• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제7권4호
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• pp.175-183
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• 2004

The dinoflagellate Alexandrium tamiyavanichii Balech, a producer of toxins causing paralytic shellfish poisoning (PSP), has recently been considered as one of main organisms responsible for toxication of shellfish in Japan. In this study, A. tamiyavanichii was subjected to a molecular phylogenetic analysis inferred from 28S rDNA D1-D2 sequences and a species-specific LSU rRNA-targeted oligonucleotide DNA probe was designed to identify A. tamiyavanichii using the whole cell-FISH (fluorescence in situ hybridization). The sequences of the 28S rDNA D1-D2 region of A. tamiyavanichii showed no difference from A. cohorticular AF1746l4 (present name A. tamiyavanichii) and formed a distinct clade from the 'tamarensis species complex'. The probe, TAMID2, reacted specifically with A. tamiyavanichii cultured cells, without any cross-reaction with other species belonging to the same genus, including A. tamarense, A. catenella, A. affine, A. fraterculus, A. insuetum and A. pseudogonyaulax. In a test of cross-reactivity with a field sample, TAMID2 reacted consistently with only A. tamiyavanichii, indicating that the present protocol involving the TAMID2 probe might be useful for detecting toxic A. tamiyavanichii in a simple and rapid manner.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제46권2호
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• pp.79-87
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• 2019

One of wild diploid Solanum species, Solanum chacoense, is one of the excellent resources for potato breeding because it is resistant to several important pathogens, but the species is not sexually compatible with potato (S. tuberosum) causing the limitation of sexual hybridization between S. tuberosum and S. chacoense. Therefore, diverse traits regarding resistance from the species can be introgressed into potato via somatic hybridization. After cell fusion, the identification of fusion products is crucial with molecular markers. In this study, S. chacoense specific markers were developed by comparing the chloroplast genome (cpDNA) sequence of S. chacoense obtained by NGS (next-generation sequencing) technology with those of five other Solanum species. A full length of the cpDNA sequence is 155,532 bp and its structure is similar to other Solanum species. Phylogenetic analysis resulted that S. chacoense is most closely located with S. commersonii. Sequence alignment with cpDNA sequences of six other Solanum species identified two InDels and 37 SNPs specific sequences in S. chacoense. Based on these InDels and SNPs regions, four markers for distingushing S. chacoense from other Solanum species were developed. These results obtained in this research could help breeders select breeding lines and facilitate breeding using S. chacoense in potato breeding.

• 한국어병학회지
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• 제19권3호
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• pp.267-276
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• 2006

제주도내 양식넙치 병어에서 분리된 연쇄상구균 75균주의 항균제에 대한 감수성 경향 및 내성균 출현빈도를 조사하고 다재내성 균주로부터 전이성 R plasmid를 검출하였다. 넙치 병어에서 분리된 모든 연쇄상구균은 flumequine (AR)과 oxolinic acid (OA)에 대하여 저항성이었으며, 그 중 30균주 (41%)는 ampicillin (ABPC), doxycycline (DOXY), erythromycin (EM), norfloxacine (NFLX), oxyteracycline (OTC)의 약제에 대하여 다양한 조합으로 동시내성을 나타내었다. AR과 OA를 포함하여 4～6약제에 대하여 다재내성을 보인 균주는 26주였다. 연쇄상구균의 다재내성 전이에 관여하는 R plasmid인 pST9와 DNA구조가 유사한 plasmid의 분포를 알아보기 위하여 60 분리 균주에 대한 colony 혼성화를 실시하였다. 그 결과 13 분리균에서 혼성화 양성반응이 나타났으며 생사료의 원료로 사용되는 양치와 고등어에서도 양성반응이 나타남으로써 동일 DNA구조의 plasmid가 분포함을 시사하였다. 혼성화 양성반응을 보인 13균주로부터 전이성 R plasmid를 검출하기 위하여 conjugation을 실시하였다. OTC, DOXY, EM에 대한 항균제 내성 marker인 Otc, Doxy, Em은 R plasmid에 의하여 수용균인 Streptococcus sp.로 전이가 이루어졌다. 또한 이들 전이성 R plasmid를 보유하고 있는 연쇄상구균들이 동일 분류군에 속하는지를 알아보기 위하여 RAPD pattern을 분석하였다. 내성균주들의 RAPD pattern은 모두 유사하였으며, Streptococcus iniae type의 RAPD pattern (Kim and Kim, 2003)은 나타나지 않았다. 그러므로 pST9와 동일 DNA 구조의 R plasmid는 S. iniae에서의 출현빈도가 매우 낮을 것으로 예상되었다.

