• 제목/요약/키워드: DNA-DNA hybridization

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β-Glucosidase를 생성하는 호염성 Roseivivax roseus 균주의 분리 및 분류동정 (Isolation and identification of β-glucosidase producing halophilic Roseivivax roseus)

  • 조건영;한송이
    • 미생물학회지
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    • 제51권2호
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    • pp.141-147
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    • 2015
  • 소금생산을 위해 25% 이상의 함수를 저장해 놓는 염전의 해주로부터 호염성 세균 4균주를 분리하고 높은 염분농도에서도 ${\beta}$-glucosidase를 생성하는 HJS1과 HJS6 균주를 선발하였다. 이들 ${\beta}$-glucosidase 생성세균은 NaCl 1-10%에서 70-79U/mg의 최적 활성을 나타내었고, NaCl 3%에서 최대 활성을 나타내었으며 NaCl 0-20% 농도에서 최대 효소 활성대비 75%이상의 효소활성을 유지하는 내염성 ${\beta}$-glucosidase를 생성하는 것으로 확인되었다. 내염성 ${\beta}$-glucosidase 생성 HJS1과 HJS6 균주의 16S rRNA 유전자 염기서열을 검토한 결과, Roseivivax roseus $BH87090^T$ (FJ897782)와 99.8%의 상동성을 나타내었고 상기 균주들의 염기서열은 NCBI GenBank에 각각 AB971835와 AB971836로 등록하였다. 계통학적으로 근연종인 Roseivivax roseus $BH87090^T$와의 DNA-DNA 상동성을 비교 검토한 결과, 90.1-90.3%를 나타내었다. 이들 균주의 주요 균체지방산은 $C_{16:0}$, $C_{18:1}$ ${\omega}7c$, $C_{19:0}$ cyclo ${\omega}8c$ 그리고 11-methyl $C_{18:1}$ ${\omega}7c$를 함유하고 Quinone종은 Q-10로 근연종 Roseivivax roseus $BH87090^T$ 균주와 동일한 특징을 나타내어 Roseivivax roseus로 동정되었다. 반면, 비교 균주 Roseivivax roseus $BH87090^T$${\beta}$-glucosidase 생성하지 않는 것으로 나타났다. 본 연구에서 분리된 Roseivivax roseus HJS1과 HJS6 균주는 내염성 ${\beta}$-glucosidase 효소 개발을 위한 유전자원으로 활용 가능하리라 사료된다.

'SWPA2프로모터+AtNDPK2유전자' 도입에 의한 버즈풋 트레포일 형질전환체 생산 (Production of Transgenic Birdsfoot trefoil Plants by Introduction of 'SWPA2 Promoter + AtNDPK2 Gene')

  • 김기용;장요순;김맹중;임근발;김원호;서성;이상진;곽상수
    • 한국초지조사료학회지
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    • 제25권4호
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    • pp.281-286
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    • 2005
  • 환경스트레스에 내성을 갖는 버즈풋 트레포일(Lotus crniculatus L.) 형질전환체를 개발하기 위하여, AtNDPK 유전자가 SWPA2 프로모터에 의해 조절되도록 재조합한 발현벡터 pCAMBIA 2300 /SWPA2::AtNDPK2를 Agrobacterium 형질전환 방법으로 버즈풋 트레포일에 도입하였다. Apgrobacterium과 버즈풋 트레포일 캘러스의 공동배양한 캘러스를 $100{\mu}g/m1$의 kanamycin 및 $500{\mu}g/ml$의 cefotaxim을 첨가한 SH-3-kc 배지에서 배양하며 형질전환된 캘러스를 선발한 다음, BOi2Y 배지에서 2개월 이상 배양하며 식물체로 재분화시켰다. 재분화된 버즈풋 트레포일의 genomic DNA를 분리, PCR 및 Southern blot 분석을 실시한 결과, AtNDPK유전자를 도입한 형질전환체의 경우 agarose gel 전기영동 및 X-ray 필름상에서 DNA band 및 hybridization signal을 확인할 수 있었으나, 형질전환 되지 않은 대조구의 버즈풋 트레포일에서는 DNA band 및 hybridization signal이 관찰되지 않았다.

