• 제목/요약/키워드: DNA test

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고구마에서 ADP-Glucose Pyrophosphorylase Small Subunit cDNA의 Antisense 발현에 의한 전분생합성 저해 (Inhibition of Starch Biosynthesis by Antisense Expression of cDNAs Encoding ADP-Glucose Pyrophosphorylase Small Subunit in Sweetpotato)

  • 민성란;배정명;한지학;정원중;이영복;유장렬
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제34권4호
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    • pp.277-283
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    • 2007
  • 고구마 유래 ibAGP1, ibAGP2 유전자가 antisense 방향으로 각각 도입된 벡터를 섞어서 particle bombardment 방법으로 고구마 배발생 캘러스에 형질전환을 수행하였다. 선발배지에서 형성된 배발생 캘러스로부터 체세포 배발생 과정을 거쳐 식물체로 재분화된 개체에서 PCR과 Southern 분석으로 고구마의 염색체 게놈에 ibAGP1, ibAGP2 유전자가 도입되었음을 확인하였고, western blot을 통해 형질전환체의 AGPase small subunit 효소 생산이 전반적으로 대조구에 비해 감소하였다. 또한, 형질전환체의 잎과 괴근 절편체의 전분염색 결과에서도 대조구에 비해 부분적으로 전분염색이 이루어짐을 알 수 있었다. 특히, ibAGP1, ibAGP2 유전자가 동시에 들어 있는 식물체 잎에서는 ibAGP1만 들어있는 것에 비해 전분합성이 더욱 감소됨을 확인하였다. 고구마의 경우 감자를 비롯한 다른 식물들과는 달리 외형적인 생장자체를 심하게 저해하였으며 괴근이 형성되지 않아 ibAGP1, 2의 발현 여부가 식물체의 생장에 절대적인 영향을 미침을 시사한다.

서울지역 설사환자로 부터 분리된 Shigella flexneri의 성상과 유전적 특성 (Genetic characterization of Shigella flexneri isolated from the diarrheic patients in Seoul region)

  • 승현정;김무상;오영희;최병현;채희선;초가기;전무형
    • 대한수의학회지
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    • 제46권4호
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    • pp.337-345
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    • 2006
  • The shigellae are common etiological agents of bacillary dysentery in humans and primates. During four years from 2002 to 2005, 22 strains of Shigella spp. were isolated from the diarrheic patients in Seoul region. All of them were identified as S. flexneri by biochemical tests and serotyping. The prevalence of serotypes were variable by year, but the major serotypes were 2a and 3a. In an antimicrobial susceptibility test, all of the isolates were resistant to streptomycin and tetracycline, and susceptible to amikacin, kanamycin, cefoxitin, and gentamicin. All of the isolates showed the multi-resistant patterns over 3 drugs. By analysis of the plasmid profile the isolates were classified into 7 groups (P1~P7). Serotypes 2a and 2b were distributed to P1, P2, P3, and P4. Serotype 3a was differentiated to P5 and serotype 3b, to P6 and serotype 4a, to P7. PCR results showed that all isolates were positive for two virulence genes, ipaH and ial, but none of the strains had stx gene. The set1A and set1B genes were detected from 12 isolates (54.5%) that belonged to serotype 2a and 2b. The sen gene was detected from 19 isolates (86.4%). The 22 isolates showed 12 to 17 DNA fragments in the sizes ranging from 20.5 kb to 1135 kb, resulting in 13 patterns by the PFGE with Not I digestion. The PFGE patterns of the isolates showed the close relation with the serotypes, but no relations with year of isolation and antimicrobial resistance.