• 한국가금학회지
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• 제37권3호
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• pp.247-253
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• 2010

텔로미어(telomere)는 염색체 양 말단에 위치하는 DNA와 단백질의 복합체로서 (TTAGGG)n의 단순 반복 염기 서열로 이루어져 있다. 그러나 일부 조류 및 척추동물의 경우 염색체의 양 말단 부위외 간질적 위치에도 telomeric DNA sequence가 분포한다. 본 연구는 닭 염색체에 있어 telomeric DNA의 분포 양상을 제시하고자 한국 재래닭의 초기 배아로부터 염색체 표본을 제작하고, telomeric DNA probe를 이용한 FISH를 수행하여 염색체 상 텔로미어의 분포 양상을 분석하였다. 분석 결과, 닭의 모든 염색체 양 말단부에 텔로미어가 분포하는 것으로 나타났으며, 더불어 대형 염색체 중 1번의 1q32, 1p11, 1p23 위치와 2번 염색체의 2q24 및 3번 염색체 3q32에 interstitial telomeric signal(ITS)이 존재하는 것이 확인되었다. 이러한 한국 재래닭 염색체의 텔로미어 분포 양상은 이전 Gallus domesticus에서 발표한 분포 양상과 거의 일치한 것으로 나타났다. 한국 재래닭의 각 염색체별 텔로미어 함유율은 4.6~16.3% 정도로 분석되었으며, 거의 대부분의 염색체에서 단완 말단부의 telomeric DNA의 함량이 장완 말단부보다 높은 것으로 나타났다. 닭 염색체에서 ITS의 존재와 분포 양상은 핵형학적으로 진화 과정 중 염색체 간의 융합에 의해 신생 염색체가 형성되었을 가능성을 시사한다.

• 미생물학회지
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• 제28권2호
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• pp.91-97
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• 1990

생체내의 유해산소를 제거하는 superoxide dismutase (superoxide : superoxide oxidoreductase E.C.1.15.1.1) 중 세포질내에서 그 활성을 지니는 인체의 세포질 superoxide dismuta~ie (SODl) 유전자를 사람의 간 cDNA library로부터 동위원소로 표지된 oligonucleotide probe를 이용, in situ plaque hybridization 방법으로 선별 분리하여 내장균 벡터로 클로닝하였다. 이 클론은 SOD1 유전자의 5"L"TR과 3’UTR을 포함한 1.6 kb 정도의 cDNA였다 SOD1 구조유전자만을 선택적으로 분리하기 위해서 ATG를 포함하는 sense strand primer와 3’UTR 부위의 antisense strand primer를 이용하여 중합효소연쇄반응(Polymerase Chain Reaction) 방법을 써서 SOD1 구조유전자 부위만을 선택적으로 증폭시켰다. Taq DNA polymerase에 의해 증폭된 DNA를 벡터 pUCl9의 multiple cloning site (MCS) 내의 Hinc II 위치에 넣였으며 이 insert DNA를 M13 mp19으로 옮겨 dideoxy chain termination 방법으로 sequenase를 사용하여 염기서열을 결정하였다. 클론닝된 cDNA는 153개의 아미노산을 포함하고 있는 하나의 open reading frame (ORF)을 가셨다. 중합효소연쇄반응에 의해 이때 증폭된 SOD1 구조유전자를 $\lambda P_{L}$ 프로모터를 포함하고 있는 발현 벡터 pUPL에 옮긴 후 대장균에서 대량으로 발현시켰다. 이때 발현된 단백질 SOD1은 고유의 효소활성을 가지고 있었다.

• 한국약용작물학회지
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• 제12권6호
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• pp.515-518
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• 2004

약용식물로 재배되고 있는 지모를 대상으로 McFISH 기법을 이용하여 45S와 5S rDNA 유전자의 염색체상의 위치를 확인하여 물리지도를 확립하였다. 2쌍의 45S rDNA는 1번 염색체의 단완 말단과 3번 염색체의 동원체 부위에서 관찰되었고, 1번 염색체의 signal이 3번 염색체에서의 signal보다 더 강하게 나타났다. 한 쌍의 5S rDNA signal은 45S rDNA signal과 함께 3번 염색체의 동원체 부위에서 관찰되었다.

