• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제31권3호
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• pp.285-292
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• 1993

간흡충 total RNk에는 많은 량의 185 rRNA가 함유되어 있었지만 285 rRNA는 그 양이 매우 적었다. 약 $8{\;}{\mu\textrm{g}}의{\;}poly{\;}(A)^{+}$ mRNAS부터 합성된 double-stranded CDNA는 대부분이 0.4-4.2 kb 크기이었으며 9.5 kb에 달하는 것도 있었다. 이미 보고되어 있는 tropomyosin의 amino산 서열을 기준하여 5개의 degenerated oligonucleotide (sense primer 2개와 antisense primer 3개)를 합성하였다. TotalcDNA를 template로 하고 sense primer와 antisense primer를 조합하여 실시한 PCR 산물 중에서 580 bp 크기의 특이 유전자가 나타났다. 만손주혈흡충의 tropomyosin CDNA를 탐색자로 써서 Southern hybridization했을 때 이 유전자만이 검출되어서. 이 유전자는 간횹충 tropomyosin (CSTM) CDNA의 일부분일 가능성이 높다고 생각되어 sequencing vector인 POEM-3Zf(-)에 cloning한 다음 염기서열을 결정하였다. nRf 증폭된 CSTM CDNA는 크기가 575 bp이었으며 191개의 predicted amino산 서열은 한 개의 open reading frame을 갖고 있었다 CSTM CDNA의 amino산 서열은 만손주혈흡충 tropomyosln과 86.3%. Trichosoonvk: colhnfornis tropomyosin과 51.1% 의 유사성을 갖고 있었다. 이 CSTM cDNA fragment는 앞으로 간흡충 cDNA library를 screening하여 완전한 CnM CDNA를 cloning하기에 좋은 probe로 쓰일 것으로 예상된다.

• 한국어병학회지
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• 제6권2호
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• pp.103-110
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• 1993

Sau3AI으로 부분절단한 Serratia marcescens genomic DNA(5Kb 이상)을 pUC19의 BamHI site에 삽입하여 total genomic library를 준비하였다. Swollen colloidal chitin media에서 halo를 형성하는 2개의 E.coli 형질전환주를 선별하였다. 이들 colony가 chitinase 유전자를 갖음을 재확인하기 위하여 4-methylumbelliferyl N-acetyl-$\beta$-D-glucosaminide(4-MuFGlcNAc)를 이용하였다. 4-MuFGlcNAc는 chitinase에 대한 기질특이성을 나타내며 형광을 나타내는 기질로서 positive clone들은 360nm의 자외선을 조사하였을 경우 밝은 형광을 나타낸다. pUC19으로 부터 유래된 2 종류의 다른 chitinase clone, pCH1(11.0Kb) 및 pCH2(7.5Kb)를 genomic DNA library로 부터 분리하였으며, 이들의 제한효소지도를 작성한 결과 서로 다른 제한효소지도를 나타내었다. pCH1EA 및 pCH2로 부터 각각의 EcoRI-Xbal fragment를 subcloning함으로써 두개의 다른 chitinase 유전자의 위치를 결정하였다. pCH1EA 및 pCH2를 cross hybridization 한 결과 hybridization signal을 나타내지 않아 서로 유사성이 없는 것으로 사료된다.

• Current Research on Agriculture and Life Sciences
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• 제11권
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• pp.11-17
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• 1993

완두에 있어서 보다 효율적인 형질전환 방법을 모색하고 형질전환된 개체를 얻고자 본 실험을 수행하여 얻어진 결과는 다음과 같다. 형질전환은 발아중인 완두의 생장점(shoot tip)을 제거한 다음 T-DNA내에 GUS gene과 neomycin phosphotransferase II gene이 들어있는 binary vector를 가진 Agrobacterium tumefaciens를 생장점을 제거한 부위에 감염시켰다. 감염 후 새로 형성된 shoot는 개체당 4~5개였으며, 그중 GUS유전자가 발현하는 shoot만을 정상적인 식물체로 분화 시켰다. 감염부위에서 형성된 shoot에서의 GUS유전자의 발현빈도는 10%내외였다. 이들 개체로 부터 genomic DNA를 분리하여 Dot blot hybridization분석 결과 T-DNA가 식물체 내에 존재함을 알 수 있었고, 수확한 종자를 발아시켜 Sorthern blot hybridization한 결과 T-DNA가 다음세대로 전달되었음이 확인되었으며 형질전환율은 2%이내였다.