가축분뇨액비의 길항미생물에 의한 토양전염성 병원균의 생육억제 효과 (Inhibition of in Vitro Growth of Three Soil-borne Turfgrass Diseases by Antagonistic Bacteria from Composted Liquid Manure)

  • 류주현;심규열;김기선
    • 원예과학기술지
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    • 제32권6호
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    • pp.879-886
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    • 2014
  • 가축분뇨액비의 토양전염성 잔디병해들의 억제능력을 알아보고자 군위, 논산, 무안, 여주, 이천, 익산, 합천, 횡성 등 8개 지역의 가축분뇨액비생산시설에서 생산된 액비를 이용하여 기내에서 수행하였다. 가축분뇨액비와 병원균주들과의 대치배양을 통해 총 110종의 길항미생물을 선발하였으며, 각 병원균주별로 길항능력이 우수한 한 종씩을 선발하였다. 선발된 각각의 미생물은 16s rRNA 서열분석을 통해 brown patch에 길항력을 보인 ICIIIB60은 Alcaligenes sp., large patch에 길항력을 나타낸 GWIV70은 Bacillus licheniformis Ab2, dollar spot에 길항력을 보인 ISSH20은 B. subtilis C7-3으로 동정되었다. 이들의 최적배양조건은 NB 배지(ICIIIB60)와 TSB 배지(GWIV70, ISSH20)에서 온도는 $29.5^{\circ}C-31.4^{\circ}C$의 범위에서, pH는 6.5-7.3의 범위에서 잘 자라는 것으로 확인되었다. 또한 각 균주를 5종의 살균제와 혼용한 결과, ICIIIB60 균주는 테부코나졸 제제, GWIV70와 ISSH20 균주는 토클로포스메틸 제제에서 생존율이 높아 혼용처리가 가능할 것으로 판단되었다. 이러한 결과를 통해 가축분뇨액비는 비료로서의 역할뿐만이 아니라 잔디 병해를 줄일 수 있는 친환경적인 소재로 이용이 가능함을 확인하였다.

Rhizoctonia solani에 의한 결구상추 밑둥썩음병 방제균주 Stenotrophomonas maltophilia BW-13의 분리 및 동정 (Isolation and Identification of Stenotrophomonas maltophilia BW-13 Active Against Rhizoctonia solani Causing Crisphead Lettuce Bottom Rot)

  • 김한우;박종영;김현주;이광렬;이진우;최우봉;이선우;문병주
    • 식물병연구
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    • 제11권2호
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    • pp.152-157
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    • 2005
  • 결구상추 밑둥썩음병의 병원균 Rhizoctonia solani에 대한 길항세균을 분리하기 위하여 결구상추 재배 포장에서 결구상추의 밑둥부위, 뿌리조직 그리고 근권토양에서 세균 702균주를 분리하였다. 분리균주 중에서 대치배양에 의해 길항능을 나타낸 7균주를 선발하였으며, 그 중 포트검정 실험에서 유묘와 성체식물에서 발병억제효과가 우수한 BW-13균주를 길항균으로 최종선발하였다. 최종 선발된 BW-13균주의 동정을 위하여 생리$\cdot$생화학적 특성, API test 및 16S rDNA sequence를 분석한 결과 Stenotrophomonas maltophilia로 동정되었으며, 본 균주를 S. maltophilia BW-13으로 명명하였다. 본 연구의 결과는 S. maltophilia BW-13이 결구상추 밑둥썩음병의 생물적 방제원으로 이용될 수 있음을 보여준다.

한국인 기관지 천식 환자에서 허설변증과 Glutathione-S-Transferase 유전자의 다형성 연구 (Association Study of Glutathione-S-Transferase M1/T1 Gene Polymorphism with Deficiency-Excess Differentiation-syndrome in Korean Bronchial Asthmatics)

