• 한국식품위생안전성학회지
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• 제35권4호
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• pp.319-325
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• 2020

신선편이채소는 주로 가열하지 않은 채로 많이 섭취되는 식품으로, 신선편이채소 섭취로 인한 식중독 사고의 위험이 지속적으로 발생하고 있다. 특히, 바실러스 세레우스는 전 세계적으로 신선편이채소에서 검출되고 있는 주요 병원성 세균이다. 본 연구에서는 신선편이채소에서 바실러스 세레우스를 신속하게 검출하기 위해 증균배양과 PCR 분석법을 조합하여 반정량 신속검출법을 개발하였다. 신선편이 양상추와 어린잎채소를 대상으로, 바실러스 세레우스 균주(KCTC1013, KCTC1014, KCTC1092, KCTC1094, KCTC3624)의 최종농도가 1, 2, 3, 4, 5 log CFU/g이 되도록 접종시킨 후 0.15% polymyxin B를 포함한 TSB 배지를 이용하여 42℃에서 0, 2, 3, 4, 5, 6, 7 시간 동안 증균배양하였다. 증균배양액 1 mL을 취하여 mannitol-egg yolk-polymyxin agar에 배양한 후 균수를 정량하였고, 1 mL의 증균배양액에서 DNA를 추출한 후 PCR 분석을 진행하였다. 또한, 신선편이채소 시료(sample)에 대한 바실러스 세레우스 검출결과를 정확하게 판단하기 위해 신선편이채소 시료(sample)의 최소분석 sub-sample수를 확인하고자, 5개의 sub-sample을 이용하여 분석하였다. 증균배양과 PCR 분석법을 이용하여 확인한 연구결과, 신선편이 양상추에 접종되어 있는 5, 4, 3, 2, 1 log CFU/g의 바실러스 세레우스는 3, 4, 5, 6, 7 시간 증균배양 후에 검출되었고, 신선편이 어린잎채소에 접종되어 있는 5, 4, 3, 2, 1 log CFU/g의 바실러스 세레우스는 2, 3, 4, 5 시간동안 증균 배양한 후에 검출되었다. 또한, 신선편이채소 시료(sample)의 최소분석 sub-sample수는 3개로 확인되었다. 본 연구결과는 신선편이채소에 오염되어 있는 바실러스 세레우스의 반정량 신속검출법으로 활용될 수 있을 것이라 판단된다.

• Journal of the Korean Academy of Child and Adolescent Psychiatry
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• 제16권1호
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• pp.54-62
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• 2005

목적 : 이번 연구는 최근 주목을 받고 있는 dopamine beta hydroxylase 유전자의 Taq I 절단부위 다형성과 주의력결핍 과잉행동장애 발병 간에 어떤 관련성이 있는지를 알아보기 위한 연구이다. 방법 : 주의력결핍 과잉행동장애 아동 106명을 환자군으로 선정하고, 환자군과 성별, 연령별로 빈도짝짓기된 일반 아동 212명을 대조군으로 하는 환자-대조군 연구를 실시했다. 아울러 환자군과 부모를 대상으로 가족기반 연구를 병행했다. 결과 : 환자-대조군 연구에서는 환자군과 대조군 간의 유전자형이나 대립유전자 분포에 있어 유의한 차이를 발견하지 못했다. 그러나 가족기반 연구에서는 대립유전자 Al의 선택 전달이 관찰되었다. 결론 : 이번 연구를 통해 주의력결핍 과잉행동장애와 dopamine beta hydroxylase 유전자의 Taq I 절단부위 다형성 간의 관련성을 부분적으로 확인했으나 이를 뒷받침하기 위해 서는 추가적인 연구가 필요할 것이다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제72권3호
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• pp.293-301
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• 2012

