• 제목/요약/키워드: DNA test

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Anti-ds DNA 항체 검사 시 Lipemic 검체의 영향에 관한 보고 (Report on the Effects Lipemic Specimen in Anti-ds DNA Antibody Test)

  • 천준홍;김외정;김성호;문형호;유선희
    • 핵의학기술
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    • 제18권1호
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    • pp.153-157
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    • 2014
  • Anti double-stranded DNA (Anti-ds DNA)항체의 검출은 SLE의 진단에 중요하며 American College of Rheumatologists의 SLE 진단기준에 포함되어 있다. 또한 SLE 질병의 활성도와 Anti-ds DNA 항체 수준의 상관성이 보고되어 있으며 Anti-ds DNA 항체 정량검사는 SLE의 치료 전, 후 추적에 매우 유용하다. Anti-ds DNA 항체의 검출을 위한 검사 방법으로 방사면역측정법(radioimmunoassay, RIA)을 이용한 Farr assay, Crithidia luciliae를 이용한 면역형광 측정법(immunofluorescence Test, CLIFT), 효소면역측정법(enzyme-linked immunosorbent assay, ELISA), 화학발광면역 측정법(chemiluminescence immunoassay, CLIA)이 있다. 본원에서 방사면역측정법(radioimmunoassay, RIA)으로 Anti-ds DNA 항체 검사 과정에서 lipemic한 검체의 경우 침전물의 형성이 원활하지 않거나 침전물도 같이 흡입되는 상황이 발생 하였고, 이러한 문제점을 해결하기 위해 lipemic 검체가 분석 결과에 미치는 영향 정도를 평가하였다. 2012년 9월부터 2013년 2월까지 Anti-ds DNA 항체 검사가 의뢰된 검체 중 lipemic한 검체(n=81)를 선택하여 마이크로 원심분리기로 전처리(고속 원심분리: 14,000 rpm 5 mins)한 후 동시에 Anti-ds DNA 항체 검사(Anti-ds DNA kit, Trinity Biotech, Ireland)를 시행하였다. 실험군 1 (lipemic 검체의 Anti-ds DNA 항체 농도 ${\leq}7IU/mL$)에서 y=0.3636x+4.7322, $R^2=0.0238$, Pearson 상관계수는 0.154, paired t-test (P=0.003), Difference (%) mean 65.7의 결과를 얻었으며 통계적으로 유의한 차이를 보였다. 그러나 실험군 2 (lipemic 검체의 Anti-ds DNA 항체 농도 ${\geq}8IU/mL$)에서 y=0.9837x+0.2982, $R^2=0.994$, Pearson 상관계수는 0.997, paired t-test (P=0.181), Difference (%) mean -5.53을 보였고 통계적으로 유의한 차이가 없음을 확인할 수 있었다. 임상에서 SLE (systemic lupus erythematosus)의 진단에 중요한 역할을 하는 Anti-ds DNA 항체 검사는 lipemic 검체의 영향을 배제하기 위해서 반드시 전처리(고속 원심분리: 14,000 rpm 5 mins) 과정을 통해 혈청 내 지질 성분을 제거한 후 검사를 시행하여야 한다.

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Human Papillomavirus Prevalence and Genotype Distribution in Normal and ASCUS Specimens: Comparison of a Reverse Blot Hybridization Assay with a DNA Chip Test

  • Kim, Sunghyun;Lee, In-soo;Lee, Dongsup
    • 대한의생명과학회지
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    • 제21권1호
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    • pp.32-39
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    • 2015
  • High-risk (HR) human papillomavirus (HPV) genotypes are strongly associated with cervical cancer, whereas other HPV genotypes are not. To identify the various HPV genotypes in clinical samples, we conducted HPV genotyping using a DNA chip test and reverse blot hybridization assay (REBA) in normal cytology samples and atypical squamous cells of undetermined significance (ASCUS) cytology samples. We also investigated the HPV infection rate and HPV genotype prevalence in women with normal cytology and ASCUS cytology. Liquid-based cytology preparations were used for the initial screening of 205 subjects with normal cytology and ASCUS cytology. The HPV infection rate was 49.8% when using the DNA chip assay and 61.0% when using the REBA test. In patients with normal cytology, the HR-HPV positive rate was 21.9% with the DNA chip assay and 43.9% with the REBA test. In contrast, 8.3% of patients with ASCUS were HR-HPV positive when using the DNA chip assay, and 13.6% were positive when tested with the REBA test. The infection rate of HR-HPV in the 40~50-year age group was significantly higher than that of the other age groups. Based on the cytological analysis of the normal and ASCUS samples, the five most prominent HPV genotypes were HPV 16, 18, 68, 33, and 58 using the DNA chip test, and they were HPV 16, 18, 53, 33, and 66 when using the REBA test. In conclusion, the findings show that the results of the REBA test are comparable to those of the DNA chip test. Most strikingly, the REBA test detected the HR-HPV genotype associated with cervical carcinoma similar to that detected with the DNA chip method. Therefore, the REBA test is a useful method to detect clinically important HR-HPV genotypes.

