• 제목/요약/키워드: DNA-DNA hybridization

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국내 자생 갯그령(Leymus mollis)의 환경 적응성 강화 밀 자원 소재 개발을 위한 이용 가치 (Development of Wheat-Leymus Addition Line with Salt Tolerance throgh Wide-hybridization)

  • 강성욱;한지윤;조성우
    • 한국자원식물학회:학술대회논문집
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    • 한국자원식물학회 2022년도 추계학술대회
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    • pp.37-37
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    • 2022
  • 밀은 세계 3대 작물로 국내 1인당 소비량은 지속적으로 증가하고 있다. 하지만 국내 밀의 유전적 배경 확대와 기후변화 신속 대응을 위한 국내 밀 유전자 풀의 확장은 밀의 질적 향상을 위해 매우 중요한 목표이다. 국내 자생 갯그령(Leymus mollis)은 해안가에서 번식하는 영년생 식물로 뿌리줄기를 이용한 왕성한 번식력을 가지고 있다. 또한, 해안가의 뜨겁고 염에 대한 적응성과 저항성을 가지고 있다. 이러한 특성은 밀 유전자 풀의 확장에 매우 유용할 것이다. 국내 밀 재배지 한계 극복을 위한 간척지 재배가 가능한 내염성 강화 밀 자원 개발을 위하여 모본인 보통 밀(Triticum aestivum L., Chinese Spring)과 부본인 갯그령을 원연교배하였다. 갯그령과 보통 밀의 원연 교배를 통한 종자 형성은 매우 어려우나 불가능한 것은 아니며, 최종적으로 10개의 교배 종자를 얻어 F1 식물체로 생장하는 과정에서 5 식물체는 고사하였고, 나머지 5 식물체는 영년생 특성인 뿌리줄기에 의해 새로운 줄기가 출현하는 것을 확인하였다. 또한, 갯그령의 DNA를 이용한 genomic in situ hybridization 방법으로 F1 식물체에서 갯그령의 염색체가 밀의 유전적 배경에 이입된 것을 확인하였다. F2 식물체는 모본인 보통 밀보다 긴 수장과 간장을 나타내고 이삭 수는 많았지만, 출수기는 보통 밀보다 3주 이상 늦어지는 것을 확인하였다. 내염성 평가를 위하여 F2 종자를 2% 소금물에서 발아시켜 생육이 좋은 식물체를 선발하여 50 cm 투명 아크릴 원통에 이식하고 2% 소금물을 지속적으로 관개하였다. 내염성 강화 F2 식물체는 염에 감수성을 보인 식물체에 비하여 상대적으로 긴 이삭과 종자 형성을 보였으며, 감수성 식물체는 종자 형성이 이루어지지 않았다. 또한, 내염성 강화 F2 식물체는 감수성 식물체에 비하여 좋은 뿌리의 신장과 천근성을 보였다. 이러한 갯그령의 식물학적 특성이 이입된 계통은 기후변화 대응, 환경 적응성 강화, 및 근권 강화에 좋은 작물 소재로 이용할 수 있다고 생각한다.

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한국인에서 Hepatitis G Virus (HGV) 검출 및 항원분석에 관한 연구 (The Detection and the Antigenic Analysis of the Hepatitis G Virus in Korea)