  • 유승렬;정승연;정주호;김진주;정승기
    • 대한한방내과학회지
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    • 제28권3호
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    • pp.453-463
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    • 2007
  • Backgrounds : Glutathione-s-transferase (GST) is a kind of phase II metabolism enzyme and plays an important role in the detoxification of various toxic chemicals. It was reported that the genetic polymorphism of GSTM1 and GSTT1 genes may be responsible for asthma development and susceptibility to allergy. Traditional oriental medicine uses a unique diagnostic technique. differentiation-syndrome. to analyze signs and symptoms of patients synthetically. Through differentiation-syndrome. asthma patients can be divided into two groups: the deficiency syndrome group (DSG) and the excess syndrome group (ESG). Objectives : The purpose of this study was to investigate the possible association of GST gene polymorphism with clinical phenotype by differentiation-syndrome of bronchial asthma patients. Materials and Methods : One hundred and ten participants were evaluated by pulmonary function test. Patients with 53 DSG and 31 ESG by differentiation-syndrome were assessed for genetic analysis. GSTM1 and GSTT1 deletion polymorphism was performed by polymerase chain reaction (PCR). Results : GSTM1 gene deletion was detected in 43.4% of individuals in the DSG and in 38.71 % in the ESG. The distribution of GSTM1 polymorphism between DSG and ESG was not significantly different [$x^2$=0.1767, p=0.6742; OR(95% CI)=1.2139(0.4915-2.9979)]. The proportion of GSTT1 null genotypes was 41.51% in the DGS and 45.16% in the ESG. The distribution of GSTT1 polymorphism between DSG and ESG was also not significantly different [$x^2$=0.1065, p=0.7442; OR(95% CI)=0.8618(0.3525-2.1065)]. In the combined analysis of GSTM1 and GSTT1 genes, the frequency of both null type of GSTM1/GSTT1 genes was not significantly different from both positive type of GSTM1/GSTT1 genes[$x^2$=0.0768, p=0.7817; OR(95% CI)=1.2000(0.3303-4.3602)] Conclusions : These results indicate that polymorphism of the GST gene might not be associated with the symptomatic classification of DSG and ESG by differentiation-syndrome in Korean asthmatics.

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Integrative Study on PPARGC1A: Hypothalamic Expression of Ppargc1a in ob/ob Mice and Association between PPARGC1A and Obesity in Korean Population

  • Hong, Mee-Suk;Kim, Hye-Kyung;Shin, Dong-Hoon;Song, Dae-Kyu;Ban, Ju Yeon;Kim, Bum Shik;Chung, Joo-Ho
    • Molecular & Cellular Toxicology
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    • 제4권4호
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    • pp.318-322
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    • 2008
  • Obesity is an increasing worldwide health problem that is strongly related to the imbalance of food intake and energy metabolism. It was well-known that several substances in the hypothalamus regulate food intake and energy metabolism. We planned an integrative study to elucidate the mechanism of the development of obesity. Firstly, to find candidate genes with the marvelous effect, the different expression in the hypothalamus between ob/ob and 48-h fasting mice was investigated by using DNA microarray technology. As a result, we found 3 genes [peroxisome proliferator activated receptor, gamma, coactivator 1 alpha (Ppargc1a), calmodulin 1 (Calm1), and complexin 2 (Cplx2)] showing the different hypothalamic expression between ob/ob and 48-h fasting mice. Secondly, a genetic approach on PPARGC1A gene was performed, because PPARGC1A acts as a transcriptional coactivator and a metabolic regulator. Two hundred forty three obese female patients with body mass index (BMI)${\geq}$25 and 285 control female subjects with BMI 18 to<23 were recruited according to the Classification of Korean Society for the Study of Obesity. Among the coding single nucleotide polymorphisms (cSNPs) of PPARGC1A, 2 missense SNPs (rs8192678, Gly482Ser; rs3736265, Thr612Met) and 1 synonymous SNP (rs3755863, Thr528Thr) were selected, and analyzed by PCR-RFLP and pyrosequencing. For the analysis of genetic data, chi-square ($X^2$) test and EH program were used. The rs8192678 was significantly associated with obese women (P<0.0006; odds ratio, 1.5327; 95% confidence interval, 1.2006-1.9568). Haplotypes also showed significant association with obese women ($X^2$=33.28, P<0.0008). These results suggest that PPARGC1A might be related to the development of obesity.