Human Telomerase Gene and High-Risk Human Papillomavirus Infection are Related to Cervical Intraepithelial Neoplasia

  • Zhao, Xu-Ye;Cui, Yongm;Jiang, Shu-Fang;Liu, Ke-Jun;Han, Hai-Qiong;Liu, Xiao-Su;Li, Yali
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권2호
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    • pp.693-697
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    • 2015
  • Our aims were to evaluate the clinical performance of human telomerase RNA gene component (hTERC gene) amplification assay with high-risk human papillomavirus (HR-HPV) DNA test of Hybrid Capture 2 DNA test (HC2), for the detection of high grade cervical precancerous lesions and cancer (CIN 2+). In addition, the association shown between hTERC gene amplification and HPV DNA test positive in women with and without cervical neoplasia was assessed. There were 92 women who underwent cytology, HR-HPV DNA test, hTERC gene amplification test, colposcopy and biopsy. We compared the clinical performance of hTERC gene test along with HR-HPV DNA test of women with colposcopy and routine screening. The samples were histology-confirmed high-grade cervical intraepithelial neoplasia (CIN 2) or worse (CIN2+) as the positive criterion. The test of hTERC gene showed the hTERC gene amplification positivity increased with the severity of histological abnormality and cytological abnormality. The test of hTERC gene showed higher specificity than HR-HPV DNA test for high-grade lesions (84.4% versus 50%) and also higher positive predictive value (90.4% versus 76.5%). Our results predicted that hTERC gene amplification demonstrated more specific performance for predicting the risk of progression and offer a strong potential as a tool for triage in cervical cancer screening, with the limited sensitive as HR-HPV DNA test.

고구마효소 갈변반응생성물의 항돌연변이효과 (Antimutagenic Effects of Sweet Potato Enzymatic Browning Reaction Products)

  • 박귀근;함승시
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제20권5호
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    • pp.498-504
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    • 1992
  • 고구마효소 갈변반응생성물(SPEBRP)의 항돌연변이 효과를 검토하기 위하여 DNA breaking test, spore rec assay, Ames test를 행하였다. DNA breaking test에서 catechol- 및 hydroxyhydroquinone-SPEB-RPs는 $Fe^{2+}$ 존재하에서 DNA breaking effect를 저해하였다. Bacillus subtilis H17(rec+) 및 M45(rec-)를 이용한 spore rec assay엣 3,4-dihydroxytoluene-SPEBRP는 MNNG에 대하여 강한 돌연변이 효과를 나타내었다. Salmonella typhimurium TA98 및 TA 100를 이용한 Ames test에서 pyrogallol-, 3,4-dihyd-roxytoluene-, hydroxyhydroquinone-SPEBRPs 들은 발암물질인 Benzo($\alpha$)Pyrene에 대하여 67.71, 63%의 강한 활성억제를 나타내었다.

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DNA Marker Mining of BMS1167 Microsatellite Locus in Hanwoo Chromosome 17

  • Lee, Jea-Young;Lee, Yong-Won;Kwon, Jae-Chul
    • Journal of the Korean Data and Information Science Society
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    • 제17권2호
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    • pp.325-333
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    • 2006
  • We describe tests for detecting and locating quantitative traits loci (QTL) for traits in Hanwoo. Lod scores and a permutation test have been described. From results of a permutation test to detect QTL, we select major DNA markers of BMS1167 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 for further analysis. K-means clustering analysis applied to four traits and eight DNA markers in BMS1167 resulted in three cluster groups. We conclude that the major DNA markers of BMS1167 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 are markers 100bp, 108bp and 110bp.