Background: Ventilator-associated pneumonia (VAP) requires prompt and appropriate treatment. Since methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a frequent pathogen in VAP, rapid identification of it, is pivotal. Our aim was to evaluate the utility of quantitative polymerase chain reaction (qPCR) as a useful method for etiologic diagnoses of MRSA pneumonia. Methods: We performed qPCR for mecA, S. aureus-specific femA-SA, and S. epidermidis-specific femA-SE genes from bronchoalveolar lavage or bronchial washing samples obtained from clinically-suspected VAP. Molecular identification of MRSA was based on the presence of the mecA and femA-SA gene, with the absence of the femA-SE gene. To compensate for the experimental and clinical conditions, we spiked an internal control in the course of DNA extraction. We estimated number of colony-forming units per mL (CFU/mL) of MRSA samples through a standard curve of a serially-diluted reference MRSA strain. We compared the threshold cycle (Ct) value with the microbiologic results of MRSA. Results: We obtained the mecA gene standard curve, which showed the detection limit of the mecA gene to be 100 fg, which corresponds to a copy number of 30. We chose cut-off Ct values of 27.94 (equivalent to $1{\times}10^4$ CFU/mL) and 21.78 (equivalent to $1{\times}10^5$ CFU/mL). The sensitivity and specificity of our assay were 88.9% and 88.9% respectively, when compared with quantitative cultures. Conclusion: Our results were valuable for diagnosing and identifying pathogens involved in VAP. We believe our modified qPCR is an appropriate tool for the rapid diagnosis of clinical pathogens regarding patients in the intensive care unit.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제17권sup3호
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• pp.155-160
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• 2016

Breast cancer (BC) is the second most common cancer in the world and by far the most frequent cancer among women, with an estimated 1.67 million new cancer cases diagnosed in 2012 (25% of all cancers). Polygene expression analysis is used to predict the prognosis and determine the most appropriate treatment regimen. The objective of this study was to examine the gene expression profiles of SIRT3, HRAS, LSP1, SCUBE2 and AP2A2 in Iranian women with BC.A total of 136 patients including healthy controls were categorized into three groups based on the relapse of the disease. Expression of desired genes in formalin-fixed, paraffin embedded tissues collected from all groups of participants was analyzed via the RT PCR method. RNA extraction and cDNA synthesis were performed then real-time quantitative PCR was carried out. Gene expression analysis revealed that the expression of SIRT3 was equal among patient and control groups. LSP1 was down regulated in all patient groups relative to controls but reduced expression in the metastatic group relative to the non-metastatic one was not significant. HRAS was significantly overexpressed in total and metastatic tumor samples versus normal but not in non-metastatic cases. SCUBE2 expression showed significant over-expression in both overall tumor samples and the non-metastatic group as compared to normal tissues. Gene expression level of AP2A2 in all groups was not detectable. Our data are compatible with a tumor suppressor role of LSP1 related to potential prognostic factor for tumor recurrence and outcome. This study for the first time assayed the prognostic value and changes in the expression of SIRT3, LSP1, HRAS, SCUBE2 and AP2A2 genes in women with breast cancer in the Iranian population and findings confirmed potential biomarker and prognostic capability of these genes. Such expression profiling data can critically improve prognosis and treatment decisions in cancer patients.

• 한국육종학회지
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• 제40권4호
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• pp.387-393
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• 2008

Ds 삽입변이체로 부터 5,400개의 FST를 분석한 결과, intragenic FST가 48.1%로 2,597개, intergenic FST가 25.6%로 1,383개였으며 hot spot을 포함한 origin insertional sequence는 1,350개로 25%로 나타났다. Intragenic FST로서 선발된 2,597개를 이용하여 Ds와의 유전자형을 분석한 결과 53.6%인 1,393개가 heterozygous 혹은 homozygous 계통으로 나타났으며 이들에 대한 염색체상의 분포도는 3번 염색체에서 422 계통으로 가장 많은 분포도를 보여주었고 다른 염색체는 56 계통에서 157 계통 범위 내에 포함되었다. 1차적으로 유전자형 분석이 끝난 1,393개의 유전자들 중에서 expressed protein 등 알려지지 않은 것은 40.6%로 566개였으며 TIGR DB에서 염기서열의 유사성 검색을 통해 유전자의 명칭이 알려진 것은 59.4%인 827개로 나타났다.