  • 윤재득;지영미;이홍래;김기순;김영선;이윤성;정윤석;박정구;김지은;정상인;이원선;이원배
    • 대한바이러스학회지
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    • 제28권2호
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    • pp.175-182
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    • 1998
  • We investigated the rate of hepatitis G virus infection among 50 patients who were not infected with the hepatitis C virus but showed symptoms of hepatitis. Viral RNA was extracted from the patients' sera and cDNA was synthesized and amplified by RT-PCR (reverse transcription-polymerase chain reaction) using random hexamer and 5 primers (470-20-1-77F, 470-20-1-211R, 470-20-1-211R-biotin, GV57-4512MF, GV57-4657MR). The amplified PCR products were confirmed by electrochemiluminescence (ECL), liquid hybridization (LH) and Southern blotting (SB). Among the 50 PCR products, by means of ECL, we found 4 samples to be positive and 5 samples to be indeterminate. The GV45-89M probe (5'-CYCGCTGRTITGGGGTGTACfGGAAGGC-3') was end-labelled with gamma-$^{32}P$ ATP and used for liquid hybridization with the PCR products. By using liquid hybridization, we detected specific bands from 4 positive sera and also from one indeterminate serum as determined by ECL. An 1.5% agarose gel electrophoresis of the 9 PCR products which were HGV positive or indeterminate as determined by ECL showed a 160bp band from 4 positive and one indeterminate serum. The 5 PCR products proved to be positive when SB was applied with the GV45-89M probe as well as when LH was applied. LH and SB were shown to have higher sensitivity and specificity than ECL. Two cases among 5 positive cases had relatively high SGOT, SGPT, ALP values when compared with other 48 cases. In summary, we confirmed hepatitis G virus infection in 5 cases among 50 Korean patients showing symptoms of viral hepatitis.

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국내 분리주인 Vibrio cholerae KNIH002로부터 독성 유전자 카세트의 클로닝 및 염기서열 분석 (Cloning and Nucleotide Sequence Analysis of the Virulence Gene Cassette from Vibrio cholerae KNIH002 Isolated in Korea)

  • 신희정;박용춘;김영창
    • 미생물학회지
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    • 제35권3호
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    • pp.205-210
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    • 1999
  • Vibrio cholerae 는 사람에게 설사를 일으키는 병원성 세규닝며 본 연구에 이용된 V.cholerae KNIH002 는 국내의 설사질환 환자로부터 분리하였다. 콜레라 독소 검출용 프라이머를 이용하여 PCR 로 증폭한 산물을 탐침자로 이용하여 Southern hybridization을 실시한 결과 PstI 및 BglII로 이중절단된 4.5-kb 절편내에서 ctx 유전자가 존재함을 확인하였다. 따라서 염색체 DNA를 PstI 및 BglII로 절단 후 V. cholerae KNIH002 의 유전자 mini-libraries를 제조하였다. 그리고 동일 탐침자를 이용하여 colony hybridization을 실시한 결과 제조된 유전자 mini-libraries 로부터 신호를 나타내는 한 개의 클론을 선발하였다. 선발된 클로닝 지니는 플라스미드를 pCTX75 라 명명하였으며, 이 클론은 CHO 세포에 대한 세포 독력이 나타남을 확인하였다. 염기서열을 결정한 결과 클로닝된 플라스미드에는 ace 와 zot 유전자들은 각각 ATG 개시코돈과 TGA 종결코돈을 포함하여 291 bp와 1,200 bp 로 구성되어져 있었다. ace 유전자의 염기서열은 V.cholerae E7946 EI Tor Ogawa strain 이 것과 100% 일치하였다. 그러나 zot 유전자의 염기서열 및 아미노산 서열은 V. cholerae 395 Classical Ogawa strain 의 것과 각각 99% 및 98.8% 의 상동성을 보였다. 특히, V.cholerae 395 Classicale Ogawa strain 의 Zot 폴리펩타이드에서 100번, 272번, 281번째 alanine 은 V.cholerae KNIH002에서 모두 valine 으로 치환되어져 있었다.

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꼼치, Liparis tanakae에서 특이하게 발현되는 새로운 유전인자의 검색 (Molecular Cloning of Novel Genes Specifically Expressed in Snailfish, Liparis tanakae)