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A Major DNA Marker Mining of BMS941 Microsatellite Locus in Hanwoo Chromosome 17

  • Lee, Jea-Young;Lee, Yong-Won
    • Journal of the Korean Data and Information Science Society
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    • 제16권4호
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    • pp.913-921
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    • 2005
  • We describe tests for detecting and locating quantitative traits loci (QTL) for traits in Hanwoo. Lod scores and a permutation test have been described. From results of a permutation test to detect QTL, we select major DNA markers of BMS941 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 for further analysis. K-means clustering analysis applied to four traits and eight DNA markers in BMS941 resulted in three cluster groups. We conclude that the major DNA markers of BMS941 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 are markers 80bp, 85bp 90bp and 105bp.

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유전자(DNA)증폭 온도 사이클 시스템에 열전소자 활용을 위한 연구 (Application of thermoelectric module to DNA amplifying thermal cycle system)

  • 조재설;정세훈;남재영;최재붕;김영진
    • 대한기계학회:학술대회논문집
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    • 대한기계학회 2004년도 춘계학술대회
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    • pp.210-215
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    • 2004
  • : A DNA analysis system based on fluorescence analysis has to have a DNA amplifying thermal cycle system. DNA amplification is executed by the temperature control. Accuracy of fluorescence analysis is influenced by the temperature control technology. For that reason, the temperature control is core technology in developing the DNA analysis system. Therefore, the objective of this paper is to develop the hardware to apply thermoelectric module to the DNA amplifying thermal cycle system. In order to verify the developed hardware for controlling the temperature of thermoelectric module, a DNA amplifying thermal cycle test was performed. From the test, the developed hardware controlled the temperature of thermoelectric module successfully. Therefore, it is expected that the developed hardware can be applied to the DNA amplifying thermal cycle system.

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살균제 carbendazim이 DNA, 유전자 및 염색체에 미치는 영향 (Effects of carbendazim on DNA, gene and chromosome)

  • 이제봉;성필남;정미혜;신진섭;강규영
    • 농약과학회지
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    • 제8권4호
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    • pp.288-298
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    • 2004
  • 광범위 보호 살균제인 carbendazim이 DNA, 유전자 및 염색체에 미치는 영향을 평가하기 위하여 Ames가 개발한 미생물복귀돌연변원성시험, CHL (chinese hamster lung fibroblast cell) 세포를 이용한 염색체 이상시험, DNA 손상시험 및 마우스 골수세포를 이용한 소핵시험을 수행하였다. Carbendazim $156\sim2,500{\mu}g/plate$ 농도로 직접법 및 대사활성화법으로 TA 1535, TA 1537, TA 98 및 TA 100에서 수행한 Ames test결과 음성 대조군(DMSO)과 유사한 colony수를 보여 유전자의 염기절단에 의한 결손이나 염기 치환을 일으키지 않았다. 염색체에 미치는 영향을 검색하기 위하여 CHL세포에 $2.0\sim32.0{\mu}g/mL$의 농도로 carbendazim을 처리하여 염색체이상시험을 수행한 결과 염색분체 절단과 같은 구조이상은 없었으나 염색체의 수에 변화가 관찰되어 수적 이상은 인정되었다. Carbendazim 25, 50 및 $100{\mu}g/mL$을 마우스에 처리하여 30분, 60분 및 120분에 DNA에 직접 노출시켜 DNA손상 시험을 수행한 결과 60분까지는 영향이 없었으나, 120분 노출 군에서 대조군에 비해 $22\sim27%$정도의 DNA이동거리가 증가하여 약간의 손상이 관찰되었으며, 세포에 노출시켰을 때도 중 농도와 저 농도에서 16%의 이동거리 증가와 120분 노출시켰을 때 $10%\sim26%$의 이동거리 증가가 있어 DNA에 직접 노출한 경우와 비슷하였다. Carbendazim 375, 750 및 1,500 mg/kg 농도로 투여한 소핵시험결과 음성으로 판단되었으며, 골수세포에 대한 세포독성도 관찰되지 않았다. 이상의 결과에선 benzimidazole계 살균제 carbendazim이 DNA손상 및 염색체의 수적이상을 일으킨다는 것을 알 수 있었다. 이와 같은 결과는 계속적으로 논란이 되고 있는 benzimidazole계 농약인 benomyl이나 carbendazim에 장기적으로 인체에 노출되었을 경우 유전물질에 영향을 미칠 수 있을 것으로 생각되나 만성독성성적과 노출량 등 구체적인 자료를 이용한 위해성평가를 수행하여야 보다 정확한 판단을 할 수 있을 것으로 사료되었다.

