• 제목/요약/키워드: DNA density

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팽이버섯 신품종 '백승'의 특성 (Characteristics of 'Baekseung', a new cultivar Flammulina velutipes)

  • 우성이;공원식;장갑열
    • 한국버섯학회지
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    • 제15권1호
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    • pp.25-30
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    • 2017
  • 팽이버섯의 다수성 신품종 개발을 위하여, 단포자 교잡에 의해 육성된 신품종 '백승'의 주요 특성은 다음과 같다. '백승'의 원균배양 적정배지는 MEA(Malt Extract Agar) 배지이며 균사생육 적정온도는 $25^{\circ}C$였다. 자실체 발생 적정온도는 $14^{\circ}C$, 자실체 생육온도는 $7^{\circ}C$로 기존품종과 동일하였다. 초발이는 $11{\pm}1$일 소요되었으며 생육일수는 $14{\pm}1$일 이었다. '백승' 수확적기의 자실체는 갓의 직경이 $11.3{\pm}0.4mm$, 대의 길이가 $89.2{\pm}7.1mm$이며 수량은 850 ml 병당 $153.7{\pm}12.5g$이었으며, '우리1호'의 수확적기의 자실체는 갓의 직경이 $10.7{\pm}1.0mm$, 대의 길이가 $91.3{\pm}20.8mm$, 수량은 $139.8{\pm}17.8g$이었다. 갓은 백색 반구형이며 대는 백색으로 굵고 곧으며 길이는 중간으로 다발성이며 품질과 수량이 우수하였다. 유전적 유연관계로 표현하기보다는 '백승'은 대조구와 다른 DNA 밴드 양상을 보였다.

Apolipoprotein A5 3'-UTR variants and cardiometabolic traits in Koreans: results from the Korean genome and epidemiology study and the Korea National Health and Nutrition Examination Survey

  • Kim, Oh Yoen;Moon, Jiyoung;Jo, Garam;Kwak, So-Young;Kim, Ji Young;Shin, Min-Jeong
    • Nutrition Research and Practice
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    • 제12권1호
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    • pp.61-68
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    • 2018
  • BACKGROUND/OBJECTIVES: This study aimed to test the association between APOA5 3'-UTR variants (rs662799) and cardiometabolic traits in Koreans. SUBJECTS/METHODS: For this study, epidemiological data, Apolipoprotein A5 (APOA5) genotype information, and lymphoblastoid cell line (LCL) biospecimens from a subset of the Ansung-Ansan cohort within the Korean Genome and Epidemiology study (KoGES-ASAS; n = 7,704) as well as epidemiological data along with genomic DNA biospecimens of participants from a subset of the Korea National Health and Nutrition Examination Survey (KNHANES 2011-12; n = 2,235) were obtained. APOA5 mRNA expression was also measured. RESULTS: APOA5 rs662799 genotype distributions in both the KoGES-ASAS and KNHANES groups were 50.6% for TT, 41.3% for TC, and 8.1% for CC, which are similar to those in previous reports. In both groups, minor C allele carriers, particularly subjects with CC homozygosity, had lower high-density lipoprotein (HDL) cholesterol and higher triglyceride levels than TT homozygotes. Linear regression analysis showed that the minor C allele significantly contributed to reduction of circulating HDL cholesterol levels [${\beta}=-2.048$, P < 0.001; ${\beta}=-2.199$, P < 0.001] as well as elevation of circulating triglyceride levels [${\beta}=0.053$, P < 0.001; ${\beta}=0.066$, P < 0.001] in both the KoGES-ASAS and KNHANES groups. In addition, higher expression levels of APOA5 in LCLs of 64 healthy individuals were negatively associated with body mass index (r = -0.277, P = 0.027) and circulating triglyceride level (r = -0.340, P = 0.006) but not significantly correlated with circulating HDL cholesterol level. On the other hand, we observed no significant difference in the mRNA level of APOA5 according to APOA5 rs662799 polymorphisms. CONCLUSIONS: The C allele of APOA5 rs662799 was found to be significantly associated with cardiometabolic traits in a large Korean population from the KoGES-ASAS and KNHANES. The effect of this genotype may be associated with post-transcriptional regulation, which deserves further experimental confirmation.

