• 농업과학연구
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• 제26권2호
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• pp.33-38
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• 1999

재래산양의 유전자원 보존과 유전적 개량을 위하여 재래산양과 수입산양의 genomic DNA의 유전적 다형을 분석하기 위하여 수행되었으며 재래산양과 수입산양의 유전적 판별 분석은 RAPD 기법을 이용하였으며 공시품종은 재래산양 30두, 재래산양 교잡종 10두, 수입산양 10두를 이용하였다. 재래 산양육과 수입 산양육의 판별을 위한 시료는 재래 산양육 10두와 수입 산양육 10두를 이용하였다. 이들로부터 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 재래산양, 수입산양 및 재래산양 교잡종으로부터 추출된 genomic DNA는 전기영동에 의해 약 23kb 크기의 DNA을 얻을 수 있었으며 UV spectrophotometer를 이용하여 흡광도 A 260과 A 280의 비율로 측정한 결과, 그 비율이 1.75~2.10의 범위로 순도는 비교적 양호한 결과를 얻었다. 2. 순수 재래산양의 유전자원의 보존을 위한 재래산양의 유전자 감식여부를 탐색하기 위하여 약 110 여종의 random primer를 이용한 RAPD 기법에 의하여 재래산양, 수입산양 및 교잡종의 다형성을 분석한 결과 random primer OPO-19(5'-CAA ACG TCG G-3')를 이용하였을 때 재래산양에서만 396bp에서 band가 나타났으며 수입산양과 교잡종에서는 band가 나타나지 않았다. 3. 또한, 재래 산양육과 수입 산양육의 유전적인 차이를 구명하기 위하니 RAPD 기법에 의한 genomic DNA의 다형성 분석에 있어서도 random primer OPO-19(5'-CAA ACG TCG G-3')를 사용하였을 때 396bp에서 재래 산양육에서는 band가 나타났지만, 수입 산양육에서는 band가 나타나지 않았다.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2000년도 춘계학술발표대회
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• pp.219-222
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• 2000

Physiological changes of Escherichia coli during the fed-batch fermentation process were characterized in this study. Overall cellular protein samples prepared at the different stage of fermentation were separated by 2-dimensional gel electrophoresis (2-DE), and differently expressed 15 proteins, Phosphotransferase enzyme I, GroEL, Trigger factor, ${\beta}$ subunit of ATP synthase, Transcriptional regulator KDGR, Phosphoglycerate mutase 1, Inorganic pyrophosphatase, Serine Hydroxymethyl-transferase, ${\alpha}$ subunit of RNA polymerase, Elongation factor Tu, Elongation factor Ts, Tyrosine-tRNA ligase, DnaK suppressor protein, Transcriptional elongation factor, 30S ribosomal protein S6 were identified using matrix-assisted laser desorption / ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS). When bacterial cells grow to high cell density, and IPTG-inducible heterologous protein is produced, expression level of overall cellular proteins was decreased. According to their functions in the cell, identified proteins were classified into three groups, proteins involved in transport process, small-molecule metabolism, and synthesis and modification of macromolecules.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제1권2호
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• pp.71-73
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• 1980

The electronic structure of photo-skinsensitizing psoralens has been investigated by the FMO method. On the basis of theoretical calculations, optimum value of indices (Ft=0.33) has been proposed which corresponds to the sum of frontier electron density. The results indicate that this index is closely correlated with photo-skinsensitizing carcinogenic activity. The formations of molecular complexes between DNA and photo-skinsensitizing carcinogens is discussed in terms of charge transfer interactions.

• 한국수의병리학회지
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• 제2권2호
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• pp.127-138
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• 1998

Transmissible venereal tumor(TVT) is a naturally occurring contagious neoplasm which can be transmitted by mechanical contact during mating in dogs and transplanted as intact viable cells to dogs and other members of canine family such as coyotes, jackals, wolves, and foxes. The incidence of this tumors tends to increase in Korean native Jindo dogs. This is probably due to the high density and unrestrained management system. With time, TVT reaches the maximum size and then tends to regress spontaneously unless individuals are immunologically compromised. It consists of different types of cells depending on the stage. In this study, 10 tumors were selected from Jindo dogs. These were histologically calssified into three stages; progressive, steady-state, and regressive. Mitotic figures were counted, and their histological appearance at each stage is compared with their DNA ploidy. Histologically, 5 tumor cases were calssed as the progressors, 3 cases as the steady-state tumors, and 2 cases as regressors. Progressors were composed of round cells with large nuclei containing conspicuous nucleoli and frequent mitotic figures. A few spindle-shaped cells and inflammatory cells including mainly lymphocytes, a few neutrophils and macrophages were also seen. In the steady-state tumors, there was an increased number of spindle shaped cells and mitotic figures were rare. Six tumors were diploid and four were aneuploid with the variation coefficient of 7.02. Two of five progressive tumors were aneuploid. Two of three steady-state tumors were aneuploid while both tumors at the regressive stage were diploid. Progressive and steady-state tumors had a much larger S/G2M fraction and a higher mitotic index than regressive tumors. Two tumors which persisted for more than one year were aneuploid. These results suggest that the progressive and steady-state tumors had more active cell division than the regressive neoplasms.

