• 생명과학회지
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• 제13권4호
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• pp.522-528
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• 2003

본 연구는 출아형 효모 Saccharomyces cerevisiae에서 자외선의 상해 시 이를 정상으로 회복시키는 절제회복 (excision repair) 유전자로 알려진 RADA4의 특성 규명을 위하여 균류 Coprinus cinereus에서 이와 유사한 유전자를 분리하였다. RAD4 유사 유전자를 분리하기 위하여 균류 C. cinereus의 염색체 DNA를 전기영동하여 분리한 다음 효모 RAD4 DNA를 probe로하여 이와 hybridization하였다. 이 결과 RAD4 유사 유전자는 3.2 kb의 insert DNA를 갖고 있었다. 또한 Southern hybridization으로 이 유사 유전자는 fungus C. cinereus의 염색체에 존재함을 확인하였다. 분리한 RAD4 유사 유전자의 전사체 크기는 2.5 kb 였으며, 자외선의 상해 시 전혀 'inducibility가 없음을 Northern hybridization으로 확인하였다. 또한 유사유전자 부분을 삭제하였을 때 이 부분이 없는 세포는 전혀 생존을 못하였다. 이 결과 분리한 RAD4 유사유전자는 세포의 생존에 관여함을 알 수 있었다.

• Journal of Plant Biology
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• 제39권4호
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• pp.279-286
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• 1996

To know the changes of rbcL mRNA level by illumination, Northern hybridization analysis was performed with maize (Zea mays L.cv. Golden X Bantam). The average level of rbcL. mRNA in the light-grown shoots was 3.1 times higher than that of the dark-grown shoots after 6 to 10 growth days. The maximum difference of rbcL mRNA level between the dark-grown and the light-grown shoots was 5.1 folds. These results indicate that accumulation of rbcL mRNAin maize shoots is induced by light. Since the transcriptional DNA binding proteins and their cognate promoter elements, we carried out gel-retardation assays to elucidate the specific binding proteins on the rbcL promoter. It was found that plastid proteins of light-grown shoots bound to the R2 DNA fragment (-33 to -229) and R3 DNA fragment (-230 to -418 from ATG) of the rbcL promoter. From the results of competitive binding assays and heat or protease treatments, it was demonstrated that the bindings were sequence-specific DNA-protein interactions. Therefore, it could be concluded that the rbcL promoter region has at least two specific recognition sites for plastid proteins.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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• pp.46-55
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• 2006