• Maxillofacial Plastic and Reconstructive Surgery
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• 제28권5호
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• pp.375-395
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• 2006

Purpose: Lingual nerve (LN) damage may be caused by either tumor resection or injury such as wisdom tooth extraction, Although autologous nerve graft is sometimes used to repair the damaged nerve, it has the disadvantage of necessity of another operation for nerve harvesting. Moreover, the results of nerve grafting is not satisfactory. The nerve growth factor (NGF) is well-known to play a critical role in peripheral nerve regeneration and its local delivery to the injured nerve has been continuously tried to enhance nerve regeneration. However, its application has limitations like repeated administration due to short half life of 30 minutes and an in vivo delivery model must allow for direct and local delivery. The aim of this study was to construct a well-functioning $rhNGF-{\beta}$ adenovirus for the ultimate development of improved method to promote peripheral nerve regeneration with enhanced and extended secretion of hNGF from the injured nerve by injecting $rhNGF-{\beta}$ gene directly into crush-injured LN in rat model. Materials and Methods: $hNGF-{\beta}$ gene was prepared from fetal brain cDNA library and cloned into E1/E3 deleted adenoviral vector which contains green fluorescence protein (GFP) gene as a reporter. After large scale production and purification of $rhNGF-{\beta}$ adenovirus, transfection efficiency and its expression at various cells (primary cultured Schwann cells, HEK293 cells, Schwann cell lines, NIH3T3 and CRH cells) were evaluated by fluorescent microscopy, RT-PCR, ELISA, immunocytochemistry. Furthermore, the function of rhNGF-beta, which was secreted from various cells infected with $rhNGF-{\beta}$ adenovirus, was evaluated using neuritogenesis of PC-12 cells. For in vivo evaluation of efficacy of $rhNGF-{\beta}$ adenovirus, the LNs of 8-week old rats were exposed and crush-injured with a small hemostat for 10 seconds. After the injury, $rhNGF-{\beta}$ adenovirus($2{\mu}l,\;1.5{\times}10^{11}pfu$) or saline was administered into the crushed site in the experimental (n=24) and the control group (n=24), respectively. Sham operation of another group of rats (n=9) was performed without administration of either saline or adenovirus. The taste recovery and the change of fungiform papilla were studied at 1, 2, 3 and 4 weeks. Each of the 6 animals was tested with different solutions (0.1M NaCl, 0.1M sucrose, 0.01M QHCl, or 0.01M HCl) by two-bottle test paradigm and the number of papilla was counted using SEM picture of tongue dorsum. LN was explored at the same interval as taste study and evaluated electro-physiologically (peak voltage and nerve conduction velocity) and histomorphometrically (axon count, myelin thickness). Results: The recombinant adenovirus vector carrying $rhNGF-{\beta}$ was constructed and confirmed by restriction endonuclease analysis and DNA sequence analysis. GFP expression was observed in 90% of $rhNGF-{\beta}$ adenovirus infected cells compared with uninfected cells. Total mRNA isolated from $rhNGF-{\beta}$ adenovirus infected cells showed strong RT-PCR band, however uninfected or LacZ recombinant adenovirus infected cells did not. NGF quantification by ELISA showed a maximal release of $18865.4{\pm}310.9pg/ml$ NGF at the 4th day and stably continued till 14 days by $rhNGF-{\beta}$ adenovirus infected Schwann cells. PC-12 cells exposed to media with $rhNGF-{\beta}$ adenovirus infected Schwann cell revealed at the same level of neurite-extension as the commercial NGF did. $rhNGF-{\beta}$ adenovirus injected experimental groups in comparison to the control group exhibited different taste preference ratio. Salty, sweet and sour taste preference ratio were significantly different after 2 weeks from the beginning of the experiment, which were similar to the sham group, but not to the control group.