• BMB Reports
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• 제34권3호
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• pp.262-267
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• 2001

A cDNA coding alkaline phosphatase (AP) homologue was isolated from a cDNA library of Schizosaccharomyces pombe by colony hybridization. The nucleotide sequence of the cloned cDNA appeared to lack the N-terminal coding region. The genomic DNA encoding alkaline phosphatase homologue was isolated from S. pombe chromosomal DNA using PCR. The amplified DNA fragment was ligated into plasmid pRS315 to generate the recombinant plasmid pSW20. The DNA insert was subcloned as two smaller fragments for nucleotide sequencing. The sequence contains 2,789 by and encodes a protein of 532 amino acids with a molecular mass of 58,666 daltons. The S. pombe cells containing plasmid pSW20 showed much higher AP activity compared with the yeast cells with vector only This indicates that the cloned AP gene apparently encodes AP The predicted amino acid sequence of the S. pombe AP shares homology with those of other known APs.

• Journal of Plant Biology
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• 제35권3호
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• pp.253-257
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• 1992

Potyvirus group에 속하는 것으로 알려진 마늘 모자이크 바이러스 (GMV)가 식물에서 병을 유도하는 메카니즘을 이해하기 위하여, 마늘에 존재하는 GMV에 대한 cDNA clone인 clone 29-6을 분리하였다. Northern blot 분석에 의해 이 바이러스의 genome size는 약 9 kb이고, 또한 clone 29-6은 GLV genome과 유사성이 없었으며, 마늘잎으로부터 분리된 $poly(A)^{+}$ RNA와 강하게 hybridization되었다. 이러한 사실은 이 cDNA clone이 마늘에 감염하여 모자이크 병반을 유도하는 GMV에 대한 cDNA clone 중의 하나인 것으로 생각되었다. Clone 29-6을 probe으로 사용하여 마늘 바이러스의 cDNA 은행을 탐색하여 이와 중첩되는 clone을 선별하여 염기서열을 결정한 결과 이들의 염기서열이 중첩부위에서 서로 일치하지 않았는데 이는 마늘은 여러 형태의 GMV에 의해 감염되어 있음을 암시한다.

• Archives of Pharmacal Research
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• 제19권6호
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• pp.450-455
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• 1996

The genomic DNA was prepared from trout liver which was treated with 3-methycholanthrene, and cloned into lambda EMBL3 at BamHl site. The genomic library was constructed via infections of these recombinant phages into E. coli K802, and screened by the most $5^I$-portion of trout CYP1A1 cDNA. After the screening of $10^9$ clones of the amplified library, 12 positive clones were isolated, and subjected to further screenings. The results of southern blot hybridization of genomic DNA prepared from the positive clone showed the presence of a single gene of CYP1A1, and 3.5 Kb PstI fragment that hybridizes with the most $5^I$-region DNA of CYP1A1 cDNA. The restriction map of PstI fragment was determined by the restriction digestion with various enzymes. The nucleotide sequence of the upstream genomic DNA of CYPIAI was determined by DNA sequencing of exonuclease III unidirectionally deleted PstI fragment DNA using $[^{35}/S]$dATP. This paper presented the upstream genomic DNA of CYP1A1 contained a part of coding region which was about 351 base pairs (from ATG to PstI site at 3563).

• 한국식물병리학회지
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• 제14권2호
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• pp.177-183
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• 1998

A DNA fragment which is involved in tolassin production was cloned to obtain a molecular marker of Pseudomonas tolaasii, a casual agent of bacterial brown blotch disease of oyster mushroom (Pleurotus ostreatus). Tolaasin is a lipodepsipeptide toxin and known as a primary disease determinant of the P. tolaasii. It is responsible for formation of white line in agar when P. tolaasii were cultured against white line reacting organisms (WLROs). White line negative mutants (WL-) were generated by conjugation between rifampicin resistant strain of P. tolaasii and E. coli carrying suicidal plasmid pSUP2021 : : Tn5. The ability of tolaasin production of the WL- mutants was examined by hemolysis test, pathogenicity test, and high pressure liquid chromatography (HPLC) analysis of culture filtrate. All of the WL- mutants were lost the ability of tolaasin production (Tol-). Genomic library of the Tol- mutant was constructed in pLAFR3 and the cosmid clone containing Tn5 was selected. DNA fragment fro franking region of Tn5 was cloned from the plasmid and used as a probe in Southern blot. DNA-DNA hybridization with the probe to total DNA from group of bacteria ecologically similar to P. tolaasii including WLORs, fluorescent Pseudomonads isolated from oyster mushroom, P. agarici, P. gingeri, and some of other species of Psedomonas showed that some of the tested bacteria do not have any hybridized band and others have bands sowing RFLP. The cloned DNA fragment or its nucleotide sequence will be useful in detection and identification of the P. tolaasii.