(주)지노믹트리는 DNA 마이크로어레이 기술을 기반으로 하는 분자진단회사로서, 다음의 세가지 사업에 전력하고 있다. 첫째는 독창적이며 특화된 바이오마커 발굴기술 (MAGIC system)을 바탕으로 각종 암진단을 위한 바이오마커 개발연구 두 번째는 당사의 원천 기술인 다중동시검출 시스템을 이용한 질병 진단 시스템 및 증폭시스템 세 번째는 마이크로어레이 기술을 이용한 유전자 발현 분석, Array CGH, DNA 메틸레이션 분석 그리고 miRNA 검출 등의 지노믹스시대의 연구를 위한 토탈솔루션을 제공하고 있다. 지난 5년간의 마이크로어레이 기반기술을 이용한 자체연구 활동을 수행하면서 축적된 마이크로어레이 관련기술 노-하우들을 국내 마이크로어레이 연구자들에게 공급하기 위하여 노력하고 있다. 특히 당사의 지노믹서비스 부문은 유전자 발현 분석 솔루션 제공을 위해서 자체적으로 제작하여 공급하고 있는 human cDNA(17K/25K) 및 rat cDNA (5.0K) 마이크로어레이, Human (22K) 및 mouse (10K) 올리고뉴클레오타이드 마이크로 어레이 그리고 미생물 연구를 위한 대장균 (6K) 및 폐렴균 (2.2K) 올리고뉴클레오타이드 마이크로어레이 제공 및 이를 이용한 유전자 발현 분석 서비스를 제공하고 있다. 체적으로 제작되는 마이크로어레이 서비스는 2001년 도입한 ISO9001 품질인증시스템의 기반하에서 제작부터 생산까지의 엄격한 품질관리 과정을 거쳐서 고품질의 마이크로어레이를 이용한 분석서비스를 제공 하고 있다. 또한 고객요구형 서비스를 위하여 국외 유수의 마이크로어레이 회사 (Agilent, Microarray Inc, TIGR, Eurogentec 등)의 whole genome 기반의 마이크로어레이 제품을 이용한 분석서비스를 제공하고 있으며 마이크로어레이 실험을 위해서 필수적으로 이용되고 있는 시약 (labeling kit), 마이크로어레이 hybridization을 위한 hardware (hybridization chamber, hnay centrifuge)등을 자체적으로 개발하여 공급하고 있다. DNA copy number 측정을 위한 Array CGH 분석을 위해서는 자체적으로 제작공구하고 있는 human cDNA 마이크로어레이 (17K/25K) 그기고 rat (5.0K) 마이크로어레이를 이용한 분석서비스 및 whole genome 기반의 Agilent 올리고뉴클레오타이드 CGH 어레이 (44K, 35Kb resolution)를 이용한 분석서비스를 제공하고 있다. Epigenetic study를 하는 연구자들을 위한 메틸레이션 마이크로어레이 분석 서비스를 제공하고 있다. 기존분석법인 Bisulfite 처리기반의 분석이 아닌 enzyme digestion후 PCR 증폭방법을 이용한 분석방법을 이용함으로써, bisulfite 처리에 의한 DNA 손실문제를 최소화 하였다. 현재 50개의 문헌을 통해 잘 보고된 메틸레이션 유전자들에 대한 분석서비스를 제공하고 있으며, 지속적으로 표적컨텐츠의 숫자를 증가시킬 예정이다. 최근 많은 연구자들의 관심을 끌고 있는 micro RNA 검출을 위한 DNA 마이크로어레이 서비스를 제공할 예정이다 (2006년 3월 출시). 현재 까지 알려진 약 320개의 모든 miRNA를 탑재하고 있는 소형 DNA 마이크로어레이를 이용한 분석서비스로서 1장의 마이크로어레이 실험을 통하여 알려진 모든 miRNA의 비교분석이 가능하다. 마이크로어레이 실험 뿐만 아니라 data 분석을 위한 software도 상당히 중요한 비중을 차지하고 있다 이를 위하여 (주)지노믹트리는 Agilent에서 개발한 GeneSpring GX (유전자 발현 분석), Signet (마이크로어레이 database) 및 GeneSpring GT (SNP 분석)를 공급하고 있다. 통계적인 기반 지식의 없은 일반 user들을 위한 간편하면서도 종합적인 기능을 포함하고 있는 우수한 프로그램으로 이미 국제적으로 많은 인정을 받고 있다. (주)지노믹트리는 국내외 많은 연구자들의 경제적, 시간적 연구여건을 고려한 마이크로어레이 토탈솔루션을 제공하고 있으며, 실험 분석에서 data 마이닝 그리고 마이크로어레이 실험 디자인에 이르는 토탈솔루션을 제공하고 있다.

• 한국식물병리학회지
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• 제14권6호
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• pp.636-641
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• 1998

Digoxigenin (DIG) was used to prepare nucleic acid probe for the detection of RNA of potato leafroll virus (PLRV) in the potato leaf extracts. The 0.6 kb coat protein (CP) gene cDNA of PLRV in plasmid pSPT 18 vector was labeled with digoxigenin by in vitro run-off transcription and then used for cRNA probe. In the several buffers tested for increase the total RNA extraction efficiency AMES buffer was the most suitable for this detection method. The RNA extracts from potato leaves shown symptoms of PLRV were dot blotted onto nylon membrane and hybridized with labeled RNA probes. After hybridization, labeled RNA bound to PLRV RNA on membrane was detected with anti-digoxigenin alkaline phosphatase. 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-phosphate/nitroblue tetrazolium (NBT) salt and CSPD were used as substrate for colorimetric and film exposure detection, respectively. These detection methods were very sensitive allowing for detection of 1/32 diluted total RNA extract from 100 mg leaf tissue.

• Radiation Oncology Journal
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• 제19권3호
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• pp.245-251
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• 2001