• 식물분류학회지
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• 제41권2호
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• pp.130-137
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• 2011

제주도 한라산에 자라는 한라송이풀은 고유종 Pedicularis hallaisanensis Hurusawa로 인식되고 있다. 한편 이 식물은 근연종인 P. amoena, 구름송이풀 또는 이삭송이풀과 형태적으로 유사하여 분류학적 처리가 혼동되어왔다. 본 연구는 이 식물의 분류학적 위치를 파악하기 위하여 한라송이풀과 근연종을 대상으로 외부형태 및 핵 리보소옴 DNA 염기서열을 조사하였다. 한라산의 이 식물은 꽃받침 열편, 화판 상순과 하순의 길이 비, 식물체의 선모 밀도, 개화기 근생엽의 유무 및 염기서열 자료에서 P. amoena 및 구름송이풀과는 뚜렷한 차이를 보였다. 하지만 한라송이풀은 외부형태 및 ITS 염기서열에서 동북아에 분포하는 이삭송이풀과 뚜렷이 구별되지 않았다. 본 연구의 형태 및 분자생물학적 자료는 한라송이풀이 이삭송이풀로 통합되는 것을 지지하였다.

• 한국수산과학회지
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• 제35권6호
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• pp.676-681
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• 2002

우리나라 주요 해산 어종인 쥐노래미 (Hexagrammos otakii)로부터 성장호르몬 유전자 CDNA를 클로닝하고 이의 염기서열과 발현 특성을 분석하였다. 뇌하수체 조직으로부터 CDNA library를 제작하였으며 membrane filter hybridization 및 expressed sequence tag기술을 이용하여 성장호르몬 CDNA transcript들을 대량 발굴하였다. 총 확보된 full-length clone 39개중 31개가 동일한 형태로 나타났으나 나머지 클론들에서는 5'쪽의 염기서열 변이, ORF내의 염기서열 삽입, 3'쪽의 여기서열의 변이 등이 검출되었다. RT-PCR과 RNA dot blot 분석을 수행한 결과 본 연구에서 얻어진 쥐노래미 성장호르몬 transcript들은 뇌하수체 특이적인 전형적인 어류 성장호르몬 발현 특성을 나타내었다.

• 식물분류학회지
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• 제44권1호
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• pp.22-32
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• 2014

꿀풀과에 속하는 긴병꽃풀속(Glechoma)내 5종에 대한 화판과 악편의 미세 구조를 관찰하여 기재하고 그 분류학적 유용성을 판단하였으며, 분자계통학적 유연관계를 확인하기 위하여 핵 리보솜 DNA의 ITS 염기서열에 기초한 연구를 수행하였다. 기공복합체는 조사된 모든 분류군의 악편에서 분포하였으며, 공변세포의 길이는 분류군마다 다소 차이를 보였다. 긴병꽃풀속 분류군들의 화판과 악에 분포하는 모용은 5 종류(단세포 비선모, 다세포 비선모, 짧은 자루 두상 선모, 긴 자루 두상 선모, 방패형 선모)로 나타났으며, 모용의 종류, 분포, 밀도가 분류군마다 다르게 나타났다. 핵 리보솜 DNA의 ITS 염기서열에 의한 분자계통학적 연구 결과 긴병꽃풀속은 분포지역에 따라 3개의 분계조(유럽-미국, 중국-한국, 일본)로 분리되었다. 한국과 중국에 분포하는 G. longituba는 단계통군을 이루었고, 이탈리아의 특산종인 G. sardoa와 미국 및 유럽에 분포하는 G. hederacea는 단계통군을 형성하였다. G. hirsuta는 유럽의 분계조와 자매군 관계를 이루었으나, 일본에 분포하는 G. grandis는 나머지 분류군들의 상호 유연관계에서 통계적 지지를 얻지 못하였다. 본 연구 결과에서 긴병꽃풀속내의 종간 한계 설정에 있어 화판 및 악의 미세형태형질의 연구보다 핵 리보솜 DNA의 ITS 염기서열에 기초한 분자 계통학적인 연구가 유용한 방법임이 판명되었다. 그러나 구체적인 본 속내 계통 분류학적인 논의를 위해서는 외부 형태학적 형질에 대한 분석을 동시에 수행할 필요가 있으며, 계통학적 유용성이 보다 높은 DNA 구간을 추가로 분석할 필요가 있다.