  • 송인선;이석근;손진기
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제4권1호
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    • pp.67-77
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    • 2000
  • 심해에서 서식하며 특이한 조직형태를 갖고 있는 꼼치조직에서 cDNA를 제작하여 클로닝을 통해서, 꼼치에서 특이하게 발현하는 유전인자를 검색하였다. 그 결과 62례의 클론이 알려진 유전자에 동질성이 있었는데 이들은 thioesterase가 9례, myosin이 8례, creatine kinase가 7례, skeletal alpha-actin이 6례, parvalbumin b와 ribosomal protein이 각각 5례, type I collagen과 muscle troponin이 각각 3례, dopamine receptor, histatin, 그리고 heat shock protein이 각각 2례, cystatin, lectin, statherin, secretory carrier membrane protein, keratin type I, desmin, chloroplast, muscle tropomyosin, reticulum calcium ATPase, ribonucleoprotein이 각각 1례로 나타났다. 나머지 클론은 동질성이 낮거나 비반복성으로 나타났으며, 이 중 in situ hybridization으로 조직에서 특이하게 발현되는 5종류의 클론을 선택하여 분석하였으며, C 말단 단백질 구조와 특색(motif)을 분석하였다. 5종류의 클론에서 C9O-77은 약 5000bp 크기로 상피조직, 점액조직, 섬유조직 그리고 교원질 조직에서 강한 양성반응을 보이는 세포의 기질단백질로 예상되었다. C9O-116은 약 1500bp 크기로 섬유조직, 상피조직 그리고 점액조직에서 약한 양성반응을 보였고, 근육 다발 주변 부위 세포에서 매우 강한 양성반응을 보이는 막투과성 단백질로 예상되었다. C9O-130은 약 1200bp 크기로 상피조직, 근육조직 그리고 점액조직에서 양성반응을 나타냈으며, 특히 상피조직에서 강한 양성반응을 나타내는 세포내 단백질로 예상되었다. C9O-161은 약 2000bp 크기로 상피조직 과 근육조직 그리고 점액성 섬유조직에서 약한 양성반응을 보였고, 상피세포에서 강한 양성반응을 보였으며, 근육다발을 둘러싸는 섬유성 세포에서도 강한 양성반응을 보이는 세포외 기질단백질로 추측되었다. C9O-171은 약 1000bp크기로 상피조직, 근육조직 그리고 섬유기질 조직에 널리 강한 양성반응을 나타냈으며 교원띠조직에서도 양성반응을 보이는 전사인자로 추측되었다.

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DNA probe를 이용한 비결핵항산균의 분리 및 폐질환자들의 임상적 특징 (Isolation of Nontuberculous Mycobacteria by DNA Probe and Clinical Characteristics of Patients with NTM Pulmonary Disease)

  • 김희규;김유리;박정필;김낭희;옥철호;정만홍;장태원;정석훈;김철민;박희경
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제58권3호
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    • pp.248-256
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    • 2005
  • 목 적 : NTM질환이 과거에는 공중 건강에 치명적인 것으로 생각하지 않았다. 최근에 NTM이 높은 빈도로 발견되고 있고, 분리균의 임상적인 중요성도 커지고 있다. 본 연구는 부산의 한 삼차 의료기관에서 의뢰한 임상 검체에서 분리된 NTM의 균종 분포와 폐질환을 일으킨 균주의 임상적 특징에 대해 알아보고자 하였다. 대상 및 방법 : 2003년 3월부터 2003년 12월까지 10개월간 진단검사의학과 임상미생물검사실에 항산균 도말 및 배양검사가 의뢰되어 도말 및 배양 양성을 보인 검체를 DNA-probe hybridization을 이용한 DNA chip을 통해 항산균종(Genotyping)을 확인했다. 비결핵항산균 동정이 이루어진 환자를 대상으로 미국흉부학회(ATS)의 진단 기준에 합당한 환자를 NTM 폐질환군으로 정의하였으며, 이 환자들에게 발견된 균종, 나이, 성별, 기저 질환, 흉부 방사선 소견 등을 조사하였다. 결 과 : 항산균 배양(AFB culture)양성 균주 중 99개 검체에서 NTM동정이 의뢰되었고, 이중 23명의 환자에게서 24개 균주(24.2%)의 NTM이 확인되었다. 확인된 검체는 객담에서 19균주, 기관지세척액에서 4균주, 대장액(colon fluid)에서 1균주가 분리되었다. 24개의 검체에서 MAC이 13균주(54.2%)로 가장 많은 비율을 차지 하였고 M. szulgai가 3균주(12.5%), M. kansasii, M. malmoense가 2균주(8.3%), M. abscessus, M. chelonae, M. scrofulaceum도 각각 1균주(4%)씩 분리되었고 1균주는 분류되지 않은 균주였다. 23명의 환자 중 ATS 폐감염 기준에 부합되는 NTM 감염 환자는 총 11명(45.8%)이었으며, 평균 연령은 61세(38-76세)였다. MAC이 6균주(54.5%)로 가장 많고, M. szugai가 2균주(18.2%), M. abscessus, M. kansasii 등이 1균주(9.1%)였다. MAC이 분리된 환자 13명 중 6명(46.1%) 그리고 M. szulgai가 분리된 환자 3명 중 2명(67%), M. chelonea complex가 2명 중 1명(50%)이 임상적 의의가 있는 NTM 폐질환을 가지고 있었다. 환자들의 기저질환은 악성종양이 6명이며 그 중 5명이 폐암 환자였고 폐결핵의 과거력을 가진 사람은 4명 이었다. 흉부 방사선 촬영으로 분류한 결과 파괴성 폐형태(destructed lung pattern)은 3명, 공동성 종괴 형태(cavitary mass pattern)은 3명, 결절형(nodular pattern)이 2명(흉수동반 포함), 망상결절형(reticulonodular pattern), 경화형(consolidation pattern), 기관지확장형(bronchiectasis pattern)이 각각 1명 관찰되었다. 결 론 : 부산소재 한 대학병원에서도 다양한 형태의 NTM 폐질환이 발생하였고, 균종의 빈도는 MAC이 가장 많은 비율을 차지 하였고 M. szulgai, M. kansasii, M. malmoense M. abscessus, M. chelonae, M. scrofulaceum순이었다.