누에 중장유래 생체방어 관련 유전자 개발 연구 (A Study on the Development of an Immune Related Genes from Midgut of Silkworm)

  • 최광호;구태원;김성렬;박승원;김성완;강석우
    • 한국잠사곤충학회지
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    • 제50권2호
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    • pp.140-144
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    • 2012
  • 본 연구는 누에 중장으로부터 면역 관련 유전자를 대량 발굴하고 발현 특성을 분석함으로서 곤충 유래 신기능성 의약품 개발을 위한 유전자 소재를 발굴하고자 하였다. 우선 곤충병원성 섭식에 의한 누에 품종에 따른 중장 면역원으로서 적성 병원성 세균인 X. nematophila 등을 선발하고 누에 천연 면역인자의 발굴을 위해 최적 감염 조건을 설정하였다. 감염된 누에 중장 mRNA를 순수 분리하여 subtraction cDNA 유전자은행 1종씩 제작하고, subtractive differential display hybridization 방법에 의해 누에 중장 면역관련 유전인자를 선발하였다. 선발된 유전자의 정보 분석 결과, 세포 내 다양한 생물학적 기능을 수행하는 것으로 알려진 ribosomal protein L5 mRNA 등 면역 관련 유전자 9종을 선발하였다. 본 연구에서 선발된 누에 천연 면역 관련 인자는 신기능성 의약품 소재로 개발하기 위해서는 기능분석 연구가 지속되어야 할 것으로 사료된다.

육계에서 비타민 C 및 E의 첨가 급여가 성장 능력과 스트레스 반응에 미치는 영향 (The Effects of Dietary Supplementation of Vitamin C and E on the Growth Performance and the Stress Response in Broiler Chickens)

  • 손시환;조은정;장인석;문양수
    • 한국가금학회지
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    • 제40권1호
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    • pp.31-40
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    • 2013
  • 본 연구는 브로일러에서 비타민 C와 E의 첨가 급여가 성장 능력 및 개체별 스트레스 경감 정도에 미치는 영향을 살펴보고자 하였다. 스트레스 반응 정도는 혈액과 각 조직별 세포들에 대한 텔로미어 함량, DNA 손상율 및 열손상단백질 유전자(HSP, HMGCR) 발현율을 분석하고 고찰하였다. 텔로미어 함량 및 감축율은 양적 형광접합보인법(Q-FISH)으로 분석하였고, DNA 손상율은 comet assay로 분석하였다. 열손상단백질 유전자 발현율은 HSP70, HSP90-${\alpha}$, HSP90-${\beta}$ 및 HMGCR을 표적으로 하여 real-time PCR로 분석하였다. 시험 결과, 급여 처리구 간에 체중, 증체량, 사료 섭취량, 사료 요구율 및 생존율 등 생산 능력의 차이는 없는 것으로 나타났다. 텔로미어 감축율에 있어서는 비타민 E 첨가 급여구가 대조구에 비해 유의하게 낮은 감축율을 보여 스트레스 경감의 효과를 나타내었다. DNA 손상율 또한 모든 비타민 첨가 급여구가 대조구에 비해 유의하게 낮은 양상을 보였다. HMGCR, HSP90-${\alpha}$ 및 HSP90-${\beta}$의 유전자 발현율에 있어서도 비타민 E 첨가 급여구가 대조구에 비해 유의하게 낮은 발현율을 나타내어 스트레스 경감 효과를 나타내었다. 이상의 결과에 따라 브로일러에 사료 내 비타민 E의 첨가 급여(100 mg/kg feed)는 성장 능력의 저하 없이 개체의 생리적 스트레스 정도를 경감시키는 바람직한 항산화 제재로 사료된다.

중합효소연쇄반응을 이용한 HLA-B27 유전자분석 (HLA-B27 DNA Typing using Group Specific Polymerase Chain Reaction)