• 생명과학회지
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• 제19권5호
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• pp.664-670
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• 2009

지방분해와 열생산에 관여한다고 알려진 ADRB3 유전자의 염기서열 분석을 통하여 한국인에서 호발하는 유전자 다형성 부위를 먼저 확인한 후 이 유전자 다형성들과 HDL-C와의 연관성에 대하여 조사하고자 2006년 5월에서 12월 사이에 부산지역의 일개 대학병원에서 건강진단을 받은 991명을 대상으로 신장, 체중, 체질량지수, 허리둘레, 고밀도 지단백 콜레스테롤, 중성지방, 공복 혈당을 측정하였으며, 대상자들의 혈액에서 DNA를 분리하여 ADRB3 유전자에서 흔히 발생하는 유전자다형성 부위를 확인하였다. 연구결과 한국인에서 ADRB3 유전자의 intron2 +3893T>C의 변이를 처음으로 발견하였으며 열성 대립형질의 발현빈도는 0.164이었다. Exon1의 +188T>C와 intron2의 +3893T>C의 열성 대립형질인 C형이 있을 경우 HDL-C의 농도가 낮았다. 따라서 ADRB 유전자 다형성은 HDL-C과 관련이 있을 것으로 생각된다.

• Genomics & Informatics
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• 제20권3호
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• pp.35.1-35.9
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• 2022

Microsatellites or simple sequence repeats are motifs of 1 to 6 nucleotides in length present in both coding and non-coding regions of DNA. These are found widely distributed in the whole genome of prokaryotes, eukaryotes, bacteria, and viruses and are used as molecular markers in studying DNA variations, gene regulation, genetic diversity and evolutionary studies, etc. However, in vitro microsatellite identification proves to be time-consuming and expensive. Therefore, the present research has been focused on using an in-house built java pipeline to identify, analyse, design primers and find related statistics of perfect and compound microsatellites in the seven complete genome sequences of coronavirus, including the genome of coronavirus disease 2019, where the host is Homo sapiens. Based on search criteria among seven genomic sequences, it was revealed that the total number of perfect simple sequence repeats (SSRs) found to be in the range of 76 to 118 and compound SSRs from 01 to10, thus reflecting the low conversion of perfect simple sequence to compound repeats. Furthermore, the incidence of SSRs was insignificant but positively correlated with genome size (R² = 0.45, p > 0.05), with simple sequence repeats relative abundance (R² = 0.18, p > 0.05) and relative density (R² = 0.23, p > 0.05). Dinucleotide repeats were the most abundant in the coding region of the genome, followed by tri, mono, and tetra. This comparative study would help us understand the evolutionary relationship, genetic diversity, and hypervariability in minimal time and cost.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제33권6호
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• pp.537-544
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• 2008

세균의 검출에 있어서 polymerase chain reaction (PCR) 방법은 기존의 plate counting과 달리 빠르게 세균을 검출할 수 있다. 하지만 세균이 죽은 후에도 DNA는 장기간 존재할 수 있기 때문에, DNA에 기초한 분석은 살아있는 세균과 죽은 세균을 구분할 수 없다. 최근에 DNA extraction전에 propidium monoazide (PMA)를 처리하여 살아있는 세균만 선택적으로 검출하는 방법이 제시되었다. PMA는 손상된 세포막만 통과하여 죽은 세포의 DNA와 빛 노출 하에서 결합하여 PCR이 증폭되는 것을 막는다. Enterococcus faecalis는 근관치료의 실패에 있어서 중요한 원인이 되는 세균으로 제시되어 왔다. 그리고 chlorhexidine (CHX)은 E. faecalis의 제거에 있어서 효과적인 약제임이 밝혀졌다. 이번 실험의 목적은 세균 수의 측정에 있어서, PMA 처리와 real-time PCR 방법의 적용 가능성을 기존의 plate counting과 비교하여 알아보는 것이다. 또한 E. faecalis에 대한 2% CHX의 살균 효과를 PMA 처리 후 real-time PCR 방법을 사용하여 알아보는 것이다. 실험 방법으로 먼저 살아있는 세균과 죽은 세균을 다른 비율로 섞어서 PMA를 처리한 후 real-time PCR을 시행하여 PMA가 빛 노출 하에서 죽은 세균의 DNA와 결합하는 효과를 나타내는지 알아보았다. 다음으로 PMA 처리 후 realtime PCR 방법을 이용하여 살아있는 세균의 양을 측정한 것을 plate counting으로 얻은 CFU와 비교하였다. 마지막으로 2% CHX의 처리시간을 다르게 하였을 때 E. faecalis에 대한 살균 효과를 PMA 처리 후 real-time PCR 방법을 사용하여 알아보았다. 실험 결과로 살아있는 E. faecalis의 비율이 감소할수록 Ct value는 증가하였다. 그리고 PMA 처리 후 real-time PCR 방법을 이용하여 세균의 양을 측정한 것과 plate counting으로 얻은 CFU 사이에는 Optical density (OD) 값이 1.0일 때까지는 상관관계가 있었다. 하지만 OD 값이 1.5일 때는, PMA를 처리한 후 real-time PCR을 시행했을 때 측정된 살아있는 세균의 양이 감소하였음에 반해서 plate counting에 의한 CFU는 계속 증가하였다. 마지막으로 2% CHX을 오래 적용할수록 살아있는 E. faecalis의 상대적인 양이 감소하는 것을 PMA 처리와 real-time PCR 방법을 이용해 확인하였다.