트레드밀 트레이닝이 비만 쥐의 neurotrophins와 초기발현 단백질에 미치는 영향 (The Effects of Treadmill Training on Neurotrophins and Immediately Early Protein in Obese Rats)

  • 우진희;신기옥;여남회;박소영;강성훈
    • 생명과학회지
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    • 제21권7호
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    • pp.985-991
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    • 2011
  • 본 연구는 고지방식이로 인한 비만으로 불균형된 지질구성과 산화적 손상이 신경세포형성과 초기발현단백질에 미치는 생물학적 영향을 알아보고, 규칙적인 운동의 효과를 알아보기 위하여 실시하였다. 실험동물은 4주령 SD rat 수컷 30마리를 1주간의 적응기간을 둔 뒤, 15주간 고지방식이를 통해 비만으로 유도하였으며, high fat diet sedentary (HDS, n=15)와 high fat diet and training (HDT, n=15)으로 분류하여 연구하였다. 운동강도는 1~4주는 저강도, 5~8주는 중강도로 주5회 실시하였다. 8주 트레이닝 후 혈청지질, 8-OHdG, MDA, neurotrophic factor, 그리고 IEG를 분석하였다. 그 결과 TC와 TG에서 HDS와 HDT 사이 유의한 차이가 나타났다(p<0.05). 8-OHdG에서 HDT는 트레드밀 트레이닝 후에 HDS보다 낮게 나타났다(p<0.05). 해마에서 c-jun, BDNF 그리고 간에서 MDA의 단백질 발현은 HDT가 트레드밀 트레이닝 후 HDS보다 높게 나타났다(p<0.05). 결론적으로 8주간 트레드밀 훈련은 고지방식이 비만 유도 쥐의 혈청지질 성분의 불균형을 개선시키고, 조직과 혈청의 산화적 손상과 DNA 손상을 완화시켜 주어, 비만으로 인한 합병증 예방에 도움을 줄 수 있을 것으로 사료된다. 또한 NT의 발현을 증가시킴으로써 손상된 뇌기능과 신경세포의 생성 기전 활동에 긍정적 영향을 나타냄으로써 공간적 학습기능의 향상을 가져온 것으로 판단된다.

Synthesis, Crystal Structure and Theoretical Calculation of a Novel Nickel(II) Complex with Dibromotyrosine and 1,10-Phenanthroline

  • Huang, Guimei;Zhang, Xia;Fan, Yuhua;Bi, Caifeng;Yan, Xingchen;Zhang, Zhongyu;Zhang, Nan
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제34권10호
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    • pp.2889-2894
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    • 2013
  • A new complex [$Ni(phen)(C_9H_8Br_2NO_3)_2{\cdot}2CH_3OH{\cdot}2H_2O$] [phen: 1,10-phenanthroline $C_9H_8Br_2NO_3$: 3,5-dibromo-L-tyrosine] was synthesized and characterized by IR, elemental analysis and single crystal X-ray diffraction. X-ray crystallography shows that Ni(II) ion is six-coordinated. The Ni(II) ion coordinates with four nitrogen atoms and two oxygen atoms from three ligands, forming a mononuclear Ni(II) complex. The crystal crystallizes in the Orthorhombic system, space group $P2_12_12$ with a = 12.9546 ${\AA}$, b = 14.9822 ${\AA}$, c = 9.9705 ${\AA}$, V = 1935.2 ${\AA}$, Z = 1, F(000) = 1008, S = 0.969, ${\rho}_{calcd}=1.742g{\cdot}cm^{-3}$, ${\mu}=4.688mm^{-1}$, $R_1$ = 0.0529 and $wR_2$ = 0.0738 for 3424 observed reflections (I > $2{\sigma}(I)$). Theoretical study of the title complex was carried out by density functional theory (DFT) method and the B3LYP method employing the $6-3l+G^*$ basis set. The energy gap between HOMO and LUMO indicates that this complex is prone to interact with DNA. CCDC: 908041.