• 생명과학회지
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• 제15권2호
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• pp.192-196
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• 2005

본 연구는 분열형 효모 Schizosaccharomyces pombe에서 여러 가지 DNA 절제회복 및 유전자 발현에 관여하는 SNF2/SW12유전자의 기능을 연구하기 위하여 이에 관련되는 유전자를 분리하고 그 특성을 연구하였다. SNF2 motif의 conserved sequence를 primer로 하여 중합효소 연쇄반응 (PCR) 방법으로 480 bp 크기의 DNA fragment를 분리하여, 이를 probe로 하여 효모에서 hrp2+ 유전자를 분리하였다. 분리한 hrp+ 유전자의 sequence homology를 비교한 결과 3개의 SNF2 motif를 포함하고 있었다. hrp2+ 유전자의 전사체 크기는 4.7kb임을 Northern hybridization으로 확인하였다. 분리한 유전자의 특성 연구를 위하여 Northern hybridization 으로 hrp2+ 유전자의 UV와 MMS에 대한 유도성을 조사한 결과 자외선에 대해서만 유전자의 발현이 유도되었다. 이 결과 분리한 hrp2+는 UV-inducible 유전자임을 확인하였다. 또한 분리한 유전자의 특성연구 중 하나로 hrp2+ 단백질을 분리하여 helicase activity를 측정하였다. 이 결과 분리한 hrp2+ 유전자는 전혀 helicase activity를 나타내지 않았다.

• 생명과학회지
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• 제16권4호
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• pp.704-709
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• 2006

본 연구는 DNA 상해유도기작을 규명하기 위하여 꼬마선충 (Caenorhabditis elegans) 으로 부터 subtraction hybridization 방법을 이용하여 자외선 유도 유전자인 UV100과 UV150을 분리하고 그 유전자 구조와 발현양상을 조사하였다. 분리한 유전자의 발현양상을 Northern hybridization 방법으로 살펴본 결과 자외선 조사 후에 최대 2배 이상의 발현 증가를 나타내었다. 이 결과 이미 밝혀진 다른 UV-inducible 유전자와 유사하게 UV100과 UV150 유전자는 자외선에 의해서만 발현이 증가됨을 알 수 있었다. 또한 분리한 유전자의 기능을 알기 위하여 RNAi 실험을 한 결과 분리한 자외선 유도유전자는 발생단계에 따라 다양한 DNA 회복기작을 나타냄을 알 수 있었다.

• 대한수의학회지
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• 제43권3호
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• pp.477-483
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• 2003

Molecular diagnostic techniques have been used to identify porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), a causative agent of acute enteritis in swine, but they were difficult to be petformed and time-consuming. To detect PEDV in a rapid and easy way, we developed biotinylated cDNA probe for N gene encoding the nucleoproteins of PEDV. Formalin-fixed and paraffin-embedded tissues from 24 naturally infected pigs were used for the experiment. The ISH produced a positive reaction in all cases. When intestinal tissues were hybridized with PEDV probe, strong signals were seen in the villus enterocytes of the jejunum and ileum. Hybridization signals were also found in the duodenum from one pig and in colon from dnother. In conclusion, ISH with a biotinylated cDNA probe was provided to be a useful diagnostic method for detecting PEDV effectively in routinely processed tissue sections.

• BMB Reports
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• 제34권1호
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• pp.59-65
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• 2001

In subtractive hybridization, target sequences in the tester are enriched by hybridizing with an excess amount of driver, followed by removing the tester hybridized with the driver. All of existing subtractive cloning methods are designed to remove the tester/driver hybrid. The removal of hybrid, however, is often unsatisfactory For various reasons. In this study we developed a subtractive enrichment protocol in which the tester/driver can be completely removed by selecting only the tester/tester after hybridization. In this protocol both the tester and driver DNAs are ligated with same linker DNAs and amplified by polymerase chain reaction (PCR). The tester DNA is then digested with two different enzymes and used in subsequent hybridization with an excess driver. After hybridization, the DNA is ligated with the adaptor that is only compatible with the tester/tester. Since only the tester/tester can have the new adaptor, no tester/driver can be amplified by PCR in this protocol. Unlike other methods, a 100% subtraction efficiency can be achieved even though the enzymatic treatments used in the enrichment procedure are incomplete. Furthermore, only the hybridized tester DNA can have the new adaptor and be amplified by PCR, resulting in 100% denaturation in effect. The efficacy of this novel method was verified with the model system in which a known amount of the target sequence is included.

