집중되어 있다. 거대결실 또는 중복돌연변이의 경우, 특히 이형접합자를 형성하게 되는 경우는 중합효소 연쇄반응을 통하여 결실 또는 중복돌연변이 여부의 확인이 힘들다. PCR 방법에 기초하여 유전자의 농도(gene dosage)를 알 수 있는 방법으로 MLPA 방법이 소개되면서 거대결실 또는중복돌연변이를 포함하고 있던 질병 관련돌연변이들의 규명이 한층 쉬워졌다. MLPA의 원리를 응용하여 단순한 유전자의 농도 측정뿐 아니라 유전자내의 메칠화양상의 차이를 확인하거나, 염색체의 배수체 이상 등 염색체이상의 돌연변이 규명과, 전체 유전자의 크기가 비교적 커서 거대결실 돌연변이를 많이 동반하는, 주로 우성유전의 암 관련 유전자 돌연변이의 규명에 유용하게 이용된다. MLPA는 상용적인 중합효소연쇄반응으로 확인할 수 없는 유전자의 농도를 효과적으로 규명할 수 있는 방법으로, 적은 양의 주형 DNA만을 사용하고, 한가지의 실험원리로 다양한 응용이 가능하며 high-throughput이 가능한 장점을 가지는 반면, 주형 DNA의 질에 결과의 의존도가 높고, 민족 또는 개인간의 차이를 보일 수 있는 표적 DNA 염기서열 내의 single nucleotide polymorphism (SNP) 등으로 인해 분석의 오류가 생길 수 있으며, 양적 차이를 규명하는 것이므로 수 차례의 대조군 검사가 함께 진행되어야 하는 단점이 있다. 여기서는 MLPA를 이용하여 질병유전자의 돌연변이를 밝힌 사례를 바탕으로 MLPA의 원리와 탐색할 수 있는 돌연변이의 종류, 그리고 이 방법의 장단점에 대해 고찰해 보고자 한다.

• 원예과학기술지
• /
• 제31권5호
• /
• pp.580-589
• /
• 2013

국내에서 최근에 유통되고 있는 고추 170품종을 대상으로 microsatellite 마커를 이용하여 DNA 프로파일 데이터베이스를 구축하기 위하여 품종식별력이 높은 분자표지의 선정 및 이를 활용한 품종 식별력 및 유전적 유사도 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 고추 형태적 특성이 다른 11품종을 302개의 microsatellite 마커로 검정하여 24개의 다형성이 높은 마커를 선정한 다음 170품종에 대한 DNA 프로파일 데이터베이스를 구축하였다. 고추 170품종을 24개의 microsatellite 마커로 분석하였을 때 마커당 평균 대립유전자수는 6.83개로 나타났고, 최소 2개부터 15개까지 다양한 분포를 나타내었다. PIC 값의 경우 0.324-0.873 범위에 속하였으며 평균값은 0.673으로 높게 나타났다. Microsatellite 마커의 대립유전자를 이용하여 고추 170품종에 대한 계통도를 작성하였을 때 과실의 형태에 따라 3개의 그룹으로 크게 나누어졌으며 모든 품종이 microsatellite 마커의 유전자형에 의해 식별이 되는 것으로 나타났다. 이 연구결과에 의해 개발된 고추 품종별 DNA 프로파일 데이터베이스는 품종보호출원 품종의 선 DNA 검정을 통한 대조품종 선정, 구별성, 균일성, 안정성의 재확인에 매우 유용하게 이용되어질 수 있어 향후, 품종보호권 강화 등에 크게 기여할 수 있을 것으로 사료된다.

• 대한의생명과학회지
• /
• 제11권1호
• /
• pp.51-56
• /
• 2005

The detection of high-risk human papilloma virus (HPV) allows us to predict the presence and future development of cervical intraepitheliallesion. In this study, we compared Hybrid Capture II and DNA chip methods for detection of HPV in cervical swab samples. And we evaluated the clinical efficacy and diagnostic performance of HPV DNA chip and Hybrid Capture II for detecting HPV in cervical neoplastic lesions. Seventy four patients were classified into three groups according to their histologic diagnosis: Group I (nonspecific chronic cervicitis), Group II (low-grade squamous intraepithelial lesion (SIL); koilocytosis, and mild dysplasia), and Group III (high-grade SIL;, moderate, severe dysplasia and in situ carcinoma). Cytologic diagnosis were based on the Bethesda System. Hybrid Capture II and DNA chip methods were performed to detect HPV. In 41 of the 74 cervical samples $(55.4\%)$, HPV DNAs were detected by Hybrid Capture II. In Group III, HPV-positive cases were detected in 15 $(20.3\%)$ of 74 patients by Hybrid Capture II. 25 patients with ASCUS cytology were histopathologically examined: 9 cases $(36\%)$ were Group II. In 18 patients with low-grade SIL cytology, 13 cases $(72.2\%)$ were Group II and 3 cases $(16.7\%)$ were Group III. 12 cases $(92.3\%)$ were Group ill of 13 patients with high-grade SIL cytology. The sensitivity of each test was $82\%$ in Hybrid Capture II and $53.9\%$ in DNA chip test. And the specificity was $74.3\%,\;85.7\%$ in Hybrid Capture II and DNA chip. In conclusion, Hybrid Capture II test is more sensitive than DNA chip in detecting women with cervical neoplastic lesions. Especially, in diagnosing of ASCUS, Hybrid Capture II test is more sensitive. Therefore, Hybrid Capture II test for cancer-associated HPV DNA is a viable option in the management of women with ASCUS.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제16권14호
• /
• pp.6093-6097
• /
• 2015