• 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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• 제30권5_6호
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• pp.444-453
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• 2003

최근 생명공학(BT)에 대한 관심이 집중되면서, 새로운 생리활성 물질을 찾거나 유전자 정보를 분석하기 위한 목적으로 전기영동 젤의 영상 분석 기술에 대한 요구가 급증하고 있다. 이를 위해서는 젤 영상의 레인에서 각 밴드의 위치와 양을 정확히 측정해야 한다. 기존 연구에서는 주로 레인의 프로파일에서 피크를 탐색하는 접근방법을 사용하는데, 이 피크의 위치는 밴드에 있는 최대 자기 화소의 위치도 아니고 더욱이 밴드 무게중심의 위치도 아니기 때문에 밴드의 대표 위치로 인정하기 어렵다. 또한, 피크 추출을 쉽게 하기 위해 다양한 영상 향상 처리를 적용하기 때문에 밴드의 양을 측정하기에는 부적절한 경우가 많다. 본 논문에서는 영상의 상대적인 밝기를 변화시키지 않으면서 먼저 밴드의 영역을 추출한 후, 밴드 영역의 밝기 합으로 양을 구하고 이의 무게중심을 밴드 위치로 정하는 방식을 채택한다. 실제로, 먼저 젤 영상 히스토그램에 엔트로피기반 임계치를 설정하여 레인을 추출한 후, 밴드 영역 추출을 위해 서로 다른 세 가지 방법을 시도한다. 첫째, 추출된 레인을 이등분하는 중심선을 탐색하여 피크와 밸리를 찾고, 피크의 상하 밸리를 각 밴드의 최소 포함 박스영역으로 지정하는 방법(MER), 둘째, 앞의 방법에서와 같이 구한 피크를 영역 성장의 시드로 사용하여 이웃하는 밴드와의 중첩을 해결하면서 밴드 영역을 추출하는 방법(RG-1), 셋째, 이와 달리 레인을 삼등분하는 두 탐색선에서 피크를 찾고 동일한 밴드에 속하는 피크 쌍을 결정한 후 영역을 성장하는 방법(RG-2)을 제안한다. 이상의 세 방법을 비교하기 위해 밴드의 위치 및 양을 측정한 결과, 밴드 위치의 평균 오차는 레인의 길이를 단위 크기로 정규화 할 때, MER 방법이 6%, RG-1 방법이 3%, RG-2 방법이 1%로 나타났다. 또한, 밴드 양의 평균 오차는 레인 내 밴드들의 양의 합을 단위 크기로 정규화 할 때, MER 방법이 8%, RG-1 방법이 5%, RG-2 방법이 2%로 나타났다. 결과적으로, RG-2 방법이 밴드의 위치 및 양 추출에 있어서 정확도가 가장 높은 것으로 판명되었다.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 1995년도 Proceedings of special lectures on Molecular Biological Approaches to Plant Disease National Agricultural Science and Technology Institute Suwon, Korea
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• pp.77-96
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• 1995

