• 대한수의학회지
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• 제34권2호
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• pp.327-333
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• 1994

The purpose of this study was to establish a rapid diagnostic method detecting Aujeszky's disease virus (ADV) DNA in the cultured cell monolayers (PK-15) and tissue sections of ADV(NYJ-1-87)-infected rats and pigs by in situ hybridization(ISH). Detection of specific ADV-DNA in infected cells was conducted by radiolabeled ISH method using $^{32}P-labeled $ DNA probe (BamH1 7 fragment) which contains a 6.3 Kb ADV-DNA insert. Where ADV-DNA was detected by radiolabeled ISH, the deposition of black photographic grains occurred in the nuclei and the cytoplasms of ADV-infected cells. Positive hybridization signal was often observed in the spinal trigerminal nucleus of the pons, the nucleus of the trigerminal ganglion neuron and the epithelial cells of tonsillar crypts. The results suggested that ISH is considered as a highly sensitive and reliable tool for confirmative diagnosis of this viral disease.

• 전자공학회논문지SC
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• 제48권2호
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• pp.86-90
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• 2011

전계효과 트랜지스터(FETs)를 이용한 전하 검출형 DNA센서는 DNA가 가지고 있는 음전하를 중성화 시키는 양이온의 영향은 매우 중요하다. 본 논문에서는 양이온 농도에 의존하는 Debye length에 관한 연구를 통해 DNA 검출감도를 평가하였다. Debye length는 낮은 농도의 NaCl 용액에서 긴 거리를 유지하며, Debye length가 높은 용액에서 DNA가 가지고 있은 음전하는 게이트 채널에 보다 많은 영향을 미친다. 용액내 NaCl농도가 1 mM인 버퍼 용액에서 상보적 DNA의 hybridization에 의한 전계효과 트랜지스터의 게이전압은 21 mV 시프트 했으며, NaCl 농도가 10 mM인 버퍼 용액에서는 7.2 mV, NaCl농도가 100 mM인 버퍼 용액에서는 전계효과 트랜지스터의 게이트 전압이 5.1 mV 각각 시프트 하였다. 이러한 결과를 바탕으로 전계효과 트랜지스터를 이용한 전하 검출형 DNA센서의 검출 감도는 Debye length에 의존하는 것을 규명하였다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2003년도 가을 학술발표논문집 Vol.30 No.2 (2)
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• pp.772-774
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• 2003

DNA/DNA의 연쇄 결합 반응에 대한 시뮬레이션을 열역학적 데이터를 이용하여 구현하였다. 1-Base의 non Watson-Crick 결합과, dangling end(결합이 이루어진 두개의 DNA strand 중 한쪽 끝이 다른 쪽 끝보다 길거나 짧은 경우)를 허용하는 nearest-neighbor model을 사용하여 구현된 이 모델에서는 한번의 hybridization만을 예측하는 것이 아니라 연속적인 결합 반응의 시뮬레이션이 가능하다. 이를 통해서 분자 알고리즘의 설계와 검증이 가능할 뿐만 아니라, cross-homology의 검사를 통한 시퀀스의 검증까지도 가능하다. 이러한 in silico 에서의 접근 방식은 효율적인 분자 알고리즘의 개발과 신뢰성 있는 시퀀스의 설계에 도움이 될 수 있다.

• Journal of the Optical Society of Korea
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• 제13권3호
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• pp.392-397
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• 2009

We designed a wavelength interrogation-based surface plasmon resonance (SPR) biosensor to detect avian influenza DNA (AI-DNA). Hybridization reactions between target AI-DNA probes and capture probes immobilized on a gold surface were monitored quantitatively by measuring the resonance wavelength in the visible waveband. The experimental results were consistent with numerical calculations. Although the SPR detection technique does not require the DNA to be labeled, we also evaluated fluorescently-labeled targets to verify the hybridization behavior of the AI-DNA. Changes in resonance were found to be linearly proportional to the amount of bound analyte. A wavelength interrogation-type SPR biosensor can be used for rapid measurement and high-throughput detection of highly pathogenic AI viruses.