Human Papillomavirus Testing with Hybrid Capture II and DNA Chip

  • ;;;이덕철
    • 대한의생명과학회지
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    • 제11권1호
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    • pp.51-56
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    • 2005
  • The detection of high-risk human papilloma virus (HPV) allows us to predict the presence and future development of cervical intraepitheliallesion. In this study, we compared Hybrid Capture II and DNA chip methods for detection of HPV in cervical swab samples. And we evaluated the clinical efficacy and diagnostic performance of HPV DNA chip and Hybrid Capture II for detecting HPV in cervical neoplastic lesions. Seventy four patients were classified into three groups according to their histologic diagnosis: Group I (nonspecific chronic cervicitis), Group II (low-grade squamous intraepithelial lesion (SIL); koilocytosis, and mild dysplasia), and Group III (high-grade SIL;, moderate, severe dysplasia and in situ carcinoma). Cytologic diagnosis were based on the Bethesda System. Hybrid Capture II and DNA chip methods were performed to detect HPV. In 41 of the 74 cervical samples $(55.4\%)$, HPV DNAs were detected by Hybrid Capture II. In Group III, HPV-positive cases were detected in 15 $(20.3\%)$ of 74 patients by Hybrid Capture II. 25 patients with ASCUS cytology were histopathologically examined: 9 cases $(36\%)$ were Group II. In 18 patients with low-grade SIL cytology, 13 cases $(72.2\%)$ were Group II and 3 cases $(16.7\%)$ were Group III. 12 cases $(92.3\%)$ were Group ill of 13 patients with high-grade SIL cytology. The sensitivity of each test was $82\%$ in Hybrid Capture II and $53.9\%$ in DNA chip test. And the specificity was $74.3\%,\;85.7\%$ in Hybrid Capture II and DNA chip. In conclusion, Hybrid Capture II test is more sensitive than DNA chip in detecting women with cervical neoplastic lesions. Especially, in diagnosing of ASCUS, Hybrid Capture II test is more sensitive. Therefore, Hybrid Capture II test for cancer-associated HPV DNA is a viable option in the management of women with ASCUS.

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발암물질의 조기검색법 개발 및 Chemoprevention에 관한 연구

  • 이병무;윤여표
    • 한국응용약물학회:학술대회논문집
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    • 한국응용약물학회 1994년도 춘계학술대회 and 제3회 신약개발 연구발표회
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    • pp.193-193
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    • 1994
  • 발암물질의 조기검색법 개발 및 chemoprevention연구의 일환으로 발암물질과 DNA 및 단백질의 공유결합체인 발암물질-DNA 및 -단백질 adduct를 연구하였다. 발암물질(예, 밴조피렌)-단백질 adduct에 관한 연구에서는 시료(단백질)에 soluble protease를 이용하는 간편하고 손쉬운 ELISA(Enzyme Linked Immunosorbent Assay)분석법을 확립했다. 발암물질(예,벤조피렌,아플라톡신 B1) -DNA 및 -단백질 adduct를 이용한 발암성 조기검색법의 개발을 Ames test 및 염색체이상시험과 비교 연구한 결과 본 연구에서 새로이 개발한 DNA 및 Protein-adduct형성 시험법은 저농도에서 고농도에 이르기까지 뚜렷한 용량-반응 관계를 나타냈으며 Ames test 및 Chromosomal test에서 일어날 수 있는 false positive나 false negative의 결과를 나타낼 우려가 없었다. 벤조피렌-DNA adduct를 이용한 chemoprevention 연구에서는 항산화제로 알려진 비타민 E,C 및 $\beta$-carotene을 시험한 결과 용량의존적으로 벤조피렌-DNA adduct 형성을 억제하였다.

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