• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제22권6호
• /
• pp.577-583
• /
• 1994

To classify Lactobacillus casei strains on the basis of difference in their chromosomal DNA sequence, we have performed polymerase chain reactions on their chromosomal DNA by using random primers, and followed by analyzing randomly amplified polymorphic DNA fragments. We also developed a mini-preparative method to isolate PCR-grade chromosomal DNA from Lacto- bacillus casei strains within 3 hours. Based on RAPD pattems by polymerase chain reactions with degenerated random primers, 4 Lactobacillus casei strains and 2 mutant strains were successfully discriminated. Results were very sensitive, strain-specific and reproducible. It was also reliable. These results suggest that RAPD may be applied efficiently for the identification of several Lactoba- cillus casei strains.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제18권8호
• /
• pp.1377-1385
• /
• 2008

The uracil-sensing domain in archaeal family B-type DNA polymerases recognizes pro-mutagenic uracils in the DNA template, leading to stalling of DNA polymerases. Here, we describe our new findings regarding the molecular, mechanism underpinning the stalling of polymerases. We observed that two successive deaminated bases were required to stall TNA1 and KOD1 DNA polymerases, whereas a single deaminated base was enough for stalling Pfu DNA polymerase, in spite of the virtually identical uracil-sensing domains. TNA1 and KOD1 DNA polymerases have a much higher extension rate than Pfu DNA polymerase; decreasing the extension rate resulted in stalling by TNA1 and KOD1 DNA polymerases at a single deaminated base. These results strongly suggest that these polymerases require two factors to stop DNA polymerization at a single deaminated base: the presence of the uracil-sensing domain and a relatively slow extension rate.

• BMB Reports
• /
• 제31권6호
• /
• pp.585-589
• /
• 1998

The herpes simplex virus type-1 (HSV-1)-encoded DNA polymerase consists of two subunits, the products of the UL30 and UL42 genes. UL30 and UL42 were coexpressed in Sf9 cells infected with recombinant baculoviruses carrying the two genes. The UL30 and UL42 gene products remained tightly associated throughout the purification, which led to a near homogeneous heterodimer composed of the DNA polymerase and UL42 protein. The DNA polymerase-UL42 protein heterodimer, purified from the recombinant baculovirus-infected Sf9 cells, showed the same high degree of processivity of deoxynucleotide polymerization as the enzyme purified from the HSV-1 infected primate cells. Like the latter, it contained a 3'-5' exonuclease activity that specifically hydrolyzes an incorrectly matched nucleotide at the 3' terminus of a primer, thereby contributing to the fidelity of DNA replication.

• 한국동물학회지
• /
• 제26권3호
• /
• pp.171-179
• /
• 1983

MMS와 자외선에 의한 DNA의 절제회복과 단사절단에 미치는 poly(ADP-ribose) polymerase의 저해제인 3-aminobenzamide의 영향을 CHO 세포를 재로로 조사하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. MMS에 의한 비주기성 DNA 합성률과 DNA 단사 절단률은 이 저해제에 의해 모두 증가하였다. 이는 poly (ADP-ribose) polymeraserk MMS에 의해 유발된 염기 절제회복의 incision step를 억제하는 결과라 생각된다. 2. 자외선에 의한 비주기성 DNA 합성률과 DNA단사 절단률은 이 저해제에 의해 모두 감소하였다. 이는 poly(ADP-ribose) polymerase가 자외선에 의해 유발된 nucleotide 절제회복의 incision step을 돕는 작용을 하는 결과로 생각된다. 3. MMS와 자외선을 복합처리한 실험군에서는, DNA 단사 절단률은 이 저해제에 의해 영향을 받지 않았으며, 비주기성 DNA 합성률은 자외선 단독 처리군의 수준으로 증가되었다. 이는, 이 저해제가 MMS와 자외선으로 유발된 절제회복의 incision step에는 독립적으로 작용하며, 그 이후의 단계에서, MMS에 의해 부분적으로 불활성화 되었던 pyrimidine dimers의 절제를 완전하게 해주는 것으로 해석된다.

• 한국환경성돌연변이발암원학회지
• /
• 제8권1호
• /
• pp.1-12
• /
• 1988

본 연구는 Ethyl methanesulfonato(EMS) 혹은 Bleomycin(BLM)에 의해 유발된 DNA상해의 회복에 미치는 DNA 종합효소 $\alpha$ 저해제인 Aphidicolin(APC)과 DNA 종합효소 $\beta$의 저해제인 2`, 3`-dideoxythymididine 5`-triphosphate(ddTTP)의 영향을 조사하기 위하여 Chinese hamster ovary(CHO)-Kl 세포를 재료로 비주기성 DNA 합성법과 알칼리유출법 및 스칼리 자당구배침강법으로 수행하여 얻은 결과는 다음과 같다. APC와 ddTTP는 EMS에 의해 유발된 DNA 상해의 회복을 저해하여 APC 혹은 ddTTP를 처리하지 않고 배양한 실험군 보다 비주기성 DNA 합성율과 DNA 단사 절단율이 증가되었다. 한편 BLM에 의해 유발된 DNA 상해의 회복에서는 ddTTP를 처리했을 경우에만 저해되었다. 즉 BLM 처리 후 ddTTP를 후처리한 실험군의 비주기성 DNA 합성율과 DNA단사 절단율은 ddTTP를 처리하지 않은 군보다 증가되었고, BLM 처리 후 APC를 후처리할 경우에 비주기성 DNA 합성율과 DNA 단사 절단율은 APC를 처리하지 않은 군과 유사하였다. 이상의 결과들에서 EMS에 의해 유발된 DNA 상해의 회복에는 DNA 중합효소 $\alpha$, $\beta$양자가 관여하나 BLM에 의해 유발된 DNA 상해의 회복에는 중합효소 $\beta$가 관여하는 것으로 추측된다.