  • Kyung Ok Lee;Sung Hoi Hong;Moom Ju Oh;Kyung In Kim;Min Jung Kim
    • 대한의생명과학회지
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    • 제2권2호
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    • pp.223-229
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    • 1996
  • HLA-class I 항원의 HLA-B 유전자좌에 존재하는 HLA-B27 유전자는 임상적으로 강직성 척수염과 강한 관련성이 있음이 보고되고 있으며, 현재 HLA 유전자중 질병과의 관련성을 보기 위한 검사로 임상에서 가장 널리 사용되고 있다. 대부분의 검사실에서는 현재까지 혈청학적 검사방법을 이용하여 HLA-B27 검사를 실시하고 있는데, 이 방법은 시약이 고가이고, 검체의 안정성과 보관이 어려우며, 분석시간이 오래 걸리는 등 불편한 점이 있고, 또한 현재에도 계속 새로운 HLA-B27 대립유전자가 발견되고 있으므로 위음성의 가능성도 배제할 수 없어, 보다 정확한 검사방법이 요구되고 있다. 최근 HLA-B27 대림유전자의 염기배열이 대부분 밝혀져 혈청학적 방법 대신 DNA를 이용한 typing방법이 보고되고 있다. 저자들은 HLA-B2l 대립 유전자에 공통으로 존재하는 염기배열 부분을 선택하여 group specific PCR(Polymerase Chain Reaction)을 실시하고 그 유용성을 검토하였다. 혈청학적 방법으로 HLA B-27 형이 확인된 검체 56 개와 4 개의 표준세포주 (HOM-2, JESTHOM, WT24, BTB)를 이용하여 혈청학적 방법과 DNA typing을 비교한 결과, 두 방법사이에 완벽한 일치를 나타내었다. 따라서 group specific PCR을 이용한 HLA-B27 DNA typing은 검체 및 시약의 안정성이 높고, 경제적이며 신속한 검사가 가능하므로 임상에서 활용성이 매우 클 것으로 사료된다.

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황기류 식물 3종의 세포유전학적 분석 (Cytogenetic Analyses of Astragalus Species)

  • 김수영;최혜운;김찬수;성정숙;이중구;방재욱
    • 한국약용작물학회지
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    • 제14권4호
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    • pp.250-254
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    • 2006
  • 황기속 식물 3종 (황기, 제주황기, A. mongholicus)을 대상으로 핵형 분석과 45S와 5S rDNA를 이용한 bicolor-FISH를 수행하였다. 체세포 염색체 수는 모두 2n=2x=16으로 관찰되었고, 염색체의 평균 길이는 $2.19{\sim}5.73\;{\mu}m$이였다. 황기의 염색체는 4쌍의 중부염색체 (염색체 3, 5, 6, 7)와, 차중부 염색체 (염색체 1, 2, 4, 8)로 구분되었다. 제주황기는 2쌍의 중부 염색체 (염색체 4, 8)와 6쌍의 차중부 염색체 (염색체 1, 2, 3, 5, 6, 7)로 A. mongholicus는 2쌍의 중부 염색체 (염색체 7, 8)와 6쌍의 차중부 염색체 (염색체 1, 2, 3, 4, 5, 6)로 각각 구분되었다. bicolor-FISH 기법을 이용하여 45S와 5S rDNA의 염색체상의 위치를 확인한 결과, 황기와 A. mongholicus에서는 1쌍의 45S와 5S rDNA가 8번과 7번 염색체의 동원체 부위에서 각각 관찰되었다. 제주황기의 경우 1쌍의 45S rDNA는 8번 염색체의 동원체 부위와 2쌍의 5D rDNA는 7번과 8번 염색체에서 각각 관찰되어 세포유전학적 차이를 보였다.

벼 흑조위축병 바이러스의 분자생물학적 연구 (A Molecular Study of Rice Black-Streaked Dwarf Virus)

  • 박종석;배신철;김영민;백융기;김주곤;황영수
    • Applied Biological Chemistry
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    • 제37권3호
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    • pp.148-153
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    • 1994
  • 우리나라에서 발생하는 주요 벼 바이러스로써 저항성 유전자원이 없어 현재까지 저항성 품종이 육성되지 못하고 있는 흑조위축병(Rice Black-Streaked Dwarf Virus, RBSDV)에 대한 유전정보에 대하여 연구하였다. 매개충인 보독 애멸구를 이용하여 이병주를 생산한 후 바이러스 입자를 순수 분리하여 전기영동한 결과 10개의 band를 확인하였다. RBSDV RNA로부터 역전사 효소를 이용 cDNA를 합성한 후 ${\lambda}gt11$에 삽입하여 cDNA library를 만들었다. 이 library에서 6개의 단편을 선발하였으며 그중 한 개의 clone(pRV3)은 hybridization을 통해 RBSDV 게놈 조각 3번 유래인 것을 확인하였다. pRV3의 염기서열을 결정한 결과 2개의 ORF의 일부분들을 갖고 있었으며 이것은 바이러스 저항성 작물개발에 이용될 수 있을 것으로 생각된다.