To obtain basic informations for the improvement of seed potato production in Korea, some etiological properties of potato virus Y(PVY) distributed in the major seed potato production area(Daekwanryeong) were characterized, and the nucleotide and amino acid sequences of the coat protein gene of the PVY strains isolated were analyzed. PVY strains in Daekwonryeong, an alpine area, were identified to be two strains, PVYo and PVYN by symptoms of indicator plants, and their distribution in potato fields was similar. Major symptom on potato varieties by PVY was grouped as either mosaic alone or mosaic accompanied with veinal necrosis in the lower leaves. The symptom occurrence of the two symptoms was similar with Irish Cobbler, but Superior showed a higher rate of mosaic symptom than the other. The PVY strain which was isolated from potato cv. Superior showing typical mosaic symptoms produced symptoms of PVY-O on the indicator plants of Chenopodium amaranticolor, Nicotiana tabacum cv. Xanthi nc and Physalis floridana, but no symptom o Capsicum annum cv. Ace. Moreover, results from the enzyme-linked immunosorbent assay with monoclonal and polyclonal antibodies showed that the isolated PVY reacts strongly with PYV-O antibodies but does not react specifically with PVY-T antibodies. The purified virus particles were flexious with a size of 730$\times$11nm. On the basis of the above characteristics, the strain was identified to be a PVY-O and named as of PVY-K strain. The flight of vector aphids was observed in late May, however, the first occurrence of infected plants was in mid June with the bait plants surrounded with PVY-infected potato plants and early July with the bait plants surrounded with PVY-free potato plants. PVY infection rates by counting symptoms on bait plants (White Burley) were 1.1% with the field surrounded with PVY-free potato plants and 13.7% the fields surrounded with PVY-infected potato plants, showing the effect of infection pressure. The propagated PVY-K strain on tobacco(N. sylvestris) was purified, and the RNA of the virus was extracted by the method of phenol extraction. The size of PVY-K RNA was measured to be 9, 500 nucleotides on agarose gel electrophoresis. The double-stranded cDNAs of PVY-K coat protein(CP) gene derived by the method of polymerase chain reaction were transformed into the competent cells of E. coli JM 109, and 2 clones(pYK6 and pYK17) among 11 clones were confirmed to contain the full-length cDNA. Purified plasmids from pYK17 were cut with Sph I and Xba I were deleted with exonuclease III and were used for sequencing analysis. The PVY-K CP gene was comprised of 801 nucleotides when counted from the clevage site of CAG(Gln)-GCA(Ala) to the stop codon of TGA and encoded 267 amino acids. The molecular weight of the encoded polypeptides was calculated to be 34, 630 daltons. The base composition of the CP gene was 33.3% of adenine, 25.2% of guanine, 20.1% of cytosine and 21.4% of uracil. The polypeptide encoded by PVY-K CP gene was comprised of 22 alanines, 20 threonines, 19 glutamic acids and 18 glycines in order. The homology of nucleotide sequence of PVY-K CP gene with those of PVY-O(Japan), PVY-T(Japan), PVY-TH(Japan), PVYN(the Netherlands), and PVYN(France) was represented as 97.3%, 88.9%, 89.3%, 89.6% and 98.5%, respectively. The amino acid sequence homology of the polypeptide encoded by PVY-K CP gene with those encoded by viruses was represented as 97.4%, 92.5%, 92.9%, 92.9%, and 98.5%, respectively.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제42권4호
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• pp.522-534
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• 1995

연구배경: 내독소에 의한 급성 폐손상의 발병기전에서 산소기가 중요한 역할을 한다는 사실은 잘 알려져 있다. 세포내에는 이러한 산소기에 의한 세포의 손상을 방지하는 정상 방어기전으로 여러 항산화효소가 존재하는데, 이중 SOD는 세포대사과정이나 외부 자극에 의해 생성된 superoxide로부터 세포의 손상을 방지하는 역할을 한다. 세포내 SOD는 주로 이중체의 구조로 세포질에 존재하는 CuZnSOD와 사중체의 구조로 미토콘드리아에 존재하는 MnSOD의 두 종류가 알려져 있으나, 폐포대식세포에서의 SOD mRNA 발현 및 그 조절기전에 대해서는 확실히 규명되어 있지 않다. 본 연구의 목적은 백서의 폐포대식세포에서 내독소 자극에 의한 MnSOD와 CuZnSOD mRNA 발현양상을 관찰하고 내독소 자극시 니타나는 SOD mRNA 발현의 조절기전을 규명하는데 있다. 방법: 백서의 기관지폐포세척액에서 얻은 세포를 plastic plate에 부착시켜 폐포대식세포를 분리한 후 내독소를 자극하여 내독소 용량($0.01{\mu}g/ml{\sim}10{\mu}g/ml$)과 자극시간(0, 2, 4, 8, 24 hrs)에 따른 MnSOD와 CuZnSOD MnSOD 발현양상을 Northern blot analysis를 시행하여 관찰하였다. 다음 단계로 MsSOD와 CuZnSOD mRNA 발현의 조절기전을 밝히고자 폐포대식세포를 각각 AD($5{\mu}g/ml$) 또는 CHX($5{\mu}g/ml$)로 전처치한 후 내독소로 자극하여 MnSOD와 CuZnSOD mRNA의 발현양상을 관찰하였다. 한편 내독소 투여가 SOD mRNA의 안정성을 변화시키는지 여부를 평가하기 위해 폐포대식세포를 대조군과 투여군으로 나누어 SOD mRNA의 분해속도를 비교하였다. 총 세포내 RNA는 guanidinium thiocyanate/phenol/chloroform법을 이용하여 추출하였고, Northern blot analysis는 $^{32}P$로 표지된 백서의 MnSOD와 CuZnSOD cDNAs를 이용하여 시행하였다. 결과: 백서의 폐포대식세포에서 MnSOD mRNA의 발현은 내독소 투여량의 증가세 따라 증가되었고 내독소를 투여하고 8시간후에 정점을 이루었으나, CuZnSOD mRNA의 발현은 내독소의 용량 및 투여후 반응시간에 따라 변화하지 않았다. 내독소 투여후 MnSOD mRNA의 발현증가는 AD 또는 CHX 각각의 전처치에 의해 모두 억제되었다. MnSOD mRNA의 안정성은 내독소 투여에 의해 변화하지 않았다. 결론: 이상의 결과로 백서의 폐포대식세포는 내독소 자극에 반응하여 SOD를 생성하는 중요세포이고, 내독소에 의한 MnSOD mRNA의 발현은 전사단계에서 조정되며 mRNA의 안정성을 변화시키지 않고 새로운 단백의 합성이 필요한 것으로 사료된다.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제5권1호
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• pp.79-87
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• 1998