Streptomyces coelicolor의 RraA 동족체인 RraAS2에 의한 Escherichia coli RNase E 활성조절 (Modulation of Escherichia coli RNase E. Action by RraAS2, a Streptomyces coelicolor Ortholog of RraA)

  • 안상미;신은경;염지현;이강석
    • 미생물학회지
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    • 제44권2호
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    • pp.93-97
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    • 2008
  • 최근 Escherichia coli에서 RNA의 분해와 가공과정에 중추적인 역할을 하는 리보핵산 내부분해효소인 RNase E의 효소활성을 조절하는 단백질 조절자인 RraA가 밝혀졌으며, 이 단백질은 E. coli RNase E의 효소활성 부위와 36%의 유사성을 가지는, Streptomyces coelicolor RNase ES의 효소활성을 조절하는 것으로 알려져 있다. S. coelicolor의 유전체에는 RraA와 아미노산 서열이 35.4% 이상 유사한 단백질을 코딩하는 유전자가 두 개 존재하는데, 그 중 하나인 rraAS2를 클로닝하여 E. coli RNase E의 효소활성을 조절하는지를 알아보았다. 그 결과 세포내에서 RraAS2를 발현시키면 RNase E의 과발현에 의해 저해된 세포의 생장을 RraA와 같이 효과적으로는 아니지만, 어느 정도 복원시키는 것을 확인하였다. 또한 RraAS2가 발현됨으로서 RNase E의 과발현에 의해 증가된 ColE1-타입 플라스미드의 복제 수를 14% 감소시키는 것을 관찰하였다. 이러한 결과는 RraAS2가 RNase E의 RNA I분자에 대한 효소 활성을 저해하는 능력을 가지고 있음을 시사한다. 동일한 배양조건에서 E. coli 세포내에서의 RNase E에 대한 RraAS2의 상대적인 발현양이 RraA에 비해 6.2배 낮은 것을 확인하였고, 이로 인해 RraAS2가 RNase E의 과발현에 의한 세포 생장의 저해를 복원하는데 필요한 모든 RNA의 가공과 분해속도를 효과적으로 조절하지는 못한다는 것을 추론할 수 있다.

자궁내막증 환자와 정상 여성의 자궁내막에서 TIMP-3와 PAI-1 mRNA 발현 차이에 관한 연구 (Endometrium from Women with Endometriosis Expresses Decreased Levels of Plasminogen Activator Inhibitor-1 and Tissue Inhibitor of Metalloproteinase-3 Compared to Normal Endometrium)

  • 정혜원
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제3권1호
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    • pp.29-38
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    • 1999
  • 자궁내막증은 흔한 부인과적 질병이며 여성 불임의 한 원인이 되나 그 발생 원인에 대하여서는 아직 논란의 여지가 많다. 최근 월경혈의 역류가 한 원인이며 자궁내막증 환자가 정상여성에서 보다 역류되는 월경혈의 양이 많거나 침습성이 강한 것이 자궁내막증의 발생 원인이 될 수 있다는 이론들이 소개되었다. 종양이나 자궁내막 조직의 침습이나 전이에는 세포막외 기질 및 기저막의 파괴가 일어나야 하는데 이 과정에 plasminogen activators (PAs)나 matrix metalloproteinase (MMPs)같은 proteolytic enzyme이 관여한다. 이에 자궁 내막증환자와 대조군의 자궁내막에서 PA나 MMP를 억제하는 plasminogen activator inhibitor-1 (PAI-1)나 tissue inhibitor of metalloproteinase (TIMP-3)의 mRNA 발현의 차이를 quantitative competitive RT PCR로 연구하였으며, 그 결과 자궁내막증 환자의 황체기 자궁내막에서는 정상 대조군 환자에서 보다 PAI-1과 TIMP-3 mRNA발현이 낮음을 알 수 있었다. 따라서 자궁내막증 환자의 자궁내막에서는 PA와 MMP의 활성도가 증가할 수 있으며 이 증가된 proteolytic activity로 인하여 역류된 자궁내 막 조직의 복강내 침습이 보다 쉽게 일어날 가능성이 있다.