• 대한전기학회:학술대회논문집
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• 대한전기학회 2002년도 추계학술대회 논문집 전기물성,응용부문
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• pp.51-53
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• 2002

This research aims to develop a multiple channel electrochemical DNA chip using micro-fabrication technology. At first, we fabricated a high integrated type DNA chip array by lithography technology. Several probe DNAs consisting of thiol group at their 5-end were immobilized on the sold electrodes. Then target DNAs were hybridized by an electrical force. Redox peak of cyclic-voltammogram showed a difference between target DNA and mismatched DNA in the anodic peak current. Therefore, it is able to detect a various genes electrochemically after immobilization of a various probe DNA and hybridization of label-free DNA on the electrodes simultaneously. It suggested that this DNA chip could recognize the sequence specific genes.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제15권10호
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• pp.1412-1421
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• 2002

To examine the feasibility of using a sperm vector system for gene transfer, we have investigated the binding and the uptaking of foreign DNA into the sperm nucleus by PCR, in situ hybridization and LSC. We have also examined the transportation of exogenous DNA into oocytes by immunofluorescene via PCR. Sperm cells were incubated with DNA/liposome complexes (1:4 ratio) in fertilization medium with BSA or without BSA. In situ hybridization demonstrated that the transfection rate of sperm cells with and without BSA was 41 and 68% respectively, when the cells were treated with liposome/DNA complexes and 13% for DNA alone. LSC analysis showed that the binding of exogenous DNA was greatly reduced by DNase I treatment which digests DNA bound onto spermatozoa, suggesting that some of the DNA was internalized into the sperm membrane. To find out whether transfected DNA was internalized into sperm intracytomembrane, sperm DNA was amplified by inverse PCR. No PCR products were detected from sperm cells, indicating that the foreign DNA was simply bound onto the sperm membrane. To investigate transfer rates of exogenous DNA into oocytes via sperm cells, we used immunofluorescene method to follow the distribution of foreign DNA via spermatozoa: a few exogenous DNA was located in the cytoplasm of early embryos (13/60, 21.7% for DNA+/liposome+/BSA) and was not located in the pronucleus and/or nucleus. These results suggest that most of the transfected sperm cells could carry the foreign DNA into the egg by in vitro fertilization, but that the transferred DNA is degraded in the developing embryos without stable integration into the zygote genome. Therefore, we have directly injected with transfected sperm cell into oocyte cytoplasm and observed that some of the exogenous DNA was detected in preimplantation embryonic cytoplasm and expressed at preimplantation stages, suggesting that exogenous DNA in early zygote has their integrity. In this study, we have not identified a noble mechanism that interfering transportation of foreign DNA into zygote genome via spermatozoa. Our data, however, demonstrated that inverse PCR and immunofluorescene methods would be used as a new tool for follow-up of gene distribution in oocyte via sperm cells.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2001년도 제2회 생물정보 워크샵 (DNA Chip Bioinformatics)
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• pp.87-96
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• 2001

삼성종합기술원에서는 인간의 genomic DNA의 이상을 발견하여 이와 연관된 질병을 진단하는 DNA chip을 개발하고 있다. 이를 위하여 특정한 염기서열의 변화에 따라 민감하게 hybridization strength가 변화하는 oligomer를 선택해야 한다. 따라서, specificity가 가장 큰 probe를 골라내야 한다. 여기에는 열역학적인 고려와 여러가지 물리화학적인 approximation이 사용되며, DNA chip 생산 공정에 의존하는 요소도 포함되어 있다 모든 생산용 data와 결과의 분석은 database를 기반으로 이루어지며, 자동화된 통계적 분석법과 최적화 방법이 함께 사용된다.