누에나방 수명관련 특이발현 유전자 탐색 (Investigation of lifespan related genes of the silkmoth, Bombyx mori L)

  • 최광호;구태원;김성렬;김성완;강석우;강필돈
    • 한국잠사곤충학회지
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    • 제51권2호
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    • pp.211-217
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    • 2013
  • 일반적으로 누에나방의 평균 생존시수는 암컷과 수컷이 각각 8일과 5일로 알려져 있다. 그러나 J037 품종의 성충 수명은 상당히 길며, 반대로 Daizo(sdi) 품종은 상당히 짧은 성충 수명 특성을 갖고 있다. 이러한 누에 품종 간 성충 수명의 차이는 유전적 차이에 따른 현상으로 추정되어 왔다. 본 연구에서는 장단명누에 품종의 발현유전자를 분석함으로써 누에 수명 관련 유전자를 탐색하여 그 특성을 분석하고자 하였다. 우선, 장명 수나방 mRNA를 사용하여 cDNA 유전자은행을 제작하고, 제작된 유전자은행으로부터 2,688개 클론을 무작위 선발한 후 장단명 수나방 cDNA를 각각의 탐침으로 차별화선별을 수행하였다. 본 연구에서 차별화 발현하는 193개의 클론을 선발하여 EST 상동성 분석을 통해 최종적으로 154개의 J037 수나방 수명 관련 독립유전자를 선발할 수 있었는데, 장명 탐침에서 과발현하는 124개와 단명 탐침에서 과발현하는 30개로 구성된다. 154개 독립유전자 중 가장 많은 발현빈도수를 보인 유전자는 cytochrome oxidase subunit-1으로서 모두 9회로 확인되었고, 현재까지 기능에 관해 알려진 바 없는 1-50번 독립유전자가 5회로 두 번째로 높은 발현빈도를 보였다. 154개 선발 독립유전자를 기능별로 분류한 결과, unclassified protein군에 가장 많은 24%의 독립유전자가 포함되어 있었다. 본 연구에서 두 번째로 발현빈도가 높은 클론(ID;1-50)의 염기서열 및 아미노산 서열을 분석하였는데, 1-50번 유전자는 전체 1,523 bp 염기로 구성되어 있으며, 723개 염기쌍이 240개의 아미노산을 coding 하고 있었다. 본 연구에서 선발된 주요 수명 관련 유전자는 국제유전자은행 EST database에 등록하였다.