• Journal of Plant Biology
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• 제38권2호
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• pp.203-209
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• 1995

담배(Nicotiana tobacum L. cv. Wisconsine 38) 잎 절편을 해녀콩(Canavalia lineata)의 leghemoglobin(Lb) cDNA를 포함하는 Agrobacterium과 함께 배양한 후, 0.5mg/L BAP, 0.1mg/L ${\alpha}-NAA$와 200mg/L kanamycin, 500 mg/L carbenicillin을 포함하는 MS 배지에서 선별하여 7개의 재분화 개체를 얻었다. 이로부터 분리한 게놈 DNA에 대한 Southern 혼성화 반응과 PCR 결과로 Lb cDNA가 담배의 게놈에 삽입되었음을 확인하였다. 형질전환된 담배로부터 분리한 RNA에 대한 northern 혼성환 실험 결과 약 1,000 nt의 RNA가 혼성화 반응을 보였으며, 총 RNA를 주형으로 합성한 1차 가닥의 cDNA를 PCR로 증폭한 결과, Lb cDNA와 혼성화 반응을 보이는 0.5 kb의 DNA가 증폭되었다. 콩의 Lb에 대한 다군항체(polyclonal antibody)를 사용하여 단백질 면역 항체 반응을 실시한 결과, Lb로 판단되는 약 15.8 kD의 위치에서 혼성화 반응이 나타났다. 이상의 결과로 해녀콩 Lb cDNA가 형질전환된 담배의 게놈에 삽입되었을 뿐만 아니라 mRNA로 전사되어 Lb 단백질로 해독되었음을 알 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제39권2호
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• pp.114-117
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• 2003

유전자의 기능을 분석하는 과정에서 특정한 염기 서열의 존재여부를 확인하는 분석법은 필수적이다. 현재 사용되고 있는 Southern및 Northern blotting방법은 시간이 오래 걸리며, 온도 등과 같은 외부 조건을 엄격하게 조절하여야 한다. 본 연구에서는 측방유동방식을 이용한 크로마토그라피법을 응용하여 새로운 간편용 DNA분석법을 개발하였다. 이 측방유동형 DNA 분석 스트립은 시료가 적용되는 샘플패드, 이동하여 분리되고 교잡반응이 일어나는 전개용 막, 그리고 시료가 계속하여 이동하기 위한 흡수패드로 구성되어 있다. 모델 시스템으로 HIV와 HCV에 대한 포획 및 표적 DNA를 합성하고 스트립을 제조하였다. 시료를 샘플패드에 적하한 후 교잡반응체의 생성여부와 상대적인 양은 GSI형광 스캐너로 분석하였다. 교잡반응이 매우 빠르게 진행되고 세척과정이 없음에도 불구하고 비특이적인 교차 반응이 거의 관찰되지 않았다. 기존의 DNA 교잡방법과 비교하여 볼 때 이 새로운 방법으로 DNA/DNA 교잡 실험을 보다 더 쉽고, 간편하고, 그리고 빠르게 할 수가 있을 것으로 예상된다.

• 한국전기전자재료학회:학술대회논문집
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• 한국전기전자재료학회 2003년도 추계학술대회 논문집 Vol.16
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• pp.224-226
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• 2003

In this paper, we succeeded SNP discrimination of DNA hybridization on microarray using new electrochemical system. Using the electrochemical method with a label-free DNA has Performed DNA chip microarray. This method is based on redox of an electrochemical ligand. We developed scanning system with high performance.