• BMB Reports
• /
• 제37권2호
• /
• pp.167-176
• /
• 2004

Although efficient antiviral lamivudine is used for HBV-infected patients, a prolonged treatment with nucleoside analogs often results in lamivudine-resistant variants. In this study, we evaluated the fidelity of the lamivudine-resistant variants. The FLAG-tagged wild-type (FPolE) and Met550 variants (FPolE/M550A, M550V, and M550I) of HBV DNA polymerases were expressed in insect cells then purified. Like many other reverse transcriptases, no $3'{\rightarrow}5'$ exonuclease activity was detected in the HBV DNA polymerase. Since there is no proofreading activity, then the use of the site-specific nucleotide misincorporation method is beneficial. From the $f_{ins}$ value analysis, it is evident that M550I and M550V exhibit higher fidelity values than the wild-type HBV DNA polymerase, while M550A exhibits similar fidelity values. It is therefore suggested that lamivudine resistance comes from the stringency to dNTP binding and the discrimination of dCTP and lamivudine in M550V and M550I.

• KSBB Journal
• /
• 제10권3호
• /
• pp.264-270
• /
• 1995

Trigonopsis variabilis는 버l타락탐 항생제인 cephalosporin C (ceph C)를 ${\alpha}$-keto-adipyl-7 a aminocephalosporanic acid(AKA-7 ACA)로 생변 환하는 강력한 D-amino acid oxidase 효소를 갖고 있다. 본 연구는 이 D-AAO 효소의 유전자를 추출하기 위하여 polymerase chain reaction (PCR)을 사용하였다. PCR 단편을 콜로닝하기 위하여 Taq D DNA polymerase, Klenow, T4 DNA polymerase I, Alkaline phosphatase Calf Intestinal와 T4 kinase 의 효소반응을 이용하여 4가지의 방법을 샤용한 결 과, blunt - end 의 PCR fragment 를 phosphory­l lation하고 blunt -end의 pUC18 plasmid를 dephos phorylation 한 후 ligation 한 것 이 가장 좋은 클로 닝 효율을 보였다. Ceph C에 대한 D-AAO 효소의 활성은 재조합 E. coli의 세포추출액과 permea bilized cells에서 모두 확인할 수 있었다.

• 한국환경성돌연변이발암원학회지
• /
• 제9권1호
• /
• pp.23-32
• /
• 1989

Chinese hamster ovary (CHO)-K1 cells echibited a differential sensitivity in the process of DNA repair synthesis induced by ethyl methanesulfonate (EMS) or bleomycin (BLM) in relation to cell cycle. Two assays were employed in this study: alkaline elution and unscheduled DNA synthesis. The post-treat-ment with aphidicolin (APC), an inhibitor of DNA polymerase alpha, inhibited DNA repair synthesis induced by EMS in G2 phase, while APC did not show any effect on BLM-induced DNA repair synthesis in all phases. On the other hands, the 2', 3'-dideoxythymidine (ddTTP), an inhibitor of DNA polymerase beta, inhibited DNA repair synthesis induced by EMS or BLM in both of G1 and G2 phases. These results suggested that the involvement of DNA polymerase alpha and beta in DNA repair was dependent on cell stage or used chemical agent.

• International Journal of Oral Biology
• /
• 제46권3호
• /
• pp.140-145
• /
• 2021

This study aimed to develop Lautropia mirabilis-specific quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) primers based on the sequence of DNA-directed RNA polymerase subunit beta gene. The PrimerSelect program was used in designing of the qPCR primers, RTLam-F4 and RTLam-R3. The specificity of the qPCR primers were performed by conventional PCR with 37 strains of 37 oral bacterial species, including L. mirabilis. The sensitivity of the primers was determined by qPCR with the serial dilution of purified genomic DNA of L. mirabilis KCOM 3484, ranged from 4 ng to 4 fg. The data showed that the qPCR primers could detect only L. mirabilis strains and as little as 40 fg of genome DNA of L. mirabilis KCOM 3484. These results indicate that this qPCR primer pair (RTLam-F4/RTLam-R3) may be useful for species-specific detection of L. mirabilis in epidemiological studies of oral bacterial infectious diseases such as periodontal disease.

• 한국산림과학회지
• /
• 제81권4호
• /
• pp.320-324
• /
• 1992

들메나무(Fraxinus mandshurica Rupr.) 는 우리나라에서 두가지의 서로 다른 형태(形態)가 자생(自生)하고 있는 것으로 알려져 있다. 최근(最近)에 개발(開發)된 PCR기법(技法)을 이용(利用)하여 이 두 형태(形態)의 들메나무 DNA의 변이(變異)를 조사(調査)하였다. DNA 합성(合成) 효소(酵素)와 인공합성(人工合成)된 primer를 이용(利用)하여 이 수종(樹種)의 DNA를 증폭(增幅)시켜 비교(比較)한 결과(結果)이 두 형태(形態)는 DNA 비례(排列)에서 서로 다른것으로 나타났다. DNA변이(變異)는 같은 형태내(形態內)의 개체간(個體間)에도 나타나나 각 형태별(形態別)로 뚜렷하게 구분(區分)되어 형태별(形態別)로 특징적(特徵的)인 band들이 관찰(觀察)되었다. 이러한 특징적(特徵的)인 band들로 두 형태(形態)를 구분(區分)할 수 있었다.