소아에서의 조직구성 괴사성 림프절염 : human herpesvirus 8과 Epstein Barr virus와의 연관성 (Histiocytic necrotizing lymphadenitis in children : association of human herpes virus 8 and Epstein Barr virus)

  • 김현아;정주영;김상우;임성직;신행섭
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제49권8호
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    • pp.875-881
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    • 2006
  • 목 적 : KD는 주로 동양의 젊은 성인 여성에게서 경부 림프절 종대로 발현하는 것이 특징이며 수개월 내에 자연 치유되는 양호한 경과를 가지는 질환이다, 저자들은 KD로 진단된 소아환아의 임상적 특징을 알아보고, 환아들의 림프절 조직에서 바이러스 검출을 시도하여 KD와 HHV 8, EBV와의 연관성을 알아보기 위하여 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 인제대학교 상계백병원에서 1998년 1월부터 2005년 12월까지 KD로 진단되어 치료받은 17세 이하 소아 26례를 대상으로 임상적 특징을 고찰하였다. 병력지 고찰을 통하여 후향적으로 분석하였고 추적 조사는 외래 병력 기록지와 전화 방문을 통하여 분석하였다. KD 환아의 림프절 조직으로부터 DNA를 추출하여 HHV 8 DNA를 검출하기 위해 PCR, EBV RNA를 검출하기 위해 ISH가 시행되었다. 결 과 : KD로 진단된 26명 중 남아 11례, 여아 15례로 성비는 1:1.4였고, 평균 연령은 13세였다. 환아의 연도별 분포는 2000년에 7례로 가장 많았으며, 여름에 가장 많이 진단되었다. 주증상은 발열(8/26)과 림프절의 동통(11/26)으로 발열의 기간은 평균 7.3일 이었다. 목빗근 뒷부위의 림프절 종대가 72%(18/24)였고 1례에서 경부 이외의 림프절 종대로 나타났다. 림프절의 크기는 $1cm{\times}1cm$에서부터 $6cm{\times}6cm$까지로 다양하게 나타났다. 백혈구 감소가 46%(6/13)에서 있었고 적혈구 침강 속도상승(>20 mm/hr)이 62%(8/13)에서 나타났다. 검체 확보가 가능하였던 20례 모두에서 HHV 8 DNA는 검출되지 않았으며, ISH를 이용한 EBV RNA 검사 결과도 음성이었다. KD 26례 모두 임상 경과는 양호하였으며, 1례(4%)만이 추적 중 발열과 함께 재발하였다. 전신성 홍반성 루프스를 포함한 결체 조직 질환으로의 이환은 관찰되지 않았다. 결 론 : KD는 소아에서 드물지 않게 발생하므로, 림프절 종대를 호소하는 환아에서 감별 진단에 포함되어야 한다. HHV 8과 EBV는 소아에서 진단된 KD의 원인 병원체로 작용할 가능성이 적을 것으로 생각된다.

한국 재래닭의 주령별 각 조직의 텔로미어 함량과 텔로머레이스 활성도 분석 (Analysis of Telomere Length and Telomerase Activity of Tissues in Korean Native Chicken)

  • 정길선;조은정;최덕순;이민정;박철;전익수;손시환
    • 한국가금학회지
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    • 제33권2호
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    • pp.97-103
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    • 2006
  • 텔로미어는 염색체를 보호하고 세포 분열의 안정성에 주된 작용을 하며 세포의 사멸, 노화 및 암의 발생과 직접적 관련이 있다고 알려져 있다. 최근 텔로미어의 길이와 텔로머레이스의 활성에 대한 많은 연구들은 광범위하게 진행되어 왔지만 닭에서는 매우 제한적으로 연구되어왔다. 따라서 본 연구에서는 한국 재래닭에서 발육, 성장 및 노화 단계별 간, 뇌, 심장, 신장, 정소 및 백혈구 세포에 대한 텔로미어의 양적 분포와 텔로머레이스 활성도를 분석 고찰하고자 하였다. 텔로미어의 함량 분석은 telomeric DNA probe 를 이용하여 Q-FISH 법으로 수행하였고, 텔로머레이스 활성도 분석은 TRAP 방법을 이용하였다. 분석 결과, 닭 염색체상 텔로미어는 모든 염색체 양 말단부에 나타나며 특히 1, 2 및 3 번 염색체에서는 양 말단 외 interstitial telomeric DNA 가 존재하였다. 닭의 조직별 세포들의 telomeric cDNA 함량을 분석한 결과 성장 및 노화가 진행됨에 따라 대부분의 세포들에서 텔로미어 함유율이 유의적으로 감소하였고, 조직 간 텔로미어 함유율 에서도 많은 차이를 보였는데 특히 증식성 세포인 정소 내 세포들이 다른 비 증식성 세포들에 비해 월등히 높게 나타났다. 텔로머레이스 활성도는 간, 뇌, 심장 등 대부분의 조직에서 성장 및 노화가 진행됨에 따라 활성이 감소되거나 없어지나 생식선 조직인 정소세포는 연령과 무관하게 지속적으로 높은 활성을 나타내었다. 이상의 결과로부터 닭의 조직별 세포 분화 및 증식성 특이성과 텔로미어의 함량 및 텔로머레이스 활성도 간에는 매우 밀접한 관련이 있으며, 텔로머레이스 활성도와 텔로미어 함유율 간에 매우 높은 상관이 있었다.