목 적 : 최근 Mycoplasma pneumoniae를 P1 유전자 배열의 차이에 따라 1군(Group 1)과 2군(Group 2)으로 분류하는데, 두 군간에는 면역 반응, 질환의 중증도에 있어 다소간의 차이가 있고, Mycoplasma pneumoniae가 주기적으로 유행하는 것은 두 군중 어떠한 한 군의 빈도가 특히 증가되는 것과 관련이 있다는 보고도 있다. 이에 저자들은 1996년과 1997년도에 유행하였던 Mycoplasma pneumoniae를 분류하여 유행한 군을 알아보고, 두 군간에 임상 양상의 차이가 있는지 알아보고자 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 1996년 11월부터 1997년 10월 사이에 성애병원 및 광명 성애병원에 방사선 소견, 혈청 마이코플라스마 특이항체 검사와 임상가검물의 PCR로 마이코플라스마 폐렴으로 진단된 155명을 대상으로 하였다. 두 군으로의 분류는 대상 환아의 급성기 임상가검물에서 핵산을 추출한 후 P1 유전자의 배열의 차이를 기초로 제작한 시발체를 이용한 PCR법으로 하였고, 이들의 임상 양상과 마이코플라즈마 항체가를 후향적으로 비교하여 보았다. 결 과 : 1) 1군은 137명(88.4%), 2군은 18명(11.6%)으로 주로 1군이 유행하였고, 두 군 모두 가을과 겨울에 걸쳐 유행하였다. 2) 1군과 2군 모두 남아에서 특히, 4세에서 6세 사이에 호발하였다. 3) 평균 발열기간(1군 $7.5{\pm}3.1$일, 2군 $6.8{\pm}2.7$일)과 평균 입원기간(1군 $6.6{\pm}3.0$일, 2군 $7.5{\pm}2.1$일)에서 두 군간에 통계적으로 유의한 차이는 없었다(P>0.05). 4) 급성기 마이코플라스마 항체가가 1:2560 이하인 저항체가군은 1군이 131명(95.6%), 2군은 16명(88.9%)이었으며, 1:5120 이상인 고항체가군은 1군이 6명(4.4%), 2군은 2명(11.1%)이었다. 결 론 : 1996년과 1997년 사이에는 1군이 호발하였고, 두 군간의 성별 분포, 호발 연령, 평균 발열기간, 평균 입원기간에는 의미있는 차이는 없었으나 고항체가군은 2군에서 높은 빈도를 보였다. 그러나 단기간의 연구로 인한 표본의 차이로 두 군간의 면역 반응, 질환의 중증도를 비교하기에는 무리가 있었고, 특히 연구 기간중 1군의 호발이 Mycoplasma pneumoniae의 유행 주기와 관계가 있었는지를 알기 위해서는 지속적인 연구가 필요할 것으로 사료된다.