Background: HPV DNA testing has been recently introduced as an adjunct test to cytology in the follow-up of patients after treatment for cervical lesions using the loop electrosurgical excision procedure (LEEP). The aim of this study was to evaluate the role of HPV testing in the detection of persistent or recurrent disease after LEEP in patients with cervical epithelial lesions in northern Thailand. Materials and Methods: Patients who underwent LEEP as a treatment for histological low-grade (LSIL) or high-grade squamous intraepithelial lesion (HSIL) or worse at Chiang Mai University Hospital between June 2010 and May 2012 were included. Follow-ups were scheduled at 6-month intervals and continued for 2 years using co-testing (liquid-based cytology and Hybrid Capture 2 [HC2]) at 6 months and 24 months and liquid-based cytology alone at 12 and 18 months. Results: Of 98 patients included, the histological diagnoses for LEEP included LSIL in 16 patients, and HSIL or worse in 82 patients. The LEEP margin status was negative in 84 patients (85.7%). At follow-up, 10 patients (10.2%) had persistent/recurrent lesions; 4 among LSIL patients (25.0%) and 6 in the group with HSIL or worse (7.3%). Only 2 of 82 patients (2.4%) with HSIL or worse diagnoses had histological HSIL in the persistent/recurrent lesions. Using histologically confirmed LSIL as the threshold for the detection of persistent/recurrent disease, cytology had a higher sensitivity than HC2 (90.0% versus 70.0%). At the 6-month follow-up appointment, combined cytology and HC2 (co-testing) had a higher sensitivity in predicting persistent/recurrent disease (80.0%) compared with that of cytology alone (70.0%) and HC2 (50.0%). Conclusions: After LEEP with a negative surgical margin, the rate of persistent/recurrent lesions is low. The addition of HPV testing at the 6-month visit to the usual cytology schedule may be an effective approach in the follow-up after LEEP.

• 식물병연구
• /
• 제30권3호
• /
• pp.219-228
• /
• 2024

Colletotrichum spp.에 의해 감염되는 고추 탄저병은 고추 생산량에 경제적인 감소를 초래한다. 분자 진단은 병원균의 신속한 동정과 살균제 저항성을 결정하는 데 중요한 역할을 하는데, 이를 위한 병원균의 분리, 게놈 DNA 추출 및 유전자 염기서열 분석은 시간이 소요된다. 이 연구에서는 게놈 DNA 추출이나 특별한 처리 과정 없이 Colletotrichum 종의 포자를 사용하는 방법을 적용하였다. 방법의 명확성을 위해 ITS 기반의 primer 쌍을 이용하여 PCR 및 qPCR 검정으로 민감도를 분석하였다. PCR과 qPCR 실험 모두 탄저병균 1개의 포자에서도 검출되었다. 이 결과 1,000개 포자가 1 pg의 게놈 DNA와 동일하였다. QoI 계열 살균제 감수성 검정을 위한 cytb 유전자 증폭은 단일포자에서도 검출이 가능하지만, cycle 수를 35 cycle로 늘릴 경우 염기서열 정보를 안정적으로 확보할 수 있을 만큼의 PCR 산물이 확보되었다. 또한, V8-Juice 한천 배지에 10% 간 고추를 첨가할경우 일반적으로 사용되는 감자 한천 배지에 비해 3.2-6.0배 더 많은 포자가 형성되어 포자 기반 연구를 위해 적용 가능할 것이다. 본 연구를 종합하면, 이 연구는 PCR 및 qPCR 분석을 통해 고추 탄저병의 분자 동정을 위한 최소 포자량 및 바코드 유전자를 포함한 표적 유전자 증폭에 포자를 활용할 수 있는 유용한 기술을 제공한다.