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Detection of Campylobacter jejuni in food and poultry visors using immunomagnetic separation and microtitre hybridization

  • Simard, Ronald-E.
    • 한국어업기술학회:학술대회논문집
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    • 한국어업기술학회 2000년도 춘계수산관련학회 공동학술대회발표요지집
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    • pp.71-73
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    • 2000
  • Campylobacter jejuni is most frequently identified cause of cause of acute diarrhoeal infections in developeed countries, exceeding rates of illness caused by both salmonella and shigilla(Skirrow, 1990 ; Lior 1994). Previous studies on campylobacter jejuni contamination of commercial broiler carcasses in u.s.(Stern, 1992). Most cases of the disease result from indirect transmission of Campylobactor from animals via milk, water and meat. In addition to Campylobactor jejuni. the closely relates species Campylobactor coli and Campylobactor lari have also been implicated as agents of gastroenteritis in humans. Campylobactor coli represented only approximately 3% of the Campylobactor isolates from patients with Campylobactor enteritis(Griffiths and Park, 1990) whereas Campylobactor coli is mainly isolated from pork(Lmmerding et al., 1988). Campylobactor jejuni has also been isolated from cases of bacteremia, appendicitis and, recently, has been associated with Guillai-Barre syndrome(Allos and Blaser, 1994; von Wulffen et al., 1994; Phillips, 1995). Studies in volunteers indicated that the infectious dose for Campylobactor jejuni is low(about 500 organisms)(Robinson, 1981). The methods traditionally used to detect Campylobactor ssp. in food require at least two days of incubation in an enrichment broth followed by plating and two days of incubation on complex culture media containing many antibiotics(Goossens and Butzler, 1992). Finnaly, several biochemical tests must be done to confirm the indentification at the species level. Therfore, sensitive and specific methods for the detection of small numbers of Campylobactor cells in food are needed. Polymerase chain reaction(PCR) assays targeting specific DNA sequences have been developed for the detection of Campylobactor(Giesendorf and Quint, 1995; Hemandex et al., 1995; Winter and Slavidk, 1995). In most cases, a short enrichment step is needed to enhance the sensitivity of the assay prior to detection by PCR as the number of bacteria in the food products is low in comparison with those found in dinical samples, and because the complex composition of food matrices can hinder the PCR and lower its sensitivity. However, these PCR systems are technically demanding to carry out and cumbersome when processing a large number of samples simutaneously. In this paper, an immunomagnetic method to concentrate Campylobactor cells present in food or clinical samples after an enrichment step is described. To detect specifically the thermophilic Campylobactor. a monoclonal antibody was adsorbed on the surface of the magnetic beads which react against a major porin of 45kDa present on the surface of the cells(Huyer et al., 1986). After this partial purification and concentration step, detection of bound cells was achieved using a simple, inexpensive microtitre plate-based hybridization system. We examined two alternative detection systems, one specific for thermophilic Campylobactor based on the detection of 23S rRNA using an immobilized DNA probe. The second system is less specific but more sensitive because of the high copy number of the rRNA present in bacterial cell($10^3-10^4$). By using specific immunomagnetic beads against thermophilic Campylobactor, it was possible to concentrate these cells from a heterogeneous media and obtain highly specific hybridization reactions with good sensitivity. There are several advantages in using microtitre plates instead of filter membranes or other matrices for hybridization techniques. Microtitre plates are much easier to handle than filter membranes during the adsorption, washing, hybridization and detection steps, and their use faciilitates the simultanuous analysis of multiple sample. Here we report on the use of a very simple detection procedure based on a monoclonal anti-RNA-DNA hybrid antibody(Fliss et al., 1999) for detection of the RNA-DNA hybrids formed in the wells.

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URP-PCR 분석에 의한 느타리 이핵-단핵 계통간 교잡주의 핵 DNA 유전 (Nuclear DNA inheritance of intra-specific somatic hybrids by di-mono cross in Pleurotus ostreatus based on URP-PCR analysis)