목적 : K562 세포를 대상으로 PTK inhibitor (herbimycinA와 genistein)에 의한 방사선 유도 apoptosis의 변화에 따른 관련 유전자를 탐색하고자 하였다. 대상 및 방법 : K562 세포는 $2\times10^5\;cells/mL$의 비율로 준비하여 대수증식기로 성장한 세포를 각각의 실험조건에 따라 처리하여 사용하였다. 방사선 조사는 6-MV X-Ray 10 Gy (Clinac 1800C, Varian, USA)를 $200\~300\;cGy/min$의 선량율로 상온에서 일정하게 조사하였다. Herbimycin A (HMA, Calbiochem, UK)와 genistein (Calbiochem, UK)은 dimethylsulfoxide (DMSO, Sigma, UK)에 녹여서 각각 1 mM과 10 mM의 농축용액으로 조제한 각각 250 nM과 $25\;{\mu}M$의 최종농도로 처리하였다. 내성 변화의 조절에 관여하는 유전자를 찾고자 PCR-select cDNA subtractive hybridization을 실시하여 128개의 차별 발현되는 clones을 재선별하였다. DNA sequencing을 통하여 염기서열을 분석하였으며, GenBank database를 이용하여 이미 밝혀진 유전자들과의 상동성을 비교하였다. 상동성을 갖는 clone을 확인하여 이를 probe로 사용하여 방사선 단독조사한 실험군과 방사선과 HMA 또는 genistein을 동시 처리한 실험군들간의 mRNA 발현의 차이를 Northern hybridization을 통하여 확인하였다. 결과 : homo sapiens Smad6 유전자와 $95\%$의 상동성을 갖는 clone을 확인하였다. 이를 probe로 사용하여 방사선 단독 조사한 실험군과 방사선과 HMA 또는 genistein을 동시 처리한 실험군들간의 mRNA 발현의 차이를 비교 분석한 결과, 방사선과 genistein을 동시 처리한 실험군의 mRNA 발현이 방사선 단독 조사한 실험군과 방사선과 HMA를 처리한 실험군들에 비하여 현저히 높았다. 결론 : Smad6와 방사선에 의해 유도되는 apoptosis의 억제에 관한 연관성을 보고한 문헌은 없으나, Smad6가 일부세포에서 apoptosis를 억제한다는 보고들과, 본 연구에서 관찰한 genistein에 의한 방사선에 의해 유도되는 apoptosis의 억제에서 그 발현이 두드러지게 증가한 점 등을 미루어 보아 방사선에 의하여 유도된 apoptosis의 억제 및 방사선 내성의 조절에도 관여할 것으로 생각된다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제48권4호
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• pp.371-377
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• 2016

탈회방법은 골수조직의 병리학적 진단을 위해서 항상 시행되는 과정이다. HCl 탈회용액과 같이 주로 사용하고 있는 산성용액은 탈회과정 동안에 조직내의 항원성에 손상을 입힌다. 특히, 골수조직 내의 RNA나 DNA에 심하게 손상을 준다. 따라서 조직의 항원성을 보존하기 위한 표준화된 탈회방법이 필요하다. 본 연구는 일반적으로 가장 많이 사용되는 HCl 기반의 상품화된 탈회용액과 직접 제조한 EDTA 탈회용액이 골수조직의 탈회과정에 어떤 영향을 미치는지 분석하였다. 환자로부터 채취된 73예의 골수생검조직을 HCl 탈회와 EDTA 탈회의 두 그룹으로 나누어 탈회과정을 진행하였다. 골수생검조직의 탈회과정 후 결과의 차이는 hematoxylin & eosin 염색과 reticulum 염색, Ki-67, CD20, CD138의 항체를 이용한 면역조직화학염색, DNA 추출 및 분석, in situ hybridization, IGH gene rearrangement 와 같은 분자병리검사를 시행하여 분석하였다. 일반적인 염색과 특수염색에서는 두 탈회용액간의 차이는 없었다. 또한 세포증식 표지자와 같은 세포막 혹은 세포질에서 발현되는 항체는 탈회용액간의 차이 없이 잘 염색되었다. 반면 HCl 탈회 용액에 처리한 후 핵 내 단백질인 Ki-67의 염색상은 현저히 불량한 것으로 관찰되었다. HCl 탈회용액과 비교하여 EDTA 탈회용액에서의 골수생검조직 내의 DNA와 RNA가 잘 보존되었음을 다양한 분자병리검사를 통해 확인할 수 있었다. 특히 HCl 탈회용액에 처리한 28예와 EDTA 탈회용액에 처리한 12예의 DNA의 순도와 농도을 비교한 결과 통계학적으로 유의한 수준으로 차이가 있음을 확인하였다. 이로써 EDTA 탈회용액이 조직 내의 항원성을 잘 유지시키며, 면역조직화학염색과 분자병리검사에 적합한 방법임을 확인 할 수 있었다.