Transgenic Plants of Easter Lily (Lilium longiflorum) with Phosphinothricin Resistance

  • Ahn, Byung Joon;Joung, Young Hee;Kamo, Kathryn K.
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제6권1호
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    • pp.9-13
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    • 2004
  • Transient uidA expression was used to optimize parameters required for biolistic transformation of suspension cells of Easter lily, Lilium longiflourm. Maximum uidA expression occurred following bombardment with gold particles as compared to tungsten. A 3hr pre-treatment of suspension cells with 0.125M osmoticum resulted in a 1.5X increase in uidA expression. A helium pressure of 1550 psi combined with a particle travelling distance of 6cm resulted in maximum uidA expression as compared to either 1100, 1200, or 1800 psi. Transient transformation resulted in up to 493 uidA expressing cells/Petri plate. For stable transformation suspension cells of Lilium longiflorum, were co-bombarded with plasmid DNA containing cucumber mosaic virus (CMV) replicase under the rice actin (Act1) promoter and either the bar or PAT genes under the cauliflower mosaic virus (CaMV 355) promoter. Ten regenerated plants contained the transgene as analyzed by PCR, and two of the ten plants were confirmed to contain the transgene by Southern hybridization. The two transgenic plants were independent transformants, one containing the bar gene and the other both the CMV replicase and bar genes. Plants were sprayed at the rosette stage and found to be resistant to 1000 mg/L of phosphinothricin (Trade name-Ignite) indicating expression of the bar gene throughout the leaves when bar was under control of the CaMV 35S promoter.

Studies of Opsin Genes in a Smelt Fish, Ayu (Plecoglossus altivelis)

  • Minamoto, Toshifumi;Shimizu, Isamu
    • Journal of Photoscience
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    • 제9권2호
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    • pp.269-271
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    • 2002
  • To investigate the visual and extra-ocular photoreception, we cloned the opsin genes in ayu (Plecoglossus allivelis). Amplified fragments encoding exon-4 (-5) of opsin cDNAs were cloned from the retina and brains of ayu, and sequenced. One clone was identified as rod (AYU-Rh), two as green cone (AYU-GI, -G2), one as red cone (A YU-R), two as ultraviolet cone (AYU-UVl, UV2), one as VA (AYU-VA), and one as extra-ocular rod (AYU-ExoRh) opsins. 335 amino acids sequence deduced from the full-length cDNA of AYU-Rh showed high identity with that of other fish. Southern blotting analysis indicated that ayu possess two 'rhodopsin' genes, one is visual rhodopsin and the other is non-visual extra-ocular rhodopsin. In situ hybridization showed that the mRNA of AYU-Rh was localized only in rod cells in the retina. On the other hands, AYU-ExoRh was expressed only in the pineal. We cloned two isoforms (AYU-VAM and -VAL) of VA opsin from ayu. The deduced amino acid sequences of these variants were identical to each other within the first 342 residues, but they showed divergence in the C-terminal sequence. AYU- VAL corresponded to the long isoform found in other fish, and AYU-VAM was identified as a new type of VA opsin variant. Pal-VAM is a new probably functional non-visual photoreceptive molecule in fish.

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