  • 김은정;신평균;장갑열;공원식;한영숙;유영복
    • 한국버섯학회지
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    • 제12권2호
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    • pp.96-106
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    • 2014
  • 느타리(Pleurotus ostreatus)의 이핵-단핵 계통간(di-mono) 교잡주의 DNA 유전에 관한 특성을 구명하기 위하여 느타리 6계통 및 사철느타리 1계통으로 이핵-단핵 계통간 12조합 48교잡주를 얻어 교잡율, 교잡주의 핵 DNA 패턴 양상과 유연관계도, 자실체의 형태, 갓 색깔을 분석하였다. 이핵-단핵 계통간 교잡에서 느타리와 느타리간, 느타리와 사철느타리간 교잡은 모두 교잡율 100%로 나타났다. 이핵-단핵 계통간 교잡주는 공여체(donor) 이핵체의 핵이수용체(recipient) 단핵체로 전이되었다. 이핵-단핵 계통간 교잡주의 DNA 패턴은 이핵체와 유사하거나 동일한 것이 87.5%, 양친의 중간 패턴이 12.5%였다. 즉, 느타리 이핵주와 느타리 단핵 계통간 교잡주는 이핵체와 유사한 DNA 패턴이 70.9%, 양친의 핵이 공존하는 중간 패턴이 12.5%였으며, 사철느타리와 느타리간 이핵-단핵 계통간 교잡주는 16.6%로 모두 사철느타리 핵 DNA 패턴과 유사하거나 동일하였다. 교잡주의 핵 DNA 패턴은 교잡조합에 따라 차이가 나타났는데 12교잡조합 중에서 4조합에서만 단핵주와 유사하거나 중간 형태를 나타내었고 나머지는 이핵주와 동일한 양상이었다. 교잡주의 자실체 형태는 이핵주 형태가 79.2%, 양친의 중간형태 또는 단핵체 모군주의 형태가 20.8%였다. 하지만 이핵체 형태라 하더라도 자실체 색깔은 다소 달랐다. 사철느타리 이핵-느타리 단핵주간 교잡주의 자실체 갓 색깔은 모두 이핵체 사철느타리와 유사하거나 동일하였다. 느타리 이핵-사철느타리 단핵 계통간 교잡주는 양친의 중간 갓 색깔로 모두 나타났으며 다소 이핵체와 유연관계가 가까운 색깔이었다. 따라서 사철느타리가 다소 우성으로 나타나는 경향이었다. 이러한 결과로 보아 교잡주는 3종류의 핵이 모두 공존하는 세포가 많을 것으로 생각되며, 이핵-단핵 계통간 교잡 방법은 우수한 계통을 육성하는 훌륭한 방법으로 이용될 수 있을 것으로 기대된다.

Southern hybridization에 의한 질편모충의 유전학적 다양성 (Genetic variance of Tuchomonns uaginclis isolates by Southern hybridization)

  • 류재숙;민득영
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제36권3호
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    • pp.207-212
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    • 1998
  • 질편모충 7개 분리주 (국내분리주 UT8, KT6, UT-Kim 및 fr-Lee, 외국 분리주 CDC85, IR78 및 NYH286주)의 유전학적 차이점을 관찰하고자 Southemhybridization을 하였다. 탐침 (probe) 은 질편모충 DNA에 있는 반복적인 염기서열을 기초로 하여 337 bp의 탐침을 제작하였다. 질편모충 각 분리주를 클로닝하고 각각의 원충을 따로 배양하여 DNA를 분리하여 제한효소를 처리한 후 전기영동하고 Southemhybridization을 하였다. 질편모충 분리주에 관계엄이 11개 내외의 븐회이 관찰되었다. 콜로니가 2개 형성된 KT8, IR78 및 KT-Lee 분리주에서는 클로닝하기 전의 분리주와 클로닝하여 형성된 콜로니를 배양한 질편모충에서 같은 bandpattem이 관찰되었다. 사용된 모든 질편모충을 bandpattem에 따라 3군으로 나눌 수 있었는데, KT8 분리주는 국내 분리주인 KT6, KT-Kim 분리주와 같은 band pattern을 보여 1 kb, 1,2 kb, 1.6 kb, 1.9 kb, 2.3 kb, 2.7 kb, 3.2 kb, 3.4 kb, 3.8 kb, 4.9 kb 및 6.0 kb의 11개의 공통 분획을 보였다. 외국분리주로 metronidazole에 내성인 IR78 분리주는 국내 분리주인 fr-Lee 분리주와 같은 분획을 보여 1 kb, 1.2 kb, 1.6 kb, 1.8 kb, 2.1 kb, 2.5 kb, 2.7 kb, 2.9 kb, 3.4 kb, 5.0 kb 및 6.0 kb의 분획을 보였으며 IR78과 같이 약제 내성이 있다고 알려진 CDC85의 경우 IR78, KT-Lee 분리주와 비슷한 분획을 보였으나 2.9 kb가 없고 3.2 kb의 분획이 관찰되었다. 세번째 군에 해당되는 NYH286주는 12개의 분획을 보였는데 IR78, KT-Lee 분리주와 유사한 분획을 보였으나 그 차이점 은 6.0 kb 대신 6.2 kb를, 2. 1 kb 대신 2.0 kb와 2.2 kb를 나타냈다. 이상의 결과로 질편모충 여러 분리주의 유전학적 다양성이 관찰되었다.

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