Journal of the Institute of Electronics Engineers of Korea SC
/
v.48
no.2
/
pp.86-90
/
2011
The effects of cations are very important in field-effect transistors (FETs) type DNA sensors detecting the intrinsic negative charge between single-stranded DNA and double-stranded DNA without labeling, because the intrinsic negative charge of DNA is neutralized by cations in electrolyte solution. We consider the Debye length, which depends on the concentration of cations in solution, to detect DNA hybridization based on the intrinsic negative charge of DNA. The Debye length is longer in buffer solution with a lower concentration of NaCl and the intrinsic negative charge of DNA is more effective on the channel surface in longer Debye length solution. The shifts in the gate voltage by DNA hybridization with complementary target DNA are 21 mV in 1 mM NaCl buffer solution, 7.2 mV in 10 mM NaCl buffer solution, and 5.1 mV in 100 mM NaCl buffer solution. The sensitivity of FETs to detect DNA hybridization based on charge detection without labeling depends on the Debye length.
It is still difficult and time consuming to obtain cDNA sequences that contain the entire nucleotide sequence of the corresponding mRNA. A rapid and high efficient cloning method to obtain full-length cDNA segments is thus developed. The cloning procedure described here consists of the construction of oligo(dT)-tailed vector primer using pWR34 plasmid, polyadenylation of mRNA-cDNA heteroduplex using terminal deoxytransferase, and replacement of MRNA strand with DNA by RNase H and DNA polymerase I. The restriction endonuclease analysis shows that the size of inserted-cDNA is in the range of 1.5~4.0 kb long suggesting that most of cloned cDNA are full-length or nearly full-length cDNA. The plasmid-DNA recombinants obtained were 4$\times$$10^5$~$10^{6}$ per $\mu\textrm{g}$ of rat liver poly (A$^+$)mRNA, which is 4 to 10 fold higher cloning efficiency in comparison to the presently used methods for full-length cDNA cloning. The results indicate that the described cloning system is much simpler, less time consuming, and very efficient cloning method to construct a cDNA library.
This paper describes the cloning and sequence analysis of the 5'-terminal region and full-length cDNA production of genomic RNA of Lily symptomless virus (LSV), a Species Of the genus Carlavirus. A sing1e DNA band about 600 bp harboring the 5'-end of genomic RNA of the virus was successfully amplified by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and rapid amplification of cDNA ends (RACE), and was cloned for nucleotide sequence determination. Sequence analysis of selected RACE cDNA clones revealed that the LSV 5'non-translated region consists of 67 nucleotides long of AT rich stretch followed GC rich from the 5'-end. To produce full-length cDNA products for the viral genomic RNA, a set of LSV-specific primers could be designed based on the obtained sequence in this study and the known sequences of 3'-terminal region for the virus. Full-length cDNA copies of LSV, an 8.4 kb long, were directly amplified by the long-template RT-PCR technique from the purified viral genomic RNA samples. This full-length cDNA copies were analyzed by restriction mapping. The molecules produced in this study can be useful for the production of in vitro infectious cDNA clone, as well as, for the completion of genomic RNA sequence and genome structure for the virus.
Kim, Sang-Mi;Park, Eun-Ju;Yang, Jae-Seung;Kang, Myung-Hee
Journal of the Korean Society of Food Science and Nutrition
/
v.31
no.4
/
pp.594-598
/
2002
The changes in DNA damage were investigated during storage after irradiation. Kiwi, orange and pear were irradiated at 0.1, 0.3, 0.5, 0.7 and 1.0 kGy and stored for 3 months at 4$^{\circ}C$. The comet assay was applied to the sample seeds alt the beginning of irradiation and at the end of storage. Seeds were isolated and crushed, and the suspended cells were embedded in an agarose layer. After lysis of the cells, they were electrophoresed for 2 min and then stained. DNA fragmentation in seeds caused by irradiation was quantified as tail length and tail moment (tail length $\times$ % DNA in tail) by comet image analyzing system. Immediately after irradiation, the differences in tail length between unirradiated and irradiated fruit seeds were significant (p<0.05) in kiwi, orange and pear seeds. With in-creasing the irradiation doses, statistically significant longer extension of the DNA from the nucleus toward anode was observed. The results represented as tail moment showed similar tendency to those of tail length, but tile latter parameter was more sensitive than the former. Similarly even 3 months after irradiation, all the irradiated fruit seeds significantly showed longer tail length than the unirradiated controls. These results indicate that the comet assay could be one of the simple methods of detecting irradiated fruit seeds. Moreover, the method could detect DNA damage even after 3 months after irradiation.
KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
/
v.15
no.8
/
pp.2923-2943
/
2021
The double helix structure of DNA makes it diverse, stable and can store information with high density, and these characteristics are consistent with the requirements of molecular communication for transport carriers. In this paper, a specific structure of molecular communication system based on DNA length coding is proposed. Transmitter (Tx) adopts the multi-layer golden foil design to control the release of DNA molecules of different lengths accurately, and receiver (Rx) adopts an effective and sensitive design of nanopore, and the biological information can be converted to the electric signal at Rx. The effect of some key factors, e.g., the length of time slot, transmission distance, the number of releasing molecules, the priori probability, on channel capacity is demonstrated exhaustively. Moreover, we also compare the transmission capacity of DNA-based molecular communication (DNA-MC) system and concentration-based molecular communication (MC) system under the same parameter setting, and the peak value of capacity of DNA-MC system can achieve 0.08 bps, while the capacity of MC system remains 0.025 bps. The simulation results show that DNA-MC system has obvious advantages over MC system in saving molecular resources and improving transmission stability.