Short Heterodimer Partner as a Regulator in OxLDL-induced Signaling Pathway

  • Kimpak, Young-Mi
    • 대한약학회:학술대회논문집
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    • 대한약학회 2001년도 Proceedings of International Convention of the Pharmaceutical Society of Korea
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    • pp.109-113
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    • 2001
  • Oxidized low-density lipoprotein (oxLDL) has been shown to modulate transactivations by the peroxisome proliferator activated receptor (PPAR)$\gamma$ and nuclear factor-kappa B (NF$\kappa$B). In this study, the oxLDL signaling pathways involved with the NF$\kappa$B transactivation were investigated by utilizing a reporter construct driven by three upstream NF$\kappa$B binding sites, and various pharmacological inhibitors. OxLDL and its constituent lysophophatidylcholine (lysoPC) induced a rapid and transient increase of intracellular calcium and stimulated the NF-KB transactivation in resting RAW264.7 macrophage cells in an oxidation-dependent manner. The NF$\kappa$B activation by oxLDL or lysoPC was inhibited by protein kinase C inhibitors or an intracellular calcium chelator. Tyrosine kinase or PI3 kinase inhibitors did not block the NF$\kappa$B transactivation. Furthermore, the oxLDL-induced NF$\kappa$B activity was abolished by the PPAR$\gamma$ ligands. When the endocytosis of oxLDL was blocked by cytochalasin B, the NF$\kappa$B transactivation by oxLDL was synergistically increased, while PPAR transactivation was blocked. These results suggest that oxLDL activates NF-$\kappa$B in resting macrophages via protein kinase C- and/or calcium-dependent pathways, which does not involve the endocytic processing of oxLDL. The endocytosis-dependent PPAR$\gamma$ activation by oxLDL may function as an inactivation route of the oxLDL induced NF$\kappa$B signal. Short heterodimer partner (SHP), specifically expressed in liver and a limited number of other tissues, is an unusual orphan nuclear receptor that lacks the conventional DNA-binding domain. In this work, we found that SHP expression is abundant in murine macrophage cell line RAW 264.7 but suppressed by oxLDL and its constituent I3-HODE, a ligand for peroxisome proliferator-activated receptor y. Furthermore, SHP acted as a transcription coactivator of nuclear factor-$\kappa$B (NF$\kappa$B) and was essential for the previously described NF$\kappa$B transactivation by lysoPC, one of the oxLDL constituents. Accordingly, NF$\kappa$B, transcriptionally active in the beginning, became progressively inert in oxLDL-treated RAW 264.7 cells, as oxLDL decreased the SHP expression. Thus, SHP appears to be an important modulatory component to regulate the transcriptional activities of NF$\kappa$B in oxLDL-treated, resting macrophage cells.

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점박이응애에서 병원성 곰팡이 Neozygites floridana의 발생 (Occurrence of the Mite Pathogenic Fungus Neozygites floridana on Two Spotted Spider Mite (Tetranychus urticae) in Korea)

  • 최선우;이공준;문영훈;서경원;강찬호;김진호;김재수
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제55권4호
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    • pp.465-469
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    • 2016
  • 충남 논산시의 천적생산업체인 세실의 점박이응애 사육장에서 발견된 곰팡이를 조사한 결과 Neozygites floridana 1종이 동정되었다. 종 동정은 형태학적 현미경적 특징과 DNA 염기서열 분석을 통해 이루어졌다. 곤충조직배양용 전용배지(Grace's insect tissue culture medium + 5% fetal bovine serum)에서 이 균의 생존을 확인할 수 있었다. 강낭콩 군락 내에서의 감염률은 36.1%이었다. 점박이응애는 잎의 윗면보다 뒷면에 상대적으로 높게 밀집되어 있었다. 곰팡이의 감염률은 윗면보다 뒷면에서 매우 높게 나타나, 균 발생 진단을 위해서는 잎 윗면보다는 뒷면을 확인하는 것이 요구된다. 이 균에 대하여 천적 생산을 위한 방제방법과 더불어 작물을 가해하는 점박이응애 방제를 위한 생물적 조절인자로서의 가능성에 대한 연구가 필요하다.