• 대한전기학회:학술대회논문집
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• 대한전기학회 2002년도 추계학술대회 논문집 전기물성,응용부문
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• pp.260-262
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• 2002

The determination of DNA hybridization can apply the molecular biology research. clinic diagnostics. bioengineering, environment monitoring, food science and other application area. So, The determination of hybridization is very important for the improvement of DNA detection system. In this study, we report the characterization of the DNA hybridization by the electricalchemical methods. The probe oligonucleotide was used to determine the amount of target oligonucleotide in solution using Methylen Blue(MB) as the electrochemical indicators. The cathodic peak currents($I_{peak}$) of MB were linearly related to the concentration of the target oligonucleotide sequence in the range $1[{\mu}M]{\sim}0.1[{\mu}M]$. The detection limit of this approach was 0.01[nM]. As a result, the match oligonucleotide(CR-1) was most stable state and the peak of redox current measured by DNA hybridization detection sensors by using electrochemical method seem to be similar to 1-mer terminal mismatch oligonucleotide(MR-3). The MR-2, MR-3, MR-22 and MR-33 have each mismatching sequence of central and terminal. With this set the role of point mutations was to be investigated. Terminal mismatch oligonucleotide (MR-3, 33) is shown more stable state than central mismatch oligonucleotide(MR-2, 22). And 1-mer mismatch oligonucleotide(MR-2 or 3) is shown more stable state than 2-mer mismatch oligonucleotide(MR-22 or 33).

• 미생물학회지
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• 제44권4호
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• pp.346-351
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• 2008

본 연구에서는 임신진단등의 간편 현장진단(point of care test, POCT)에 주로 사용되고 있는 멤브레인 측면흐름 분석기법을 사용하여 인유두종 바이러스(Human papillomavirus, HPV)의 특정 서열을 검출할 수 있는 DNA array를 개발하였다. HPV type 6, 11, 16, 18, 31, 45에 특이적인 DNA 탐침들을 측면흐름 분석용 멤브레인 표면에 고정하고, biotin이 label된 MY09/11 primer를 사용하여 얻어진 HPV PCR 반응 결과물과 탐침 사이에 hybridization 반응을 유도하였다. 이후 streptavidin이 label된 colloidal gold가 교잡물의 biotin과 반응함으로써 DNA hybridization 결과를 육안으로 확인할 수 있었다. 본 연구를 통해 개발된 HPV DNA lateral flow membrane array는 기존의 HPV DNA chip 기법과 비교하여 경제적이고 편리하게 주요 HPV type을 확인할 수 있음을 보여주었다.

• 생명과학회지
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• 제9권4호
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• pp.358-367
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• 1999

Thirty strains of methicillin resistant Staphylococcus aureus were obtained from the clinical isolates. In order to investigate the pursuit of the pathogens of nosocomial infection, these strains were studied for antibiotic sensitivity as well as its resistant pattern. Among the methods of hybridization which directly confirm the specific antibiotic resistant genes by means of the recently developed specific probe DNA, dot blot hybridization and southern blot hybridization were performed and these two methods were compared in their sensitivity and specificity. Strains that is sensitive to cephalothin to the subject of methicillin resistant Staphylococcus aureus were in 43%. Those that are sensitive to cefoperazone and cefuroxime were 26% and 23%, respectively. In case of MIC, MIC50 of cefoperazone was 8 $\mu\textrm{g}$/$m\ell$, and MIC90 was 128 $\mu\textrm{g}$/$m\ell$ to be the lowest. As the results of plasmid DNA electrophoresis, most of methicillin resistant Staphylococcus aureus strains had more than 4 plasmids. These plasmids digested by BamHI, methicillin resistant Staphylococcus aureus is distributed as 10 fragments with the size of 65 kb to 1.5 kb. Dot blot hybridization were performed to examine the existence of mecA gene to show the detection rate of 50%. Southern blot hybridization were done to see if DNA bands which amplify the activity of digoxigenium-labeled probe by PCR were actually PCR products of mecA gene and it showed the detection rate of 53%. It can be concluded that the southern blot hybridization seemed to be better in sensitivity and specificity when it is compared with the results of dot blot hybridization.