• Journal of Life Science
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• 제10권1호
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• pp.10-13
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• 2000

To develope the genetic source of oak wild silkworm, Antheraea yamamai, the cDNA library was constructed with poly A+ mRNA isolated from posterial silk gland of fifth instar larvae. Titer of the cDNA library was about 5.1$\times$105 pfu in total. We presumed that the titer covered almost all transcripts existed in Antherea yamamai. From cDNA library of Antheraea yamamai, fibroin heavy chain gene, which is specifically expressed from posterial silk gland of Antheraea yamamai, was screened using oligonuclotide probe specific to alanine rich motif of fibrin heavy chain gene of Antheraea pernyi. As a result, fibroin clones isolated from 5$\times$104 plaques showed the highest homolgy (95%) with that of Antherea pernyi in nucleotide of Anthereaea yamamai and Bombyx mori shows that there is no homologous sequence in the 3+ partial 채야후 region Genomic southern hybridization suggested that one copy is present. Northern hybridization showed that fibroin transcript was approximateely 9 kb in length.

• 대한수의학회지
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• 제39권1호
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• pp.148-158
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• 1999

The purpose of this study was to establish a rapid, reliable diagnostic method detecting Encephalomyocarditis virus(EMCV) RNA in formalin-fixed, paraffin-embedded tissues of EMCV naturally infected pigs by cDNA probe of EMC $K_3$, the EMCV strain isolated from Korea. Using a biotin-labelled nick translated probe for the cDNA marker. We made up for some defects of radiolabeled method. In sits hybridization(ISH) technique, differently from the other nucleic acid hybridization methods, is able to detect the virus genome specifically in the state of the intact shapes of cells and/or tissues. We succeeded in performing the experiment to detect the EMCV within 1~2 hours using the $MicroProbe^{TM}$ capaillary action system. In this study, we observed highly specific positive signals of red color by staining the paraffin-embedded tissue sections of naturally EMCV-infected pig organs or tissues, including brain, heart, kidney and lacrimal gland with the Fast Red TR salt/Naphtol phosphate chromogen. The results suggested that this ISH method is considered as a highly sensitive and reliable tool for molecular biologic diagnosis of the EMC viral disease.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제9권4호
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• pp.475-481
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• 1999

The study of lignin, a major component of secondary cell wall, has been partly focused on its removal from the woody part in the kraft pulping industry. Cinnamyl alcohol dehydrogenase (CAD; EC 1.1.l95) catalyzes the synthesis of cinnamyl alcohols from corresponding cinnamaldehydes. A cDNA clone, MdCADl, encoding putative CAD from apples (Malus domestica Borkh. cv Fuji) was characterized in this study. The clone contains an open reading frame of 325 amino acid residues, which shows a greater than 80％ identity with Eucalyptus CADl. MdCADl mRNA was detectable in vegetative tissues and was strongly expressed in the fruit. The expression pattern of MdCADl mRNA in the fruit peel after light exposure was also examined. The mRNA was rapidly increased until 1 day after light exposure and remained stable thereafter, suggesting that MdCADl is light inducible. The inducibility of the MdCADl gene was examined using several environmental stresses. Mechanical wounding of leaves increased the MdCADl mRNA level and the induction was further increased by salicylic acid. Southern blot hybridization showed that there is either one or a few copies of CAD genes in apples. To our knowledge, it is believed that MdCADl is the first CAD clone expressed predominantly in fruit.

• 미생물학회지
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• 제38권3호
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• pp.186-191
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• 2002

장내바이러스(enterovirus),로타바이러스(rotavirus),그리고 아데노바이러스(adenovirus)등 물을 통해 전파되는 환경바이러스의 신속한 검출 및 1 차적인 분류를 위해 올리고뉴클레오티드 DNA chip을 이용한 분석 시스템의 유용성에 대하여 연구하였다. BGM 세포배양실험에서 바이러스성 세포병변효과(cytopathic effect) 양성으로 판정된 세포단층으로부터 접종배양 3 일 후 세포내 모든 RNA를 분리하여 중합효소연쇄반응과 DNA chip으로 검출여부 및 유전형을 비교 분석한 결과 세포배양에서 양성으로 판정된 10개의 시료 중 3개가 바이러스 음성으로, 7개가 바이러스 양성으로 나타났다. 중합효소연쇄반응과 DNA chip에 의해 양성으로 나타난 7개 시료의 유전형은 두 방법에 의해 모두 장내바이러스로 동정되어 DNA chip에 의한 1차 동정의 유용성도 증명하였다. 세포배양 후 전기영동분석 없이 일차적인 동정과정까지 불과 3∼4 시간 이내에 수행해낼 수 있는 DNA chip분석은 특이성, 신속성, 및 경제성을 고루 갖추어 환경바이러스 검출방법론의 새로운 영역을 구성할 것으로 사료된다.