Tricho-dento-osseous Syndrome Mutant Dlx3 Shows Lower Transactivation Potential but Has Longer Half-life than Wild-type Dlx3

  • Cha, Ji-Hun;Ryoo, Hyun-Mo;Woo, Kyung-Mi;Kim, Gwan-Shik;Baek, Jeong-Hwa
    • International Journal of Oral Biology
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    • 제32권4호
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    • pp.119-125
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    • 2007
  • Dlx3 is a homeodomain protein and is known to play a role in development and differentiation of many tissues. Deletion of four base pairs in DLX3 (NT3198) is causally related to tricho-dento-osseous (TDO) syndrome (OMIM #190320), a genetic disorder manifested by taurodontism, hair abnormalities, and increased bone density in the cranium. The molecular mechanisms that explain the phenotypic characteristics of TDO syndrome have not been clearly determined. In this study, we examined phenotypic characteristics of wild type DLX3(wtDlx3) and 4-BP DEL DLX3 (TDO mtDlx3) in C2C12 cells. To investigate how wtDlx3 and TDO mtDlx3 differentially regulate osteoblastic differentiation, reporter assays were performed by using luciferase reporters containing the promoters of alkaline phosphatase, bone sialoprotein or osteocalcin. Both wtDlx3 and TDO mtDlx3 enhanced significantly all the reporter activities but the effect of mtDlx3 was much weaker than that of wtDlx3. In spite of these differences in reporter activity, electrophoretic mobility shift assay showed that both wtDlx3 and TDO mtDlx3 formed similar amounts of DNA binding complexes with Dlx3 binding consensus sequence or with ALP promoter oligonucleotide bearing the Dlx3 binding core sequence. TDO mtDlx3 exhibits a longer half-life than wtDlx3 and it corresponds to PESTfind analysis result showing that potential PEST sequence was missed in carboxy terminal of TDO mtDlx3. In addition, co-immunoprecipitation demonstrated that TDO mtDlx3 binds to Msx2 more strongly than wtDlx3. Taken together, though TDO mtDlx3 acted as a weaker transcriptional activator than wtDlx3 in osteoblastic cells, there is possibility that during in vivo osteoblast differentiation TDO mtDlx3 may antagonize transcriptional repressor activity of Msx2 more effectively and for longer period than wtDlx3, resulting in enhancement of osteoblast differentiation.

국내 배과원에 복숭아순나방붙이의 발생과 유사종 복숭아순나방의 페로몬 트랩 교차 유인 (Occurrence of Grapholita dimorpha in Korean Pear Orchards and Cross-trapping of Its Sibling Species, Grapholita molesta, to a Pheromone Lure)

  • 정충렬;안정준;엄훈식;서정흔;김용균
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제51권4호
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    • pp.479-484
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    • 2012
  • 최근 사과원에서 복숭아순나방붙이(Grapholita dimorpha)의 발생이 보고되었다. 복숭아순나방붙이는 이와 유사한 복숭아순나방(G. molesta)이 발생하는 또 다른 기주에서도 동시에 발생이 가능하다고 제기되었다. 본 연구는 국내 여러 지역의 배과원에서 복숭아순나방붙이의 발생이 있음을 보고한다. 복숭아순나방붙이의 종 동정은 형태적 특징과 분자마커를 이용하여 실시되었다. 이들 두 종의 공통된 성페로몬 주성분으로 상호 교차 포획이 이뤄질 수 있다. 복숭아순나방붙이 페로몬트랩에 복숭아순나방붙이와 복숭아순나방이 포획되고, 복숭아순나방 페로몬트랩에 복숭아순나방과 복숭아순나방붙이가 포획되었다. 복숭아순나방붙이 트랩에 이뤄진 교차 포획비율은 지역적으로 다른 배과원에서 상호 뚜렷한 차이가 나타났다. 더욱이 이 두 종의 발생 피크도 조사한 모든 야외 지역에서 시기적으로 뚜렷한 차이를 보였다. 이러한 결과는 배 과수원에서 두 종의 성페로몬 트랩으로 얻은 모니터링 자료는 각각 서로 다른 종의 포획이 혼재하며, 이는 해당종의 발생빈도와 발생밀도가 확대 해석될 수 있음을 본 연구 자료는 제시하고 있다.