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전통발효식품에서 분리한 유산균의 항균 활성 및 발효유 스타터 개발 (Antibacterial activity of lactic acid bacteria isolated from traditional fermented foods and development of a starter for fermented milk)

  • 박종혁;문혜정;오전희;이주희;최경민;차정단;이태범;이민정;정후길
    • 한국식품저장유통학회지
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    • 제20권5호
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    • pp.712-719
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    • 2013
  • 본 연구에서는 수입되는 발효유 starter를 대체하기 위해 전통발효식품으로부터 유산균을 분리 및 동정하여 이를 이용한 유산균주의 발효유 적합성 및 probiotics로서의 가능성을 확인하기 위한 기초자료로 사용하고자 실시하였다. 전통발효식품 배추김치, 젓갈 및 장류에서 분리해 낸 유산균주는 11종이며, 이 중 내산성 및 내담즙성이 우수한 L. plantarum A, Leu. lactis B 및 L. acidophilus C를 선택하여 항균활성 및 발효유제조 적용연구를 실시하였다. 3종의 균종에 대한 항균활성은 병원성 미생물인 Li. monocytogenes NCTC 11994에 대해서 높은 항균활성을 보였다. 항균활성이 있는 3종의 유산균주를 사용하여 발효유를 제조한 결과 대조구인 ABT 5보다는 미생물학적 및 이화학적 변화가 유의적으로 차이는 났으나 관능검사 결과 색, 향기, 조직감, 맛 및 전체적인 기호도가 대조구 대비 80% 이상으로 단독 균주임을 감안하면 우수한 관능적 특성을 가지고 있고, 추후 관능적 특성을 높이기 위한 복합균주에 대한 연구가 추가적으로 진행된다면 발효유 스타터로서의 이용 가능성이 높을 것으로 판단된다.

전자선 처리에 따른 마른 김(Porphyra tenera)의 미생물 저감화 효과와 저항성 세균의 동정 (Identification of electron beam-resistant bacteria in the microbial reduction of dried laver (Porphyra tenera) subjected to electron beam treatment)

  • 김유진;오희수;김민지;김정훈;고재백;최인영;박미경
    • 한국식품저장유통학회지
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    • 제23권1호
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    • pp.139-143
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    • 2016
  • 본 연구에서는 김의 위생상 안전성 확보를 위해 전자선조사 선량에 따른 미생물의 저감화 효과를 확인하고 전자선저항성 세균을 분리 동정하였다. 시중에서 시판되고 있는 건조 김에 4 kGy와 7 kGy 선량으로 전자선을 각각 조사한 후 총균수를 측정하였으며, 대조구 ($1.5{\pm}0.2){\times}10^6CFU/g$와 비교 시, ($5.4{\pm}0.5){\times}10^4CFU/g$와 ($1.1{\pm}0.6){\times}10^4CFU/g$로 각각 유의적으로 감소함을 알 수 있었다, 또한 방사선 저항성세균의 수는 조사선량이 증가함에 따라 붉은색 colony수의 변화는 거의 없었으나 노란색 colony의 수는 유의적으로 감소하여 7 kGy에서는 발견되지 않음을 알 수 있었다. 방사선 저항성 세균을 순수 분리하여 형태학적 생화학적 특성을 살펴본 결과 붉은색과 노란색 colony 모두 구균의 그람양성이었으며 catalase test에서 양성반응을 나타내었고 3%와 5%의 NaCl 함유 배지에서 생육이 가능함을 알 수 있었다. 균주 동정 결과 붉은색 colony는 D. proteolyticus와 D. piscis로, 노란색 colony는 M. flavus와 M. luteus로 각각 확인되었다.