A cDNA of coagulation Factor IX gene has been screened from the $\lambda$gt11 human fetal liver cDNA library, and used to construct a 2.8-kb full length cDNA after recombining with the N-terminal fragment from pTZ-FIX. Human genomic DNA was isolated, digested with the restriction endonucleases, TaqI, EcoRI, and HindIII, and Southern hybridization was performed using the full length factor IX cDNA as a probe. The hybridized bands generated by the restriction endonucleases were the followings: TaqI, 0.3, 1.0, 1.6, 1.8, 2.7, 3.7, and 5.3 kb bands; EcoRI, 1.8, 4.8, 4.9, 5.5, 6.8, and 12.6 kb bands; HindIII, 4.1, 4.4, 5.2, 5.8, 7.6, and 12.5 kb bands. When the Southern bands were physically mapped along the genome, about 50-kb continuous region harboring almost all of the genomic region of Factor Ⅸ gene was covered. These results suggest a possibility of using an exonal cDNA probe to diagnose abnormalities including large deletions, insertions, and rearrangements along the genome, if there is any.
The changes in DNA damage were investigated during storage after irradiation. Potato, garlic were irradiated at 0.05, 0.07, 0.1 and 0.15 kGy and stored for 3 months. Ginger was irradiated at 0.01, 0.02, 0.03, 0.04 and 0.05 kGy and stored for 1 month. The comet assay was applied to the sample immediately after irradiation and at the end of storage. Samples were isolated, grounded and the suspended cells were embedded in an agarose layer. After lysis of the cells, they were electrophoresed for 1 min. and then stained. DNA fragmentation in seeds caused by irradiation was quantified as tail length and tail moment (tail length ${\times}%$ DNA in tail) by comet image analyzing system. Right after irradiation, the differences in tail length between unirradiated and irradiated samples were significant(p<0.05) in potato, garlic and ginger. With increasing the irradiation doses, statistically significant longer extension of the DNA from the nucleus toward anode was observed. The results represented as tail moment showed similar tendency to those of tail length. Similarly in the stored samples, even 1 or 3 months after irradiation, all the irradiated samples significantly showed longer tail length than the unirradiated controls. These results indicate that the comet assay could be one of the simple methods of detecting irradiated samples. Moreover, the method could detect DNA damage even after 1 or 3 months after irradiation.
The ribosomal DNA (rDNA) clusters of Hypsizygus marmoreus 3-10 and H. marmoreus 1-1 were analyzed in this study. The small subunit (SSU) and intergenic spacer 2 (IGS 2) was partially sequenced. The internal transcribed spacer 1 (ITS 1), 5.8S, internal transcribed spacer 2 (ITS 2), large subunit (LSU), intergenic spacer 1 (IGS 1), and 5S were completely sequenced. The rDNA clusters of H. marmoreus 3-10 and H. marmoreus 1-1 were 7,049 bp in length. The sequence of SSU rDNA, which corresponded to 18S rDNA, was 1,796 bp in length, and the sequence of LSU rDNA, which corresponded to 28S rDNA, was 3,348 bp in length. The ITS region that variable region and IGS region that non-transcribed spacer was 462 bp and 1,290 bp in length. The sequence of 5.8S rDNA and 5S rDNA was 153 bp and 43 bp in length, respectively. The 17 bp of the rDNA cluster in the H. marmoreus 3-10 strain was different to that in the H. marmoreus 1-1 strain, with 2 bp in the SSU, 3 bp in the ITS, 9 bp in the LSU, and 3 bp in the IGS. The analysis of the secondary structure revealed that the ITS regions of H. marmoreus 3-10 and H. marmoreus 1-1 have five stem-loop structures. Interestingly, among these structures, one different nucleotide sequence resulted in a different secondary structure in stem-loop V.
We have studied the migration behavior of single-stranded DNA using capillary gel electrophoresis under various conditions. It was found that optimum electric fields should be less than 150 V/cm for the good tradeoff between the separation time and the resolution. It seems that the gel matrix with the combination of different polymer average molecular weights is important to extend the maximum readable DNA bases. The total gel concentration less than 3.1% in the mixed gel system showed good separation efficiency up to 600 bases. The best result was obtained with the poy(ethylene)oxide (PEO) gel concentration of 1.2% of Mr 8,000,000 and 1.8% of Mr 600,000. We observed that the capillary length between 50 cm to 100 cm (effective length) should be employed for the optimization between the total DNA migration time and the maximum readable length. A trizma base-boric acid-ethlyenediaminetetraacetic acid (EDTA) (TBE) buffer was commonly used for DNA sequencing, but we found that 3-[tris(hydroxymethyl)methyl amino]-1-propane sulfonic acid (TAPS) buffer worked as well for the single-stranded DNA separation. Especially, TAPS buffer showed a good resolution for very short DNA bases (1 to 30 bases).
This study was to determine whether DNA 'Comet Assay' can be applied to the detection of grains irradiated with low doses of Co-60 gamma radiation. Sesame, perilla, wheat, barley and rice were exposed to different doses of 0.1, 0.3, 0.5, 0.7 and 1.0 kGy. The cells isolated from the samples were embedded in a agarose gel on a microscope slide, lysed in lysis solution, and subjected to electrophoresis. DNA and its fragments migrated in the gel produced the characteristic pattern of DNA comet, of which the tail length was measured in a microscope. All the samples irradiated at 0.3 kGy and higher were applicable to detect post-irradiation by the tail length of their comets. Irradiated samples showed comets with long tails and their tail length increased with the dose, while unirradiated samples showed no or very short tails. Especially, sesame, perilla and wheat irradiated at 0.1 kGy could be distinguished from unirradiated samples by visual inspection of the slide in a microscope. Thus, DNA 'Comet Assay' might be applied to the detection of irradiated grains as a simple, inexpensive and rapid screening test.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.