Bisphenol A 분해균주 Acinetobacter calcoaceticus BP-2의 분리 및 bisphenol A 분해 특성 (Isolation of Acinetobacter calcoaceticus BP-2 Capable of Degradation of Bisphenol A)

  • 권기석;김동걸;이중복;신기선;금은주;손호용
    • 생명과학회지
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    • 제16권7호
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    • pp.1158-1163
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    • 2006
  • BPA는 에폭시 수지 및 플라스틱 생산의 단량체로서 사용되어 왔으며, 접착제, 페인트, 광학렌즈, 건축자재, 전자제품 소재 등 다양한 제품을 생산하는 데 사용되고 있다. 그러나 BPA의 급성세포독성 및 내분비교란활성이 보고되면서 BPA의 분해에 대한 연구가 집중되고 있다. 본 연구에서는 BPA의 광분해 및 화학적 분해의 문제점을 극복하고, 실제적 BPA의 생물학적 분해를 목표로 BPA분해균을 플라스틱 공장의 토양으로부터 분리하였다. 분리균주 중 가장 활성이 우수한 BP-2는 5mM의 BPA처리에서 성장할 수 있었으며, pH 7, $30^{\circ}C$의 최적 배양조건에서 $53.3{\mu}g\;ml^{-1}\;day^{-1}$의 분해속도를 나타내었다. 균주 동정결과 BP-2는 Acinetobacter calcoaceticus로 확인되었으며, 3.5g-건조중량$1^{-1}$의 고농도 휴식 세포 반응 결과 $89.7{\mu}g\;ml^{-1}\;h^{-1}$의 BPA분해속도를 나타내었다. 이러한 결과는 고농도 세포농도를 유지하는 경우, BP-2균주가 실제적 BPA분해를 위한 생물촉매로 사용될 수 있음을 제시하고 있다.

Pseudomonas putida BJ10의 Tetrachloroethylene (PCE) 분해 특성 (The Characteristics of Tetrachloroethylene (PCE) Degradation by Pseudomonas putida BJ10)

  • 최명훈;김재수;이상섭
    • 미생물학회지
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    • 제44권4호
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    • pp.311-316
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    • 2008
  • BTEX 분해능을 가진 BJ10세균을 이용하여 호기조건에서 toluene 첨가 시 tetrachloroethylene (PCE) 분해에 관한 연구를 수행하였다. BJ10은 형태학적 특징, 생리 생화학적 특징, 16S rRNA 염기서열 분석 및 지방산 분석 결과에 따라 Pseudomonas putida로 동정되었다. BJ10의 PCE 저농도 5 mg/L에서 PCE 분해 실험 결과(toluene 첨가 기질 농도 50mg/L, 균초기 접종농도 1.0g/L, 온도 $30^{\circ}C$, pH7 그리고 DO $3.0{\sim}4.2\;mg/L$), 10일간 52.8%의 분해 효율을 보였으며, PCE 분해 속도는 5.9 nmol/hr로 나타났다. 또한 BJ10의 PCE 고농도 100 mg/L에서 PCE 분해 실험 결과 (toluene 첨가 기질 농도 50 mg/L, 균 초기 접종 농도 1.0 g/L, 온도 $30^{\circ}C$, pH 7 그리고 DO $3.0{\sim}4.2\;mg/L$), 10일간 20.3%의 분해 효율을 보였으며, PCE 분해 속도는 46.0 nmol/hr로 나타났다. Toluene 첨가 농도에 따른 PCE 분해 효율 증감 효과를 알아보기 위하여, 동일한 배양 조건하에 10 mg/L의 PCE에 toluene ($5{\sim}200\;mg/L$)을 첨가하여 분해 실험을 실시한 결과, toluene 200 mg/L 첨가시 10일간 57.0%의 PCE가 분해되어 가장 높은 제거 효율을 보였다. 또한 PCE 5.5 mg/L(총 7.6 mg/L)를 추가적으로 주입하여 동일조건하에서 PCE 분해를 확인하였으며 결과적으로 8일 동안 63.0%의 PCE가 분해되었다. 이 때의 PCE 분해 속도는 13.5 nmol/hr로 초기의 분해속도(8.1 nmol/hr)보다 증가되었다.